# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.069 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.014 0.085 0.612 2 S 0.030 0.051 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.013 0.103 0.687 3 G 0.112 0.040 0.007 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.024 0.087 0.542 4 W 0.113 0.059 0.015 0.002 0.003 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.304 0.014 0.116 0.357 5 Y 0.028 0.044 0.004 0.001 0.007 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.613 0.008 0.046 0.227 6 E 0.018 0.041 0.003 0.001 0.011 0.010 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.024 0.013 0.609 0.007 0.038 0.174 7 L 0.016 0.039 0.003 0.001 0.002 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.056 0.059 0.037 0.506 0.007 0.029 0.208 8 S 0.013 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.011 0.010 0.179 0.359 0.079 0.029 0.188 0.005 0.016 0.070 9 K 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.105 0.014 0.228 0.174 0.032 0.005 0.058 0.004 0.021 0.328 10 S 0.011 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.323 0.110 0.007 0.024 0.005 0.002 0.002 0.086 0.011 0.079 0.270 11 S 0.075 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.411 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.020 0.055 0.324 12 N 0.017 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.193 0.741 13 D 0.135 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.168 0.118 0.526 14 Q 0.488 0.007 0.031 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.034 0.216 0.196 15 F 0.010 0.011 0.007 0.008 0.042 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.008 0.091 0.504 16 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.254 0.341 0.065 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.260 0.002 0.031 0.028 17 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 0.113 0.114 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.600 0.001 0.018 0.112 18 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.910 0.001 0.017 0.035 19 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 0.016 0.009 0.841 0.001 0.015 0.059 20 K 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.242 0.135 0.027 0.006 0.453 0.002 0.018 0.079 21 A 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.105 0.020 0.002 0.019 0.004 0.002 0.002 0.639 0.004 0.050 0.124 22 G 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.629 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.004 0.056 0.097 23 N 0.036 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.018 0.134 0.521 24 G 0.095 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.111 0.070 0.563 25 E 0.372 0.002 0.069 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.023 0.322 0.157 26 V 0.003 0.004 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.002 0.050 0.668 27 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.464 0.131 0.060 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.247 0.001 0.042 0.032 28 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.015 0.069 0.080 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.007 0.466 0.001 0.058 0.258 29 T 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.790 0.001 0.041 0.147 30 S 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.485 0.003 0.112 0.358 31 E 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.005 0.139 0.584 32 L 0.048 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.013 0.361 0.453 33 Y 0.247 0.073 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.038 0.161 0.285 34 T 0.074 0.181 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.020 0.109 0.457 35 G 0.060 0.118 0.017 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.029 0.124 0.548 36 K 0.064 0.111 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.015 0.198 0.523 37 S 0.027 0.085 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.272 0.585 38 G 0.119 0.227 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.025 0.204 0.392 39 A 0.079 0.715 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.048 0.130 40 M 0.026 0.783 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.043 0.124 41 N 0.100 0.697 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.014 0.125 42 G 0.232 0.529 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.028 0.017 0.138 43 I 0.033 0.634 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.009 0.041 0.177 44 E 0.029 0.582 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.014 0.046 0.215 45 S 0.048 0.588 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.019 0.030 0.264 46 V 0.106 0.650 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.013 0.012 0.122 47 Q 0.045 0.631 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.012 0.052 0.152 48 T 0.075 0.422 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.057 0.038 0.325 49 N 0.326 0.251 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.112 0.015 0.224 50 S 0.232 0.118 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.025 0.122 0.376 51 P 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.979 52 I 0.039 0.024 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.010 0.225 0.595 53 E 0.321 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.099 0.463 54 A 0.265 0.123 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.018 0.078 0.431 55 R 0.206 0.141 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.101 0.023 0.057 0.439