# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2811 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.094 0.049 0.101 0.082 0.112 0.159 0.090 0.087 0.060 0.035 2 W 0.056 0.050 0.031 0.097 0.131 0.146 0.177 0.120 0.094 0.060 0.038 3 N 0.358 0.191 0.115 0.138 0.080 0.044 0.037 0.016 0.011 0.007 0.003 4 D 0.055 0.070 0.060 0.206 0.211 0.141 0.131 0.066 0.035 0.017 0.008 5 L 0.002 0.003 0.006 0.008 0.012 0.019 0.068 0.118 0.259 0.251 0.254 6 A 0.002 0.007 0.022 0.063 0.091 0.183 0.276 0.132 0.113 0.077 0.034 7 V 0.015 0.036 0.292 0.249 0.149 0.098 0.078 0.040 0.025 0.014 0.005 8 Y 0.001 0.002 0.009 0.020 0.035 0.076 0.231 0.277 0.188 0.098 0.062 9 I 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.005 0.029 0.046 0.195 0.314 0.400 10 I 0.001 0.003 0.036 0.064 0.080 0.161 0.260 0.138 0.131 0.072 0.052 11 R 0.003 0.014 0.167 0.175 0.207 0.158 0.154 0.062 0.038 0.015 0.007 12 C 0.004 0.006 0.012 0.015 0.021 0.056 0.211 0.247 0.195 0.149 0.084 13 S 0.093 0.060 0.047 0.092 0.067 0.093 0.173 0.127 0.107 0.087 0.053 14 G 0.254 0.144 0.063 0.110 0.077 0.077 0.092 0.063 0.049 0.037 0.033 15 P 0.290 0.246 0.054 0.158 0.106 0.054 0.042 0.021 0.014 0.008 0.006 16 G 0.503 0.132 0.024 0.083 0.073 0.044 0.050 0.033 0.027 0.017 0.013 17 T 0.066 0.079 0.027 0.112 0.134 0.151 0.161 0.088 0.082 0.055 0.044 18 R 0.017 0.032 0.023 0.076 0.105 0.141 0.220 0.155 0.124 0.059 0.048 19 V 0.002 0.004 0.006 0.009 0.016 0.030 0.105 0.180 0.225 0.210 0.213 20 V 0.002 0.003 0.007 0.011 0.019 0.034 0.108 0.171 0.243 0.230 0.171 21 E 0.001 0.002 0.005 0.007 0.012 0.016 0.060 0.148 0.204 0.235 0.309 22 V 0.001 0.002 0.005 0.007 0.011 0.017 0.061 0.116 0.229 0.318 0.233 23 G 0.006 0.008 0.011 0.023 0.036 0.047 0.115 0.174 0.199 0.182 0.199 24 A 0.008 0.008 0.012 0.033 0.049 0.062 0.139 0.148 0.193 0.183 0.166 25 G 0.044 0.033 0.028 0.069 0.083 0.098 0.157 0.134 0.140 0.111 0.101 26 R 0.021 0.035 0.031 0.132 0.162 0.174 0.182 0.107 0.082 0.048 0.026 27 F 0.018 0.017 0.020 0.040 0.050 0.070 0.124 0.131 0.179 0.194 0.157 28 L 0.028 0.025 0.044 0.114 0.116 0.175 0.161 0.086 0.094 0.090 0.067 29 Y 0.034 0.073 0.090 0.196 0.168 0.136 0.129 0.077 0.047 0.035 0.016 30 V 0.001 0.004 0.008 0.008 0.010 0.017 0.070 0.131 0.224 0.277 0.251 31 S 0.001 0.002 0.008 0.015 0.018 0.064 0.166 0.159 0.204 0.198 0.164 32 D 0.064 0.044 0.426 0.259 0.082 0.056 0.033 0.015 0.009 0.008 0.003 33 Y 0.002 0.007 0.026 0.075 0.114 0.216 0.300 0.148 0.068 0.028 0.016 34 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.019 0.040 0.175 0.329 0.426 35 R 0.004 0.011 0.075 0.121 0.203 0.223 0.230 0.069 0.035 0.021 0.008 36 K 0.023 0.067 0.612 0.178 0.061 0.035 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 37 H 0.021 0.017 0.017 0.037 0.056 0.116 0.245 0.215 0.119 0.090 0.065 38 S 0.296 0.220 0.055 0.102 0.060 0.065 0.082 0.045 0.035 0.027 0.014 39 K 0.381 0.220 0.077 0.180 0.079 0.033 0.015 0.006 0.004 0.002 0.002 40 V 0.010 0.008 0.011 0.017 0.024 0.050 0.106 0.162 0.216 0.193 0.203 41 D 0.081 0.172 0.036 0.245 0.216 0.101 0.080 0.028 0.023 0.012 0.007 42 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.016 0.046 0.179 0.309 0.439 43 V 0.011 0.024 0.025 0.106 0.132 0.132 0.174 0.118 0.117 0.083 0.078 44 L 0.002 0.005 0.006 0.011 0.011 0.017 0.053 0.096 0.208 0.272 0.320 45 T 0.005 0.006 0.007 0.022 0.030 0.045 0.103 0.158 0.205 0.195 0.225 46 D 0.011 0.015 0.020 0.055 0.062 0.085 0.157 0.172 0.170 0.145 0.107 47 I 0.010 0.016 0.014 0.046 0.052 0.086 0.147 0.174 0.180 0.160 0.114 48 K 0.077 0.095 0.048 0.168 0.168 0.126 0.121 0.077 0.054 0.042 0.023 49 P 0.246 0.146 0.037 0.112 0.105 0.082 0.087 0.070 0.050 0.041 0.024 50 S 0.308 0.212 0.049 0.135 0.103 0.062 0.044 0.030 0.024 0.020 0.012 51 H 0.390 0.218 0.038 0.115 0.081 0.046 0.044 0.027 0.019 0.013 0.009 52 G 0.228 0.109 0.030 0.096 0.098 0.089 0.107 0.082 0.072 0.052 0.037 53 G 0.276 0.192 0.052 0.174 0.122 0.068 0.056 0.025 0.019 0.010 0.005 54 I 0.054 0.041 0.030 0.094 0.088 0.108 0.157 0.114 0.143 0.098 0.074 55 V 0.041 0.039 0.024 0.088 0.100 0.147 0.184 0.114 0.124 0.078 0.061 56 R 0.044 0.072 0.050 0.173 0.164 0.146 0.132 0.075 0.069 0.046 0.028 57 D 0.012 0.014 0.017 0.033 0.045 0.056 0.109 0.199 0.204 0.185 0.125 58 D 0.022 0.040 0.039 0.098 0.105 0.100 0.159 0.159 0.121 0.107 0.050 59 I 0.008 0.014 0.017 0.029 0.026 0.040 0.095 0.143 0.205 0.260 0.164 60 T 0.035 0.048 0.040 0.107 0.134 0.146 0.177 0.113 0.090 0.069 0.040 61 S 0.216 0.210 0.077 0.181 0.121 0.057 0.054 0.031 0.024 0.019 0.010 62 P 0.123 0.084 0.028 0.103 0.113 0.124 0.141 0.093 0.084 0.063 0.043 63 R 0.241 0.402 0.046 0.149 0.101 0.023 0.018 0.008 0.007 0.004 0.002 64 M 0.038 0.029 0.016 0.077 0.094 0.168 0.210 0.132 0.117 0.069 0.049 65 E 0.175 0.224 0.131 0.274 0.127 0.034 0.019 0.007 0.005 0.003 0.001 66 I 0.003 0.009 0.014 0.037 0.037 0.059 0.159 0.184 0.206 0.153 0.139 67 Y 0.005 0.009 0.022 0.044 0.053 0.070 0.151 0.122 0.176 0.167 0.180 68 R 0.020 0.067 0.176 0.298 0.222 0.104 0.071 0.020 0.013 0.007 0.003 69 G 0.054 0.085 0.168 0.230 0.179 0.118 0.097 0.032 0.022 0.010 0.006 70 A 0.002 0.002 0.004 0.007 0.012 0.023 0.088 0.146 0.250 0.244 0.222 71 A 0.016 0.052 0.051 0.171 0.200 0.167 0.188 0.082 0.048 0.018 0.007 72 L 0.001 0.005 0.028 0.018 0.019 0.038 0.105 0.112 0.230 0.246 0.197 73 I 0.001 0.002 0.006 0.007 0.009 0.018 0.072 0.131 0.249 0.212 0.292 74 Y 0.001 0.004 0.010 0.014 0.022 0.035 0.113 0.233 0.244 0.180 0.143 75 S 0.002 0.006 0.019 0.019 0.023 0.042 0.107 0.134 0.201 0.241 0.205 76 I 0.005 0.005 0.014 0.020 0.024 0.041 0.132 0.151 0.217 0.198 0.191 77 R 0.027 0.027 0.029 0.069 0.083 0.102 0.184 0.193 0.142 0.092 0.051 78 P 0.022 0.041 0.035 0.088 0.093 0.130 0.190 0.140 0.112 0.099 0.051 79 P 0.053 0.059 0.040 0.108 0.129 0.133 0.156 0.114 0.092 0.070 0.046 80 A 0.357 0.135 0.067 0.122 0.101 0.073 0.061 0.031 0.023 0.018 0.010 81 E 0.129 0.121 0.089 0.207 0.163 0.105 0.082 0.042 0.028 0.023 0.011 82 I 0.005 0.009 0.012 0.015 0.017 0.026 0.076 0.149 0.217 0.241 0.235 83 H 0.009 0.021 0.037 0.086 0.119 0.167 0.228 0.129 0.095 0.073 0.035 84 S 0.155 0.109 0.334 0.183 0.083 0.047 0.038 0.019 0.015 0.012 0.005 85 S 0.007 0.018 0.036 0.127 0.161 0.261 0.249 0.073 0.044 0.018 0.007 86 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.006 0.030 0.068 0.216 0.292 0.375 87 M 0.002 0.005 0.026 0.067 0.108 0.264 0.267 0.104 0.078 0.055 0.024 88 R 0.006 0.036 0.406 0.277 0.179 0.044 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 89 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.014 0.086 0.168 0.226 0.229 0.266 90 A 0.003 0.003 0.012 0.012 0.010 0.029 0.107 0.104 0.219 0.262 0.237 91 D 0.014 0.038 0.283 0.278 0.130 0.158 0.065 0.019 0.009 0.005 0.002 92 A 0.016 0.038 0.092 0.199 0.160 0.267 0.153 0.041 0.019 0.009 0.006 93 V 0.004 0.002 0.004 0.005 0.006 0.011 0.048 0.152 0.204 0.312 0.251 94 G 0.083 0.285 0.070 0.216 0.184 0.081 0.044 0.016 0.010 0.006 0.003 95 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.007 0.018 0.036 0.149 0.304 0.475 96 R 0.020 0.061 0.048 0.336 0.336 0.101 0.062 0.015 0.011 0.006 0.003 97 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.022 0.086 0.208 0.294 0.375 98 I 0.004 0.011 0.018 0.053 0.060 0.073 0.123 0.125 0.165 0.185 0.182 99 I 0.001 0.002 0.006 0.007 0.006 0.015 0.047 0.096 0.217 0.282 0.322 100 K 0.007 0.021 0.040 0.125 0.173 0.141 0.178 0.125 0.097 0.063 0.031 101 P 0.019 0.023 0.034 0.064 0.068 0.090 0.176 0.147 0.166 0.138 0.076 102 L 0.011 0.012 0.011 0.028 0.031 0.051 0.112 0.152 0.200 0.208 0.184 103 T 0.083 0.126 0.056 0.145 0.128 0.108 0.123 0.088 0.066 0.049 0.029 104 G 0.206 0.156 0.056 0.138 0.116 0.077 0.083 0.063 0.046 0.037 0.023 105 E 0.178 0.118 0.043 0.150 0.139 0.101 0.099 0.063 0.052 0.038 0.020 106 D 0.262 0.138 0.040 0.130 0.096 0.080 0.094 0.056 0.052 0.033 0.019 107 I 0.045 0.046 0.026 0.085 0.091 0.109 0.174 0.129 0.130 0.100 0.064 108 V 0.051 0.083 0.043 0.103 0.091 0.112 0.154 0.109 0.109 0.088 0.058 109 T 0.070 0.141 0.056 0.150 0.140 0.116 0.137 0.074 0.053 0.038 0.024 110 E 0.487 0.246 0.051 0.099 0.053 0.022 0.017 0.010 0.006 0.004 0.003 111 R 0.407 0.164 0.036 0.116 0.094 0.068 0.057 0.027 0.016 0.010 0.006 112 K 0.281 0.226 0.055 0.204 0.124 0.045 0.032 0.014 0.009 0.005 0.003 113 M 0.012 0.012 0.014 0.041 0.060 0.120 0.191 0.193 0.158 0.115 0.083 114 K 0.050 0.119 0.145 0.328 0.193 0.080 0.049 0.019 0.010 0.006 0.002 115 L 0.004 0.011 0.022 0.032 0.034 0.051 0.132 0.182 0.217 0.179 0.136 116 V 0.014 0.022 0.039 0.071 0.088 0.110 0.185 0.146 0.144 0.118 0.065 117 N 0.087 0.110 0.168 0.201 0.125 0.096 0.096 0.041 0.034 0.028 0.014 118 Y 0.023 0.024 0.031 0.071 0.081 0.123 0.185 0.159 0.133 0.094 0.075 119 G 0.324 0.248 0.068 0.128 0.088 0.042 0.039 0.022 0.021 0.015 0.006 120 R 0.151 0.116 0.041 0.151 0.146 0.111 0.118 0.068 0.051 0.031 0.017 121 T 0.093 0.096 0.069 0.166 0.166 0.125 0.113 0.063 0.053 0.035 0.019 122 Y 0.011 0.031 0.030 0.113 0.146 0.142 0.227 0.162 0.081 0.038 0.018 123 F 0.003 0.008 0.024 0.029 0.027 0.045 0.134 0.128 0.217 0.227 0.157 124 Y 0.003 0.005 0.020 0.040 0.048 0.104 0.222 0.174 0.181 0.112 0.092 125 E 0.014 0.039 0.194 0.261 0.197 0.108 0.090 0.041 0.030 0.020 0.007 126 Y 0.004 0.008 0.022 0.030 0.043 0.086 0.204 0.224 0.167 0.129 0.082 127 I 0.021 0.040 0.076 0.098 0.085 0.098 0.177 0.144 0.116 0.104 0.041 128 A 0.083 0.062 0.178 0.154 0.121 0.103 0.123 0.077 0.046 0.039 0.013 129 E 0.140 0.108 0.233 0.212 0.131 0.078 0.054 0.022 0.012 0.007 0.003 130 V 0.084 0.057 0.073 0.091 0.086 0.116 0.181 0.110 0.095 0.074 0.033 131 R 0.122 0.119 0.110 0.131 0.112 0.110 0.129 0.071 0.049 0.032 0.016 132 S 0.284 0.178 0.196 0.125 0.076 0.054 0.043 0.022 0.012 0.007 0.003 133 R 0.357 0.128 0.129 0.116 0.083 0.070 0.057 0.028 0.017 0.011 0.004