# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.028 0.132 0.172 0.071 0.055 0.153 0.015 0.021 0.020 0.041 0.025 0.128 0.045 0.014 0.050 2 S 0.087 0.102 0.241 0.224 0.005 0.048 0.013 0.059 0.010 0.005 0.021 0.021 0.068 0.002 0.067 0.026 3 G 0.030 0.124 0.099 0.394 0.010 0.072 0.012 0.006 0.060 0.030 0.024 0.021 0.040 0.006 0.003 0.069 4 W 0.123 0.100 0.172 0.564 0.001 0.007 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.005 0.008 0.001 0.002 0.008 5 Y 0.009 0.008 0.399 0.522 0.003 0.039 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 6 E 0.007 0.018 0.075 0.875 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.013 0.022 0.921 0.006 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 8 S 0.002 0.073 0.021 0.610 0.009 0.266 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 9 K 0.007 0.133 0.037 0.446 0.027 0.142 0.004 0.017 0.004 0.002 0.158 0.005 0.009 0.001 0.001 0.005 10 S 0.007 0.117 0.028 0.091 0.147 0.370 0.022 0.018 0.009 0.004 0.051 0.114 0.012 0.006 0.001 0.003 11 S 0.005 0.046 0.020 0.017 0.145 0.090 0.067 0.094 0.003 0.003 0.361 0.027 0.023 0.071 0.024 0.004 12 N 0.006 0.133 0.018 0.018 0.004 0.015 0.004 0.222 0.045 0.008 0.048 0.094 0.013 0.006 0.346 0.019 13 D 0.087 0.056 0.071 0.037 0.001 0.006 0.006 0.004 0.261 0.018 0.006 0.018 0.020 0.002 0.017 0.392 14 Q 0.398 0.024 0.478 0.066 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 15 F 0.019 0.023 0.710 0.205 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.002 0.069 0.070 0.857 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.014 0.978 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.006 0.018 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.002 0.971 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.001 0.026 0.004 0.403 0.480 0.068 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.037 0.001 0.118 0.284 0.271 0.001 0.244 0.008 0.003 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.001 0.030 0.001 0.008 0.693 0.019 0.028 0.034 0.015 0.054 0.076 0.010 0.001 0.030 0.001 0.001 23 N 0.010 0.045 0.002 0.008 0.001 0.009 0.001 0.577 0.018 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.312 0.001 24 G 0.004 0.027 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.477 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 25 E 0.921 0.002 0.059 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.002 0.002 0.846 0.060 0.004 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.001 0.109 0.018 0.860 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.001 0.009 0.005 0.865 0.011 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 T 0.006 0.178 0.085 0.577 0.015 0.068 0.003 0.026 0.003 0.001 0.023 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 30 S 0.001 0.014 0.006 0.151 0.009 0.756 0.002 0.005 0.006 0.005 0.021 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 31 E 0.008 0.159 0.015 0.080 0.009 0.026 0.001 0.011 0.002 0.002 0.591 0.066 0.023 0.002 0.002 0.002 32 L 0.011 0.138 0.041 0.222 0.008 0.028 0.008 0.006 0.016 0.003 0.021 0.408 0.058 0.006 0.007 0.019 33 Y 0.015 0.019 0.321 0.114 0.026 0.054 0.121 0.005 0.002 0.002 0.016 0.012 0.239 0.019 0.008 0.026 34 T 0.016 0.111 0.145 0.179 0.006 0.124 0.015 0.073 0.004 0.004 0.041 0.025 0.184 0.004 0.041 0.027 35 G 0.010 0.030 0.013 0.055 0.015 0.327 0.008 0.005 0.035 0.027 0.139 0.104 0.194 0.005 0.003 0.030 36 K 0.027 0.026 0.016 0.016 0.018 0.034 0.014 0.006 0.001 0.002 0.449 0.181 0.165 0.037 0.004 0.004 37 S 0.004 0.054 0.025 0.014 0.002 0.017 0.004 0.041 0.003 0.002 0.078 0.422 0.218 0.006 0.105 0.005 38 G 0.004 0.011 0.021 0.016 0.001 0.012 0.008 0.001 0.011 0.005 0.029 0.058 0.665 0.003 0.007 0.147 39 A 0.023 0.004 0.021 0.006 0.004 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.020 0.024 0.837 0.010 0.003 0.012 40 M 0.004 0.017 0.043 0.009 0.006 0.019 0.015 0.021 0.001 0.001 0.048 0.071 0.691 0.025 0.022 0.005 41 N 0.004 0.020 0.017 0.028 0.001 0.030 0.002 0.009 0.008 0.004 0.040 0.068 0.689 0.002 0.029 0.049 42 G 0.012 0.010 0.040 0.019 0.001 0.007 0.004 0.001 0.006 0.004 0.019 0.037 0.732 0.002 0.002 0.104 43 I 0.013 0.001 0.024 0.006 0.001 0.049 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.861 0.003 0.002 0.001 44 E 0.001 0.107 0.040 0.014 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.021 0.748 0.001 0.003 0.009 45 S 0.002 0.016 0.010 0.114 0.001 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.739 0.003 0.001 0.047 46 V 0.004 0.003 0.220 0.015 0.002 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.700 0.004 0.005 0.006 47 Q 0.003 0.028 0.042 0.089 0.021 0.042 0.049 0.007 0.001 0.001 0.010 0.032 0.596 0.054 0.008 0.017 48 T 0.015 0.035 0.034 0.080 0.017 0.052 0.035 0.044 0.004 0.003 0.052 0.021 0.364 0.155 0.056 0.034 49 N 0.016 0.092 0.099 0.097 0.002 0.016 0.011 0.021 0.047 0.006 0.023 0.030 0.137 0.009 0.165 0.232 50 S 0.138 0.022 0.179 0.093 0.001 0.088 0.020 0.002 0.016 0.010 0.015 0.035 0.235 0.006 0.011 0.129 51 P 0.087 0.071 0.182 0.054 0.006 0.218 0.007 0.008 0.002 0.001 0.108 0.026 0.199 0.008 0.007 0.014 52 I 0.011 0.168 0.060 0.125 0.009 0.108 0.013 0.010 0.005 0.002 0.183 0.147 0.125 0.015 0.010 0.011 53 E 0.011 0.107 0.088 0.091 0.017 0.088 0.038 0.016 0.006 0.003 0.067 0.155 0.244 0.020 0.030 0.022 54 A 0.018 0.059 0.108 0.099 0.028 0.038 0.103 0.023 0.011 0.005 0.078 0.055 0.243 0.037 0.038 0.056 55 R 0.048 0.050 0.126 0.106 0.019 0.054 0.080 0.040 0.020 0.010 0.048 0.053 0.212 0.026 0.056 0.052