# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.144 0.166 0.140 0.127 0.040 0.110 0.073 0.039 0.054 0.001 2 S 0.108 0.239 0.397 0.098 0.077 0.018 0.031 0.008 0.014 0.008 0.002 3 G 0.076 0.131 0.185 0.052 0.204 0.036 0.063 0.135 0.008 0.109 0.001 4 W 0.128 0.584 0.160 0.041 0.059 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 5 Y 0.068 0.635 0.131 0.022 0.109 0.016 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 6 E 0.041 0.577 0.240 0.010 0.061 0.043 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 7 L 0.057 0.478 0.351 0.013 0.023 0.057 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 8 S 0.084 0.509 0.246 0.025 0.055 0.030 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 9 K 0.165 0.369 0.237 0.061 0.098 0.028 0.011 0.002 0.026 0.002 0.001 10 S 0.143 0.238 0.355 0.069 0.076 0.045 0.027 0.003 0.036 0.007 0.001 11 S 0.569 0.091 0.140 0.113 0.022 0.019 0.015 0.002 0.017 0.007 0.003 12 N 0.202 0.039 0.086 0.411 0.026 0.020 0.181 0.016 0.007 0.012 0.001 13 D 0.075 0.034 0.068 0.150 0.034 0.020 0.330 0.253 0.012 0.023 0.001 14 Q 0.042 0.403 0.420 0.052 0.036 0.012 0.015 0.003 0.015 0.001 0.001 15 F 0.019 0.454 0.407 0.024 0.039 0.030 0.008 0.001 0.016 0.001 0.002 16 K 0.007 0.837 0.096 0.007 0.039 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 F 0.005 0.792 0.076 0.005 0.103 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 18 V 0.003 0.871 0.078 0.001 0.017 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 19 L 0.006 0.648 0.241 0.002 0.033 0.056 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 20 K 0.013 0.659 0.193 0.007 0.031 0.068 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 21 A 0.032 0.589 0.221 0.027 0.080 0.020 0.011 0.001 0.017 0.002 0.001 22 G 0.109 0.230 0.111 0.074 0.173 0.039 0.075 0.028 0.050 0.109 0.002 23 N 0.080 0.047 0.184 0.279 0.064 0.014 0.281 0.015 0.008 0.027 0.002 24 G 0.014 0.008 0.014 0.019 0.044 0.003 0.077 0.700 0.002 0.119 0.001 25 E 0.036 0.496 0.383 0.015 0.046 0.011 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 26 V 0.026 0.529 0.363 0.009 0.014 0.049 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 27 I 0.037 0.746 0.129 0.009 0.042 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 28 L 0.049 0.449 0.266 0.023 0.111 0.057 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 29 T 0.101 0.431 0.235 0.059 0.092 0.032 0.011 0.001 0.036 0.002 0.001 30 S 0.174 0.284 0.195 0.055 0.207 0.027 0.016 0.006 0.028 0.009 0.001 31 E 0.442 0.196 0.178 0.064 0.060 0.023 0.012 0.002 0.020 0.002 0.002 32 L 0.505 0.159 0.166 0.088 0.031 0.026 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 33 Y 0.326 0.225 0.158 0.136 0.058 0.038 0.012 0.002 0.041 0.002 0.001 34 T 0.351 0.140 0.244 0.133 0.043 0.023 0.038 0.003 0.021 0.003 0.001 35 G 0.272 0.030 0.103 0.077 0.097 0.029 0.073 0.130 0.009 0.181 0.001 36 K 0.744 0.054 0.095 0.069 0.013 0.012 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 37 S 0.738 0.032 0.081 0.098 0.018 0.010 0.013 0.002 0.007 0.002 0.001 38 G 0.731 0.018 0.031 0.065 0.042 0.009 0.037 0.034 0.004 0.028 0.001 39 A 0.839 0.034 0.039 0.062 0.012 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 40 M 0.836 0.041 0.041 0.057 0.006 0.006 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 41 N 0.670 0.019 0.048 0.158 0.028 0.008 0.053 0.005 0.006 0.005 0.001 42 G 0.635 0.053 0.065 0.079 0.072 0.014 0.031 0.024 0.016 0.010 0.001 43 I 0.687 0.090 0.167 0.032 0.006 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 44 E 0.795 0.083 0.039 0.041 0.024 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 45 S 0.587 0.128 0.065 0.081 0.091 0.015 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 46 V 0.634 0.169 0.102 0.048 0.019 0.012 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 47 Q 0.417 0.246 0.156 0.081 0.028 0.036 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 48 T 0.410 0.119 0.232 0.139 0.027 0.025 0.027 0.001 0.020 0.001 0.001 49 N 0.129 0.046 0.101 0.324 0.057 0.044 0.152 0.099 0.013 0.034 0.001 50 S 0.049 0.145 0.498 0.017 0.070 0.015 0.018 0.003 0.164 0.021 0.001 51 P 0.329 0.006 0.587 0.018 0.002 0.021 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 52 I 0.580 0.062 0.216 0.089 0.012 0.024 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 53 E 0.607 0.057 0.154 0.108 0.025 0.022 0.010 0.002 0.011 0.002 0.001 54 A 0.404 0.084 0.133 0.269 0.032 0.024 0.028 0.003 0.019 0.002 0.001 55 R 0.300 0.178 0.231 0.146 0.037 0.031 0.037 0.005 0.031 0.003 0.001