# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.028 0.127 0.176 0.094 0.121 0.114 0.006 0.009 0.012 0.058 0.027 0.071 0.029 0.003 0.022 2 S 0.024 0.299 0.191 0.186 0.002 0.044 0.003 0.107 0.004 0.002 0.016 0.037 0.026 0.001 0.051 0.006 3 G 0.013 0.036 0.078 0.464 0.002 0.097 0.002 0.009 0.075 0.031 0.084 0.015 0.038 0.002 0.002 0.053 4 W 0.137 0.144 0.233 0.416 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.023 0.020 0.001 0.002 0.004 5 Y 0.006 0.005 0.224 0.718 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.013 0.001 0.001 0.004 6 E 0.004 0.014 0.128 0.809 0.008 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.020 0.014 0.917 0.007 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 8 S 0.002 0.042 0.023 0.588 0.021 0.280 0.002 0.010 0.002 0.003 0.011 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 9 K 0.010 0.132 0.027 0.388 0.025 0.189 0.004 0.025 0.006 0.007 0.147 0.013 0.017 0.001 0.001 0.006 10 S 0.016 0.148 0.044 0.115 0.065 0.252 0.013 0.029 0.010 0.009 0.112 0.147 0.025 0.007 0.006 0.005 11 S 0.010 0.063 0.046 0.024 0.059 0.072 0.063 0.055 0.006 0.006 0.365 0.047 0.066 0.073 0.031 0.015 12 N 0.014 0.102 0.048 0.031 0.002 0.054 0.012 0.109 0.031 0.008 0.074 0.097 0.050 0.007 0.323 0.036 13 D 0.091 0.110 0.091 0.047 0.001 0.010 0.007 0.004 0.123 0.014 0.017 0.024 0.033 0.002 0.017 0.412 14 Q 0.450 0.073 0.323 0.084 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.045 15 F 0.018 0.004 0.806 0.133 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 16 K 0.001 0.090 0.171 0.732 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.066 0.927 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.002 0.978 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.001 0.012 0.002 0.633 0.300 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.002 0.025 0.003 0.224 0.276 0.239 0.001 0.200 0.002 0.005 0.014 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 22 G 0.001 0.051 0.003 0.022 0.455 0.053 0.033 0.036 0.024 0.084 0.167 0.009 0.002 0.056 0.001 0.004 23 N 0.014 0.034 0.002 0.014 0.001 0.034 0.001 0.564 0.009 0.004 0.026 0.057 0.004 0.001 0.236 0.001 24 G 0.005 0.038 0.032 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.511 0.041 0.012 0.015 0.007 0.001 0.001 0.325 25 E 0.885 0.005 0.043 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 0.001 0.001 0.002 26 V 0.005 0.007 0.822 0.054 0.005 0.066 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.023 0.001 0.001 0.003 27 I 0.002 0.236 0.038 0.567 0.010 0.066 0.006 0.004 0.001 0.001 0.017 0.012 0.034 0.001 0.001 0.002 28 L 0.004 0.071 0.043 0.655 0.017 0.100 0.007 0.009 0.009 0.004 0.012 0.021 0.034 0.002 0.002 0.010 29 T 0.017 0.078 0.159 0.455 0.007 0.102 0.004 0.024 0.006 0.007 0.041 0.015 0.070 0.001 0.005 0.010 30 S 0.016 0.046 0.052 0.128 0.016 0.429 0.009 0.008 0.009 0.012 0.095 0.082 0.082 0.005 0.002 0.008 31 E 0.014 0.138 0.055 0.153 0.007 0.051 0.007 0.020 0.003 0.001 0.345 0.082 0.100 0.007 0.010 0.007 32 L 0.010 0.103 0.124 0.274 0.006 0.030 0.010 0.008 0.017 0.004 0.018 0.183 0.154 0.004 0.015 0.041 33 Y 0.033 0.021 0.185 0.160 0.057 0.065 0.113 0.004 0.006 0.006 0.026 0.019 0.219 0.029 0.005 0.051 34 T 0.022 0.128 0.181 0.281 0.006 0.051 0.010 0.076 0.003 0.003 0.032 0.024 0.130 0.003 0.034 0.017 35 G 0.010 0.023 0.034 0.104 0.014 0.384 0.006 0.010 0.026 0.067 0.063 0.050 0.179 0.002 0.002 0.026 36 K 0.045 0.049 0.026 0.042 0.059 0.048 0.034 0.009 0.003 0.002 0.432 0.055 0.139 0.051 0.002 0.005 37 S 0.005 0.055 0.044 0.082 0.002 0.029 0.004 0.097 0.005 0.002 0.044 0.332 0.160 0.003 0.133 0.005 38 G 0.004 0.012 0.020 0.031 0.004 0.053 0.008 0.002 0.029 0.022 0.032 0.057 0.593 0.003 0.005 0.123 39 A 0.059 0.007 0.010 0.009 0.012 0.034 0.029 0.003 0.001 0.001 0.140 0.058 0.608 0.019 0.003 0.006 40 M 0.005 0.045 0.059 0.014 0.009 0.017 0.056 0.030 0.003 0.001 0.036 0.171 0.340 0.109 0.096 0.010 41 N 0.005 0.016 0.035 0.048 0.001 0.007 0.004 0.033 0.017 0.008 0.012 0.020 0.424 0.003 0.226 0.141 42 G 0.061 0.010 0.066 0.026 0.001 0.027 0.004 0.001 0.013 0.010 0.016 0.021 0.525 0.003 0.003 0.213 43 I 0.062 0.003 0.033 0.009 0.001 0.196 0.011 0.001 0.001 0.001 0.053 0.044 0.579 0.004 0.001 0.002 44 E 0.001 0.249 0.032 0.044 0.001 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 0.075 0.121 0.448 0.002 0.006 0.004 45 S 0.003 0.009 0.012 0.129 0.002 0.027 0.009 0.001 0.008 0.001 0.006 0.062 0.671 0.013 0.003 0.045 46 V 0.004 0.008 0.353 0.026 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.542 0.002 0.008 0.008 47 Q 0.004 0.021 0.062 0.060 0.029 0.057 0.122 0.006 0.001 0.002 0.024 0.028 0.396 0.155 0.006 0.028 48 T 0.017 0.038 0.042 0.088 0.007 0.051 0.021 0.089 0.005 0.002 0.066 0.019 0.306 0.026 0.193 0.028 49 N 0.008 0.171 0.083 0.079 0.001 0.007 0.009 0.004 0.049 0.010 0.015 0.021 0.096 0.008 0.017 0.424 50 S 0.242 0.015 0.172 0.091 0.004 0.154 0.032 0.003 0.003 0.005 0.010 0.046 0.192 0.002 0.008 0.019 51 P 0.017 0.091 0.186 0.051 0.006 0.199 0.012 0.010 0.002 0.002 0.220 0.020 0.165 0.005 0.003 0.011 52 I 0.010 0.225 0.030 0.199 0.010 0.047 0.010 0.010 0.011 0.002 0.101 0.229 0.089 0.011 0.006 0.010 53 E 0.013 0.046 0.188 0.160 0.031 0.056 0.059 0.010 0.013 0.004 0.027 0.087 0.238 0.018 0.022 0.025 54 A 0.012 0.032 0.194 0.076 0.090 0.052 0.163 0.020 0.005 0.006 0.051 0.024 0.171 0.051 0.020 0.034 55 R 0.026 0.079 0.101 0.118 0.055 0.040 0.060 0.128 0.015 0.011 0.054 0.049 0.104 0.042 0.081 0.037