# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.016 0.557 0.009 0.030 0.029 0.001 0.001 0.007 0.155 0.062 0.054 0.071 2 S 0.013 0.006 0.419 0.028 0.045 0.034 0.001 0.001 0.006 0.101 0.175 0.038 0.134 3 G 0.038 0.006 0.157 0.040 0.084 0.077 0.001 0.001 0.010 0.090 0.303 0.089 0.103 4 W 0.164 0.006 0.098 0.017 0.032 0.043 0.008 0.001 0.011 0.020 0.061 0.081 0.458 5 Y 0.394 0.005 0.038 0.012 0.007 0.027 0.025 0.002 0.012 0.006 0.006 0.226 0.240 6 E 0.511 0.003 0.010 0.008 0.002 0.014 0.025 0.001 0.009 0.002 0.002 0.273 0.139 7 L 0.442 0.003 0.010 0.012 0.001 0.006 0.018 0.001 0.005 0.002 0.002 0.082 0.415 8 S 0.228 0.003 0.044 0.033 0.001 0.006 0.007 0.001 0.006 0.006 0.007 0.441 0.217 9 K 0.102 0.011 0.081 0.010 0.007 0.009 0.004 0.001 0.007 0.028 0.028 0.109 0.604 10 S 0.017 0.010 0.360 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 0.003 0.070 0.080 0.223 0.207 11 S 0.002 0.004 0.058 0.006 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.117 0.735 0.020 0.026 12 N 0.001 0.002 0.014 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.862 0.006 0.003 13 D 0.004 0.014 0.129 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.467 0.327 0.020 0.026 14 Q 0.030 0.027 0.420 0.029 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.123 0.045 0.151 0.160 15 F 0.141 0.018 0.107 0.037 0.003 0.003 0.012 0.001 0.016 0.016 0.017 0.146 0.481 16 K 0.447 0.003 0.029 0.051 0.001 0.003 0.030 0.002 0.009 0.003 0.003 0.185 0.235 17 F 0.603 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.061 0.003 0.005 0.001 0.001 0.226 0.087 18 V 0.710 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.057 0.003 0.003 0.001 0.001 0.043 0.175 19 L 0.555 0.002 0.009 0.019 0.001 0.003 0.028 0.004 0.009 0.002 0.001 0.255 0.111 20 K 0.323 0.004 0.049 0.019 0.005 0.012 0.014 0.003 0.017 0.010 0.012 0.123 0.408 21 A 0.106 0.012 0.092 0.066 0.056 0.042 0.011 0.003 0.013 0.056 0.198 0.095 0.251 22 G 0.048 0.008 0.094 0.061 0.037 0.022 0.002 0.001 0.008 0.183 0.349 0.147 0.040 23 N 0.010 0.004 0.127 0.031 0.028 0.015 0.001 0.001 0.006 0.235 0.480 0.016 0.048 24 G 0.011 0.006 0.210 0.044 0.018 0.019 0.002 0.001 0.009 0.180 0.443 0.023 0.036 25 E 0.109 0.022 0.230 0.023 0.015 0.028 0.041 0.019 0.072 0.084 0.026 0.160 0.169 26 V 0.327 0.013 0.038 0.006 0.003 0.014 0.120 0.075 0.075 0.010 0.005 0.107 0.206 27 I 0.205 0.014 0.046 0.030 0.003 0.014 0.183 0.117 0.066 0.007 0.008 0.151 0.156 28 L 0.168 0.008 0.115 0.066 0.008 0.029 0.080 0.063 0.086 0.028 0.019 0.216 0.115 29 T 0.126 0.008 0.197 0.039 0.018 0.051 0.028 0.021 0.075 0.075 0.064 0.072 0.225 30 S 0.078 0.010 0.236 0.052 0.055 0.101 0.011 0.008 0.043 0.126 0.097 0.101 0.081 31 E 0.073 0.017 0.189 0.020 0.104 0.138 0.010 0.005 0.022 0.096 0.130 0.079 0.116 32 L 0.056 0.023 0.188 0.015 0.111 0.167 0.010 0.004 0.014 0.079 0.143 0.049 0.141 33 Y 0.057 0.018 0.183 0.015 0.069 0.257 0.006 0.002 0.011 0.094 0.159 0.076 0.053 34 T 0.044 0.025 0.194 0.007 0.045 0.209 0.003 0.002 0.009 0.168 0.166 0.034 0.092 35 G 0.012 0.014 0.305 0.006 0.021 0.221 0.001 0.001 0.004 0.205 0.144 0.026 0.041 36 K 0.003 0.007 0.143 0.003 0.050 0.534 0.001 0.001 0.002 0.116 0.116 0.009 0.016 37 S 0.002 0.006 0.055 0.003 0.116 0.572 0.001 0.001 0.001 0.060 0.168 0.003 0.012 38 G 0.002 0.004 0.056 0.002 0.120 0.630 0.001 0.001 0.001 0.034 0.141 0.004 0.007 39 A 0.002 0.005 0.041 0.002 0.066 0.790 0.001 0.001 0.001 0.019 0.065 0.002 0.008 40 M 0.002 0.004 0.027 0.002 0.046 0.817 0.001 0.001 0.001 0.025 0.069 0.004 0.005 41 N 0.003 0.004 0.029 0.002 0.027 0.779 0.001 0.001 0.002 0.024 0.119 0.003 0.008 42 G 0.006 0.006 0.062 0.002 0.018 0.807 0.001 0.001 0.003 0.025 0.051 0.006 0.014 43 I 0.003 0.003 0.047 0.004 0.014 0.838 0.001 0.001 0.003 0.014 0.055 0.003 0.015 44 E 0.003 0.001 0.019 0.004 0.027 0.881 0.001 0.001 0.003 0.013 0.036 0.006 0.006 45 S 0.008 0.004 0.020 0.003 0.043 0.824 0.001 0.001 0.009 0.013 0.026 0.006 0.042 46 V 0.006 0.006 0.035 0.005 0.046 0.799 0.002 0.001 0.008 0.011 0.047 0.009 0.025 47 Q 0.006 0.007 0.064 0.007 0.116 0.611 0.002 0.001 0.009 0.023 0.108 0.025 0.022 48 T 0.003 0.005 0.065 0.005 0.076 0.408 0.001 0.001 0.011 0.043 0.348 0.009 0.025 49 N 0.002 0.010 0.148 0.005 0.023 0.111 0.001 0.001 0.006 0.184 0.486 0.013 0.011 50 S 0.001 0.016 0.511 0.002 0.020 0.030 0.001 0.001 0.004 0.283 0.091 0.026 0.015 51 P 0.001 0.015 0.640 0.002 0.032 0.039 0.001 0.001 0.004 0.115 0.124 0.005 0.023 52 I 0.001 0.030 0.358 0.006 0.163 0.058 0.001 0.001 0.007 0.131 0.212 0.020 0.014 53 E 0.001 0.024 0.406 0.004 0.103 0.050 0.001 0.001 0.009 0.162 0.196 0.014 0.030 54 A 0.002 0.039 0.517 0.004 0.046 0.028 0.001 0.001 0.011 0.205 0.100 0.016 0.030 55 R 0.001 0.012 0.758 0.002 0.010 0.009 0.001 0.001 0.007 0.138 0.017 0.027 0.019