# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.057 0.130 0.555 2 S 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.029 0.169 0.688 3 G 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.443 0.060 0.112 0.337 4 W 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.474 0.107 0.084 0.283 5 Y 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.003 0.758 0.041 0.028 0.140 6 E 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.006 0.746 0.080 0.025 0.087 7 L 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 0.039 0.133 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.437 0.069 0.042 0.244 8 S 0.014 0.007 0.002 0.002 0.041 0.222 0.068 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.117 0.060 0.211 9 K 0.026 0.002 0.011 0.002 0.159 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.080 0.089 0.530 10 S 0.371 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.054 0.049 0.494 11 S 0.124 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.063 0.081 0.706 12 N 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.148 0.793 13 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.032 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.037 0.110 0.451 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.279 0.120 0.013 0.003 0.003 0.002 0.003 0.112 0.022 0.085 0.192 15 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.069 0.008 0.104 0.060 0.016 0.004 0.551 0.021 0.030 0.127 16 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.143 0.275 0.185 0.023 0.303 0.013 0.009 0.040 17 F 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.095 0.025 0.783 0.017 0.005 0.026 18 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.840 0.045 0.007 0.046 19 L 0.004 0.002 0.002 0.001 0.051 0.086 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.736 0.035 0.013 0.045 20 K 0.017 0.001 0.014 0.002 0.380 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.067 0.025 0.140 21 A 0.336 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.045 0.048 0.397 22 G 0.184 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.068 0.077 0.638 23 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.016 0.139 0.798 24 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.065 0.103 0.520 25 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.342 0.246 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.065 0.043 0.138 26 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.031 0.005 0.101 0.037 0.007 0.004 0.470 0.073 0.047 0.193 27 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.207 0.294 0.075 0.009 0.236 0.032 0.029 0.108 28 L 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.082 0.074 0.016 0.497 0.067 0.051 0.158 29 T 0.063 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.330 0.162 0.105 0.311 30 S 0.147 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.183 0.137 0.235 31 E 0.022 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.392 0.102 0.143 0.299 32 L 0.050 0.039 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.067 0.117 0.401 33 Y 0.092 0.039 0.002 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.305 0.224 0.110 0.205 34 T 0.008 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.213 0.175 0.441 35 G 0.067 0.459 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.092 0.064 0.275 36 K 0.102 0.692 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.067 0.028 0.095 37 S 0.027 0.223 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.416 0.065 0.228 38 G 0.062 0.490 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.225 0.042 0.123 39 A 0.124 0.689 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.050 0.024 0.085 40 M 0.070 0.552 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.033 0.039 0.273 41 N 0.029 0.360 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.045 0.090 0.083 0.367 42 G 0.060 0.351 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.202 0.076 0.226 43 I 0.137 0.251 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.126 0.074 0.301 44 E 0.036 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.146 0.071 0.451 45 S 0.028 0.048 0.007 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.334 0.076 0.275 46 V 0.144 0.017 0.005 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.186 0.099 0.405 47 Q 0.192 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.064 0.094 0.538 48 T 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.015 0.125 0.805 49 N 0.028 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.037 0.144 0.717 50 S 0.157 0.097 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.105 0.128 0.462 51 P 0.103 0.043 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.069 0.114 0.623 52 I 0.208 0.031 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.049 0.076 0.094 0.519 53 E 0.070 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.070 0.051 0.114 0.653 54 A 0.029 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.024 0.095 0.792 55 R 0.026 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.117 0.042 0.127 0.645