# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.161 0.054 0.012 0.022 0.034 0.065 0.066 0.003 0.001 0.004 0.580 2 S 0.025 0.026 0.003 0.022 0.021 0.041 0.058 0.001 0.001 0.001 0.801 3 G 0.104 0.033 0.004 0.031 0.051 0.058 0.112 0.002 0.001 0.004 0.600 4 W 0.153 0.084 0.005 0.030 0.051 0.069 0.088 0.002 0.001 0.003 0.514 5 Y 0.051 0.082 0.008 0.067 0.202 0.297 0.066 0.002 0.001 0.002 0.223 6 E 0.016 0.068 0.005 0.050 0.229 0.316 0.051 0.002 0.001 0.002 0.261 7 L 0.018 0.073 0.003 0.038 0.249 0.417 0.020 0.002 0.001 0.001 0.179 8 S 0.017 0.054 0.003 0.032 0.306 0.419 0.022 0.003 0.001 0.002 0.142 9 K 0.017 0.022 0.003 0.014 0.162 0.312 0.022 0.003 0.001 0.002 0.441 10 S 0.028 0.017 0.008 0.037 0.159 0.345 0.078 0.003 0.001 0.005 0.319 11 S 0.091 0.019 0.007 0.022 0.060 0.066 0.160 0.003 0.001 0.010 0.562 12 N 0.042 0.019 0.009 0.013 0.021 0.019 0.229 0.002 0.001 0.036 0.611 13 D 0.256 0.010 0.038 0.005 0.028 0.039 0.162 0.001 0.001 0.239 0.221 14 Q 0.347 0.009 0.017 0.012 0.031 0.028 0.334 0.001 0.001 0.034 0.187 15 F 0.043 0.013 0.007 0.030 0.284 0.239 0.109 0.001 0.001 0.004 0.271 16 K 0.004 0.007 0.002 0.029 0.363 0.463 0.038 0.001 0.001 0.001 0.093 17 F 0.002 0.008 0.001 0.049 0.359 0.498 0.016 0.001 0.001 0.001 0.067 18 V 0.002 0.009 0.001 0.039 0.332 0.566 0.011 0.001 0.001 0.001 0.040 19 L 0.001 0.008 0.001 0.030 0.448 0.482 0.005 0.001 0.001 0.001 0.026 20 K 0.002 0.009 0.001 0.010 0.307 0.601 0.006 0.001 0.001 0.001 0.063 21 A 0.003 0.010 0.001 0.019 0.267 0.656 0.007 0.001 0.001 0.001 0.034 22 G 0.014 0.026 0.003 0.019 0.306 0.409 0.056 0.003 0.001 0.002 0.162 23 N 0.118 0.040 0.010 0.032 0.124 0.219 0.047 0.005 0.001 0.015 0.390 24 G 0.162 0.007 0.021 0.048 0.030 0.068 0.127 0.002 0.001 0.047 0.487 25 E 0.425 0.004 0.015 0.054 0.044 0.027 0.250 0.001 0.001 0.013 0.169 26 V 0.029 0.004 0.005 0.101 0.091 0.093 0.050 0.001 0.001 0.002 0.625 27 I 0.008 0.003 0.003 0.145 0.246 0.496 0.022 0.001 0.001 0.001 0.076 28 L 0.006 0.005 0.001 0.379 0.100 0.209 0.051 0.001 0.001 0.001 0.248 29 T 0.013 0.007 0.001 0.289 0.158 0.309 0.037 0.001 0.001 0.002 0.183 30 S 0.022 0.012 0.002 0.218 0.108 0.192 0.098 0.001 0.001 0.008 0.339 31 E 0.038 0.009 0.002 0.048 0.034 0.086 0.201 0.001 0.001 0.006 0.575 32 L 0.044 0.022 0.003 0.046 0.018 0.047 0.406 0.001 0.001 0.005 0.409 33 Y 0.177 0.101 0.007 0.028 0.060 0.104 0.171 0.004 0.001 0.009 0.338 34 T 0.094 0.325 0.008 0.015 0.020 0.031 0.118 0.006 0.001 0.004 0.378 35 G 0.074 0.195 0.005 0.013 0.013 0.027 0.106 0.005 0.001 0.003 0.560 36 K 0.089 0.241 0.006 0.011 0.011 0.020 0.157 0.004 0.001 0.003 0.458 37 S 0.034 0.294 0.003 0.008 0.007 0.011 0.242 0.004 0.001 0.004 0.393 38 G 0.109 0.362 0.017 0.008 0.008 0.016 0.178 0.010 0.001 0.006 0.285 39 A 0.078 0.766 0.032 0.005 0.003 0.005 0.029 0.008 0.001 0.001 0.074 40 M 0.027 0.821 0.006 0.006 0.004 0.006 0.012 0.007 0.001 0.001 0.110 41 N 0.074 0.699 0.007 0.010 0.007 0.010 0.036 0.014 0.001 0.002 0.140 42 G 0.258 0.381 0.009 0.011 0.008 0.013 0.042 0.022 0.001 0.002 0.256 43 I 0.042 0.568 0.143 0.027 0.008 0.010 0.043 0.006 0.001 0.001 0.149 44 E 0.015 0.357 0.005 0.036 0.035 0.064 0.077 0.006 0.001 0.001 0.405 45 S 0.039 0.369 0.007 0.046 0.018 0.023 0.093 0.008 0.001 0.002 0.395 46 V 0.059 0.725 0.011 0.033 0.020 0.035 0.010 0.009 0.001 0.001 0.097 47 Q 0.024 0.729 0.012 0.023 0.018 0.029 0.019 0.014 0.001 0.001 0.133 48 T 0.107 0.548 0.013 0.042 0.017 0.029 0.017 0.036 0.001 0.003 0.188 49 N 0.340 0.218 0.024 0.031 0.012 0.025 0.023 0.059 0.001 0.006 0.262 50 S 0.243 0.120 0.100 0.017 0.037 0.023 0.090 0.026 0.001 0.005 0.339 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 52 I 0.015 0.006 0.005 0.015 0.032 0.111 0.099 0.001 0.001 0.002 0.714 53 E 0.196 0.018 0.002 0.010 0.009 0.019 0.112 0.001 0.001 0.014 0.619 54 A 0.294 0.054 0.006 0.013 0.013 0.024 0.092 0.002 0.001 0.006 0.496 55 R 0.285 0.050 0.013 0.022 0.023 0.039 0.055 0.004 0.001 0.006 0.503