# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2811 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.326 0.210 0.151 0.142 0.113 0.051 0.006 2 W 0.237 0.225 0.249 0.176 0.080 0.030 0.004 3 N 0.400 0.298 0.195 0.084 0.018 0.005 0.001 4 D 0.112 0.261 0.311 0.200 0.094 0.020 0.003 5 L 0.016 0.032 0.049 0.163 0.364 0.322 0.055 6 A 0.006 0.045 0.132 0.295 0.286 0.223 0.013 7 V 0.028 0.142 0.284 0.319 0.137 0.081 0.010 8 Y 0.002 0.008 0.041 0.110 0.325 0.396 0.118 9 I 0.001 0.002 0.003 0.011 0.084 0.458 0.442 10 I 0.004 0.028 0.098 0.232 0.280 0.279 0.079 11 R 0.021 0.134 0.260 0.303 0.173 0.095 0.014 12 C 0.008 0.037 0.113 0.216 0.348 0.260 0.018 13 S 0.031 0.083 0.181 0.304 0.284 0.111 0.006 14 G 0.163 0.312 0.267 0.161 0.077 0.018 0.001 15 P 0.330 0.399 0.154 0.077 0.034 0.006 0.001 16 G 0.206 0.354 0.176 0.137 0.100 0.025 0.002 17 T 0.017 0.082 0.161 0.301 0.309 0.123 0.007 18 R 0.003 0.022 0.108 0.250 0.338 0.256 0.023 19 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.057 0.471 0.462 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.131 0.860 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.070 0.923 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.073 0.921 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.125 0.868 24 A 0.001 0.002 0.003 0.010 0.040 0.234 0.711 25 G 0.003 0.014 0.027 0.075 0.179 0.365 0.338 26 R 0.005 0.024 0.054 0.103 0.255 0.392 0.167 27 F 0.006 0.021 0.036 0.072 0.224 0.436 0.204 28 L 0.024 0.068 0.134 0.205 0.260 0.229 0.082 29 Y 0.038 0.118 0.235 0.265 0.203 0.104 0.037 30 V 0.005 0.012 0.019 0.043 0.177 0.498 0.246 31 S 0.008 0.031 0.072 0.184 0.319 0.326 0.060 32 D 0.062 0.274 0.294 0.225 0.096 0.045 0.004 33 Y 0.008 0.041 0.182 0.380 0.289 0.095 0.006 34 I 0.007 0.015 0.037 0.077 0.327 0.501 0.037 35 R 0.112 0.323 0.293 0.195 0.069 0.009 0.001 36 K 0.388 0.475 0.092 0.034 0.009 0.002 0.001 37 H 0.073 0.140 0.289 0.370 0.106 0.021 0.001 38 S 0.441 0.325 0.153 0.059 0.019 0.003 0.001 39 K 0.213 0.524 0.201 0.047 0.012 0.002 0.001 40 V 0.012 0.031 0.071 0.239 0.510 0.127 0.009 41 D 0.006 0.099 0.239 0.382 0.183 0.087 0.003 42 L 0.002 0.007 0.014 0.042 0.148 0.574 0.213 43 V 0.002 0.013 0.061 0.178 0.283 0.348 0.115 44 L 0.002 0.006 0.013 0.032 0.138 0.431 0.379 45 T 0.003 0.014 0.035 0.059 0.182 0.398 0.310 46 D 0.013 0.064 0.115 0.210 0.277 0.242 0.079 47 I 0.016 0.048 0.111 0.204 0.306 0.266 0.050 48 K 0.117 0.223 0.226 0.212 0.153 0.063 0.005 49 P 0.359 0.290 0.166 0.108 0.053 0.022 0.002 50 S 0.447 0.279 0.144 0.085 0.034 0.010 0.001 51 H 0.423 0.301 0.159 0.080 0.025 0.010 0.002 52 G 0.150 0.126 0.176 0.246 0.203 0.087 0.012 53 G 0.267 0.345 0.182 0.109 0.063 0.029 0.004 54 I 0.063 0.080 0.120 0.203 0.242 0.224 0.067 55 V 0.033 0.066 0.104 0.165 0.248 0.283 0.100 56 R 0.047 0.096 0.163 0.217 0.229 0.178 0.070 57 D 0.048 0.076 0.087 0.118 0.221 0.298 0.152 58 D 0.043 0.089 0.115 0.190 0.226 0.238 0.098 59 I 0.027 0.034 0.062 0.130 0.207 0.363 0.177 60 T 0.061 0.155 0.205 0.235 0.208 0.116 0.019 61 S 0.125 0.216 0.235 0.209 0.150 0.057 0.008 62 P 0.103 0.180 0.188 0.227 0.195 0.093 0.014 63 R 0.205 0.332 0.215 0.136 0.075 0.032 0.004 64 M 0.047 0.107 0.267 0.338 0.180 0.056 0.004 65 E 0.100 0.332 0.309 0.174 0.068 0.015 0.001 66 I 0.010 0.028 0.058 0.183 0.360 0.326 0.035 67 Y 0.013 0.050 0.132 0.406 0.278 0.114 0.006 68 R 0.129 0.394 0.284 0.125 0.052 0.014 0.001 69 G 0.046 0.196 0.330 0.330 0.076 0.019 0.003 70 A 0.004 0.013 0.044 0.141 0.413 0.357 0.028 71 A 0.019 0.127 0.291 0.325 0.156 0.073 0.009 72 L 0.006 0.015 0.045 0.119 0.217 0.405 0.194 73 I 0.004 0.005 0.010 0.036 0.130 0.399 0.416 74 Y 0.004 0.010 0.020 0.042 0.113 0.366 0.445 75 S 0.007 0.018 0.033 0.068 0.124 0.270 0.479 76 I 0.003 0.008 0.014 0.032 0.088 0.373 0.482 77 R 0.015 0.038 0.067 0.122 0.266 0.306 0.186 78 P 0.028 0.068 0.085 0.139 0.218 0.288 0.173 79 P 0.047 0.092 0.131 0.191 0.251 0.215 0.073 80 A 0.138 0.201 0.210 0.194 0.142 0.095 0.020 81 E 0.082 0.147 0.189 0.225 0.215 0.113 0.029 82 I 0.030 0.034 0.050 0.116 0.237 0.369 0.163 83 H 0.032 0.069 0.122 0.209 0.270 0.233 0.064 84 S 0.123 0.242 0.270 0.202 0.103 0.050 0.010 85 S 0.033 0.091 0.197 0.272 0.239 0.132 0.036 86 L 0.004 0.009 0.013 0.034 0.155 0.545 0.240 87 M 0.011 0.047 0.156 0.292 0.296 0.168 0.030 88 R 0.053 0.226 0.336 0.255 0.090 0.034 0.006 89 V 0.005 0.014 0.034 0.102 0.345 0.437 0.062 90 A 0.014 0.042 0.100 0.274 0.319 0.225 0.028 91 D 0.111 0.352 0.294 0.150 0.066 0.025 0.002 92 A 0.069 0.242 0.330 0.260 0.072 0.024 0.003 93 V 0.012 0.026 0.081 0.209 0.429 0.224 0.020 94 G 0.029 0.188 0.304 0.269 0.136 0.063 0.010 95 A 0.003 0.011 0.026 0.084 0.288 0.464 0.124 96 R 0.006 0.048 0.147 0.336 0.295 0.149 0.020 97 L 0.001 0.003 0.005 0.015 0.094 0.545 0.338 98 I 0.001 0.003 0.011 0.042 0.095 0.317 0.531 99 I 0.001 0.001 0.004 0.014 0.051 0.286 0.643 100 K 0.002 0.010 0.033 0.068 0.167 0.318 0.401 101 P 0.006 0.020 0.033 0.082 0.204 0.372 0.282 102 L 0.007 0.020 0.039 0.103 0.220 0.411 0.200 103 T 0.035 0.091 0.146 0.206 0.237 0.220 0.065 104 G 0.071 0.119 0.148 0.209 0.220 0.180 0.054 105 E 0.144 0.162 0.150 0.183 0.188 0.142 0.031 106 D 0.229 0.253 0.194 0.152 0.103 0.060 0.009 107 I 0.148 0.151 0.192 0.226 0.183 0.089 0.010 108 V 0.216 0.218 0.216 0.182 0.115 0.048 0.005 109 T 0.279 0.238 0.220 0.163 0.074 0.024 0.002 110 E 0.615 0.256 0.080 0.035 0.011 0.003 0.001 111 R 0.553 0.286 0.100 0.043 0.014 0.003 0.001 112 K 0.347 0.370 0.159 0.085 0.029 0.008 0.001 113 M 0.053 0.086 0.168 0.305 0.278 0.103 0.008 114 K 0.081 0.246 0.290 0.250 0.093 0.037 0.002 115 L 0.041 0.067 0.118 0.192 0.265 0.283 0.034 116 V 0.044 0.093 0.167 0.252 0.261 0.161 0.022 117 N 0.110 0.221 0.243 0.225 0.139 0.055 0.008 118 Y 0.068 0.123 0.210 0.253 0.230 0.101 0.015 119 G 0.182 0.292 0.231 0.174 0.086 0.031 0.005 120 R 0.173 0.284 0.217 0.159 0.108 0.051 0.008 121 T 0.071 0.167 0.219 0.292 0.167 0.074 0.010 122 Y 0.018 0.055 0.115 0.219 0.289 0.268 0.036 123 F 0.017 0.025 0.043 0.107 0.207 0.425 0.176 124 Y 0.015 0.040 0.089 0.189 0.274 0.310 0.083 125 E 0.040 0.111 0.170 0.229 0.242 0.173 0.036 126 Y 0.026 0.079 0.163 0.257 0.268 0.184 0.022 127 I 0.106 0.176 0.216 0.245 0.178 0.073 0.006 128 A 0.339 0.284 0.181 0.113 0.062 0.019 0.001 129 E 0.526 0.289 0.108 0.052 0.019 0.005 0.001 130 V 0.417 0.223 0.178 0.118 0.049 0.014 0.001 131 R 0.622 0.219 0.097 0.044 0.014 0.004 0.001 132 S 0.774 0.164 0.041 0.015 0.005 0.001 0.001 133 R 0.689 0.177 0.077 0.040 0.013 0.004 0.001