# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.009 0.048 0.054 0.080 0.004 0.117 0.058 0.009 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.057 0.019 0.267 0.060 0.090 0.109 0.001 2 S 0.017 0.028 0.062 0.064 0.130 0.006 0.149 0.043 0.009 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.032 0.018 0.182 0.059 0.064 0.123 0.002 3 G 0.034 0.042 0.060 0.058 0.188 0.016 0.134 0.051 0.007 0.003 0.004 0.003 0.008 0.005 0.026 0.050 0.109 0.066 0.052 0.082 0.004 4 W 0.059 0.111 0.072 0.075 0.203 0.003 0.074 0.043 0.002 0.001 0.006 0.008 0.016 0.014 0.074 0.049 0.051 0.050 0.038 0.038 0.013 5 Y 0.139 0.200 0.053 0.035 0.236 0.001 0.027 0.041 0.001 0.001 0.014 0.013 0.034 0.016 0.032 0.078 0.008 0.016 0.019 0.018 0.019 6 E 0.166 0.187 0.198 0.156 0.050 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.027 0.018 0.036 0.016 0.073 0.015 0.004 0.005 0.008 0.005 0.014 7 L 0.166 0.179 0.014 0.033 0.384 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.022 0.021 0.053 0.013 0.014 0.045 0.005 0.004 0.007 0.004 0.018 8 S 0.113 0.133 0.176 0.291 0.057 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.015 0.014 0.024 0.007 0.089 0.012 0.006 0.006 0.015 0.013 0.004 9 K 0.051 0.057 0.028 0.078 0.473 0.003 0.021 0.014 0.003 0.002 0.006 0.006 0.013 0.003 0.020 0.056 0.059 0.029 0.030 0.044 0.003 10 S 0.023 0.023 0.112 0.164 0.141 0.005 0.070 0.025 0.008 0.004 0.003 0.003 0.005 0.001 0.038 0.011 0.064 0.048 0.114 0.138 0.001 11 S 0.006 0.005 0.052 0.060 0.141 0.003 0.089 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.008 0.334 0.060 0.065 0.134 0.001 12 N 0.005 0.006 0.036 0.039 0.121 0.004 0.299 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.140 0.092 0.066 0.152 0.001 13 D 0.007 0.012 0.054 0.054 0.192 0.004 0.200 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.015 0.088 0.181 0.071 0.082 0.001 14 Q 0.038 0.047 0.228 0.139 0.177 0.005 0.045 0.024 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.033 0.014 0.058 0.045 0.057 0.072 0.002 15 F 0.088 0.144 0.081 0.101 0.349 0.002 0.015 0.033 0.001 0.001 0.008 0.007 0.018 0.004 0.022 0.016 0.022 0.022 0.027 0.029 0.010 16 K 0.177 0.288 0.107 0.092 0.117 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 0.020 0.013 0.036 0.009 0.040 0.012 0.009 0.004 0.006 0.007 0.011 17 F 0.241 0.392 0.047 0.084 0.045 0.002 0.003 0.041 0.001 0.001 0.024 0.017 0.051 0.011 0.013 0.004 0.004 0.001 0.002 0.002 0.016 18 V 0.225 0.365 0.009 0.025 0.201 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.028 0.020 0.050 0.010 0.006 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 19 L 0.267 0.406 0.061 0.099 0.030 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 0.010 0.014 0.033 0.007 0.018 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 20 K 0.229 0.346 0.019 0.044 0.214 0.003 0.007 0.028 0.003 0.002 0.013 0.010 0.024 0.006 0.010 0.006 0.013 0.006 0.003 0.004 0.009 21 A 0.158 0.197 0.077 0.204 0.126 0.006 0.027 0.021 0.033 0.020 0.008 0.008 0.020 0.004 0.015 0.006 0.021 0.008 0.020 0.017 0.004 22 G 0.072 0.079 0.064 0.076 0.227 0.003 0.074 0.010 0.016 0.011 0.003 0.003 0.010 0.005 0.050 0.018 0.179 0.028 0.029 0.038 0.004 23 N 0.031 0.049 0.067 0.091 0.141 0.003 0.148 0.006 0.006 0.003 0.003 0.003 0.007 0.005 0.030 0.017 0.075 0.066 0.064 0.182 0.005 24 G 0.022 0.036 0.031 0.020 0.357 0.001 0.089 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.009 0.045 0.097 0.057 0.108 0.044 0.056 0.007 25 E 0.061 0.067 0.346 0.149 0.040 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.015 0.007 0.026 0.016 0.123 0.021 0.010 0.021 0.031 0.028 0.015 26 V 0.109 0.112 0.044 0.039 0.265 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.041 0.029 0.082 0.061 0.029 0.071 0.005 0.012 0.033 0.016 0.046 27 I 0.103 0.111 0.092 0.077 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.041 0.033 0.075 0.105 0.234 0.033 0.004 0.003 0.010 0.006 0.021 28 L 0.114 0.129 0.058 0.096 0.077 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.031 0.035 0.062 0.144 0.105 0.078 0.011 0.003 0.011 0.021 0.015 29 T 0.078 0.114 0.037 0.070 0.175 0.002 0.018 0.011 0.002 0.001 0.020 0.021 0.051 0.082 0.125 0.066 0.059 0.018 0.014 0.027 0.012 30 S 0.057 0.067 0.063 0.116 0.115 0.007 0.067 0.044 0.007 0.002 0.015 0.014 0.039 0.029 0.075 0.046 0.065 0.035 0.060 0.070 0.007 31 E 0.039 0.043 0.079 0.067 0.086 0.009 0.046 0.082 0.003 0.001 0.005 0.005 0.011 0.008 0.069 0.022 0.265 0.037 0.040 0.079 0.004 32 L 0.025 0.042 0.033 0.039 0.146 0.027 0.161 0.196 0.006 0.003 0.006 0.004 0.014 0.005 0.016 0.022 0.119 0.056 0.030 0.044 0.004 33 Y 0.025 0.024 0.062 0.078 0.062 0.021 0.144 0.186 0.012 0.004 0.006 0.004 0.010 0.003 0.040 0.016 0.133 0.052 0.066 0.047 0.003 34 T 0.012 0.014 0.039 0.041 0.115 0.005 0.087 0.123 0.006 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.028 0.018 0.215 0.064 0.053 0.167 0.001 35 G 0.005 0.006 0.026 0.028 0.065 0.010 0.079 0.160 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.010 0.113 0.085 0.133 0.247 0.001 36 K 0.001 0.001 0.012 0.012 0.016 0.008 0.025 0.099 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.676 0.032 0.041 0.046 0.001 37 S 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.019 0.154 0.450 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.278 0.015 0.016 0.040 0.001 38 G 0.001 0.001 0.004 0.003 0.022 0.005 0.163 0.593 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.059 0.071 0.020 0.041 0.001 39 A 0.001 0.002 0.005 0.004 0.022 0.005 0.045 0.621 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.195 0.021 0.024 0.025 0.001 40 M 0.003 0.003 0.014 0.010 0.008 0.018 0.054 0.647 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.187 0.007 0.005 0.009 0.001 41 N 0.003 0.005 0.003 0.003 0.008 0.019 0.125 0.746 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.049 0.008 0.004 0.006 0.001 42 G 0.004 0.008 0.006 0.008 0.029 0.005 0.042 0.589 0.025 0.008 0.003 0.003 0.002 0.007 0.032 0.009 0.119 0.065 0.015 0.020 0.001 43 I 0.006 0.005 0.010 0.008 0.015 0.015 0.060 0.597 0.024 0.004 0.002 0.004 0.003 0.007 0.020 0.009 0.167 0.014 0.013 0.016 0.002 44 E 0.008 0.013 0.014 0.011 0.021 0.050 0.104 0.606 0.028 0.006 0.002 0.002 0.005 0.009 0.010 0.007 0.061 0.024 0.005 0.013 0.003 45 S 0.012 0.015 0.010 0.015 0.056 0.022 0.134 0.406 0.022 0.007 0.004 0.005 0.008 0.016 0.016 0.032 0.068 0.056 0.042 0.050 0.004 46 V 0.009 0.019 0.021 0.022 0.100 0.003 0.043 0.189 0.008 0.004 0.003 0.004 0.006 0.026 0.074 0.055 0.153 0.087 0.079 0.088 0.004 47 Q 0.008 0.008 0.036 0.040 0.030 0.035 0.115 0.151 0.040 0.011 0.005 0.004 0.008 0.021 0.054 0.044 0.194 0.044 0.072 0.078 0.004 48 T 0.005 0.007 0.022 0.026 0.060 0.013 0.220 0.057 0.017 0.005 0.002 0.002 0.005 0.012 0.035 0.032 0.279 0.070 0.045 0.084 0.003 49 N 0.003 0.003 0.018 0.020 0.049 0.005 0.205 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.040 0.032 0.135 0.169 0.137 0.145 0.001 50 S 0.001 0.002 0.039 0.025 0.025 0.002 0.013 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.111 0.050 0.174 0.508 0.001 51 P 0.001 0.002 0.011 0.009 0.081 0.005 0.036 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.343 0.048 0.100 0.268 0.001 52 I 0.002 0.002 0.031 0.034 0.032 0.015 0.175 0.150 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 0.011 0.314 0.043 0.062 0.082 0.001 53 E 0.003 0.004 0.023 0.026 0.056 0.013 0.262 0.185 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.013 0.183 0.052 0.070 0.088 0.001 54 A 0.004 0.006 0.024 0.033 0.106 0.010 0.257 0.090 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.020 0.167 0.093 0.071 0.093 0.001 55 R 0.006 0.008 0.041 0.043 0.101 0.006 0.176 0.057 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.017 0.145 0.090 0.104 0.167 0.001