# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.357 0.174 0.059 0.101 0.077 0.057 0.080 0.045 0.026 0.015 0.008 2 S 0.134 0.075 0.044 0.109 0.105 0.093 0.126 0.098 0.097 0.066 0.052 3 G 0.386 0.208 0.067 0.114 0.072 0.044 0.049 0.029 0.017 0.009 0.004 4 W 0.044 0.052 0.047 0.155 0.159 0.125 0.152 0.111 0.083 0.044 0.027 5 Y 0.037 0.027 0.039 0.067 0.088 0.103 0.182 0.170 0.129 0.096 0.061 6 E 0.031 0.070 0.132 0.254 0.183 0.118 0.104 0.053 0.031 0.017 0.007 7 L 0.009 0.007 0.019 0.025 0.039 0.068 0.149 0.157 0.203 0.200 0.125 8 S 0.048 0.074 0.104 0.185 0.157 0.112 0.142 0.076 0.055 0.036 0.012 9 K 0.084 0.124 0.197 0.199 0.124 0.089 0.094 0.044 0.026 0.015 0.006 10 S 0.204 0.187 0.131 0.147 0.099 0.075 0.073 0.039 0.022 0.015 0.008 11 S 0.244 0.378 0.067 0.113 0.062 0.042 0.046 0.025 0.013 0.008 0.003 12 N 0.509 0.200 0.042 0.092 0.055 0.034 0.029 0.019 0.010 0.006 0.003 13 D 0.555 0.192 0.059 0.089 0.042 0.024 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 14 Q 0.110 0.120 0.085 0.227 0.166 0.119 0.089 0.045 0.022 0.012 0.005 15 F 0.006 0.011 0.014 0.021 0.034 0.096 0.175 0.158 0.204 0.181 0.098 16 K 0.010 0.038 0.062 0.196 0.221 0.190 0.140 0.074 0.041 0.020 0.010 17 F 0.005 0.005 0.019 0.016 0.021 0.042 0.115 0.146 0.221 0.255 0.155 18 V 0.007 0.021 0.040 0.157 0.194 0.188 0.171 0.096 0.066 0.039 0.021 19 L 0.003 0.002 0.006 0.007 0.011 0.016 0.049 0.108 0.210 0.272 0.316 20 K 0.011 0.041 0.058 0.157 0.207 0.152 0.141 0.091 0.066 0.043 0.034 21 A 0.013 0.011 0.021 0.030 0.052 0.057 0.144 0.168 0.192 0.150 0.161 22 G 0.248 0.236 0.107 0.180 0.092 0.053 0.043 0.018 0.012 0.007 0.004 23 N 0.092 0.093 0.053 0.130 0.115 0.096 0.152 0.095 0.084 0.049 0.041 24 G 0.405 0.152 0.049 0.107 0.071 0.051 0.059 0.040 0.031 0.022 0.013 25 E 0.059 0.080 0.057 0.149 0.124 0.127 0.150 0.093 0.081 0.047 0.031 26 V 0.025 0.041 0.040 0.077 0.091 0.114 0.161 0.157 0.126 0.099 0.069 27 I 0.007 0.011 0.017 0.040 0.062 0.080 0.132 0.156 0.190 0.165 0.140 28 L 0.011 0.012 0.026 0.039 0.056 0.067 0.133 0.175 0.191 0.181 0.109 29 T 0.013 0.029 0.053 0.117 0.122 0.111 0.161 0.126 0.131 0.090 0.046 30 S 0.020 0.018 0.028 0.051 0.064 0.073 0.137 0.144 0.187 0.157 0.122 31 E 0.049 0.049 0.056 0.120 0.131 0.133 0.178 0.115 0.087 0.052 0.029 32 L 0.045 0.052 0.076 0.124 0.131 0.104 0.166 0.127 0.085 0.056 0.033 33 Y 0.024 0.023 0.032 0.050 0.064 0.100 0.190 0.147 0.156 0.135 0.080 34 T 0.142 0.215 0.125 0.197 0.116 0.068 0.061 0.032 0.023 0.013 0.007 35 G 0.209 0.152 0.095 0.139 0.100 0.077 0.098 0.057 0.037 0.023 0.012 36 K 0.182 0.138 0.088 0.161 0.124 0.100 0.097 0.050 0.030 0.019 0.009 37 S 0.314 0.152 0.090 0.145 0.089 0.070 0.068 0.039 0.019 0.011 0.005 38 G 0.134 0.187 0.093 0.188 0.128 0.087 0.078 0.049 0.029 0.017 0.010 39 A 0.013 0.013 0.016 0.036 0.063 0.077 0.191 0.186 0.163 0.134 0.109 40 M 0.110 0.112 0.241 0.230 0.143 0.076 0.047 0.022 0.010 0.006 0.002 41 N 0.036 0.079 0.147 0.220 0.165 0.151 0.114 0.052 0.022 0.010 0.004 42 G 0.033 0.037 0.029 0.070 0.085 0.065 0.138 0.154 0.153 0.123 0.112 43 I 0.002 0.002 0.003 0.007 0.017 0.036 0.100 0.122 0.230 0.250 0.231 44 E 0.029 0.083 0.338 0.293 0.152 0.061 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 45 S 0.006 0.008 0.030 0.043 0.081 0.087 0.171 0.173 0.148 0.115 0.139 46 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.013 0.036 0.067 0.203 0.265 0.397 47 Q 0.017 0.025 0.044 0.115 0.172 0.160 0.225 0.109 0.073 0.044 0.017 48 T 0.036 0.077 0.323 0.261 0.126 0.081 0.046 0.024 0.014 0.008 0.004 49 N 0.043 0.044 0.035 0.082 0.095 0.152 0.253 0.132 0.084 0.051 0.030 50 S 0.043 0.028 0.015 0.032 0.037 0.046 0.109 0.139 0.199 0.174 0.177 51 P 0.175 0.219 0.121 0.189 0.130 0.061 0.051 0.026 0.015 0.008 0.005 52 I 0.185 0.127 0.108 0.158 0.121 0.087 0.094 0.052 0.034 0.021 0.013 53 E 0.480 0.192 0.056 0.109 0.061 0.033 0.034 0.018 0.009 0.004 0.002 54 A 0.199 0.178 0.064 0.135 0.097 0.085 0.102 0.064 0.040 0.024 0.013 55 R 0.164 0.152 0.087 0.178 0.145 0.091 0.082 0.051 0.027 0.015 0.009