# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.5899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.170 0.104 0.106 0.134 0.145 0.128 0.083 0.060 0.035 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 2 S 0.346 0.171 0.146 0.101 0.078 0.058 0.048 0.019 0.018 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 3 G 0.187 0.127 0.125 0.140 0.133 0.113 0.070 0.044 0.029 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 4 W 0.079 0.080 0.082 0.135 0.186 0.147 0.109 0.077 0.050 0.030 0.015 0.006 0.003 0.002 5 Y 0.058 0.037 0.053 0.073 0.110 0.123 0.128 0.144 0.101 0.077 0.055 0.025 0.012 0.004 6 E 0.109 0.101 0.098 0.143 0.135 0.132 0.100 0.081 0.051 0.026 0.015 0.006 0.002 0.002 7 L 0.079 0.066 0.074 0.130 0.138 0.145 0.113 0.091 0.076 0.042 0.022 0.016 0.006 0.002 8 S 0.213 0.150 0.163 0.145 0.121 0.087 0.059 0.031 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 9 K 0.310 0.196 0.184 0.136 0.077 0.051 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 S 0.533 0.182 0.104 0.081 0.053 0.021 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 S 0.547 0.178 0.177 0.049 0.022 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.545 0.167 0.123 0.074 0.044 0.018 0.022 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.375 0.228 0.217 0.076 0.040 0.032 0.020 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.101 0.137 0.167 0.175 0.182 0.117 0.059 0.027 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 15 F 0.017 0.017 0.024 0.062 0.115 0.151 0.185 0.171 0.114 0.073 0.032 0.025 0.012 0.002 16 K 0.023 0.018 0.032 0.061 0.114 0.126 0.136 0.150 0.130 0.082 0.065 0.041 0.014 0.008 17 F 0.010 0.004 0.006 0.011 0.021 0.035 0.063 0.095 0.141 0.189 0.168 0.161 0.078 0.018 18 V 0.015 0.016 0.018 0.040 0.064 0.087 0.112 0.158 0.128 0.111 0.100 0.080 0.040 0.031 19 L 0.008 0.005 0.006 0.011 0.020 0.039 0.074 0.096 0.155 0.208 0.175 0.116 0.065 0.022 20 K 0.018 0.034 0.038 0.082 0.127 0.148 0.169 0.166 0.089 0.057 0.043 0.014 0.007 0.008 21 A 0.026 0.026 0.034 0.055 0.098 0.113 0.133 0.136 0.125 0.098 0.090 0.037 0.022 0.009 22 G 0.054 0.098 0.110 0.195 0.182 0.139 0.083 0.067 0.039 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 23 N 0.088 0.091 0.111 0.155 0.156 0.146 0.093 0.067 0.049 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 24 G 0.108 0.112 0.135 0.154 0.158 0.127 0.092 0.055 0.036 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 25 E 0.197 0.147 0.152 0.133 0.115 0.108 0.061 0.036 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 26 V 0.065 0.044 0.051 0.084 0.133 0.147 0.162 0.132 0.076 0.050 0.029 0.016 0.008 0.003 27 I 0.050 0.030 0.041 0.061 0.101 0.117 0.136 0.148 0.111 0.079 0.058 0.039 0.020 0.009 28 L 0.050 0.023 0.026 0.037 0.057 0.080 0.102 0.120 0.137 0.133 0.100 0.081 0.038 0.014 29 T 0.066 0.053 0.057 0.083 0.111 0.113 0.125 0.117 0.093 0.070 0.065 0.028 0.011 0.010 30 S 0.054 0.038 0.048 0.068 0.105 0.111 0.127 0.121 0.102 0.087 0.076 0.032 0.018 0.011 31 E 0.081 0.065 0.078 0.113 0.142 0.132 0.120 0.103 0.071 0.048 0.026 0.011 0.005 0.003 32 L 0.075 0.064 0.077 0.117 0.163 0.138 0.126 0.100 0.066 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 33 Y 0.099 0.082 0.081 0.123 0.174 0.139 0.117 0.088 0.047 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 34 T 0.259 0.177 0.153 0.138 0.105 0.074 0.043 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 35 G 0.324 0.162 0.134 0.126 0.100 0.070 0.042 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 36 K 0.368 0.166 0.166 0.108 0.077 0.053 0.032 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.547 0.159 0.104 0.071 0.050 0.031 0.023 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.305 0.199 0.157 0.124 0.087 0.065 0.032 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.094 0.075 0.079 0.147 0.186 0.165 0.109 0.073 0.039 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 40 M 0.217 0.168 0.179 0.145 0.108 0.075 0.049 0.024 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 41 N 0.188 0.156 0.142 0.153 0.131 0.095 0.054 0.038 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 42 G 0.031 0.035 0.042 0.096 0.153 0.176 0.154 0.126 0.088 0.051 0.024 0.014 0.007 0.003 43 I 0.022 0.022 0.036 0.066 0.114 0.142 0.168 0.167 0.106 0.065 0.049 0.023 0.013 0.005 44 E 0.210 0.144 0.123 0.116 0.104 0.096 0.066 0.049 0.042 0.021 0.018 0.006 0.002 0.002 45 S 0.053 0.061 0.079 0.135 0.160 0.147 0.116 0.099 0.063 0.040 0.021 0.016 0.008 0.003 46 V 0.023 0.019 0.024 0.052 0.102 0.144 0.186 0.166 0.116 0.063 0.059 0.024 0.015 0.006 47 Q 0.108 0.130 0.162 0.170 0.146 0.118 0.071 0.045 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 48 T 0.354 0.175 0.129 0.103 0.085 0.062 0.043 0.021 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 49 N 0.145 0.119 0.122 0.166 0.168 0.129 0.073 0.037 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 50 S 0.250 0.125 0.129 0.140 0.135 0.094 0.064 0.030 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 51 P 0.390 0.176 0.115 0.101 0.095 0.052 0.039 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 I 0.290 0.155 0.130 0.126 0.118 0.076 0.048 0.029 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 53 E 0.496 0.176 0.103 0.081 0.057 0.037 0.028 0.009 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.399 0.172 0.111 0.100 0.079 0.067 0.039 0.015 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 55 R 0.320 0.155 0.127 0.123 0.114 0.075 0.044 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001