# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5964 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.612 0.211 0.093 0.057 0.023 0.005 0.001 2 S 0.770 0.193 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 3 G 0.426 0.302 0.160 0.089 0.019 0.004 0.001 4 W 0.157 0.295 0.289 0.172 0.072 0.015 0.001 5 Y 0.040 0.077 0.162 0.279 0.314 0.123 0.005 6 E 0.070 0.243 0.309 0.228 0.121 0.028 0.001 7 L 0.038 0.102 0.237 0.312 0.237 0.072 0.001 8 S 0.242 0.383 0.250 0.092 0.031 0.003 0.001 9 K 0.484 0.355 0.112 0.040 0.008 0.001 0.001 10 S 0.548 0.273 0.121 0.046 0.011 0.001 0.001 11 S 0.669 0.245 0.065 0.018 0.003 0.001 0.001 12 N 0.696 0.254 0.040 0.008 0.002 0.001 0.001 13 D 0.535 0.349 0.084 0.026 0.005 0.001 0.001 14 Q 0.119 0.377 0.311 0.137 0.047 0.008 0.001 15 F 0.008 0.034 0.090 0.238 0.418 0.197 0.014 16 K 0.005 0.057 0.242 0.426 0.197 0.070 0.004 17 F 0.001 0.005 0.011 0.032 0.171 0.634 0.146 18 V 0.002 0.024 0.116 0.313 0.287 0.218 0.040 19 L 0.002 0.008 0.018 0.065 0.217 0.518 0.172 20 K 0.007 0.061 0.176 0.279 0.270 0.175 0.031 21 A 0.018 0.046 0.110 0.256 0.330 0.213 0.027 22 G 0.140 0.332 0.267 0.150 0.077 0.030 0.004 23 N 0.126 0.198 0.204 0.230 0.154 0.075 0.012 24 G 0.158 0.195 0.190 0.194 0.169 0.079 0.015 25 E 0.167 0.239 0.203 0.189 0.115 0.074 0.014 26 V 0.081 0.106 0.130 0.181 0.234 0.207 0.062 27 I 0.073 0.059 0.084 0.158 0.202 0.274 0.150 28 L 0.055 0.065 0.096 0.139 0.200 0.280 0.166 29 T 0.079 0.112 0.135 0.180 0.215 0.179 0.100 30 S 0.104 0.127 0.121 0.159 0.199 0.205 0.085 31 E 0.162 0.236 0.179 0.170 0.145 0.088 0.019 32 L 0.113 0.169 0.184 0.218 0.193 0.106 0.017 33 Y 0.090 0.120 0.199 0.249 0.236 0.096 0.009 34 T 0.351 0.316 0.189 0.099 0.034 0.010 0.001 35 G 0.331 0.236 0.206 0.142 0.064 0.019 0.001 36 K 0.377 0.276 0.185 0.117 0.036 0.009 0.001 37 S 0.486 0.274 0.138 0.070 0.025 0.006 0.001 38 G 0.282 0.341 0.210 0.117 0.039 0.011 0.001 39 A 0.071 0.093 0.164 0.262 0.284 0.116 0.010 40 M 0.142 0.282 0.278 0.188 0.083 0.026 0.002 41 N 0.144 0.282 0.284 0.190 0.075 0.023 0.002 42 G 0.022 0.047 0.101 0.219 0.280 0.275 0.056 43 I 0.014 0.029 0.054 0.126 0.310 0.387 0.079 44 E 0.064 0.256 0.274 0.213 0.125 0.061 0.006 45 S 0.034 0.133 0.218 0.292 0.231 0.084 0.008 46 V 0.013 0.032 0.070 0.172 0.335 0.352 0.026 47 Q 0.077 0.178 0.307 0.285 0.126 0.026 0.001 48 T 0.515 0.348 0.095 0.032 0.009 0.002 0.001 49 N 0.463 0.289 0.154 0.073 0.018 0.003 0.001 50 S 0.524 0.230 0.126 0.082 0.031 0.005 0.001 51 P 0.750 0.212 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 52 I 0.765 0.180 0.040 0.012 0.003 0.001 0.001 53 E 0.796 0.160 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 54 A 0.708 0.197 0.066 0.022 0.005 0.001 0.001 55 R 0.567 0.188 0.128 0.076 0.032 0.009 0.001