# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.133 0.099 0.061 0.035 0.166 0.025 0.034 0.101 0.068 0.182 0.097 2 S 0.107 0.200 0.088 0.045 0.193 0.041 0.054 0.111 0.058 0.060 0.043 3 G 0.062 0.171 0.123 0.059 0.122 0.045 0.059 0.144 0.075 0.095 0.045 4 W 0.200 0.147 0.027 0.007 0.307 0.008 0.029 0.095 0.062 0.074 0.045 5 Y 0.174 0.182 0.022 0.004 0.508 0.009 0.014 0.042 0.017 0.012 0.016 6 E 0.236 0.122 0.015 0.003 0.492 0.006 0.011 0.051 0.016 0.013 0.035 7 L 0.315 0.084 0.011 0.002 0.350 0.007 0.018 0.078 0.030 0.040 0.064 8 S 0.119 0.229 0.070 0.017 0.297 0.021 0.028 0.095 0.029 0.041 0.056 9 K 0.136 0.139 0.038 0.016 0.196 0.021 0.042 0.180 0.065 0.104 0.063 10 S 0.073 0.138 0.244 0.035 0.106 0.019 0.045 0.163 0.068 0.071 0.038 11 S 0.035 0.038 0.060 0.078 0.034 0.092 0.082 0.327 0.136 0.091 0.026 12 N 0.014 0.434 0.150 0.108 0.039 0.058 0.090 0.055 0.022 0.022 0.007 13 D 0.026 0.014 0.023 0.072 0.016 0.026 0.012 0.029 0.048 0.523 0.211 14 Q 0.098 0.368 0.076 0.009 0.263 0.007 0.015 0.039 0.024 0.058 0.044 15 F 0.302 0.104 0.011 0.003 0.520 0.005 0.013 0.009 0.005 0.007 0.021 16 K 0.211 0.206 0.023 0.010 0.454 0.018 0.020 0.011 0.005 0.009 0.032 17 F 0.285 0.054 0.005 0.001 0.639 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 18 V 0.319 0.040 0.003 0.001 0.616 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.015 19 L 0.227 0.143 0.011 0.001 0.570 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.035 20 K 0.279 0.104 0.015 0.007 0.373 0.014 0.014 0.009 0.005 0.025 0.156 21 A 0.147 0.203 0.213 0.066 0.141 0.034 0.031 0.029 0.015 0.054 0.067 22 G 0.016 0.022 0.061 0.479 0.018 0.189 0.060 0.058 0.033 0.047 0.017 23 N 0.024 0.310 0.193 0.186 0.069 0.042 0.084 0.035 0.025 0.025 0.006 24 G 0.017 0.016 0.026 0.090 0.015 0.043 0.022 0.040 0.095 0.487 0.150 25 E 0.080 0.470 0.059 0.006 0.244 0.007 0.020 0.032 0.028 0.031 0.023 26 V 0.348 0.048 0.003 0.001 0.579 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.007 27 I 0.257 0.095 0.015 0.005 0.539 0.009 0.008 0.016 0.006 0.009 0.042 28 L 0.292 0.083 0.021 0.010 0.386 0.018 0.016 0.034 0.010 0.029 0.102 29 T 0.201 0.148 0.059 0.031 0.259 0.028 0.027 0.047 0.023 0.089 0.088 30 S 0.087 0.307 0.159 0.023 0.200 0.011 0.014 0.079 0.049 0.039 0.032 31 E 0.041 0.067 0.017 0.006 0.074 0.011 0.038 0.344 0.348 0.037 0.018 32 L 0.068 0.084 0.021 0.005 0.104 0.012 0.075 0.320 0.147 0.134 0.030 33 Y 0.112 0.161 0.049 0.011 0.171 0.014 0.036 0.220 0.065 0.106 0.054 34 T 0.059 0.105 0.054 0.047 0.083 0.055 0.082 0.281 0.082 0.105 0.048 35 G 0.067 0.150 0.172 0.047 0.113 0.021 0.026 0.212 0.067 0.090 0.035 36 K 0.030 0.041 0.020 0.009 0.042 0.012 0.029 0.475 0.253 0.067 0.021 37 S 0.022 0.077 0.028 0.013 0.042 0.020 0.060 0.512 0.138 0.070 0.017 38 G 0.047 0.067 0.037 0.015 0.060 0.014 0.036 0.426 0.127 0.126 0.044 39 A 0.070 0.048 0.015 0.004 0.075 0.008 0.024 0.502 0.124 0.101 0.028 40 M 0.034 0.056 0.025 0.033 0.046 0.034 0.075 0.536 0.094 0.045 0.022 41 N 0.029 0.057 0.053 0.061 0.039 0.052 0.072 0.384 0.112 0.110 0.033 42 G 0.071 0.095 0.026 0.007 0.103 0.005 0.014 0.332 0.074 0.211 0.063 43 I 0.105 0.052 0.013 0.005 0.105 0.006 0.027 0.478 0.141 0.030 0.039 44 E 0.027 0.043 0.014 0.016 0.043 0.045 0.085 0.582 0.108 0.024 0.013 45 S 0.139 0.096 0.010 0.002 0.187 0.004 0.010 0.432 0.037 0.071 0.012 46 V 0.086 0.060 0.014 0.003 0.140 0.005 0.027 0.520 0.094 0.033 0.020 47 Q 0.085 0.032 0.017 0.014 0.097 0.032 0.059 0.473 0.112 0.043 0.036 48 T 0.035 0.289 0.054 0.027 0.085 0.041 0.137 0.199 0.060 0.051 0.022 49 N 0.049 0.029 0.043 0.060 0.041 0.020 0.023 0.047 0.037 0.472 0.182 50 S 0.038 0.454 0.194 0.020 0.130 0.013 0.015 0.050 0.029 0.038 0.017 51 P 0.104 0.301 0.107 0.019 0.221 0.011 0.028 0.093 0.056 0.033 0.027 52 I 0.068 0.104 0.042 0.012 0.106 0.019 0.048 0.260 0.239 0.071 0.031 53 E 0.050 0.120 0.048 0.016 0.106 0.026 0.061 0.289 0.158 0.093 0.033 54 A 0.095 0.082 0.043 0.015 0.114 0.017 0.052 0.233 0.135 0.160 0.054 55 R 0.071 0.170 0.084 0.025 0.144 0.025 0.048 0.174 0.098 0.118 0.044