# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.191 0.097 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.018 0.065 0.503 2 S 0.041 0.122 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.012 0.145 0.533 3 G 0.124 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.029 0.076 0.603 4 W 0.225 0.082 0.018 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.014 0.106 0.350 5 Y 0.040 0.082 0.010 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.585 0.006 0.067 0.194 6 E 0.020 0.098 0.008 0.002 0.021 0.015 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.596 0.007 0.046 0.157 7 L 0.021 0.131 0.005 0.001 0.003 0.003 0.009 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.049 0.041 0.014 0.445 0.009 0.046 0.201 8 S 0.012 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.081 0.340 0.105 0.013 0.250 0.006 0.028 0.085 9 K 0.026 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.127 0.003 0.180 0.034 0.014 0.006 0.163 0.019 0.070 0.277 10 S 0.029 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.442 0.048 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.097 0.017 0.097 0.177 11 S 0.024 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.284 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.014 0.226 0.318 12 N 0.031 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.055 0.297 0.536 13 D 0.210 0.008 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.319 0.136 0.263 14 Q 0.312 0.009 0.123 0.016 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.016 0.301 0.184 15 F 0.007 0.007 0.004 0.004 0.053 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.511 0.002 0.126 0.261 16 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.262 0.387 0.086 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.001 0.019 0.039 17 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.022 0.101 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.706 0.001 0.019 0.117 18 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.008 0.889 0.001 0.012 0.034 19 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.073 0.300 0.110 0.018 0.414 0.001 0.010 0.057 20 K 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.086 0.003 0.311 0.055 0.023 0.012 0.361 0.001 0.024 0.107 21 A 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.396 0.015 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.390 0.002 0.019 0.107 22 G 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.625 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.003 0.073 0.158 23 N 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.031 0.137 0.630 24 G 0.147 0.009 0.039 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.223 0.064 0.366 25 E 0.217 0.003 0.187 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.013 0.235 0.185 26 V 0.002 0.002 0.002 0.003 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.001 0.040 0.694 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.191 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.262 0.001 0.016 0.030 28 L 0.004 0.006 0.001 0.001 0.007 0.031 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.009 0.676 0.003 0.034 0.176 29 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.795 0.001 0.034 0.132 30 S 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.555 0.003 0.116 0.285 31 E 0.021 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.204 0.007 0.207 0.536 32 L 0.064 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.128 0.011 0.365 0.393 33 Y 0.138 0.110 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.104 0.022 0.318 0.288 34 T 0.184 0.327 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.023 0.077 0.302 35 G 0.083 0.453 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.033 0.045 0.342 36 K 0.114 0.315 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.032 0.081 0.388 37 S 0.030 0.312 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.100 0.510 38 G 0.143 0.296 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.034 0.083 0.399 39 A 0.089 0.617 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.032 0.219 40 M 0.055 0.749 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.022 0.019 0.116 41 N 0.118 0.625 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.039 0.014 0.187 42 G 0.240 0.419 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.074 0.019 0.205 43 I 0.077 0.449 0.152 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.022 0.028 0.206 44 E 0.031 0.445 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.010 0.131 0.201 45 S 0.099 0.498 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.019 0.033 0.285 46 V 0.072 0.622 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.013 0.021 0.148 47 Q 0.034 0.607 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.014 0.111 0.146 48 T 0.105 0.501 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.023 0.074 0.209 49 N 0.177 0.397 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.063 0.036 0.181 50 S 0.381 0.068 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.036 0.103 0.311 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 52 I 0.033 0.013 0.012 0.002 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.009 0.209 0.628 53 E 0.165 0.058 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.008 0.177 0.544 54 A 0.252 0.120 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.013 0.051 0.509 55 R 0.246 0.172 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.021 0.038 0.449