# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.371 0.195 0.188 0.145 0.076 0.023 0.002 2 S 0.712 0.183 0.079 0.022 0.004 0.001 0.001 3 G 0.534 0.277 0.133 0.038 0.013 0.004 0.001 4 W 0.114 0.185 0.279 0.238 0.139 0.042 0.003 5 Y 0.044 0.057 0.097 0.225 0.346 0.214 0.017 6 E 0.110 0.268 0.298 0.200 0.094 0.029 0.002 7 L 0.065 0.122 0.174 0.266 0.257 0.112 0.005 8 S 0.135 0.259 0.273 0.199 0.103 0.028 0.001 9 K 0.288 0.344 0.182 0.138 0.041 0.007 0.001 10 S 0.476 0.255 0.151 0.090 0.025 0.003 0.001 11 S 0.695 0.178 0.096 0.024 0.005 0.001 0.001 12 N 0.748 0.174 0.067 0.010 0.002 0.001 0.001 13 D 0.548 0.298 0.118 0.028 0.007 0.001 0.001 14 Q 0.208 0.405 0.223 0.116 0.036 0.010 0.001 15 F 0.008 0.026 0.065 0.198 0.444 0.247 0.012 16 K 0.016 0.053 0.164 0.272 0.280 0.178 0.037 17 F 0.007 0.024 0.045 0.090 0.238 0.456 0.139 18 V 0.014 0.049 0.139 0.284 0.263 0.174 0.076 19 L 0.004 0.006 0.011 0.032 0.150 0.490 0.306 20 K 0.031 0.113 0.216 0.279 0.203 0.122 0.037 21 A 0.046 0.087 0.121 0.223 0.268 0.212 0.043 22 G 0.113 0.249 0.243 0.210 0.111 0.061 0.013 23 N 0.138 0.171 0.165 0.183 0.181 0.130 0.032 24 G 0.145 0.238 0.185 0.223 0.129 0.065 0.014 25 E 0.215 0.241 0.232 0.173 0.085 0.046 0.009 26 V 0.068 0.093 0.146 0.233 0.254 0.173 0.033 27 I 0.058 0.053 0.070 0.118 0.201 0.349 0.150 28 L 0.085 0.096 0.115 0.172 0.205 0.225 0.101 29 T 0.144 0.167 0.176 0.211 0.148 0.101 0.051 30 S 0.146 0.143 0.162 0.176 0.170 0.145 0.057 31 E 0.173 0.173 0.165 0.171 0.141 0.137 0.040 32 L 0.164 0.184 0.209 0.181 0.156 0.091 0.014 33 Y 0.152 0.135 0.158 0.221 0.202 0.119 0.013 34 T 0.301 0.235 0.208 0.147 0.075 0.030 0.004 35 G 0.410 0.237 0.164 0.115 0.051 0.021 0.002 36 K 0.559 0.210 0.141 0.061 0.021 0.007 0.001 37 S 0.489 0.280 0.123 0.075 0.024 0.008 0.001 38 G 0.326 0.275 0.231 0.097 0.050 0.019 0.002 39 A 0.090 0.135 0.179 0.273 0.206 0.106 0.011 40 M 0.212 0.306 0.238 0.171 0.055 0.015 0.002 41 N 0.097 0.239 0.297 0.205 0.119 0.038 0.005 42 G 0.011 0.024 0.052 0.122 0.262 0.439 0.090 43 I 0.005 0.014 0.054 0.138 0.349 0.351 0.091 44 E 0.041 0.268 0.297 0.248 0.096 0.041 0.010 45 S 0.014 0.055 0.159 0.279 0.326 0.150 0.017 46 V 0.011 0.019 0.043 0.120 0.381 0.380 0.048 47 Q 0.069 0.208 0.325 0.263 0.106 0.027 0.002 48 T 0.281 0.392 0.209 0.082 0.030 0.007 0.001 49 N 0.215 0.299 0.247 0.162 0.058 0.018 0.001 50 S 0.322 0.272 0.215 0.129 0.052 0.010 0.001 51 P 0.467 0.398 0.094 0.034 0.006 0.001 0.001 52 I 0.590 0.256 0.108 0.038 0.008 0.001 0.001 53 E 0.755 0.197 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 54 A 0.777 0.176 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 55 R 0.685 0.224 0.069 0.019 0.003 0.001 0.001