# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.215 0.244 0.267 0.122 0.059 0.029 0.026 0.004 0.028 0.006 0.001 2 S 0.223 0.106 0.378 0.183 0.041 0.024 0.023 0.002 0.014 0.003 0.002 3 G 0.144 0.103 0.166 0.045 0.239 0.018 0.053 0.115 0.009 0.108 0.001 4 W 0.156 0.413 0.258 0.058 0.060 0.028 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 5 Y 0.033 0.684 0.115 0.019 0.113 0.015 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 6 E 0.043 0.581 0.239 0.011 0.048 0.050 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 7 L 0.051 0.529 0.254 0.026 0.024 0.075 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 8 S 0.072 0.564 0.166 0.037 0.099 0.028 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 9 K 0.123 0.456 0.181 0.049 0.109 0.049 0.008 0.002 0.020 0.002 0.001 10 S 0.184 0.258 0.279 0.091 0.066 0.064 0.019 0.003 0.028 0.007 0.001 11 S 0.452 0.126 0.090 0.176 0.064 0.018 0.025 0.012 0.010 0.026 0.001 12 N 0.055 0.048 0.059 0.412 0.032 0.016 0.335 0.021 0.014 0.008 0.001 13 D 0.023 0.034 0.051 0.081 0.047 0.014 0.442 0.275 0.011 0.022 0.001 14 Q 0.039 0.371 0.476 0.053 0.024 0.013 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 15 F 0.021 0.469 0.414 0.024 0.027 0.026 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 16 K 0.004 0.874 0.051 0.003 0.055 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 17 F 0.002 0.825 0.063 0.002 0.091 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 18 V 0.007 0.657 0.228 0.003 0.029 0.040 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 19 L 0.019 0.506 0.358 0.007 0.034 0.031 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 20 K 0.023 0.778 0.104 0.009 0.058 0.019 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 21 A 0.047 0.454 0.300 0.036 0.100 0.032 0.005 0.001 0.021 0.004 0.001 22 G 0.130 0.060 0.052 0.060 0.230 0.009 0.042 0.124 0.005 0.289 0.001 23 N 0.016 0.027 0.065 0.467 0.031 0.015 0.350 0.010 0.012 0.006 0.001 24 G 0.026 0.026 0.045 0.018 0.060 0.007 0.213 0.527 0.005 0.073 0.001 25 E 0.056 0.486 0.361 0.027 0.030 0.021 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 26 V 0.019 0.732 0.180 0.011 0.028 0.022 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 27 I 0.033 0.659 0.187 0.011 0.032 0.047 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 28 L 0.060 0.559 0.183 0.037 0.077 0.045 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 29 T 0.058 0.620 0.114 0.031 0.133 0.018 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 30 S 0.119 0.282 0.246 0.021 0.244 0.029 0.016 0.010 0.016 0.016 0.001 31 E 0.372 0.182 0.255 0.047 0.054 0.058 0.010 0.002 0.017 0.002 0.001 32 L 0.306 0.244 0.213 0.101 0.041 0.047 0.017 0.002 0.027 0.002 0.001 33 Y 0.218 0.377 0.117 0.094 0.114 0.040 0.016 0.003 0.021 0.002 0.001 34 T 0.213 0.246 0.210 0.166 0.069 0.051 0.019 0.001 0.025 0.001 0.001 35 G 0.206 0.042 0.167 0.046 0.183 0.031 0.057 0.069 0.014 0.186 0.001 36 K 0.767 0.031 0.090 0.062 0.014 0.021 0.006 0.001 0.005 0.002 0.001 37 S 0.664 0.046 0.075 0.153 0.021 0.014 0.016 0.001 0.009 0.002 0.001 38 G 0.721 0.013 0.032 0.057 0.064 0.012 0.023 0.054 0.002 0.023 0.001 39 A 0.814 0.045 0.055 0.047 0.012 0.016 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 40 M 0.871 0.026 0.028 0.052 0.004 0.011 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 41 N 0.485 0.013 0.034 0.334 0.012 0.015 0.093 0.006 0.007 0.001 0.001 42 G 0.460 0.024 0.060 0.077 0.101 0.010 0.074 0.142 0.003 0.048 0.001 43 I 0.737 0.075 0.126 0.022 0.008 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 44 E 0.809 0.052 0.055 0.035 0.013 0.024 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 45 S 0.700 0.078 0.066 0.081 0.038 0.020 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 46 V 0.543 0.244 0.091 0.045 0.019 0.041 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 47 Q 0.470 0.251 0.120 0.076 0.017 0.038 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 48 T 0.394 0.169 0.074 0.259 0.048 0.022 0.022 0.002 0.010 0.001 0.001 49 N 0.060 0.037 0.076 0.472 0.030 0.055 0.214 0.027 0.025 0.004 0.001 50 S 0.024 0.250 0.404 0.009 0.093 0.011 0.015 0.003 0.173 0.017 0.001 51 P 0.236 0.004 0.705 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 52 I 0.384 0.165 0.223 0.131 0.041 0.022 0.008 0.007 0.013 0.004 0.001 53 E 0.340 0.147 0.269 0.109 0.046 0.038 0.017 0.006 0.023 0.004 0.002 54 A 0.325 0.113 0.288 0.142 0.029 0.033 0.037 0.008 0.017 0.006 0.003 55 R 0.235 0.214 0.195 0.163 0.069 0.034 0.041 0.013 0.026 0.008 0.001