# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2811 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.021 0.377 0.004 0.038 0.323 0.001 0.001 0.012 0.104 0.052 0.025 0.039 2 W 0.001 0.008 0.147 0.003 0.035 0.682 0.001 0.001 0.003 0.043 0.054 0.007 0.015 3 N 0.001 0.003 0.038 0.002 0.025 0.837 0.001 0.001 0.001 0.030 0.058 0.003 0.003 4 D 0.001 0.002 0.034 0.001 0.020 0.885 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.002 0.007 5 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.004 6 A 0.002 0.001 0.005 0.002 0.012 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 7 V 0.004 0.001 0.002 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 8 Y 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 9 I 0.019 0.001 0.002 0.001 0.008 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 10 I 0.037 0.001 0.008 0.004 0.023 0.861 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.010 0.016 11 R 0.036 0.002 0.029 0.006 0.040 0.649 0.001 0.001 0.002 0.017 0.178 0.017 0.023 12 C 0.012 0.006 0.084 0.002 0.045 0.299 0.001 0.001 0.003 0.070 0.424 0.018 0.036 13 S 0.004 0.018 0.210 0.002 0.016 0.050 0.001 0.001 0.004 0.324 0.302 0.032 0.036 14 G 0.001 0.004 0.686 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.219 0.057 0.010 0.010 15 P 0.001 0.001 0.044 0.004 0.071 0.008 0.001 0.001 0.001 0.071 0.798 0.001 0.002 16 G 0.001 0.002 0.039 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.849 0.002 0.001 17 T 0.006 0.014 0.627 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.023 0.226 0.017 0.023 0.030 18 R 0.035 0.024 0.224 0.033 0.002 0.001 0.029 0.023 0.298 0.110 0.010 0.114 0.098 19 V 0.104 0.005 0.024 0.018 0.001 0.001 0.164 0.280 0.223 0.008 0.002 0.020 0.150 20 V 0.128 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.229 0.392 0.156 0.002 0.001 0.046 0.016 21 E 0.124 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.195 0.401 0.189 0.001 0.001 0.030 0.051 22 V 0.068 0.002 0.027 0.016 0.001 0.002 0.166 0.353 0.281 0.005 0.002 0.031 0.045 23 G 0.039 0.006 0.264 0.036 0.003 0.005 0.032 0.047 0.328 0.073 0.015 0.100 0.052 24 A 0.017 0.012 0.261 0.017 0.034 0.060 0.013 0.009 0.099 0.186 0.177 0.012 0.104 25 G 0.013 0.015 0.260 0.025 0.068 0.057 0.007 0.006 0.049 0.189 0.193 0.086 0.032 26 R 0.016 0.021 0.280 0.007 0.082 0.095 0.004 0.003 0.021 0.236 0.112 0.026 0.097 27 F 0.013 0.024 0.227 0.005 0.082 0.368 0.002 0.001 0.010 0.097 0.118 0.013 0.041 28 L 0.005 0.009 0.075 0.005 0.049 0.713 0.001 0.001 0.002 0.048 0.075 0.009 0.010 29 Y 0.004 0.008 0.109 0.003 0.042 0.727 0.001 0.001 0.002 0.040 0.037 0.008 0.018 30 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.025 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.043 0.720 0.001 0.001 0.001 0.005 0.220 0.001 0.001 36 K 0.001 0.003 0.019 0.001 0.082 0.659 0.001 0.001 0.001 0.026 0.208 0.001 0.002 37 H 0.001 0.002 0.388 0.002 0.073 0.236 0.001 0.001 0.001 0.179 0.114 0.002 0.003 38 S 0.001 0.001 0.040 0.002 0.177 0.040 0.001 0.001 0.001 0.037 0.701 0.001 0.001 39 K 0.001 0.002 0.077 0.002 0.040 0.004 0.001 0.001 0.013 0.033 0.825 0.001 0.002 40 V 0.001 0.003 0.708 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.188 0.078 0.003 0.008 0.004 41 D 0.003 0.004 0.246 0.010 0.001 0.001 0.005 0.011 0.633 0.047 0.002 0.020 0.018 42 L 0.014 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.054 0.283 0.613 0.003 0.001 0.005 0.019 43 V 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.097 0.753 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.791 0.128 0.001 0.001 0.001 0.002 45 T 0.019 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.054 0.576 0.314 0.001 0.001 0.012 0.009 46 D 0.027 0.003 0.077 0.005 0.001 0.001 0.037 0.078 0.622 0.020 0.005 0.094 0.030 47 I 0.009 0.058 0.402 0.006 0.003 0.001 0.012 0.016 0.219 0.186 0.020 0.007 0.060 48 K 0.001 0.012 0.837 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.075 0.002 0.023 0.007 49 P 0.001 0.011 0.236 0.006 0.144 0.015 0.001 0.001 0.007 0.159 0.337 0.002 0.081 50 S 0.001 0.004 0.051 0.004 0.069 0.005 0.001 0.001 0.001 0.091 0.770 0.006 0.001 51 H 0.002 0.012 0.266 0.007 0.114 0.011 0.001 0.001 0.003 0.275 0.291 0.006 0.013 52 G 0.004 0.026 0.389 0.007 0.040 0.016 0.002 0.001 0.010 0.305 0.168 0.012 0.020 53 G 0.014 0.036 0.377 0.022 0.023 0.020 0.004 0.006 0.026 0.274 0.118 0.045 0.036 54 I 0.078 0.039 0.228 0.026 0.016 0.019 0.031 0.030 0.102 0.088 0.024 0.074 0.246 55 V 0.183 0.024 0.099 0.028 0.011 0.015 0.093 0.055 0.132 0.026 0.010 0.137 0.190 56 R 0.183 0.028 0.146 0.038 0.018 0.023 0.093 0.062 0.113 0.027 0.018 0.090 0.162 57 D 0.079 0.015 0.345 0.036 0.030 0.029 0.020 0.021 0.085 0.068 0.029 0.118 0.126 58 D 0.032 0.009 0.334 0.023 0.055 0.052 0.007 0.006 0.049 0.154 0.112 0.070 0.098 59 I 0.020 0.017 0.267 0.009 0.099 0.051 0.008 0.006 0.033 0.123 0.247 0.032 0.086 60 T 0.011 0.029 0.283 0.009 0.040 0.045 0.004 0.003 0.013 0.301 0.169 0.063 0.031 61 S 0.004 0.020 0.538 0.004 0.021 0.025 0.001 0.001 0.006 0.227 0.081 0.022 0.050 62 P 0.003 0.011 0.228 0.013 0.060 0.089 0.001 0.001 0.002 0.129 0.442 0.009 0.014 63 R 0.004 0.014 0.224 0.013 0.078 0.119 0.001 0.001 0.004 0.135 0.378 0.017 0.015 64 M 0.015 0.014 0.310 0.011 0.111 0.222 0.002 0.001 0.008 0.108 0.053 0.024 0.120 65 E 0.049 0.023 0.132 0.023 0.068 0.222 0.007 0.003 0.020 0.045 0.033 0.297 0.078 66 I 0.063 0.021 0.043 0.005 0.058 0.234 0.026 0.012 0.026 0.019 0.037 0.022 0.434 67 Y 0.034 0.011 0.111 0.150 0.134 0.271 0.009 0.005 0.011 0.040 0.094 0.098 0.033 68 R 0.014 0.005 0.071 0.044 0.202 0.180 0.003 0.001 0.010 0.065 0.333 0.030 0.042 69 G 0.013 0.006 0.124 0.050 0.108 0.061 0.004 0.002 0.023 0.100 0.425 0.017 0.067 70 A 0.027 0.005 0.505 0.031 0.010 0.015 0.005 0.003 0.070 0.179 0.030 0.054 0.067 71 A 0.060 0.004 0.226 0.115 0.003 0.008 0.017 0.022 0.149 0.160 0.019 0.155 0.062 72 L 0.152 0.002 0.009 0.017 0.001 0.007 0.155 0.318 0.206 0.014 0.004 0.022 0.093 73 I 0.086 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.193 0.633 0.064 0.001 0.001 0.005 0.007 74 Y 0.120 0.001 0.002 0.009 0.001 0.003 0.205 0.603 0.038 0.001 0.001 0.007 0.010 75 S 0.130 0.001 0.019 0.004 0.001 0.004 0.161 0.334 0.250 0.004 0.005 0.064 0.021 76 I 0.139 0.007 0.192 0.021 0.010 0.009 0.100 0.090 0.257 0.038 0.020 0.017 0.100 77 R 0.009 0.009 0.564 0.006 0.003 0.004 0.005 0.002 0.145 0.160 0.010 0.069 0.013 78 P 0.002 0.013 0.609 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.031 0.219 0.068 0.005 0.037 79 P 0.001 0.013 0.729 0.003 0.029 0.038 0.001 0.001 0.005 0.125 0.041 0.007 0.009 80 A 0.001 0.005 0.145 0.003 0.252 0.318 0.001 0.001 0.003 0.086 0.175 0.003 0.008 81 E 0.002 0.010 0.068 0.002 0.344 0.334 0.001 0.001 0.002 0.037 0.188 0.006 0.007 82 I 0.002 0.017 0.125 0.002 0.175 0.545 0.001 0.001 0.005 0.040 0.070 0.003 0.015 83 H 0.001 0.010 0.129 0.002 0.036 0.727 0.001 0.001 0.004 0.048 0.030 0.006 0.006 84 S 0.001 0.003 0.045 0.001 0.033 0.853 0.001 0.001 0.001 0.017 0.039 0.001 0.006 85 S 0.001 0.001 0.018 0.001 0.022 0.922 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.002 0.001 86 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.043 0.826 0.001 0.001 0.001 0.006 0.115 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.098 0.757 0.001 0.001 0.001 0.019 0.107 0.001 0.002 93 V 0.001 0.002 0.108 0.003 0.041 0.229 0.001 0.001 0.004 0.174 0.432 0.004 0.003 94 G 0.001 0.003 0.213 0.007 0.016 0.010 0.001 0.001 0.024 0.069 0.651 0.002 0.004 95 A 0.002 0.007 0.598 0.011 0.004 0.003 0.001 0.004 0.188 0.141 0.024 0.011 0.006 96 R 0.004 0.003 0.189 0.017 0.001 0.001 0.008 0.057 0.576 0.106 0.006 0.017 0.013 97 L 0.019 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.087 0.493 0.356 0.005 0.001 0.004 0.025 98 I 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.691 0.215 0.001 0.001 0.005 0.001 99 I 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.092 0.713 0.158 0.001 0.001 0.001 0.011 100 K 0.005 0.003 0.102 0.003 0.001 0.001 0.011 0.141 0.644 0.011 0.001 0.074 0.005 101 P 0.003 0.014 0.501 0.003 0.003 0.001 0.004 0.014 0.229 0.102 0.021 0.002 0.103 102 L 0.001 0.009 0.468 0.009 0.017 0.002 0.001 0.002 0.036 0.273 0.163 0.016 0.004 103 T 0.001 0.006 0.201 0.005 0.026 0.003 0.001 0.001 0.005 0.342 0.395 0.003 0.012 104 G 0.001 0.011 0.212 0.002 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.396 0.332 0.009 0.005 105 E 0.009 0.043 0.498 0.005 0.066 0.028 0.001 0.001 0.004 0.186 0.103 0.022 0.035 106 D 0.031 0.055 0.402 0.007 0.077 0.051 0.003 0.001 0.006 0.111 0.061 0.050 0.144 107 I 0.051 0.047 0.348 0.018 0.081 0.072 0.005 0.001 0.006 0.061 0.058 0.108 0.145 108 V 0.060 0.040 0.279 0.030 0.082 0.061 0.008 0.001 0.008 0.055 0.082 0.107 0.188 109 T 0.030 0.024 0.282 0.024 0.055 0.049 0.003 0.001 0.005 0.101 0.122 0.174 0.130 110 E 0.016 0.012 0.246 0.027 0.062 0.033 0.002 0.001 0.004 0.117 0.318 0.034 0.128 111 R 0.014 0.012 0.228 0.057 0.047 0.037 0.002 0.001 0.005 0.188 0.279 0.095 0.038 112 K 0.022 0.020 0.309 0.019 0.031 0.030 0.004 0.001 0.021 0.101 0.184 0.088 0.169 113 M 0.059 0.018 0.355 0.022 0.015 0.014 0.008 0.004 0.030 0.052 0.026 0.072 0.326 114 K 0.055 0.005 0.070 0.021 0.003 0.007 0.008 0.003 0.042 0.019 0.004 0.721 0.043 115 L 0.076 0.008 0.028 0.005 0.003 0.004 0.024 0.010 0.038 0.006 0.004 0.017 0.776 116 V 0.108 0.014 0.065 0.064 0.006 0.006 0.033 0.017 0.052 0.017 0.008 0.560 0.050 117 N 0.045 0.007 0.119 0.009 0.006 0.004 0.009 0.005 0.031 0.029 0.017 0.059 0.662 118 Y 0.023 0.005 0.189 0.079 0.030 0.011 0.005 0.002 0.010 0.131 0.269 0.121 0.124 119 G 0.009 0.002 0.082 0.059 0.010 0.004 0.002 0.001 0.004 0.233 0.500 0.068 0.027 120 R 0.053 0.010 0.233 0.014 0.010 0.007 0.005 0.001 0.007 0.217 0.104 0.039 0.299 121 T 0.174 0.007 0.137 0.020 0.003 0.009 0.009 0.002 0.011 0.047 0.012 0.431 0.138 122 Y 0.401 0.002 0.019 0.009 0.001 0.006 0.040 0.005 0.009 0.005 0.003 0.084 0.416 123 F 0.618 0.001 0.011 0.053 0.001 0.010 0.046 0.005 0.005 0.002 0.002 0.134 0.112 124 Y 0.700 0.001 0.006 0.024 0.001 0.011 0.040 0.002 0.004 0.001 0.001 0.095 0.114 125 E 0.620 0.001 0.010 0.012 0.002 0.015 0.026 0.002 0.005 0.001 0.002 0.127 0.177 126 Y 0.562 0.001 0.016 0.018 0.004 0.026 0.018 0.001 0.006 0.002 0.004 0.126 0.215 127 I 0.388 0.003 0.055 0.039 0.014 0.072 0.009 0.001 0.007 0.009 0.015 0.188 0.200 128 A 0.188 0.005 0.078 0.046 0.051 0.183 0.005 0.001 0.005 0.022 0.062 0.107 0.247 129 E 0.104 0.006 0.091 0.019 0.060 0.245 0.003 0.001 0.005 0.040 0.110 0.156 0.158 130 V 0.062 0.011 0.154 0.011 0.058 0.222 0.003 0.001 0.005 0.049 0.118 0.061 0.246 131 R 0.025 0.016 0.269 0.010 0.037 0.165 0.002 0.001 0.010 0.085 0.130 0.181 0.069 132 S 0.009 0.024 0.390 0.008 0.026 0.104 0.002 0.001 0.010 0.127 0.142 0.028 0.129 133 R 0.004 0.016 0.594 0.007 0.013 0.047 0.001 0.001 0.010 0.164 0.056 0.058 0.030