# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.017 0.003 0.034 0.011 0.029 0.014 0.003 0.001 0.002 0.836 2 S 0.030 0.015 0.008 0.050 0.058 0.111 0.033 0.003 0.001 0.003 0.689 3 G 0.047 0.007 0.004 0.054 0.118 0.208 0.055 0.002 0.001 0.010 0.495 4 W 0.084 0.012 0.021 0.082 0.089 0.198 0.073 0.001 0.001 0.006 0.434 5 Y 0.015 0.007 0.002 0.087 0.394 0.350 0.050 0.001 0.001 0.002 0.092 6 E 0.022 0.007 0.001 0.067 0.303 0.360 0.041 0.001 0.001 0.005 0.193 7 L 0.033 0.007 0.001 0.065 0.352 0.414 0.009 0.001 0.001 0.001 0.119 8 S 0.006 0.005 0.001 0.025 0.403 0.447 0.015 0.001 0.001 0.001 0.099 9 K 0.010 0.006 0.001 0.024 0.240 0.350 0.033 0.001 0.001 0.003 0.334 10 S 0.010 0.007 0.001 0.015 0.294 0.422 0.101 0.001 0.001 0.004 0.147 11 S 0.079 0.009 0.005 0.015 0.061 0.135 0.150 0.002 0.001 0.035 0.510 12 N 0.027 0.010 0.002 0.007 0.042 0.048 0.331 0.002 0.001 0.021 0.511 13 D 0.243 0.002 0.014 0.006 0.025 0.030 0.123 0.001 0.001 0.171 0.386 14 Q 0.245 0.003 0.029 0.010 0.020 0.023 0.375 0.001 0.001 0.036 0.258 15 F 0.008 0.003 0.010 0.023 0.235 0.342 0.146 0.001 0.001 0.010 0.223 16 K 0.002 0.001 0.001 0.013 0.309 0.608 0.019 0.001 0.001 0.003 0.045 17 F 0.003 0.002 0.001 0.022 0.384 0.523 0.008 0.001 0.001 0.001 0.058 18 V 0.003 0.002 0.001 0.017 0.351 0.549 0.006 0.001 0.001 0.001 0.072 19 L 0.002 0.003 0.001 0.019 0.513 0.424 0.005 0.001 0.001 0.001 0.034 20 K 0.003 0.003 0.001 0.017 0.303 0.590 0.011 0.001 0.001 0.001 0.073 21 A 0.006 0.008 0.001 0.026 0.330 0.562 0.014 0.001 0.001 0.001 0.053 22 G 0.009 0.022 0.001 0.021 0.172 0.376 0.123 0.002 0.001 0.005 0.269 23 N 0.061 0.018 0.002 0.020 0.066 0.155 0.119 0.007 0.001 0.027 0.525 24 G 0.310 0.012 0.013 0.020 0.029 0.024 0.043 0.003 0.001 0.043 0.503 25 E 0.234 0.005 0.113 0.032 0.034 0.025 0.336 0.001 0.001 0.031 0.188 26 V 0.012 0.007 0.015 0.144 0.084 0.121 0.254 0.001 0.001 0.013 0.349 27 I 0.005 0.005 0.002 0.186 0.171 0.511 0.026 0.001 0.001 0.005 0.089 28 L 0.006 0.015 0.002 0.252 0.167 0.344 0.055 0.001 0.001 0.003 0.156 29 T 0.008 0.012 0.001 0.159 0.137 0.375 0.073 0.001 0.001 0.002 0.232 30 S 0.013 0.013 0.001 0.109 0.148 0.227 0.095 0.001 0.001 0.004 0.389 31 E 0.020 0.017 0.002 0.054 0.045 0.060 0.138 0.001 0.001 0.008 0.656 32 L 0.053 0.022 0.002 0.041 0.032 0.073 0.354 0.002 0.001 0.007 0.413 33 Y 0.206 0.099 0.003 0.043 0.048 0.108 0.187 0.003 0.001 0.014 0.290 34 T 0.094 0.218 0.010 0.021 0.032 0.056 0.088 0.004 0.001 0.006 0.470 35 G 0.069 0.230 0.018 0.016 0.019 0.042 0.079 0.008 0.001 0.007 0.512 36 K 0.147 0.188 0.016 0.013 0.013 0.022 0.093 0.005 0.001 0.007 0.497 37 S 0.031 0.210 0.006 0.005 0.006 0.008 0.138 0.003 0.001 0.003 0.590 38 G 0.143 0.260 0.018 0.013 0.014 0.022 0.205 0.008 0.001 0.008 0.309 39 A 0.113 0.618 0.006 0.007 0.005 0.018 0.034 0.005 0.001 0.002 0.191 40 M 0.043 0.693 0.003 0.007 0.007 0.014 0.056 0.006 0.001 0.001 0.170 41 N 0.096 0.671 0.005 0.003 0.003 0.004 0.025 0.010 0.001 0.002 0.179 42 G 0.143 0.735 0.007 0.004 0.003 0.007 0.010 0.014 0.001 0.002 0.076 43 I 0.054 0.754 0.032 0.008 0.008 0.015 0.013 0.008 0.001 0.001 0.108 44 E 0.021 0.654 0.018 0.012 0.023 0.032 0.034 0.004 0.001 0.001 0.201 45 S 0.040 0.649 0.007 0.007 0.009 0.011 0.047 0.010 0.001 0.002 0.216 46 V 0.131 0.694 0.001 0.008 0.010 0.012 0.010 0.006 0.001 0.001 0.128 47 Q 0.049 0.765 0.006 0.011 0.014 0.020 0.030 0.009 0.001 0.002 0.094 48 T 0.085 0.655 0.021 0.013 0.016 0.022 0.026 0.009 0.001 0.002 0.152 49 N 0.166 0.475 0.020 0.017 0.019 0.028 0.030 0.038 0.001 0.008 0.199 50 S 0.223 0.164 0.085 0.011 0.009 0.011 0.054 0.012 0.001 0.005 0.426 51 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.993 52 I 0.026 0.023 0.003 0.010 0.012 0.034 0.123 0.002 0.001 0.006 0.760 53 E 0.218 0.137 0.003 0.009 0.007 0.012 0.090 0.004 0.001 0.005 0.514 54 A 0.293 0.229 0.007 0.011 0.011 0.019 0.071 0.006 0.001 0.003 0.350 55 R 0.289 0.262 0.008 0.015 0.016 0.027 0.061 0.010 0.001 0.006 0.306