# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.016 0.016 0.012 0.023 0.037 0.005 0.862 2 S 0.050 0.021 0.031 0.035 0.075 0.085 0.009 0.695 3 G 0.160 0.021 0.041 0.061 0.089 0.073 0.017 0.537 4 W 0.110 0.042 0.045 0.103 0.145 0.083 0.010 0.462 5 Y 0.041 0.032 0.056 0.266 0.314 0.050 0.005 0.237 6 E 0.030 0.044 0.037 0.265 0.359 0.038 0.005 0.221 7 L 0.033 0.044 0.047 0.262 0.390 0.020 0.005 0.200 8 S 0.014 0.029 0.030 0.304 0.494 0.014 0.004 0.110 9 K 0.024 0.035 0.020 0.232 0.265 0.026 0.010 0.389 10 S 0.027 0.027 0.025 0.194 0.261 0.149 0.015 0.302 11 S 0.073 0.021 0.025 0.085 0.128 0.146 0.028 0.494 12 N 0.045 0.015 0.009 0.018 0.039 0.315 0.026 0.534 13 D 0.242 0.007 0.016 0.029 0.040 0.214 0.068 0.383 14 Q 0.250 0.012 0.038 0.063 0.068 0.253 0.025 0.291 15 F 0.027 0.005 0.040 0.268 0.252 0.131 0.005 0.273 16 K 0.002 0.001 0.028 0.285 0.626 0.010 0.001 0.047 17 F 0.003 0.002 0.027 0.375 0.523 0.011 0.001 0.058 18 V 0.001 0.002 0.034 0.316 0.603 0.005 0.001 0.038 19 L 0.001 0.003 0.024 0.474 0.470 0.003 0.001 0.025 20 K 0.002 0.005 0.024 0.373 0.516 0.008 0.002 0.070 21 A 0.005 0.009 0.039 0.272 0.583 0.017 0.003 0.073 22 G 0.023 0.021 0.024 0.264 0.292 0.133 0.017 0.226 23 N 0.091 0.013 0.017 0.056 0.117 0.132 0.040 0.535 24 G 0.192 0.019 0.053 0.043 0.139 0.111 0.058 0.385 25 E 0.239 0.005 0.076 0.074 0.065 0.390 0.018 0.132 26 V 0.010 0.003 0.061 0.047 0.078 0.135 0.002 0.665 27 I 0.003 0.001 0.137 0.291 0.493 0.012 0.001 0.063 28 L 0.008 0.004 0.202 0.120 0.255 0.064 0.002 0.346 29 T 0.007 0.006 0.204 0.194 0.294 0.068 0.003 0.224 30 S 0.011 0.009 0.110 0.111 0.324 0.047 0.004 0.384 31 E 0.023 0.014 0.064 0.065 0.102 0.120 0.008 0.605 32 L 0.061 0.020 0.040 0.047 0.082 0.282 0.018 0.451 33 Y 0.167 0.092 0.061 0.047 0.111 0.155 0.015 0.352 34 T 0.096 0.155 0.025 0.024 0.043 0.128 0.012 0.517 35 G 0.098 0.114 0.026 0.012 0.046 0.076 0.017 0.611 36 K 0.105 0.142 0.023 0.010 0.031 0.098 0.017 0.574 37 S 0.045 0.118 0.011 0.008 0.011 0.346 0.011 0.450 38 G 0.108 0.269 0.017 0.007 0.011 0.235 0.011 0.343 39 A 0.131 0.627 0.016 0.006 0.013 0.044 0.006 0.157 40 M 0.048 0.728 0.012 0.005 0.011 0.041 0.007 0.148 41 N 0.094 0.664 0.008 0.004 0.007 0.033 0.025 0.165 42 G 0.238 0.542 0.015 0.005 0.009 0.023 0.036 0.131 43 I 0.071 0.572 0.099 0.018 0.021 0.049 0.013 0.156 44 E 0.025 0.500 0.068 0.026 0.028 0.105 0.010 0.239 45 S 0.048 0.581 0.022 0.011 0.020 0.051 0.012 0.256 46 V 0.057 0.722 0.051 0.014 0.030 0.018 0.006 0.101 47 Q 0.042 0.531 0.084 0.026 0.022 0.059 0.013 0.223 48 T 0.106 0.422 0.055 0.026 0.036 0.045 0.050 0.260 49 N 0.243 0.308 0.037 0.013 0.025 0.041 0.080 0.252 50 S 0.200 0.144 0.098 0.027 0.027 0.097 0.028 0.380 51 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 52 I 0.027 0.021 0.025 0.022 0.058 0.157 0.006 0.685 53 E 0.169 0.066 0.016 0.012 0.022 0.095 0.011 0.610 54 A 0.239 0.152 0.028 0.017 0.033 0.086 0.014 0.431 55 R 0.253 0.142 0.026 0.017 0.027 0.090 0.019 0.427