# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.012 0.100 0.088 0.089 0.004 0.061 0.034 0.007 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.043 0.014 0.223 0.068 0.070 0.164 0.001 2 S 0.012 0.019 0.059 0.066 0.201 0.007 0.138 0.038 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.014 0.198 0.053 0.044 0.115 0.001 3 G 0.020 0.050 0.080 0.153 0.104 0.011 0.207 0.035 0.004 0.003 0.002 0.002 0.006 0.003 0.023 0.017 0.071 0.063 0.044 0.100 0.002 4 W 0.064 0.108 0.049 0.076 0.310 0.003 0.080 0.039 0.002 0.001 0.007 0.006 0.014 0.004 0.018 0.025 0.058 0.044 0.042 0.044 0.006 5 Y 0.172 0.253 0.114 0.088 0.162 0.001 0.021 0.029 0.001 0.001 0.008 0.009 0.034 0.006 0.030 0.011 0.011 0.009 0.019 0.013 0.007 6 E 0.228 0.218 0.115 0.144 0.092 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.018 0.016 0.033 0.006 0.018 0.007 0.006 0.006 0.019 0.006 0.030 7 L 0.240 0.237 0.039 0.037 0.280 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.009 0.014 0.037 0.005 0.025 0.010 0.009 0.004 0.009 0.005 0.015 8 S 0.147 0.196 0.126 0.279 0.077 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.008 0.008 0.019 0.004 0.046 0.004 0.007 0.004 0.015 0.017 0.017 9 K 0.079 0.055 0.018 0.038 0.696 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.007 0.050 0.006 0.006 0.008 0.002 10 S 0.071 0.066 0.211 0.237 0.134 0.002 0.055 0.020 0.003 0.002 0.002 0.003 0.006 0.002 0.048 0.004 0.028 0.013 0.046 0.041 0.002 11 S 0.021 0.010 0.047 0.062 0.261 0.001 0.024 0.005 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.413 0.036 0.017 0.057 0.001 12 N 0.003 0.006 0.025 0.037 0.174 0.003 0.483 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.066 0.022 0.025 0.132 0.001 13 D 0.010 0.026 0.082 0.086 0.203 0.002 0.152 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.033 0.321 0.019 0.047 0.001 14 Q 0.060 0.117 0.236 0.219 0.216 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.010 0.009 0.029 0.015 0.021 0.037 0.003 15 F 0.126 0.339 0.020 0.037 0.422 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.001 0.004 0.004 0.003 0.002 0.006 0.004 0.005 16 K 0.276 0.511 0.052 0.053 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.017 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 17 F 0.396 0.457 0.012 0.022 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 18 V 0.447 0.444 0.016 0.008 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 19 L 0.368 0.547 0.014 0.036 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 20 K 0.329 0.495 0.017 0.039 0.077 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 21 A 0.276 0.384 0.082 0.141 0.039 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.003 0.015 0.001 0.010 0.001 0.004 0.004 0.004 22 G 0.149 0.118 0.070 0.076 0.182 0.003 0.075 0.007 0.019 0.024 0.004 0.003 0.007 0.005 0.021 0.017 0.157 0.020 0.007 0.031 0.003 23 N 0.014 0.024 0.031 0.039 0.100 0.002 0.345 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.033 0.019 0.063 0.019 0.038 0.250 0.003 24 G 0.022 0.036 0.047 0.023 0.251 0.002 0.131 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.004 0.013 0.025 0.049 0.305 0.027 0.038 0.003 25 E 0.088 0.097 0.395 0.126 0.060 0.003 0.011 0.012 0.001 0.001 0.007 0.006 0.020 0.013 0.047 0.021 0.028 0.009 0.021 0.024 0.011 26 V 0.124 0.166 0.026 0.025 0.385 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.022 0.028 0.056 0.025 0.020 0.020 0.013 0.005 0.026 0.005 0.037 27 I 0.145 0.258 0.112 0.092 0.046 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.016 0.025 0.058 0.039 0.134 0.014 0.013 0.004 0.005 0.006 0.008 28 L 0.146 0.240 0.041 0.140 0.116 0.002 0.009 0.020 0.001 0.001 0.038 0.021 0.065 0.038 0.037 0.021 0.020 0.006 0.008 0.010 0.021 29 T 0.120 0.201 0.043 0.062 0.134 0.002 0.021 0.023 0.003 0.001 0.020 0.027 0.054 0.043 0.129 0.040 0.024 0.012 0.014 0.014 0.013 30 S 0.129 0.177 0.096 0.144 0.083 0.002 0.034 0.032 0.005 0.001 0.014 0.012 0.028 0.017 0.065 0.018 0.045 0.012 0.031 0.045 0.009 31 E 0.058 0.059 0.083 0.062 0.180 0.006 0.053 0.058 0.005 0.001 0.006 0.005 0.007 0.007 0.036 0.032 0.191 0.059 0.034 0.056 0.004 32 L 0.016 0.034 0.042 0.040 0.071 0.025 0.236 0.139 0.005 0.002 0.003 0.003 0.006 0.006 0.052 0.026 0.137 0.049 0.045 0.059 0.002 33 Y 0.021 0.029 0.052 0.067 0.068 0.008 0.131 0.117 0.004 0.002 0.003 0.004 0.007 0.007 0.061 0.026 0.139 0.070 0.087 0.093 0.002 34 T 0.012 0.011 0.046 0.050 0.078 0.005 0.073 0.101 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.049 0.022 0.226 0.056 0.072 0.181 0.001 35 G 0.004 0.005 0.016 0.023 0.083 0.004 0.063 0.109 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.018 0.031 0.059 0.044 0.168 0.361 0.001 36 K 0.001 0.001 0.016 0.003 0.010 0.001 0.008 0.082 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.796 0.031 0.014 0.016 0.001 37 S 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.013 0.144 0.690 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.104 0.006 0.009 0.012 0.001 38 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.101 0.810 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.040 0.016 0.006 0.006 0.001 39 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.017 0.833 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.099 0.012 0.009 0.005 0.001 40 M 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.008 0.057 0.704 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.183 0.003 0.004 0.006 0.001 41 N 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.020 0.256 0.605 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.060 0.009 0.003 0.012 0.001 42 G 0.001 0.002 0.005 0.008 0.009 0.005 0.082 0.661 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.006 0.118 0.047 0.015 0.014 0.001 43 I 0.002 0.002 0.008 0.005 0.007 0.003 0.017 0.744 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.133 0.015 0.025 0.008 0.001 44 E 0.001 0.003 0.007 0.007 0.006 0.022 0.042 0.740 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.005 0.109 0.005 0.004 0.010 0.001 45 S 0.002 0.005 0.004 0.015 0.020 0.019 0.099 0.608 0.012 0.008 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.018 0.082 0.024 0.015 0.024 0.001 46 V 0.004 0.005 0.016 0.021 0.024 0.006 0.060 0.428 0.023 0.004 0.002 0.002 0.003 0.007 0.054 0.016 0.194 0.054 0.044 0.031 0.001 47 Q 0.006 0.005 0.029 0.027 0.026 0.025 0.181 0.225 0.052 0.011 0.002 0.002 0.003 0.008 0.041 0.023 0.200 0.038 0.043 0.053 0.001 48 T 0.004 0.004 0.014 0.034 0.053 0.048 0.248 0.045 0.019 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.046 0.022 0.269 0.037 0.048 0.096 0.001 49 N 0.002 0.002 0.013 0.015 0.052 0.004 0.232 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.020 0.124 0.213 0.169 0.097 0.001 50 S 0.001 0.001 0.030 0.026 0.010 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 0.031 0.056 0.216 0.581 0.001 51 P 0.001 0.001 0.006 0.006 0.105 0.002 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 0.065 0.046 0.143 0.561 0.001 52 I 0.001 0.001 0.069 0.025 0.021 0.006 0.053 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.012 0.415 0.099 0.083 0.135 0.001 53 E 0.002 0.003 0.030 0.030 0.051 0.029 0.312 0.075 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.017 0.108 0.048 0.122 0.140 0.001 54 A 0.004 0.007 0.032 0.042 0.095 0.008 0.173 0.047 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.027 0.040 0.121 0.087 0.180 0.119 0.002 55 R 0.010 0.013 0.070 0.071 0.107 0.005 0.068 0.051 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 0.004 0.057 0.029 0.123 0.091 0.114 0.166 0.002