# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.165 0.048 0.013 0.027 0.041 0.098 0.025 0.583 2 S 0.070 0.049 0.016 0.021 0.057 0.087 0.028 0.672 3 G 0.035 0.075 0.026 0.051 0.151 0.099 0.034 0.528 4 W 0.010 0.018 0.052 0.167 0.377 0.059 0.079 0.237 5 Y 0.016 0.016 0.040 0.282 0.281 0.048 0.059 0.258 6 E 0.009 0.008 0.039 0.363 0.343 0.034 0.033 0.172 7 L 0.009 0.003 0.035 0.155 0.217 0.067 0.049 0.465 8 S 0.039 0.008 0.030 0.272 0.258 0.054 0.144 0.196 9 K 0.077 0.005 0.012 0.052 0.080 0.091 0.042 0.642 10 S 0.444 0.006 0.004 0.010 0.014 0.061 0.028 0.434 11 S 0.269 0.009 0.002 0.006 0.009 0.077 0.018 0.609 12 N 0.021 0.013 0.003 0.003 0.018 0.104 0.010 0.826 13 D 0.017 0.031 0.025 0.043 0.142 0.145 0.035 0.562 14 Q 0.011 0.049 0.035 0.259 0.270 0.058 0.051 0.266 15 F 0.006 0.070 0.039 0.276 0.360 0.026 0.044 0.179 16 K 0.004 0.040 0.058 0.260 0.497 0.016 0.034 0.090 17 F 0.003 0.032 0.046 0.450 0.414 0.006 0.020 0.029 18 V 0.004 0.023 0.092 0.330 0.450 0.012 0.031 0.058 19 L 0.011 0.014 0.067 0.417 0.380 0.013 0.057 0.041 20 K 0.047 0.018 0.064 0.271 0.356 0.035 0.090 0.119 21 A 0.188 0.010 0.034 0.039 0.073 0.105 0.041 0.510 22 G 0.240 0.014 0.014 0.031 0.033 0.083 0.030 0.555 23 N 0.023 0.019 0.008 0.009 0.035 0.086 0.013 0.806 24 G 0.010 0.012 0.034 0.032 0.180 0.122 0.038 0.571 25 E 0.006 0.004 0.058 0.425 0.294 0.042 0.064 0.107 26 V 0.007 0.006 0.099 0.295 0.245 0.046 0.062 0.240 27 I 0.011 0.011 0.165 0.212 0.320 0.049 0.032 0.201 28 L 0.010 0.013 0.191 0.197 0.337 0.046 0.030 0.176 29 T 0.073 0.062 0.076 0.117 0.198 0.060 0.104 0.310 30 S 0.130 0.058 0.045 0.090 0.105 0.077 0.213 0.282 31 E 0.038 0.074 0.038 0.073 0.120 0.142 0.143 0.371 32 L 0.084 0.080 0.022 0.019 0.050 0.116 0.047 0.583 33 Y 0.074 0.077 0.021 0.056 0.068 0.130 0.097 0.478 34 T 0.021 0.087 0.012 0.016 0.029 0.101 0.097 0.637 35 G 0.086 0.548 0.006 0.010 0.013 0.051 0.084 0.203 36 K 0.074 0.652 0.007 0.007 0.007 0.040 0.038 0.177 37 S 0.050 0.335 0.019 0.010 0.014 0.058 0.259 0.254 38 G 0.050 0.658 0.009 0.008 0.008 0.031 0.144 0.092 39 A 0.146 0.663 0.006 0.003 0.005 0.025 0.064 0.088 40 M 0.056 0.587 0.013 0.009 0.014 0.036 0.046 0.238 41 N 0.018 0.240 0.029 0.019 0.048 0.085 0.176 0.385 42 G 0.026 0.351 0.032 0.010 0.015 0.067 0.363 0.137 43 I 0.077 0.500 0.041 0.023 0.023 0.050 0.151 0.134 44 E 0.054 0.118 0.062 0.025 0.044 0.086 0.216 0.395 45 S 0.029 0.068 0.084 0.020 0.037 0.071 0.486 0.205 46 V 0.234 0.058 0.096 0.038 0.049 0.087 0.126 0.310 47 Q 0.165 0.014 0.029 0.027 0.031 0.107 0.040 0.587 48 T 0.005 0.005 0.008 0.004 0.008 0.096 0.009 0.865 49 N 0.030 0.020 0.016 0.009 0.016 0.136 0.022 0.751 50 S 0.201 0.058 0.021 0.040 0.023 0.117 0.075 0.465 51 P 0.162 0.046 0.021 0.017 0.020 0.084 0.059 0.590 52 I 0.175 0.030 0.020 0.026 0.038 0.072 0.073 0.567 53 E 0.077 0.011 0.014 0.025 0.034 0.100 0.048 0.690 54 A 0.032 0.008 0.012 0.017 0.034 0.101 0.032 0.764 55 R 0.036 0.010 0.014 0.027 0.054 0.118 0.035 0.706