# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.013 0.002 0.021 0.037 0.085 0.074 0.001 0.001 0.003 0.714 2 S 0.017 0.006 0.001 0.013 0.019 0.035 0.086 0.001 0.001 0.003 0.818 3 G 0.058 0.009 0.002 0.015 0.034 0.050 0.121 0.001 0.001 0.007 0.702 4 W 0.137 0.028 0.004 0.033 0.072 0.091 0.186 0.001 0.001 0.007 0.441 5 Y 0.056 0.050 0.003 0.037 0.252 0.324 0.054 0.001 0.001 0.006 0.216 6 E 0.028 0.041 0.002 0.048 0.300 0.450 0.030 0.001 0.001 0.003 0.097 7 L 0.016 0.046 0.002 0.031 0.351 0.351 0.029 0.001 0.001 0.001 0.173 8 S 0.011 0.034 0.001 0.016 0.341 0.532 0.011 0.001 0.001 0.001 0.054 9 K 0.016 0.045 0.001 0.019 0.296 0.382 0.030 0.004 0.001 0.001 0.206 10 S 0.032 0.030 0.003 0.017 0.288 0.384 0.043 0.003 0.001 0.002 0.199 11 S 0.119 0.021 0.003 0.021 0.094 0.190 0.112 0.004 0.001 0.010 0.427 12 N 0.063 0.022 0.007 0.017 0.045 0.064 0.318 0.003 0.001 0.019 0.440 13 D 0.249 0.015 0.007 0.015 0.046 0.061 0.103 0.003 0.001 0.127 0.374 14 Q 0.206 0.008 0.044 0.016 0.044 0.041 0.384 0.001 0.001 0.013 0.242 15 F 0.038 0.007 0.004 0.018 0.245 0.286 0.105 0.001 0.001 0.006 0.289 16 K 0.019 0.004 0.002 0.015 0.244 0.645 0.020 0.001 0.001 0.002 0.047 17 F 0.005 0.004 0.001 0.011 0.465 0.469 0.012 0.001 0.001 0.001 0.034 18 V 0.002 0.003 0.001 0.008 0.350 0.618 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 19 L 0.001 0.003 0.001 0.002 0.435 0.550 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 20 K 0.001 0.005 0.001 0.005 0.420 0.546 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 21 A 0.004 0.008 0.001 0.005 0.518 0.441 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 22 G 0.022 0.024 0.001 0.016 0.182 0.449 0.119 0.003 0.001 0.004 0.180 23 N 0.177 0.013 0.004 0.021 0.052 0.092 0.185 0.005 0.001 0.042 0.410 24 G 0.275 0.015 0.019 0.032 0.043 0.071 0.084 0.006 0.001 0.132 0.322 25 E 0.227 0.004 0.089 0.048 0.028 0.028 0.424 0.001 0.001 0.020 0.129 26 V 0.028 0.003 0.006 0.065 0.055 0.050 0.131 0.002 0.001 0.004 0.657 27 I 0.013 0.003 0.003 0.144 0.174 0.543 0.024 0.001 0.001 0.002 0.093 28 L 0.017 0.006 0.001 0.205 0.185 0.340 0.049 0.001 0.001 0.003 0.194 29 T 0.013 0.008 0.001 0.096 0.158 0.294 0.071 0.001 0.001 0.002 0.356 30 S 0.014 0.013 0.001 0.060 0.147 0.319 0.075 0.001 0.001 0.003 0.369 31 E 0.015 0.012 0.001 0.042 0.054 0.120 0.271 0.001 0.001 0.010 0.475 32 L 0.074 0.024 0.003 0.028 0.023 0.044 0.330 0.001 0.001 0.023 0.450 33 Y 0.156 0.181 0.006 0.031 0.037 0.073 0.190 0.003 0.001 0.014 0.309 34 T 0.070 0.350 0.006 0.020 0.034 0.047 0.096 0.004 0.001 0.008 0.366 35 G 0.069 0.248 0.010 0.011 0.014 0.031 0.079 0.008 0.001 0.005 0.525 36 K 0.233 0.241 0.015 0.014 0.009 0.027 0.081 0.008 0.001 0.004 0.369 37 S 0.082 0.270 0.009 0.007 0.007 0.010 0.081 0.006 0.001 0.003 0.526 38 G 0.064 0.332 0.014 0.011 0.007 0.013 0.113 0.006 0.001 0.005 0.433 39 A 0.104 0.619 0.014 0.018 0.007 0.017 0.035 0.008 0.001 0.002 0.176 40 M 0.048 0.724 0.004 0.008 0.008 0.010 0.040 0.005 0.001 0.001 0.152 41 N 0.098 0.583 0.005 0.004 0.005 0.007 0.032 0.013 0.001 0.004 0.249 42 G 0.221 0.588 0.012 0.006 0.003 0.009 0.016 0.019 0.001 0.002 0.124 43 I 0.048 0.738 0.053 0.015 0.009 0.008 0.026 0.005 0.001 0.001 0.095 44 E 0.015 0.697 0.011 0.016 0.046 0.028 0.029 0.003 0.001 0.002 0.153 45 S 0.023 0.695 0.002 0.013 0.014 0.028 0.027 0.009 0.001 0.001 0.188 46 V 0.061 0.743 0.002 0.024 0.018 0.026 0.009 0.008 0.001 0.001 0.107 47 Q 0.030 0.726 0.004 0.015 0.059 0.031 0.044 0.006 0.001 0.001 0.084 48 T 0.103 0.625 0.010 0.014 0.018 0.015 0.028 0.022 0.001 0.002 0.163 49 N 0.347 0.294 0.017 0.015 0.007 0.027 0.012 0.058 0.001 0.004 0.219 50 S 0.411 0.067 0.161 0.027 0.013 0.017 0.050 0.013 0.001 0.005 0.237 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.987 52 I 0.035 0.020 0.003 0.028 0.023 0.077 0.166 0.001 0.001 0.004 0.643 53 E 0.231 0.108 0.003 0.020 0.010 0.014 0.126 0.003 0.001 0.007 0.480 54 A 0.144 0.152 0.004 0.019 0.021 0.037 0.069 0.006 0.001 0.005 0.543 55 R 0.130 0.135 0.008 0.023 0.027 0.036 0.066 0.005 0.001 0.005 0.565