# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8112 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.146 0.082 0.107 0.140 0.164 0.141 0.090 0.059 0.036 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 2 S 0.084 0.059 0.075 0.112 0.160 0.161 0.132 0.093 0.056 0.033 0.019 0.010 0.004 0.002 3 G 0.147 0.106 0.099 0.114 0.114 0.108 0.102 0.080 0.056 0.035 0.021 0.010 0.005 0.002 4 W 0.073 0.048 0.056 0.103 0.140 0.130 0.115 0.119 0.087 0.052 0.039 0.023 0.010 0.005 5 Y 0.030 0.020 0.026 0.031 0.055 0.082 0.122 0.135 0.127 0.143 0.116 0.073 0.030 0.010 6 E 0.050 0.047 0.076 0.142 0.167 0.134 0.109 0.124 0.069 0.044 0.022 0.009 0.004 0.002 7 L 0.026 0.022 0.037 0.060 0.094 0.119 0.124 0.149 0.130 0.128 0.067 0.027 0.012 0.005 8 S 0.101 0.104 0.126 0.184 0.150 0.137 0.095 0.054 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 9 K 0.279 0.187 0.155 0.132 0.089 0.063 0.053 0.018 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 10 S 0.466 0.193 0.116 0.092 0.066 0.031 0.022 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 S 0.579 0.200 0.096 0.066 0.033 0.013 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.455 0.187 0.133 0.117 0.056 0.026 0.017 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.513 0.184 0.122 0.086 0.044 0.025 0.017 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.118 0.138 0.157 0.161 0.141 0.122 0.094 0.035 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 15 F 0.008 0.009 0.024 0.046 0.105 0.163 0.178 0.183 0.118 0.078 0.046 0.025 0.011 0.004 16 K 0.012 0.017 0.027 0.060 0.124 0.125 0.122 0.161 0.115 0.094 0.069 0.043 0.020 0.011 17 F 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.014 0.026 0.053 0.108 0.204 0.234 0.199 0.111 0.035 18 V 0.010 0.010 0.016 0.038 0.070 0.068 0.087 0.150 0.171 0.130 0.116 0.075 0.039 0.020 19 L 0.005 0.004 0.005 0.006 0.012 0.021 0.042 0.064 0.121 0.207 0.226 0.155 0.090 0.043 20 K 0.022 0.026 0.041 0.086 0.134 0.136 0.138 0.160 0.108 0.064 0.044 0.023 0.010 0.008 21 A 0.016 0.019 0.028 0.048 0.085 0.099 0.127 0.139 0.129 0.142 0.092 0.047 0.020 0.011 22 G 0.069 0.108 0.123 0.160 0.136 0.122 0.095 0.076 0.053 0.031 0.016 0.008 0.002 0.002 23 N 0.071 0.076 0.109 0.140 0.160 0.133 0.104 0.077 0.057 0.038 0.018 0.010 0.004 0.002 24 G 0.062 0.075 0.107 0.153 0.168 0.149 0.104 0.078 0.054 0.028 0.013 0.005 0.002 0.002 25 E 0.088 0.074 0.092 0.106 0.134 0.136 0.114 0.095 0.075 0.042 0.022 0.011 0.007 0.004 26 V 0.041 0.026 0.036 0.056 0.085 0.122 0.148 0.139 0.121 0.095 0.071 0.036 0.016 0.008 27 I 0.033 0.019 0.021 0.030 0.052 0.071 0.096 0.115 0.130 0.140 0.134 0.097 0.039 0.024 28 L 0.022 0.016 0.018 0.020 0.034 0.051 0.073 0.099 0.134 0.164 0.159 0.117 0.063 0.032 29 T 0.032 0.026 0.032 0.045 0.065 0.081 0.103 0.122 0.131 0.128 0.106 0.071 0.039 0.021 30 S 0.035 0.028 0.034 0.049 0.077 0.092 0.113 0.130 0.133 0.124 0.087 0.052 0.027 0.018 31 E 0.051 0.051 0.069 0.106 0.132 0.134 0.112 0.113 0.089 0.066 0.040 0.021 0.010 0.006 32 L 0.044 0.045 0.071 0.109 0.135 0.152 0.125 0.118 0.085 0.058 0.032 0.015 0.007 0.003 33 Y 0.045 0.053 0.086 0.126 0.167 0.164 0.135 0.102 0.061 0.035 0.016 0.007 0.003 0.001 34 T 0.168 0.158 0.179 0.169 0.125 0.086 0.054 0.028 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 35 G 0.273 0.174 0.149 0.130 0.106 0.074 0.050 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 K 0.329 0.193 0.145 0.117 0.095 0.057 0.034 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 37 S 0.431 0.191 0.126 0.094 0.072 0.039 0.021 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.236 0.181 0.146 0.166 0.114 0.071 0.040 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 39 A 0.079 0.053 0.092 0.129 0.178 0.176 0.133 0.079 0.042 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 40 M 0.141 0.145 0.132 0.156 0.139 0.115 0.070 0.046 0.028 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 41 N 0.115 0.115 0.107 0.123 0.121 0.115 0.090 0.077 0.064 0.033 0.020 0.010 0.006 0.002 42 G 0.029 0.026 0.038 0.075 0.114 0.148 0.165 0.148 0.102 0.066 0.045 0.028 0.011 0.005 43 I 0.020 0.021 0.027 0.034 0.069 0.089 0.128 0.134 0.135 0.130 0.100 0.065 0.036 0.013 44 E 0.099 0.069 0.082 0.113 0.123 0.111 0.105 0.102 0.089 0.049 0.031 0.017 0.008 0.003 45 S 0.033 0.027 0.044 0.091 0.122 0.124 0.120 0.128 0.116 0.080 0.058 0.034 0.015 0.008 46 V 0.019 0.021 0.030 0.046 0.082 0.126 0.170 0.165 0.127 0.099 0.062 0.031 0.014 0.007 47 Q 0.104 0.128 0.144 0.155 0.139 0.111 0.083 0.056 0.039 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 48 T 0.174 0.169 0.147 0.135 0.118 0.082 0.067 0.043 0.035 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 49 N 0.102 0.095 0.119 0.154 0.179 0.135 0.091 0.060 0.036 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 50 S 0.144 0.128 0.146 0.168 0.159 0.112 0.066 0.037 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 51 P 0.280 0.179 0.154 0.124 0.100 0.067 0.051 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 I 0.274 0.163 0.151 0.147 0.125 0.068 0.036 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 53 E 0.462 0.226 0.118 0.080 0.055 0.028 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.365 0.194 0.150 0.107 0.079 0.050 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.450 0.210 0.117 0.089 0.065 0.032 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001