# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.078 0.013 0.002 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.014 0.075 0.543 2 S 0.073 0.081 0.012 0.003 0.013 0.015 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.017 0.060 0.424 3 G 0.071 0.032 0.012 0.001 0.003 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.017 0.054 0.528 4 W 0.060 0.026 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.010 0.096 0.506 5 Y 0.031 0.016 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.677 0.006 0.047 0.203 6 E 0.026 0.021 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 0.010 0.579 0.004 0.063 0.245 7 L 0.015 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.061 0.090 0.028 0.492 0.004 0.033 0.239 8 S 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.160 0.459 0.126 0.020 0.105 0.002 0.018 0.071 9 K 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.057 0.006 0.150 0.035 0.006 0.003 0.127 0.005 0.054 0.510 10 S 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.559 0.075 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.032 0.003 0.057 0.155 11 S 0.050 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.025 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.007 0.114 0.505 12 N 0.035 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.014 0.313 0.556 13 D 0.229 0.010 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.172 0.132 0.410 14 Q 0.166 0.009 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.027 0.404 0.315 15 F 0.020 0.001 0.017 0.001 0.146 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.003 0.074 0.520 16 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.166 0.379 0.092 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.001 0.022 0.079 17 F 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.038 0.075 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.688 0.001 0.028 0.121 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.008 0.878 0.001 0.017 0.069 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.080 0.063 0.015 0.732 0.001 0.018 0.062 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.003 0.106 0.031 0.003 0.003 0.625 0.001 0.040 0.162 21 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.136 0.026 0.002 0.010 0.002 0.001 0.002 0.576 0.001 0.039 0.162 22 G 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.215 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.325 0.002 0.114 0.316 23 N 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.003 0.239 0.580 24 G 0.174 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.075 0.131 0.477 25 E 0.216 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.021 0.334 0.170 26 V 0.021 0.003 0.012 0.001 0.021 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.433 0.003 0.099 0.399 27 I 0.004 0.004 0.001 0.003 0.205 0.153 0.066 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.440 0.001 0.014 0.084 28 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.009 0.021 0.079 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.727 0.002 0.027 0.100 29 T 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.786 0.002 0.027 0.159 30 S 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.548 0.003 0.083 0.334 31 E 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.157 0.005 0.210 0.587 32 L 0.086 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.172 0.011 0.243 0.457 33 Y 0.157 0.098 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.176 0.021 0.167 0.360 34 T 0.069 0.203 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.017 0.158 0.492 35 G 0.064 0.166 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.030 0.102 0.593 36 K 0.099 0.107 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.141 0.606 37 S 0.043 0.155 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.188 0.586 38 G 0.106 0.303 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.206 0.338 39 A 0.058 0.662 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.118 0.133 40 M 0.064 0.784 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.012 0.015 0.093 41 N 0.119 0.727 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.036 0.004 0.098 42 G 0.499 0.257 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.076 0.010 0.118 43 I 0.113 0.313 0.258 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.015 0.048 0.198 44 E 0.033 0.315 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.007 0.054 0.354 45 S 0.088 0.342 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.011 0.089 0.366 46 V 0.112 0.492 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.014 0.025 0.154 47 Q 0.047 0.580 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.011 0.090 0.147 48 T 0.115 0.359 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.049 0.046 0.286 49 N 0.326 0.176 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.061 0.033 0.286 50 S 0.137 0.071 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.018 0.240 0.434 51 P 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.956 52 I 0.082 0.062 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.013 0.169 0.595 53 E 0.161 0.152 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.013 0.158 0.472 54 A 0.264 0.272 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.024 0.053 0.345 55 R 0.308 0.293 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.021 0.039 0.277