# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.252 0.094 0.038 0.084 0.081 0.090 0.123 0.087 0.073 0.047 0.032 2 S 0.244 0.243 0.069 0.180 0.127 0.053 0.037 0.019 0.014 0.009 0.004 3 G 0.170 0.096 0.051 0.117 0.106 0.108 0.148 0.086 0.064 0.035 0.020 4 W 0.044 0.071 0.051 0.188 0.212 0.143 0.134 0.067 0.049 0.028 0.013 5 Y 0.007 0.012 0.023 0.039 0.044 0.073 0.162 0.176 0.206 0.154 0.105 6 E 0.021 0.044 0.103 0.207 0.196 0.118 0.143 0.080 0.047 0.030 0.011 7 L 0.006 0.017 0.041 0.059 0.056 0.090 0.190 0.161 0.182 0.128 0.070 8 S 0.021 0.037 0.061 0.125 0.148 0.137 0.201 0.105 0.085 0.058 0.023 9 K 0.117 0.107 0.135 0.192 0.148 0.090 0.108 0.050 0.028 0.019 0.006 10 S 0.196 0.115 0.093 0.154 0.121 0.093 0.102 0.056 0.035 0.023 0.012 11 S 0.205 0.408 0.069 0.121 0.070 0.041 0.047 0.018 0.012 0.007 0.003 12 N 0.466 0.183 0.042 0.093 0.085 0.046 0.045 0.024 0.010 0.004 0.002 13 D 0.594 0.145 0.075 0.085 0.038 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 14 Q 0.032 0.070 0.065 0.260 0.233 0.189 0.098 0.028 0.015 0.006 0.003 15 F 0.002 0.004 0.007 0.012 0.024 0.054 0.148 0.265 0.213 0.147 0.126 16 K 0.003 0.022 0.093 0.193 0.252 0.214 0.116 0.045 0.030 0.025 0.007 17 F 0.001 0.002 0.025 0.013 0.018 0.026 0.074 0.229 0.229 0.220 0.162 18 V 0.004 0.018 0.068 0.147 0.162 0.122 0.177 0.120 0.090 0.071 0.022 19 L 0.001 0.001 0.007 0.005 0.004 0.011 0.041 0.079 0.229 0.340 0.284 20 K 0.006 0.022 0.056 0.178 0.188 0.135 0.176 0.091 0.079 0.044 0.026 21 A 0.005 0.007 0.020 0.027 0.027 0.067 0.140 0.144 0.231 0.201 0.132 22 G 0.090 0.162 0.101 0.261 0.177 0.084 0.066 0.024 0.017 0.012 0.006 23 N 0.102 0.078 0.038 0.082 0.074 0.088 0.150 0.142 0.114 0.077 0.053 24 G 0.253 0.158 0.047 0.165 0.130 0.079 0.067 0.038 0.030 0.021 0.010 25 E 0.075 0.084 0.058 0.131 0.133 0.118 0.156 0.093 0.079 0.047 0.026 26 V 0.018 0.029 0.027 0.066 0.079 0.107 0.175 0.163 0.165 0.098 0.073 27 I 0.006 0.007 0.012 0.019 0.023 0.037 0.103 0.124 0.215 0.236 0.218 28 L 0.005 0.011 0.021 0.029 0.037 0.052 0.110 0.158 0.210 0.201 0.165 29 T 0.017 0.032 0.056 0.085 0.098 0.096 0.156 0.135 0.134 0.116 0.076 30 S 0.017 0.016 0.025 0.054 0.067 0.087 0.169 0.164 0.169 0.137 0.094 31 E 0.033 0.028 0.034 0.071 0.091 0.093 0.168 0.164 0.148 0.108 0.062 32 L 0.039 0.049 0.067 0.147 0.145 0.126 0.152 0.100 0.085 0.063 0.027 33 Y 0.018 0.023 0.035 0.063 0.066 0.108 0.177 0.144 0.160 0.124 0.083 34 T 0.088 0.137 0.109 0.183 0.149 0.094 0.095 0.055 0.042 0.036 0.013 35 G 0.183 0.165 0.093 0.129 0.096 0.092 0.103 0.056 0.040 0.029 0.014 36 K 0.194 0.141 0.078 0.185 0.140 0.103 0.080 0.035 0.022 0.014 0.008 37 S 0.408 0.117 0.080 0.108 0.078 0.057 0.073 0.034 0.023 0.014 0.008 38 G 0.167 0.200 0.107 0.225 0.141 0.067 0.051 0.020 0.013 0.007 0.003 39 A 0.006 0.008 0.017 0.031 0.034 0.066 0.142 0.147 0.217 0.173 0.159 40 M 0.043 0.058 0.116 0.269 0.251 0.119 0.087 0.026 0.017 0.010 0.004 41 N 0.054 0.137 0.209 0.225 0.163 0.094 0.069 0.023 0.014 0.008 0.003 42 G 0.008 0.014 0.021 0.031 0.034 0.063 0.160 0.160 0.195 0.163 0.151 43 I 0.003 0.004 0.009 0.015 0.020 0.050 0.145 0.180 0.219 0.198 0.158 44 E 0.042 0.069 0.358 0.275 0.135 0.053 0.034 0.016 0.009 0.007 0.002 45 S 0.015 0.037 0.086 0.129 0.144 0.166 0.205 0.105 0.061 0.035 0.019 46 V 0.002 0.003 0.005 0.007 0.007 0.014 0.056 0.110 0.218 0.286 0.292 47 Q 0.021 0.050 0.086 0.186 0.185 0.174 0.158 0.063 0.038 0.028 0.010 48 T 0.114 0.126 0.354 0.205 0.112 0.038 0.025 0.011 0.006 0.005 0.002 49 N 0.119 0.087 0.056 0.145 0.131 0.145 0.164 0.067 0.046 0.027 0.013 50 S 0.065 0.045 0.022 0.043 0.042 0.067 0.153 0.138 0.173 0.138 0.114 51 P 0.215 0.258 0.110 0.175 0.114 0.048 0.040 0.019 0.011 0.007 0.003 52 I 0.192 0.123 0.111 0.139 0.112 0.088 0.091 0.056 0.043 0.028 0.018 53 E 0.393 0.257 0.059 0.116 0.070 0.036 0.031 0.016 0.011 0.007 0.004 54 A 0.408 0.175 0.038 0.099 0.074 0.062 0.065 0.036 0.022 0.013 0.008 55 R 0.382 0.146 0.060 0.112 0.095 0.071 0.056 0.033 0.022 0.015 0.007