# TARGET T0471 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.807 0.001 0.010 0.111 0.001 0.001 0.003 0.029 0.017 0.005 0.010 2 W 0.001 0.017 0.633 0.001 0.018 0.254 0.001 0.001 0.006 0.023 0.033 0.003 0.010 3 N 0.004 0.015 0.299 0.001 0.019 0.484 0.001 0.001 0.006 0.099 0.051 0.013 0.010 4 D 0.002 0.003 0.073 0.001 0.024 0.816 0.001 0.001 0.002 0.024 0.044 0.001 0.010 5 L 0.003 0.001 0.020 0.001 0.014 0.930 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.002 0.002 6 A 0.002 0.001 0.012 0.001 0.015 0.940 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.002 0.004 7 V 0.004 0.001 0.013 0.001 0.015 0.928 0.001 0.001 0.002 0.007 0.021 0.002 0.006 8 Y 0.008 0.001 0.012 0.001 0.014 0.912 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.004 0.006 9 I 0.013 0.002 0.013 0.002 0.020 0.882 0.002 0.001 0.002 0.005 0.043 0.005 0.010 10 I 0.029 0.002 0.016 0.007 0.023 0.840 0.003 0.001 0.002 0.009 0.033 0.013 0.023 11 R 0.024 0.003 0.015 0.003 0.018 0.841 0.004 0.001 0.001 0.009 0.038 0.016 0.029 12 C 0.014 0.004 0.034 0.003 0.017 0.775 0.004 0.001 0.001 0.020 0.081 0.014 0.031 13 S 0.007 0.011 0.154 0.005 0.018 0.457 0.003 0.001 0.002 0.096 0.189 0.022 0.035 14 G 0.001 0.007 0.291 0.002 0.020 0.100 0.001 0.001 0.001 0.216 0.333 0.006 0.024 15 P 0.001 0.001 0.059 0.005 0.026 0.022 0.001 0.001 0.001 0.180 0.701 0.002 0.002 16 G 0.001 0.002 0.106 0.006 0.052 0.009 0.001 0.001 0.001 0.192 0.619 0.005 0.008 17 T 0.012 0.006 0.474 0.008 0.016 0.006 0.003 0.002 0.020 0.285 0.070 0.036 0.063 18 R 0.042 0.011 0.412 0.028 0.004 0.002 0.019 0.013 0.153 0.100 0.014 0.123 0.079 19 V 0.131 0.012 0.072 0.007 0.001 0.002 0.097 0.084 0.218 0.005 0.001 0.014 0.359 20 V 0.164 0.004 0.028 0.095 0.001 0.002 0.132 0.171 0.152 0.002 0.001 0.231 0.018 21 E 0.151 0.003 0.025 0.010 0.001 0.004 0.194 0.200 0.203 0.004 0.001 0.020 0.184 22 V 0.121 0.003 0.079 0.033 0.002 0.005 0.216 0.210 0.174 0.008 0.003 0.104 0.043 23 G 0.064 0.006 0.152 0.004 0.006 0.007 0.129 0.134 0.324 0.037 0.019 0.038 0.080 24 A 0.050 0.017 0.207 0.015 0.028 0.019 0.048 0.032 0.201 0.096 0.158 0.036 0.092 25 G 0.021 0.009 0.305 0.012 0.036 0.023 0.006 0.002 0.030 0.221 0.254 0.053 0.027 26 R 0.009 0.027 0.309 0.005 0.015 0.028 0.002 0.001 0.014 0.344 0.183 0.010 0.055 27 F 0.002 0.013 0.572 0.001 0.019 0.081 0.001 0.001 0.007 0.217 0.044 0.026 0.018 28 L 0.001 0.023 0.177 0.001 0.042 0.433 0.001 0.001 0.003 0.201 0.092 0.003 0.024 29 Y 0.001 0.010 0.121 0.001 0.034 0.675 0.001 0.001 0.001 0.063 0.090 0.002 0.003 30 V 0.001 0.001 0.017 0.001 0.014 0.928 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.001 0.001 31 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.853 0.001 0.001 0.001 0.008 0.121 0.001 0.001 37 H 0.001 0.001 0.023 0.001 0.007 0.211 0.001 0.001 0.001 0.026 0.731 0.001 0.001 38 S 0.001 0.001 0.101 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.003 0.073 0.807 0.001 0.001 39 K 0.001 0.006 0.815 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.031 0.116 0.012 0.006 0.005 40 V 0.001 0.011 0.333 0.014 0.003 0.002 0.007 0.009 0.460 0.084 0.009 0.014 0.054 41 D 0.011 0.003 0.121 0.016 0.001 0.001 0.053 0.083 0.577 0.026 0.003 0.057 0.048 42 L 0.036 0.003 0.031 0.016 0.001 0.001 0.182 0.292 0.342 0.003 0.001 0.031 0.063 43 V 0.071 0.002 0.036 0.007 0.001 0.001 0.229 0.286 0.233 0.005 0.001 0.059 0.070 44 L 0.055 0.003 0.076 0.027 0.001 0.002 0.150 0.256 0.299 0.009 0.002 0.053 0.068 45 T 0.053 0.003 0.214 0.011 0.001 0.003 0.052 0.074 0.248 0.018 0.004 0.194 0.126 46 D 0.031 0.011 0.317 0.103 0.007 0.009 0.024 0.010 0.084 0.055 0.031 0.017 0.303 47 I 0.016 0.036 0.418 0.029 0.020 0.015 0.008 0.003 0.027 0.191 0.041 0.140 0.056 48 K 0.002 0.014 0.397 0.006 0.048 0.021 0.001 0.001 0.009 0.315 0.113 0.017 0.059 49 P 0.001 0.008 0.311 0.003 0.095 0.026 0.001 0.001 0.004 0.200 0.318 0.009 0.023 50 S 0.001 0.012 0.137 0.007 0.076 0.027 0.001 0.002 0.006 0.183 0.520 0.016 0.012 51 H 0.002 0.009 0.274 0.024 0.053 0.014 0.001 0.001 0.010 0.213 0.349 0.011 0.038 52 G 0.008 0.031 0.559 0.013 0.010 0.013 0.005 0.003 0.028 0.157 0.017 0.080 0.074 53 G 0.030 0.041 0.338 0.051 0.013 0.021 0.019 0.005 0.046 0.096 0.045 0.079 0.218 54 I 0.088 0.039 0.185 0.010 0.013 0.024 0.073 0.031 0.118 0.044 0.034 0.146 0.197 55 V 0.105 0.032 0.198 0.021 0.014 0.026 0.086 0.042 0.142 0.041 0.025 0.096 0.173 56 R 0.075 0.029 0.178 0.012 0.025 0.033 0.074 0.041 0.200 0.050 0.039 0.104 0.139 57 D 0.041 0.020 0.344 0.022 0.053 0.040 0.021 0.015 0.124 0.095 0.056 0.062 0.106 58 D 0.018 0.040 0.347 0.014 0.143 0.045 0.008 0.005 0.047 0.122 0.129 0.029 0.054 59 I 0.011 0.041 0.210 0.012 0.132 0.041 0.003 0.001 0.009 0.213 0.265 0.017 0.047 60 T 0.005 0.024 0.228 0.004 0.072 0.043 0.001 0.001 0.003 0.269 0.318 0.017 0.017 61 S 0.001 0.012 0.456 0.002 0.022 0.016 0.001 0.001 0.001 0.401 0.073 0.005 0.012 62 P 0.001 0.010 0.305 0.001 0.057 0.041 0.001 0.001 0.001 0.239 0.335 0.003 0.009 63 R 0.001 0.031 0.357 0.001 0.088 0.070 0.001 0.001 0.001 0.227 0.212 0.002 0.011 64 M 0.001 0.004 0.104 0.001 0.376 0.280 0.001 0.001 0.001 0.095 0.133 0.002 0.004 65 E 0.001 0.002 0.055 0.001 0.394 0.351 0.001 0.001 0.001 0.038 0.154 0.002 0.002 66 I 0.001 0.006 0.091 0.001 0.466 0.234 0.001 0.001 0.005 0.045 0.143 0.002 0.006 67 Y 0.001 0.014 0.377 0.003 0.220 0.172 0.001 0.001 0.009 0.087 0.088 0.006 0.021 68 R 0.001 0.006 0.084 0.030 0.156 0.148 0.002 0.002 0.009 0.132 0.412 0.014 0.006 69 G 0.001 0.011 0.088 0.025 0.076 0.031 0.002 0.001 0.010 0.106 0.621 0.004 0.026 70 A 0.002 0.004 0.789 0.003 0.005 0.007 0.002 0.003 0.040 0.095 0.019 0.020 0.010 71 A 0.003 0.002 0.350 0.047 0.002 0.001 0.003 0.003 0.074 0.457 0.022 0.013 0.024 72 L 0.016 0.008 0.053 0.002 0.001 0.001 0.080 0.284 0.488 0.009 0.002 0.018 0.039 73 I 0.019 0.001 0.005 0.010 0.001 0.002 0.192 0.688 0.067 0.001 0.001 0.003 0.011 74 Y 0.039 0.001 0.013 0.003 0.001 0.006 0.225 0.593 0.075 0.001 0.001 0.031 0.012 75 S 0.030 0.005 0.090 0.007 0.001 0.015 0.157 0.471 0.157 0.009 0.003 0.021 0.035 76 I 0.004 0.013 0.535 0.006 0.002 0.018 0.033 0.051 0.186 0.081 0.021 0.009 0.040 77 R 0.001 0.002 0.544 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.042 0.362 0.013 0.010 0.005 78 P 0.001 0.011 0.734 0.002 0.010 0.022 0.001 0.001 0.013 0.168 0.010 0.010 0.019 79 P 0.001 0.010 0.344 0.001 0.352 0.109 0.001 0.001 0.007 0.064 0.095 0.001 0.015 80 A 0.001 0.002 0.049 0.001 0.623 0.152 0.001 0.001 0.002 0.027 0.142 0.001 0.001 81 E 0.001 0.003 0.042 0.001 0.663 0.120 0.001 0.001 0.002 0.033 0.134 0.001 0.001 82 I 0.001 0.007 0.121 0.001 0.305 0.276 0.001 0.001 0.004 0.108 0.175 0.001 0.003 83 H 0.001 0.001 0.176 0.001 0.061 0.588 0.001 0.001 0.003 0.101 0.067 0.001 0.001 84 S 0.001 0.002 0.054 0.001 0.049 0.809 0.001 0.001 0.001 0.041 0.044 0.001 0.001 85 S 0.001 0.004 0.024 0.001 0.030 0.896 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.844 0.001 0.001 0.001 0.007 0.119 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.031 0.001 0.051 0.588 0.001 0.001 0.001 0.023 0.304 0.001 0.001 93 V 0.001 0.003 0.263 0.001 0.042 0.104 0.001 0.001 0.009 0.221 0.353 0.001 0.002 94 G 0.001 0.003 0.280 0.005 0.015 0.003 0.001 0.001 0.007 0.219 0.464 0.001 0.002 95 A 0.001 0.008 0.668 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.078 0.198 0.025 0.008 0.006 96 R 0.001 0.001 0.302 0.045 0.001 0.001 0.004 0.010 0.239 0.354 0.021 0.007 0.014 97 L 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.052 0.376 0.521 0.004 0.001 0.005 0.009 98 I 0.015 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.083 0.655 0.228 0.001 0.001 0.006 0.004 99 I 0.007 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.056 0.542 0.362 0.001 0.001 0.002 0.012 100 K 0.002 0.002 0.085 0.016 0.001 0.001 0.012 0.114 0.725 0.008 0.001 0.031 0.003 101 P 0.003 0.008 0.589 0.010 0.001 0.001 0.005 0.025 0.184 0.071 0.017 0.006 0.080 102 L 0.001 0.012 0.665 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.019 0.215 0.056 0.002 0.008 103 T 0.007 0.018 0.255 0.003 0.053 0.006 0.001 0.001 0.006 0.363 0.231 0.034 0.021 104 G 0.005 0.009 0.280 0.010 0.030 0.015 0.001 0.001 0.002 0.383 0.196 0.008 0.061 105 E 0.013 0.015 0.505 0.003 0.014 0.027 0.002 0.002 0.005 0.208 0.033 0.099 0.073 106 D 0.027 0.041 0.444 0.004 0.011 0.041 0.005 0.003 0.007 0.110 0.028 0.058 0.219 107 I 0.020 0.073 0.444 0.008 0.031 0.075 0.003 0.005 0.012 0.082 0.050 0.073 0.125 108 V 0.021 0.026 0.416 0.048 0.056 0.058 0.003 0.006 0.007 0.100 0.111 0.029 0.119 109 T 0.016 0.014 0.175 0.115 0.079 0.044 0.002 0.001 0.004 0.249 0.199 0.068 0.034 110 E 0.011 0.004 0.214 0.056 0.090 0.024 0.001 0.001 0.004 0.224 0.274 0.032 0.066 111 R 0.030 0.016 0.361 0.004 0.017 0.019 0.004 0.009 0.028 0.169 0.066 0.086 0.190 112 K 0.028 0.026 0.292 0.009 0.005 0.010 0.008 0.026 0.061 0.061 0.013 0.364 0.097 113 M 0.031 0.021 0.194 0.007 0.004 0.009 0.008 0.013 0.089 0.015 0.004 0.017 0.589 114 K 0.049 0.025 0.128 0.248 0.004 0.008 0.009 0.018 0.079 0.023 0.006 0.366 0.035 115 L 0.049 0.019 0.162 0.042 0.012 0.006 0.012 0.005 0.070 0.063 0.023 0.066 0.471 116 V 0.023 0.013 0.380 0.021 0.015 0.004 0.006 0.002 0.029 0.107 0.045 0.181 0.174 117 N 0.009 0.011 0.303 0.049 0.015 0.004 0.003 0.001 0.009 0.213 0.187 0.099 0.098 118 Y 0.021 0.015 0.274 0.022 0.012 0.007 0.004 0.001 0.009 0.234 0.109 0.052 0.240 119 G 0.081 0.009 0.284 0.034 0.005 0.009 0.011 0.002 0.014 0.103 0.024 0.334 0.092 120 R 0.167 0.018 0.175 0.017 0.004 0.013 0.031 0.002 0.032 0.044 0.012 0.060 0.424 121 T 0.487 0.005 0.074 0.028 0.002 0.016 0.054 0.007 0.033 0.014 0.004 0.130 0.145 122 Y 0.538 0.004 0.037 0.008 0.001 0.012 0.105 0.011 0.028 0.005 0.002 0.102 0.148 123 F 0.708 0.002 0.018 0.005 0.001 0.010 0.072 0.004 0.007 0.002 0.001 0.052 0.117 124 Y 0.699 0.001 0.017 0.010 0.003 0.014 0.068 0.002 0.008 0.003 0.002 0.071 0.101 125 E 0.600 0.001 0.026 0.026 0.005 0.022 0.075 0.002 0.012 0.010 0.007 0.077 0.137 126 Y 0.463 0.002 0.042 0.019 0.010 0.028 0.040 0.001 0.010 0.018 0.025 0.148 0.195 127 I 0.173 0.009 0.122 0.048 0.015 0.042 0.020 0.001 0.008 0.060 0.086 0.107 0.309 128 A 0.083 0.013 0.216 0.042 0.014 0.041 0.010 0.001 0.006 0.095 0.107 0.111 0.261 129 E 0.018 0.005 0.323 0.006 0.008 0.035 0.004 0.001 0.005 0.136 0.011 0.349 0.101 130 V 0.006 0.023 0.357 0.007 0.008 0.039 0.003 0.001 0.010 0.038 0.017 0.013 0.480 131 R 0.007 0.045 0.544 0.018 0.012 0.046 0.004 0.001 0.011 0.103 0.038 0.120 0.053 132 S 0.001 0.028 0.734 0.001 0.006 0.022 0.001 0.001 0.012 0.049 0.029 0.023 0.095 133 R 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.009