# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.282 0.144 0.055 0.091 0.078 0.068 0.104 0.068 0.051 0.036 0.022 2 S 0.241 0.146 0.081 0.171 0.122 0.075 0.070 0.040 0.028 0.016 0.010 3 G 0.307 0.181 0.091 0.141 0.091 0.062 0.060 0.033 0.019 0.010 0.005 4 W 0.046 0.053 0.051 0.143 0.152 0.128 0.164 0.113 0.080 0.043 0.027 5 Y 0.037 0.030 0.055 0.076 0.096 0.121 0.204 0.148 0.112 0.080 0.042 6 E 0.026 0.061 0.200 0.244 0.168 0.115 0.092 0.044 0.027 0.017 0.007 7 L 0.014 0.014 0.048 0.056 0.074 0.122 0.221 0.161 0.135 0.111 0.044 8 S 0.051 0.065 0.114 0.163 0.134 0.118 0.156 0.085 0.060 0.040 0.014 9 K 0.066 0.109 0.202 0.189 0.128 0.106 0.103 0.046 0.028 0.017 0.006 10 S 0.147 0.177 0.166 0.152 0.107 0.084 0.077 0.040 0.024 0.017 0.008 11 S 0.261 0.368 0.077 0.112 0.062 0.042 0.039 0.020 0.010 0.006 0.003 12 N 0.553 0.179 0.043 0.086 0.051 0.030 0.025 0.016 0.009 0.005 0.003 13 D 0.551 0.177 0.059 0.092 0.046 0.028 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 14 Q 0.077 0.099 0.081 0.216 0.177 0.136 0.107 0.054 0.029 0.016 0.008 15 F 0.007 0.012 0.018 0.024 0.038 0.096 0.183 0.165 0.195 0.170 0.093 16 K 0.009 0.031 0.056 0.179 0.204 0.186 0.156 0.087 0.051 0.027 0.013 17 F 0.005 0.004 0.019 0.016 0.022 0.045 0.132 0.159 0.222 0.241 0.133 18 V 0.007 0.019 0.040 0.154 0.180 0.176 0.175 0.103 0.074 0.045 0.027 19 L 0.003 0.002 0.007 0.006 0.010 0.016 0.053 0.117 0.221 0.272 0.292 20 K 0.007 0.032 0.046 0.123 0.162 0.150 0.163 0.107 0.091 0.064 0.055 21 A 0.010 0.008 0.020 0.025 0.045 0.053 0.140 0.170 0.204 0.153 0.172 22 G 0.244 0.235 0.119 0.184 0.090 0.055 0.038 0.015 0.010 0.006 0.004 23 N 0.050 0.057 0.044 0.101 0.109 0.088 0.165 0.124 0.118 0.072 0.071 24 G 0.360 0.152 0.047 0.106 0.075 0.059 0.067 0.047 0.040 0.030 0.018 25 E 0.061 0.089 0.072 0.174 0.138 0.123 0.128 0.076 0.068 0.041 0.030 26 V 0.027 0.048 0.049 0.089 0.105 0.124 0.161 0.153 0.104 0.083 0.056 27 I 0.006 0.011 0.017 0.039 0.056 0.069 0.132 0.167 0.193 0.166 0.145 28 L 0.012 0.010 0.026 0.037 0.050 0.064 0.144 0.191 0.186 0.172 0.107 29 T 0.024 0.051 0.100 0.188 0.145 0.118 0.132 0.081 0.084 0.052 0.026 30 S 0.018 0.016 0.028 0.044 0.057 0.064 0.137 0.151 0.190 0.162 0.134 31 E 0.029 0.035 0.040 0.091 0.107 0.127 0.183 0.135 0.121 0.083 0.049 32 L 0.052 0.058 0.090 0.129 0.127 0.103 0.155 0.114 0.082 0.055 0.035 33 Y 0.026 0.023 0.041 0.059 0.076 0.106 0.197 0.159 0.137 0.110 0.066 34 T 0.106 0.134 0.097 0.174 0.131 0.096 0.107 0.062 0.048 0.030 0.015 35 G 0.167 0.146 0.101 0.138 0.103 0.086 0.112 0.061 0.043 0.028 0.014 36 K 0.153 0.156 0.106 0.185 0.135 0.100 0.083 0.038 0.024 0.015 0.007 37 S 0.378 0.149 0.089 0.130 0.080 0.057 0.057 0.032 0.016 0.009 0.004 38 G 0.179 0.247 0.094 0.195 0.115 0.065 0.050 0.028 0.015 0.008 0.005 39 A 0.013 0.012 0.016 0.031 0.058 0.071 0.178 0.191 0.165 0.137 0.127 40 M 0.122 0.120 0.237 0.224 0.143 0.077 0.043 0.018 0.009 0.005 0.002 41 N 0.040 0.084 0.163 0.230 0.168 0.138 0.101 0.043 0.020 0.009 0.004 42 G 0.038 0.037 0.033 0.067 0.080 0.063 0.137 0.155 0.156 0.121 0.112 43 I 0.003 0.002 0.004 0.009 0.020 0.040 0.113 0.134 0.235 0.236 0.205 44 E 0.031 0.086 0.363 0.278 0.140 0.059 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 45 S 0.010 0.012 0.039 0.060 0.098 0.122 0.219 0.179 0.118 0.075 0.070 46 V 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.012 0.041 0.082 0.212 0.251 0.380 47 Q 0.027 0.038 0.054 0.131 0.173 0.155 0.208 0.096 0.063 0.038 0.016 48 T 0.057 0.114 0.337 0.253 0.116 0.062 0.031 0.014 0.009 0.005 0.003 49 N 0.147 0.109 0.054 0.122 0.113 0.125 0.173 0.082 0.040 0.022 0.013 50 S 0.205 0.095 0.032 0.068 0.062 0.061 0.120 0.115 0.107 0.076 0.060 51 P 0.309 0.299 0.095 0.146 0.075 0.032 0.023 0.011 0.006 0.003 0.002 52 I 0.243 0.147 0.093 0.150 0.113 0.074 0.078 0.045 0.028 0.017 0.011 53 E 0.507 0.235 0.061 0.091 0.046 0.024 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 54 A 0.258 0.232 0.074 0.150 0.097 0.065 0.060 0.032 0.017 0.008 0.005 55 R 0.292 0.163 0.081 0.139 0.112 0.061 0.065 0.044 0.023 0.012 0.008