# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.319 0.169 0.131 0.124 0.101 0.067 0.043 0.021 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 2 I 0.201 0.108 0.114 0.133 0.147 0.114 0.077 0.049 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 3 E 0.371 0.170 0.161 0.102 0.074 0.049 0.034 0.014 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 4 A 0.323 0.152 0.116 0.120 0.105 0.078 0.050 0.024 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 5 R 0.155 0.145 0.141 0.164 0.160 0.109 0.058 0.032 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 6 Y 0.090 0.061 0.074 0.119 0.168 0.151 0.112 0.102 0.062 0.032 0.015 0.009 0.004 0.001 7 A 0.222 0.165 0.144 0.140 0.110 0.091 0.060 0.031 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 8 K 0.240 0.158 0.139 0.151 0.112 0.096 0.050 0.024 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 9 E 0.313 0.166 0.159 0.132 0.096 0.067 0.038 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 10 V 0.289 0.190 0.178 0.155 0.092 0.056 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.534 0.191 0.095 0.081 0.054 0.023 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.534 0.192 0.168 0.055 0.024 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.541 0.171 0.120 0.078 0.044 0.019 0.021 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.356 0.202 0.266 0.078 0.041 0.029 0.017 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.157 0.172 0.236 0.148 0.128 0.081 0.037 0.015 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 16 P 0.022 0.025 0.034 0.088 0.143 0.164 0.187 0.147 0.090 0.054 0.021 0.016 0.008 0.001 17 Y 0.022 0.018 0.031 0.067 0.125 0.131 0.158 0.161 0.118 0.072 0.048 0.032 0.012 0.005 18 F 0.013 0.005 0.008 0.015 0.029 0.047 0.079 0.115 0.150 0.184 0.138 0.138 0.064 0.015 19 N 0.021 0.022 0.023 0.049 0.075 0.099 0.119 0.161 0.126 0.102 0.087 0.064 0.029 0.024 20 L 0.011 0.007 0.008 0.013 0.026 0.046 0.088 0.107 0.151 0.191 0.174 0.099 0.059 0.021 21 K 0.019 0.033 0.040 0.082 0.130 0.152 0.164 0.159 0.095 0.058 0.039 0.014 0.007 0.008 22 A 0.028 0.028 0.034 0.058 0.100 0.114 0.141 0.141 0.121 0.096 0.079 0.033 0.020 0.008 23 A 0.051 0.096 0.102 0.185 0.180 0.143 0.094 0.073 0.041 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 24 N 0.069 0.080 0.097 0.154 0.163 0.157 0.103 0.076 0.054 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 25 H 0.062 0.087 0.103 0.160 0.187 0.151 0.111 0.071 0.040 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 26 Q 0.173 0.143 0.133 0.123 0.120 0.127 0.073 0.041 0.036 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 27 I 0.056 0.039 0.050 0.080 0.131 0.149 0.162 0.135 0.081 0.056 0.030 0.018 0.009 0.003 28 I 0.039 0.021 0.029 0.041 0.072 0.098 0.126 0.146 0.129 0.099 0.091 0.060 0.035 0.013 29 G 0.059 0.033 0.036 0.052 0.070 0.093 0.104 0.121 0.127 0.115 0.076 0.068 0.031 0.014 30 T 0.066 0.050 0.051 0.079 0.108 0.106 0.129 0.117 0.094 0.075 0.069 0.031 0.012 0.011 31 S 0.053 0.039 0.050 0.072 0.108 0.121 0.126 0.119 0.106 0.083 0.069 0.029 0.016 0.010 32 Q 0.078 0.065 0.084 0.115 0.155 0.132 0.124 0.098 0.065 0.044 0.023 0.009 0.004 0.003 33 M 0.083 0.072 0.078 0.116 0.161 0.134 0.121 0.095 0.065 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 34 Y 0.100 0.081 0.081 0.119 0.168 0.140 0.118 0.090 0.050 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 35 S 0.243 0.164 0.146 0.138 0.111 0.082 0.052 0.029 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 36 S 0.262 0.152 0.132 0.134 0.122 0.087 0.055 0.027 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 37 T 0.372 0.170 0.160 0.112 0.081 0.051 0.029 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.541 0.164 0.110 0.074 0.051 0.030 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.322 0.190 0.134 0.121 0.093 0.067 0.041 0.014 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.110 0.103 0.115 0.183 0.199 0.144 0.073 0.038 0.023 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 41 D 0.471 0.221 0.139 0.064 0.039 0.033 0.018 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 N 0.186 0.182 0.166 0.162 0.126 0.094 0.041 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 43 G 0.035 0.041 0.048 0.115 0.184 0.186 0.156 0.111 0.068 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 44 I 0.024 0.029 0.044 0.092 0.145 0.163 0.161 0.148 0.093 0.046 0.028 0.016 0.007 0.003 45 K 0.335 0.178 0.135 0.096 0.074 0.070 0.039 0.024 0.025 0.010 0.011 0.002 0.001 0.001 46 S 0.067 0.077 0.101 0.162 0.178 0.149 0.097 0.074 0.042 0.026 0.012 0.010 0.004 0.002 47 V 0.022 0.019 0.025 0.055 0.106 0.150 0.198 0.173 0.110 0.057 0.049 0.019 0.012 0.004 48 M 0.108 0.130 0.152 0.179 0.159 0.120 0.069 0.042 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 49 E 0.477 0.178 0.118 0.077 0.057 0.040 0.025 0.012 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 50 N 0.151 0.133 0.131 0.184 0.171 0.118 0.057 0.028 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 51 G 0.221 0.127 0.130 0.152 0.147 0.096 0.069 0.028 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 52 K 0.476 0.169 0.143 0.073 0.056 0.035 0.026 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 T 0.351 0.187 0.141 0.104 0.087 0.059 0.036 0.015 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 54 T 0.314 0.172 0.123 0.128 0.100 0.076 0.045 0.020 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 55 T 0.181 0.139 0.120 0.165 0.164 0.108 0.059 0.034 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 56 I 0.137 0.083 0.079 0.130 0.172 0.133 0.101 0.072 0.049 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 57 K 0.327 0.159 0.133 0.124 0.100 0.071 0.040 0.022 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 58 D 0.491 0.187 0.112 0.069 0.052 0.039 0.025 0.007 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 L 0.149 0.114 0.114 0.159 0.169 0.141 0.070 0.043 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 60 T 0.491 0.166 0.120 0.077 0.056 0.037 0.030 0.008 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001