# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.291 0.208 0.256 0.085 0.058 0.025 0.020 0.005 0.044 0.007 0.001 2 S 0.358 0.114 0.283 0.119 0.022 0.018 0.055 0.005 0.015 0.006 0.005 3 G 0.219 0.060 0.111 0.077 0.259 0.012 0.038 0.151 0.008 0.063 0.001 4 W 0.310 0.274 0.181 0.148 0.044 0.017 0.012 0.002 0.011 0.001 0.001 5 Y 0.046 0.596 0.179 0.029 0.108 0.016 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 6 E 0.066 0.669 0.166 0.008 0.030 0.034 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 7 L 0.113 0.497 0.269 0.030 0.028 0.037 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 8 S 0.233 0.308 0.214 0.065 0.074 0.054 0.011 0.002 0.033 0.004 0.002 9 K 0.384 0.266 0.182 0.072 0.040 0.018 0.010 0.001 0.023 0.001 0.002 10 S 0.395 0.167 0.165 0.121 0.039 0.036 0.035 0.006 0.026 0.007 0.003 11 S 0.505 0.094 0.089 0.216 0.028 0.008 0.031 0.006 0.016 0.005 0.002 12 N 0.099 0.034 0.050 0.419 0.029 0.009 0.286 0.054 0.008 0.011 0.001 13 D 0.018 0.025 0.050 0.131 0.049 0.017 0.443 0.246 0.006 0.014 0.001 14 Q 0.027 0.408 0.425 0.060 0.026 0.023 0.017 0.002 0.010 0.001 0.001 15 F 0.022 0.403 0.432 0.065 0.025 0.043 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 16 K 0.015 0.773 0.072 0.013 0.103 0.010 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 17 F 0.001 0.726 0.094 0.001 0.162 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 18 V 0.007 0.802 0.105 0.002 0.032 0.036 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 19 L 0.007 0.793 0.126 0.003 0.027 0.017 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 20 K 0.027 0.652 0.152 0.009 0.060 0.054 0.006 0.001 0.037 0.002 0.001 21 A 0.064 0.325 0.406 0.048 0.087 0.019 0.014 0.001 0.026 0.007 0.004 22 G 0.184 0.121 0.157 0.128 0.104 0.034 0.086 0.064 0.029 0.088 0.006 23 N 0.034 0.072 0.103 0.320 0.057 0.010 0.354 0.021 0.020 0.007 0.002 24 G 0.009 0.009 0.040 0.008 0.088 0.004 0.097 0.597 0.001 0.146 0.001 25 E 0.031 0.525 0.333 0.037 0.036 0.022 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 26 V 0.013 0.566 0.320 0.009 0.009 0.072 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 27 I 0.064 0.650 0.170 0.028 0.019 0.053 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 28 L 0.074 0.479 0.162 0.039 0.182 0.033 0.006 0.001 0.019 0.003 0.001 29 T 0.086 0.406 0.194 0.056 0.147 0.052 0.022 0.003 0.029 0.002 0.002 30 S 0.102 0.379 0.208 0.047 0.179 0.033 0.014 0.005 0.030 0.004 0.001 31 E 0.320 0.361 0.165 0.076 0.033 0.022 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 32 L 0.282 0.321 0.165 0.105 0.068 0.025 0.018 0.002 0.012 0.001 0.001 33 Y 0.251 0.348 0.147 0.096 0.079 0.030 0.019 0.003 0.026 0.002 0.001 34 T 0.298 0.254 0.243 0.096 0.029 0.023 0.026 0.002 0.026 0.002 0.002 35 G 0.236 0.059 0.231 0.053 0.126 0.064 0.040 0.063 0.021 0.104 0.002 36 K 0.826 0.025 0.077 0.051 0.004 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 37 S 0.891 0.021 0.031 0.042 0.002 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 38 G 0.807 0.019 0.035 0.074 0.023 0.011 0.012 0.010 0.005 0.005 0.001 39 A 0.917 0.009 0.030 0.035 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 M 0.958 0.010 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 N 0.767 0.013 0.019 0.149 0.011 0.005 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 42 G 0.798 0.014 0.051 0.047 0.028 0.005 0.019 0.025 0.004 0.008 0.001 43 I 0.917 0.021 0.045 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.932 0.012 0.012 0.038 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.790 0.059 0.032 0.052 0.047 0.006 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 46 V 0.886 0.045 0.027 0.027 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 47 Q 0.773 0.081 0.054 0.055 0.011 0.008 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 48 T 0.489 0.066 0.058 0.308 0.028 0.007 0.027 0.003 0.011 0.002 0.001 49 N 0.138 0.048 0.108 0.392 0.036 0.034 0.165 0.051 0.017 0.008 0.002 50 S 0.074 0.168 0.449 0.023 0.082 0.019 0.029 0.005 0.127 0.023 0.001 51 P 0.387 0.012 0.527 0.020 0.003 0.019 0.002 0.001 0.002 0.004 0.023 52 I 0.447 0.144 0.216 0.128 0.016 0.022 0.006 0.003 0.015 0.001 0.001 53 E 0.463 0.150 0.218 0.094 0.020 0.015 0.015 0.003 0.017 0.002 0.002 54 A 0.341 0.173 0.224 0.126 0.044 0.023 0.036 0.009 0.017 0.005 0.003 55 R 0.126 0.283 0.311 0.091 0.084 0.030 0.028 0.007 0.032 0.006 0.002