# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.012 0.339 0.019 0.016 0.017 0.002 0.001 0.013 0.192 0.172 0.150 0.053 2 S 0.008 0.005 0.402 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.009 0.171 0.280 0.010 0.068 3 G 0.029 0.007 0.233 0.047 0.012 0.008 0.005 0.001 0.011 0.221 0.253 0.143 0.031 4 W 0.220 0.009 0.066 0.008 0.013 0.002 0.023 0.004 0.020 0.030 0.007 0.040 0.558 5 Y 0.413 0.006 0.016 0.038 0.001 0.001 0.043 0.008 0.013 0.006 0.001 0.392 0.061 6 E 0.506 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.047 0.005 0.008 0.001 0.001 0.138 0.275 7 L 0.493 0.002 0.011 0.011 0.001 0.001 0.027 0.003 0.008 0.001 0.001 0.126 0.315 8 S 0.277 0.006 0.054 0.034 0.003 0.002 0.008 0.001 0.016 0.010 0.004 0.393 0.193 9 K 0.085 0.014 0.113 0.006 0.021 0.007 0.002 0.001 0.012 0.063 0.040 0.091 0.542 10 S 0.009 0.022 0.368 0.006 0.038 0.006 0.001 0.001 0.006 0.224 0.156 0.094 0.071 11 S 0.002 0.005 0.084 0.013 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.115 0.719 0.012 0.016 12 N 0.001 0.002 0.026 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.079 0.866 0.004 0.004 13 D 0.006 0.010 0.212 0.019 0.013 0.002 0.001 0.001 0.003 0.320 0.350 0.034 0.030 14 Q 0.037 0.020 0.415 0.022 0.004 0.001 0.004 0.001 0.019 0.103 0.024 0.145 0.204 15 F 0.255 0.011 0.070 0.018 0.002 0.001 0.026 0.003 0.036 0.016 0.002 0.062 0.498 16 K 0.469 0.002 0.011 0.096 0.001 0.001 0.056 0.013 0.023 0.003 0.001 0.273 0.053 17 F 0.658 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.071 0.012 0.008 0.001 0.001 0.099 0.143 18 V 0.778 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.058 0.015 0.007 0.001 0.001 0.042 0.090 19 L 0.698 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.023 0.008 0.006 0.001 0.001 0.188 0.058 20 K 0.324 0.005 0.056 0.007 0.005 0.003 0.018 0.006 0.042 0.011 0.020 0.045 0.456 21 A 0.037 0.012 0.264 0.023 0.026 0.005 0.005 0.003 0.028 0.180 0.179 0.142 0.094 22 G 0.004 0.002 0.071 0.046 0.014 0.003 0.001 0.001 0.005 0.147 0.670 0.018 0.018 23 N 0.001 0.002 0.026 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.160 0.776 0.006 0.006 24 G 0.014 0.009 0.210 0.029 0.008 0.002 0.002 0.001 0.011 0.354 0.285 0.044 0.031 25 E 0.104 0.030 0.236 0.013 0.004 0.002 0.021 0.013 0.062 0.052 0.006 0.195 0.264 26 V 0.312 0.019 0.020 0.010 0.002 0.001 0.146 0.066 0.074 0.005 0.001 0.067 0.278 27 I 0.342 0.004 0.012 0.110 0.001 0.001 0.157 0.128 0.047 0.003 0.001 0.141 0.052 28 L 0.389 0.003 0.031 0.036 0.003 0.004 0.111 0.055 0.056 0.004 0.004 0.101 0.202 29 T 0.237 0.006 0.095 0.036 0.011 0.013 0.063 0.038 0.139 0.023 0.020 0.071 0.249 30 S 0.159 0.010 0.147 0.103 0.026 0.033 0.017 0.009 0.063 0.095 0.040 0.153 0.145 31 E 0.083 0.016 0.168 0.021 0.085 0.089 0.012 0.005 0.034 0.127 0.074 0.123 0.165 32 L 0.038 0.030 0.190 0.012 0.107 0.133 0.010 0.004 0.030 0.100 0.151 0.051 0.142 33 Y 0.036 0.046 0.236 0.015 0.064 0.182 0.006 0.002 0.013 0.090 0.135 0.105 0.068 34 T 0.009 0.027 0.256 0.003 0.061 0.253 0.002 0.001 0.008 0.152 0.141 0.021 0.067 35 G 0.001 0.009 0.262 0.003 0.062 0.339 0.001 0.001 0.003 0.171 0.126 0.011 0.012 36 K 0.001 0.002 0.043 0.001 0.112 0.695 0.001 0.001 0.001 0.047 0.092 0.003 0.004 37 S 0.001 0.003 0.023 0.001 0.125 0.622 0.001 0.001 0.001 0.036 0.182 0.002 0.004 38 G 0.001 0.007 0.036 0.001 0.114 0.614 0.001 0.001 0.001 0.036 0.182 0.004 0.004 39 A 0.001 0.002 0.037 0.001 0.072 0.784 0.001 0.001 0.003 0.018 0.078 0.002 0.004 40 M 0.001 0.004 0.030 0.002 0.052 0.741 0.001 0.001 0.002 0.027 0.133 0.003 0.003 41 N 0.002 0.002 0.036 0.004 0.030 0.519 0.001 0.001 0.002 0.069 0.328 0.002 0.004 42 G 0.005 0.004 0.143 0.006 0.020 0.419 0.001 0.001 0.005 0.082 0.292 0.013 0.007 43 I 0.006 0.006 0.128 0.001 0.032 0.723 0.001 0.002 0.010 0.020 0.028 0.003 0.040 44 E 0.014 0.012 0.053 0.018 0.036 0.741 0.003 0.004 0.018 0.024 0.021 0.039 0.016 45 S 0.009 0.005 0.033 0.003 0.061 0.760 0.004 0.005 0.022 0.007 0.029 0.015 0.047 46 V 0.003 0.002 0.029 0.002 0.042 0.831 0.002 0.006 0.016 0.007 0.042 0.005 0.014 47 Q 0.005 0.005 0.069 0.013 0.113 0.619 0.002 0.003 0.016 0.033 0.097 0.015 0.010 48 T 0.003 0.004 0.050 0.002 0.104 0.363 0.001 0.001 0.004 0.055 0.395 0.006 0.012 49 N 0.001 0.011 0.219 0.002 0.024 0.138 0.001 0.001 0.006 0.232 0.350 0.007 0.009 50 S 0.001 0.011 0.703 0.001 0.011 0.036 0.001 0.001 0.004 0.187 0.029 0.014 0.004 51 P 0.001 0.014 0.489 0.001 0.112 0.149 0.001 0.001 0.004 0.099 0.103 0.002 0.025 52 I 0.001 0.011 0.190 0.005 0.296 0.189 0.001 0.001 0.005 0.105 0.185 0.009 0.004 53 E 0.001 0.010 0.177 0.001 0.324 0.197 0.001 0.001 0.009 0.077 0.186 0.004 0.013 54 A 0.001 0.029 0.398 0.002 0.087 0.129 0.001 0.002 0.015 0.194 0.121 0.009 0.012 55 R 0.001 0.014 0.668 0.002 0.027 0.059 0.001 0.001 0.007 0.145 0.066 0.006 0.005