# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.212 0.079 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.068 0.100 0.467 2 S 0.027 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.040 0.150 0.638 3 G 0.012 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.400 0.071 0.096 0.326 4 W 0.009 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.365 0.200 0.069 0.291 5 Y 0.010 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.005 0.004 0.004 0.609 0.116 0.028 0.165 6 E 0.017 0.020 0.003 0.001 0.002 0.002 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.008 0.011 0.538 0.153 0.031 0.171 7 L 0.009 0.007 0.002 0.002 0.007 0.035 0.067 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.464 0.116 0.040 0.222 8 S 0.017 0.006 0.003 0.003 0.097 0.321 0.117 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.106 0.033 0.138 9 K 0.019 0.004 0.009 0.002 0.175 0.017 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.066 0.087 0.462 10 S 0.353 0.006 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.095 0.066 0.422 11 S 0.162 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.049 0.097 0.665 12 N 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.131 0.829 13 D 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.017 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.051 0.150 0.598 14 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.208 0.069 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.153 0.057 0.076 0.294 15 F 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.038 0.007 0.062 0.016 0.011 0.003 0.550 0.092 0.036 0.160 16 K 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.136 0.253 0.074 0.011 0.347 0.063 0.014 0.080 17 F 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.062 0.020 0.808 0.035 0.006 0.027 18 V 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.753 0.070 0.017 0.088 19 L 0.009 0.006 0.002 0.002 0.029 0.113 0.052 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.565 0.115 0.021 0.067 20 K 0.013 0.003 0.013 0.002 0.196 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.357 0.100 0.064 0.221 21 A 0.181 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.086 0.094 0.466 22 G 0.173 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.044 0.100 0.631 23 N 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.013 0.127 0.789 24 G 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.064 0.137 0.604 25 E 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.110 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.215 0.110 0.059 0.260 26 V 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.012 0.004 0.026 0.006 0.006 0.003 0.511 0.106 0.045 0.250 27 I 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.138 0.119 0.047 0.007 0.407 0.065 0.035 0.158 28 L 0.006 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.038 0.011 0.554 0.081 0.051 0.203 29 T 0.045 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.392 0.092 0.074 0.326 30 S 0.169 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.372 0.073 0.189 31 E 0.022 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.152 0.151 0.400 32 L 0.082 0.064 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.079 0.133 0.516 33 Y 0.097 0.070 0.009 0.001 0.006 0.004 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.223 0.099 0.328 34 T 0.024 0.095 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.097 0.155 0.548 35 G 0.107 0.468 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.059 0.050 0.288 36 K 0.117 0.636 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.041 0.034 0.152 37 S 0.058 0.241 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.449 0.044 0.180 38 G 0.094 0.292 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.348 0.051 0.169 39 A 0.192 0.257 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.068 0.097 0.317 40 M 0.042 0.335 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.044 0.093 0.435 41 N 0.027 0.231 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.125 0.112 0.436 42 G 0.030 0.568 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.110 0.058 0.172 43 I 0.116 0.421 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.091 0.071 0.229 44 E 0.044 0.272 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.179 0.074 0.263 45 S 0.076 0.136 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.321 0.063 0.239 46 V 0.165 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.167 0.099 0.341 47 Q 0.091 0.018 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.060 0.116 0.573 48 T 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.022 0.117 0.755 49 N 0.042 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.046 0.134 0.703 50 S 0.174 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.115 0.114 0.500 51 P 0.110 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.069 0.106 0.659 52 I 0.140 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.063 0.097 0.661 53 E 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.021 0.127 0.763 54 A 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.011 0.117 0.820 55 R 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.089 0.021 0.135 0.725