# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.025 0.011 0.019 0.044 0.122 0.041 0.681 2 S 0.018 0.040 0.018 0.037 0.062 0.147 0.024 0.653 3 G 0.017 0.077 0.031 0.109 0.272 0.088 0.050 0.358 4 W 0.014 0.026 0.042 0.161 0.282 0.063 0.117 0.296 5 Y 0.015 0.022 0.049 0.224 0.446 0.034 0.072 0.138 6 E 0.019 0.011 0.040 0.284 0.375 0.035 0.086 0.149 7 L 0.013 0.005 0.038 0.224 0.393 0.041 0.071 0.216 8 S 0.020 0.002 0.032 0.239 0.326 0.056 0.071 0.254 9 K 0.012 0.001 0.022 0.173 0.275 0.058 0.037 0.423 10 S 0.120 0.001 0.005 0.032 0.033 0.066 0.057 0.687 11 S 0.337 0.003 0.002 0.012 0.009 0.066 0.058 0.514 12 N 0.032 0.002 0.002 0.002 0.006 0.089 0.012 0.856 13 D 0.023 0.003 0.010 0.085 0.126 0.107 0.028 0.619 14 Q 0.002 0.003 0.023 0.143 0.456 0.046 0.023 0.305 15 F 0.001 0.003 0.024 0.379 0.380 0.026 0.054 0.133 16 K 0.001 0.003 0.025 0.301 0.585 0.009 0.032 0.044 17 F 0.001 0.002 0.015 0.393 0.561 0.003 0.008 0.017 18 V 0.001 0.001 0.018 0.494 0.438 0.004 0.017 0.027 19 L 0.002 0.001 0.041 0.411 0.487 0.008 0.016 0.035 20 K 0.021 0.001 0.065 0.309 0.364 0.033 0.061 0.147 21 A 0.213 0.001 0.020 0.102 0.173 0.066 0.037 0.389 22 G 0.242 0.001 0.013 0.025 0.030 0.103 0.055 0.531 23 N 0.009 0.002 0.008 0.004 0.015 0.128 0.020 0.813 24 G 0.011 0.003 0.029 0.042 0.091 0.147 0.052 0.624 25 E 0.003 0.004 0.102 0.281 0.349 0.044 0.056 0.162 26 V 0.006 0.005 0.241 0.136 0.236 0.038 0.113 0.226 27 I 0.006 0.006 0.180 0.320 0.221 0.037 0.085 0.146 28 L 0.014 0.024 0.243 0.176 0.277 0.043 0.048 0.176 29 T 0.051 0.062 0.087 0.114 0.183 0.067 0.149 0.286 30 S 0.099 0.063 0.064 0.073 0.085 0.085 0.329 0.202 31 E 0.056 0.062 0.085 0.067 0.084 0.130 0.192 0.324 32 L 0.110 0.061 0.047 0.038 0.053 0.091 0.141 0.457 33 Y 0.097 0.084 0.030 0.031 0.043 0.119 0.149 0.447 34 T 0.020 0.113 0.013 0.010 0.020 0.116 0.088 0.620 35 G 0.044 0.776 0.004 0.004 0.004 0.021 0.030 0.117 36 K 0.036 0.872 0.002 0.003 0.004 0.010 0.016 0.057 37 S 0.035 0.483 0.013 0.007 0.009 0.032 0.265 0.155 38 G 0.053 0.495 0.019 0.007 0.011 0.035 0.270 0.110 39 A 0.122 0.575 0.022 0.006 0.007 0.023 0.137 0.107 40 M 0.057 0.540 0.008 0.006 0.011 0.036 0.047 0.295 41 N 0.023 0.218 0.026 0.010 0.016 0.080 0.142 0.485 42 G 0.041 0.429 0.051 0.020 0.030 0.053 0.176 0.200 43 I 0.075 0.439 0.021 0.022 0.024 0.062 0.081 0.276 44 E 0.047 0.153 0.071 0.022 0.030 0.066 0.186 0.425 45 S 0.066 0.056 0.109 0.017 0.025 0.064 0.395 0.268 46 V 0.244 0.032 0.107 0.030 0.028 0.094 0.132 0.333 47 Q 0.126 0.018 0.038 0.015 0.021 0.086 0.056 0.640 48 T 0.015 0.010 0.013 0.007 0.014 0.122 0.015 0.805 49 N 0.027 0.044 0.023 0.017 0.025 0.120 0.032 0.711 50 S 0.068 0.082 0.025 0.040 0.038 0.126 0.061 0.559 51 P 0.238 0.067 0.023 0.014 0.020 0.073 0.094 0.471 52 I 0.367 0.024 0.013 0.012 0.015 0.070 0.060 0.439 53 E 0.111 0.008 0.016 0.009 0.017 0.102 0.033 0.704 54 A 0.032 0.004 0.012 0.008 0.016 0.118 0.031 0.779 55 R 0.029 0.005 0.025 0.019 0.030 0.130 0.044 0.718