# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.208 0.072 0.005 0.014 0.026 0.041 0.095 0.011 0.002 0.033 0.494 2 S 0.047 0.056 0.003 0.013 0.030 0.066 0.100 0.002 0.001 0.046 0.636 3 G 0.027 0.049 0.002 0.058 0.073 0.201 0.094 0.002 0.001 0.039 0.454 4 W 0.012 0.010 0.001 0.037 0.114 0.240 0.132 0.001 0.001 0.082 0.371 5 Y 0.004 0.005 0.001 0.054 0.306 0.332 0.054 0.001 0.001 0.035 0.210 6 E 0.012 0.010 0.001 0.067 0.181 0.375 0.037 0.001 0.001 0.075 0.241 7 L 0.013 0.003 0.001 0.051 0.210 0.238 0.070 0.001 0.001 0.090 0.322 8 S 0.032 0.002 0.004 0.047 0.237 0.276 0.051 0.001 0.001 0.094 0.256 9 K 0.077 0.002 0.003 0.026 0.101 0.116 0.060 0.002 0.001 0.044 0.568 10 S 0.237 0.002 0.002 0.006 0.022 0.022 0.060 0.002 0.001 0.038 0.608 11 S 0.168 0.003 0.002 0.004 0.018 0.015 0.069 0.001 0.001 0.034 0.685 12 N 0.016 0.003 0.001 0.006 0.016 0.018 0.077 0.001 0.001 0.027 0.837 13 D 0.012 0.003 0.002 0.015 0.129 0.127 0.093 0.001 0.001 0.060 0.559 14 Q 0.003 0.002 0.001 0.031 0.234 0.316 0.062 0.001 0.001 0.062 0.289 15 F 0.001 0.003 0.001 0.058 0.381 0.455 0.011 0.001 0.001 0.019 0.073 16 K 0.001 0.002 0.001 0.045 0.319 0.530 0.009 0.001 0.001 0.019 0.074 17 F 0.001 0.001 0.001 0.036 0.501 0.421 0.005 0.001 0.001 0.006 0.029 18 V 0.002 0.001 0.001 0.038 0.384 0.513 0.006 0.001 0.001 0.017 0.039 19 L 0.002 0.001 0.001 0.038 0.465 0.396 0.019 0.001 0.001 0.021 0.059 20 K 0.053 0.001 0.006 0.040 0.201 0.291 0.055 0.002 0.001 0.073 0.277 21 A 0.204 0.001 0.001 0.012 0.069 0.087 0.086 0.002 0.001 0.069 0.468 22 G 0.118 0.001 0.001 0.013 0.013 0.022 0.102 0.002 0.001 0.036 0.691 23 N 0.003 0.001 0.001 0.015 0.019 0.031 0.095 0.001 0.001 0.017 0.819 24 G 0.004 0.001 0.001 0.033 0.134 0.075 0.071 0.001 0.001 0.031 0.650 25 E 0.002 0.001 0.001 0.073 0.426 0.276 0.032 0.001 0.001 0.074 0.115 26 V 0.002 0.002 0.001 0.241 0.196 0.207 0.024 0.001 0.001 0.068 0.259 27 I 0.003 0.001 0.001 0.140 0.317 0.330 0.031 0.001 0.001 0.049 0.129 28 L 0.001 0.002 0.001 0.131 0.208 0.310 0.045 0.001 0.001 0.029 0.274 29 T 0.044 0.036 0.001 0.061 0.174 0.232 0.063 0.005 0.001 0.072 0.312 30 S 0.119 0.034 0.003 0.044 0.060 0.072 0.097 0.005 0.001 0.313 0.251 31 E 0.015 0.072 0.003 0.058 0.031 0.065 0.161 0.004 0.001 0.104 0.486 32 L 0.088 0.105 0.004 0.035 0.031 0.080 0.088 0.009 0.001 0.088 0.471 33 Y 0.084 0.026 0.004 0.050 0.026 0.040 0.124 0.007 0.001 0.271 0.367 34 T 0.019 0.101 0.006 0.026 0.017 0.022 0.093 0.002 0.001 0.161 0.552 35 G 0.049 0.672 0.001 0.003 0.003 0.003 0.025 0.005 0.001 0.018 0.220 36 K 0.124 0.726 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.009 0.001 0.032 0.084 37 S 0.031 0.402 0.006 0.003 0.003 0.008 0.052 0.004 0.002 0.305 0.184 38 G 0.019 0.442 0.013 0.009 0.003 0.007 0.033 0.005 0.003 0.332 0.134 39 A 0.096 0.773 0.003 0.003 0.003 0.003 0.015 0.008 0.001 0.050 0.045 40 M 0.051 0.598 0.003 0.003 0.004 0.008 0.030 0.005 0.001 0.129 0.166 41 N 0.010 0.440 0.005 0.007 0.003 0.013 0.048 0.003 0.001 0.207 0.263 42 G 0.016 0.646 0.005 0.009 0.007 0.014 0.031 0.007 0.001 0.163 0.101 43 I 0.053 0.605 0.004 0.008 0.012 0.007 0.028 0.006 0.001 0.189 0.088 44 E 0.023 0.248 0.009 0.015 0.017 0.024 0.050 0.003 0.002 0.442 0.168 45 S 0.028 0.117 0.021 0.054 0.005 0.014 0.071 0.008 0.005 0.444 0.232 46 V 0.265 0.107 0.017 0.065 0.008 0.010 0.085 0.060 0.008 0.154 0.222 47 Q 0.184 0.030 0.005 0.013 0.006 0.009 0.106 0.008 0.002 0.135 0.500 48 T 0.004 0.018 0.001 0.005 0.003 0.006 0.110 0.001 0.001 0.031 0.822 49 N 0.032 0.137 0.003 0.008 0.003 0.006 0.126 0.006 0.001 0.050 0.628 50 S 0.320 0.174 0.013 0.007 0.003 0.004 0.082 0.068 0.016 0.064 0.249 51 P 0.320 0.084 0.012 0.006 0.002 0.004 0.075 0.029 0.016 0.047 0.405 52 I 0.330 0.027 0.010 0.009 0.004 0.010 0.048 0.009 0.004 0.044 0.505 53 E 0.100 0.015 0.003 0.012 0.004 0.010 0.119 0.003 0.001 0.035 0.698 54 A 0.034 0.008 0.002 0.011 0.005 0.011 0.139 0.002 0.001 0.025 0.761 55 R 0.021 0.008 0.001 0.014 0.016 0.026 0.144 0.002 0.001 0.025 0.743