# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2811 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.024 0.006 0.032 0.019 0.040 0.116 0.002 0.001 0.004 0.694 2 W 0.068 0.034 0.004 0.049 0.019 0.064 0.123 0.002 0.001 0.004 0.634 3 N 0.036 0.040 0.002 0.020 0.012 0.022 0.146 0.001 0.001 0.007 0.715 4 D 0.045 0.047 0.002 0.011 0.006 0.010 0.143 0.002 0.001 0.007 0.725 5 L 0.120 0.226 0.013 0.029 0.015 0.034 0.157 0.002 0.001 0.007 0.395 6 A 0.049 0.469 0.005 0.027 0.030 0.051 0.096 0.002 0.001 0.005 0.267 7 V 0.048 0.641 0.003 0.014 0.021 0.031 0.036 0.002 0.001 0.003 0.201 8 Y 0.036 0.805 0.003 0.012 0.035 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.069 9 I 0.014 0.817 0.003 0.013 0.056 0.049 0.007 0.003 0.001 0.001 0.038 10 I 0.021 0.732 0.003 0.015 0.077 0.064 0.005 0.004 0.001 0.001 0.078 11 R 0.038 0.652 0.002 0.011 0.100 0.093 0.009 0.012 0.001 0.001 0.082 12 C 0.197 0.382 0.008 0.019 0.040 0.062 0.012 0.064 0.001 0.001 0.214 13 S 0.183 0.168 0.034 0.028 0.057 0.129 0.042 0.030 0.001 0.003 0.326 14 G 0.118 0.012 0.014 0.020 0.014 0.016 0.088 0.009 0.001 0.003 0.706 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.992 16 G 0.047 0.002 0.002 0.035 0.065 0.119 0.120 0.001 0.001 0.015 0.594 17 T 0.712 0.002 0.008 0.025 0.018 0.022 0.056 0.001 0.001 0.006 0.151 18 R 0.120 0.002 0.001 0.250 0.193 0.140 0.108 0.001 0.001 0.010 0.175 19 V 0.012 0.001 0.002 0.339 0.050 0.056 0.066 0.001 0.001 0.001 0.473 20 V 0.001 0.001 0.001 0.894 0.042 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 21 E 0.001 0.001 0.001 0.827 0.036 0.062 0.009 0.001 0.001 0.001 0.063 22 V 0.001 0.001 0.001 0.953 0.012 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 23 G 0.001 0.001 0.001 0.829 0.034 0.052 0.022 0.001 0.001 0.002 0.058 24 A 0.003 0.004 0.001 0.523 0.037 0.081 0.048 0.001 0.001 0.004 0.298 25 G 0.011 0.006 0.001 0.288 0.034 0.076 0.129 0.001 0.001 0.013 0.441 26 R 0.050 0.009 0.003 0.086 0.019 0.032 0.227 0.001 0.001 0.010 0.562 27 F 0.050 0.031 0.002 0.060 0.029 0.051 0.115 0.001 0.001 0.008 0.653 28 L 0.027 0.042 0.003 0.030 0.014 0.035 0.094 0.001 0.001 0.004 0.750 29 Y 0.035 0.109 0.004 0.029 0.022 0.032 0.118 0.001 0.001 0.006 0.644 30 V 0.028 0.346 0.003 0.016 0.013 0.030 0.074 0.001 0.001 0.002 0.486 31 S 0.029 0.674 0.002 0.012 0.006 0.018 0.026 0.001 0.001 0.001 0.231 32 D 0.034 0.786 0.001 0.003 0.002 0.004 0.027 0.002 0.001 0.001 0.139 33 Y 0.076 0.842 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.061 34 I 0.039 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.032 35 R 0.032 0.883 0.006 0.001 0.003 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.054 36 K 0.065 0.773 0.010 0.002 0.002 0.003 0.004 0.064 0.001 0.001 0.078 37 H 0.198 0.599 0.014 0.004 0.003 0.004 0.005 0.097 0.001 0.001 0.075 38 S 0.170 0.295 0.024 0.009 0.008 0.007 0.017 0.119 0.001 0.007 0.345 39 K 0.243 0.023 0.082 0.023 0.006 0.008 0.069 0.043 0.001 0.011 0.493 40 V 0.212 0.014 0.117 0.096 0.022 0.019 0.225 0.006 0.001 0.004 0.285 41 D 0.047 0.004 0.003 0.504 0.073 0.063 0.075 0.001 0.001 0.013 0.216 42 L 0.005 0.002 0.011 0.503 0.039 0.040 0.061 0.001 0.001 0.001 0.336 43 V 0.001 0.001 0.001 0.942 0.022 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 44 L 0.004 0.001 0.001 0.691 0.047 0.089 0.016 0.001 0.001 0.002 0.149 45 T 0.001 0.001 0.001 0.913 0.021 0.048 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 46 D 0.006 0.004 0.001 0.518 0.055 0.072 0.090 0.001 0.001 0.005 0.250 47 I 0.020 0.007 0.003 0.370 0.035 0.085 0.091 0.001 0.001 0.010 0.379 48 K 0.025 0.003 0.002 0.147 0.039 0.056 0.315 0.001 0.001 0.013 0.400 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.982 50 S 0.021 0.003 0.001 0.043 0.058 0.131 0.117 0.001 0.001 0.005 0.620 51 H 0.161 0.005 0.001 0.035 0.016 0.025 0.100 0.001 0.001 0.008 0.648 52 G 0.139 0.011 0.004 0.049 0.040 0.063 0.104 0.001 0.001 0.008 0.581 53 G 0.073 0.009 0.002 0.118 0.051 0.061 0.125 0.001 0.001 0.015 0.545 54 I 0.046 0.009 0.005 0.119 0.054 0.070 0.103 0.001 0.001 0.004 0.589 55 V 0.031 0.011 0.002 0.229 0.156 0.233 0.112 0.001 0.001 0.006 0.220 56 R 0.034 0.024 0.002 0.143 0.107 0.204 0.101 0.001 0.001 0.004 0.381 57 D 0.028 0.039 0.002 0.114 0.097 0.181 0.101 0.002 0.001 0.008 0.429 58 D 0.092 0.031 0.002 0.099 0.074 0.127 0.160 0.003 0.001 0.016 0.395 59 I 0.158 0.067 0.009 0.070 0.045 0.073 0.213 0.005 0.001 0.017 0.343 60 T 0.092 0.086 0.009 0.064 0.046 0.073 0.398 0.005 0.001 0.025 0.201 61 S 0.118 0.130 0.010 0.039 0.067 0.065 0.129 0.010 0.001 0.020 0.413 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.983 63 R 0.032 0.008 0.009 0.012 0.020 0.042 0.592 0.001 0.001 0.009 0.274 64 M 0.559 0.031 0.005 0.014 0.013 0.020 0.072 0.001 0.001 0.018 0.266 65 E 0.094 0.161 0.010 0.082 0.104 0.093 0.144 0.002 0.001 0.008 0.303 66 I 0.027 0.104 0.005 0.092 0.082 0.077 0.103 0.002 0.001 0.002 0.506 67 Y 0.027 0.203 0.001 0.137 0.156 0.261 0.035 0.001 0.001 0.002 0.177 68 R 0.046 0.240 0.002 0.038 0.141 0.132 0.088 0.004 0.001 0.005 0.303 69 G 0.107 0.150 0.003 0.037 0.054 0.083 0.118 0.011 0.001 0.004 0.433 70 A 0.193 0.204 0.018 0.067 0.072 0.147 0.075 0.007 0.001 0.004 0.213 71 A 0.103 0.126 0.015 0.146 0.147 0.126 0.064 0.005 0.001 0.014 0.254 72 L 0.035 0.093 0.036 0.137 0.204 0.149 0.055 0.002 0.001 0.003 0.285 73 I 0.015 0.074 0.002 0.404 0.212 0.226 0.014 0.001 0.001 0.003 0.049 74 Y 0.019 0.075 0.002 0.242 0.226 0.289 0.014 0.002 0.001 0.002 0.129 75 S 0.013 0.061 0.002 0.413 0.138 0.175 0.015 0.002 0.001 0.003 0.177 76 I 0.028 0.066 0.006 0.254 0.072 0.225 0.043 0.006 0.001 0.003 0.296 77 R 0.046 0.042 0.010 0.194 0.096 0.143 0.072 0.004 0.001 0.005 0.388 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.974 79 P 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.021 0.001 0.001 0.001 0.951 80 A 0.007 0.004 0.001 0.003 0.003 0.006 0.062 0.001 0.001 0.003 0.912 81 E 0.209 0.021 0.002 0.004 0.003 0.004 0.150 0.001 0.001 0.008 0.597 82 I 0.323 0.225 0.004 0.009 0.006 0.011 0.094 0.002 0.001 0.006 0.321 83 H 0.080 0.565 0.005 0.015 0.008 0.019 0.054 0.002 0.001 0.002 0.250 84 S 0.020 0.338 0.002 0.004 0.004 0.005 0.018 0.002 0.001 0.003 0.605 85 S 0.033 0.456 0.005 0.004 0.002 0.004 0.063 0.003 0.001 0.002 0.428 86 L 0.052 0.788 0.005 0.003 0.001 0.003 0.025 0.003 0.001 0.001 0.118 87 M 0.009 0.929 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.048 88 R 0.007 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.060 89 V 0.014 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 90 A 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 91 D 0.027 0.917 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.034 92 A 0.200 0.716 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.027 93 V 0.222 0.590 0.019 0.004 0.002 0.002 0.006 0.095 0.001 0.001 0.060 94 G 0.368 0.096 0.072 0.026 0.013 0.015 0.022 0.121 0.001 0.010 0.258 95 A 0.134 0.026 0.412 0.072 0.022 0.019 0.063 0.012 0.001 0.002 0.237 96 R 0.038 0.004 0.006 0.603 0.107 0.072 0.048 0.002 0.001 0.009 0.111 97 L 0.006 0.002 0.008 0.528 0.043 0.033 0.076 0.001 0.001 0.001 0.302 98 I 0.001 0.001 0.001 0.960 0.013 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 99 I 0.001 0.001 0.001 0.920 0.012 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.027 100 K 0.001 0.001 0.001 0.948 0.016 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 101 P 0.001 0.001 0.001 0.066 0.003 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.907 102 L 0.004 0.003 0.001 0.420 0.075 0.181 0.076 0.001 0.001 0.004 0.235 103 T 0.027 0.004 0.001 0.060 0.023 0.031 0.156 0.001 0.001 0.018 0.681 104 G 0.139 0.006 0.003 0.029 0.015 0.028 0.088 0.002 0.001 0.033 0.658 105 E 0.313 0.010 0.007 0.023 0.020 0.033 0.197 0.001 0.001 0.008 0.388 106 D 0.015 0.003 0.001 0.007 0.009 0.013 0.091 0.001 0.001 0.002 0.858 107 I 0.058 0.016 0.004 0.024 0.060 0.154 0.076 0.001 0.001 0.004 0.601 108 V 0.075 0.051 0.002 0.041 0.069 0.114 0.180 0.001 0.001 0.006 0.460 109 T 0.066 0.151 0.002 0.024 0.155 0.184 0.127 0.003 0.001 0.006 0.282 110 E 0.049 0.088 0.001 0.014 0.033 0.069 0.041 0.004 0.001 0.006 0.694 111 R 0.083 0.061 0.007 0.015 0.071 0.098 0.272 0.005 0.001 0.007 0.382 112 K 0.242 0.038 0.005 0.016 0.028 0.040 0.117 0.006 0.001 0.014 0.494 113 M 0.169 0.098 0.045 0.032 0.066 0.108 0.072 0.005 0.001 0.007 0.400 114 K 0.065 0.035 0.007 0.146 0.304 0.201 0.078 0.002 0.001 0.005 0.155 115 L 0.013 0.012 0.003 0.036 0.055 0.076 0.037 0.003 0.001 0.001 0.763 116 V 0.040 0.011 0.001 0.202 0.186 0.486 0.014 0.001 0.001 0.002 0.058 117 N 0.018 0.017 0.001 0.078 0.098 0.097 0.161 0.002 0.001 0.002 0.526 118 Y 0.023 0.020 0.002 0.131 0.141 0.254 0.049 0.002 0.001 0.006 0.373 119 G 0.029 0.009 0.003 0.077 0.060 0.102 0.303 0.001 0.001 0.014 0.401 120 R 0.177 0.005 0.006 0.044 0.029 0.044 0.192 0.001 0.001 0.014 0.487 121 T 0.111 0.017 0.008 0.062 0.148 0.183 0.148 0.001 0.001 0.013 0.309 122 Y 0.038 0.012 0.004 0.071 0.206 0.249 0.101 0.001 0.001 0.004 0.314 123 F 0.019 0.015 0.002 0.089 0.222 0.448 0.041 0.001 0.001 0.003 0.161 124 Y 0.013 0.022 0.001 0.085 0.306 0.457 0.027 0.001 0.001 0.002 0.087 125 E 0.005 0.060 0.001 0.058 0.305 0.327 0.047 0.001 0.001 0.002 0.195 126 Y 0.004 0.108 0.001 0.055 0.230 0.444 0.030 0.001 0.001 0.002 0.125 127 I 0.013 0.184 0.001 0.036 0.154 0.381 0.041 0.001 0.001 0.002 0.186 128 A 0.031 0.262 0.003 0.017 0.083 0.133 0.049 0.003 0.001 0.004 0.417 129 E 0.079 0.366 0.004 0.011 0.054 0.073 0.062 0.006 0.001 0.004 0.342 130 V 0.195 0.434 0.007 0.007 0.028 0.038 0.028 0.011 0.001 0.002 0.250 131 R 0.157 0.445 0.013 0.008 0.030 0.042 0.025 0.015 0.001 0.002 0.262 132 S 0.133 0.254 0.016 0.010 0.024 0.038 0.033 0.020 0.001 0.003 0.469 133 R 0.149 0.134 0.015 0.015 0.023 0.038 0.033 0.014 0.001 0.004 0.576