# TARGET T0471 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.629 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.075 0.051 0.091 0.074 0.087 0.120 0.110 0.124 0.099 0.074 2 W 0.049 0.054 0.037 0.085 0.100 0.119 0.173 0.132 0.119 0.084 0.048 3 N 0.128 0.143 0.114 0.160 0.133 0.103 0.092 0.053 0.041 0.022 0.011 4 D 0.081 0.083 0.062 0.141 0.134 0.134 0.149 0.087 0.067 0.040 0.021 5 L 0.032 0.020 0.030 0.055 0.059 0.082 0.155 0.141 0.172 0.152 0.101 6 A 0.041 0.041 0.074 0.134 0.109 0.125 0.174 0.111 0.097 0.060 0.033 7 V 0.009 0.023 0.084 0.130 0.116 0.140 0.174 0.126 0.100 0.064 0.033 8 Y 0.005 0.008 0.034 0.039 0.045 0.070 0.169 0.172 0.197 0.162 0.099 9 I 0.005 0.010 0.050 0.071 0.072 0.088 0.171 0.150 0.168 0.130 0.086 10 I 0.004 0.012 0.075 0.083 0.097 0.123 0.190 0.137 0.139 0.091 0.049 11 R 0.013 0.031 0.063 0.151 0.165 0.182 0.204 0.095 0.059 0.027 0.010 12 C 0.008 0.013 0.022 0.034 0.042 0.072 0.162 0.170 0.212 0.164 0.101 13 S 0.061 0.096 0.054 0.149 0.126 0.126 0.148 0.095 0.072 0.043 0.030 14 G 0.253 0.142 0.057 0.101 0.085 0.086 0.096 0.062 0.054 0.036 0.027 15 P 0.305 0.220 0.077 0.169 0.090 0.061 0.045 0.017 0.010 0.005 0.002 16 G 0.460 0.185 0.058 0.147 0.081 0.032 0.019 0.008 0.005 0.003 0.002 17 T 0.006 0.020 0.016 0.070 0.112 0.121 0.209 0.195 0.141 0.073 0.036 18 R 0.002 0.013 0.014 0.091 0.191 0.270 0.247 0.097 0.045 0.018 0.010 19 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.107 0.206 0.273 0.375 20 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.019 0.117 0.221 0.262 0.212 0.156 21 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.035 0.085 0.202 0.265 0.399 22 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.041 0.090 0.179 0.296 0.374 23 G 0.001 0.004 0.003 0.018 0.035 0.059 0.177 0.245 0.219 0.145 0.093 24 A 0.013 0.019 0.014 0.037 0.040 0.052 0.110 0.141 0.195 0.198 0.182 25 G 0.021 0.018 0.013 0.069 0.112 0.120 0.154 0.153 0.148 0.105 0.087 26 R 0.010 0.068 0.024 0.095 0.124 0.143 0.161 0.141 0.116 0.074 0.044 27 F 0.003 0.009 0.005 0.018 0.037 0.061 0.136 0.164 0.212 0.197 0.159 28 L 0.026 0.022 0.018 0.055 0.089 0.140 0.191 0.127 0.144 0.102 0.085 29 Y 0.015 0.047 0.037 0.163 0.185 0.181 0.187 0.083 0.053 0.028 0.020 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.076 0.207 0.314 0.372 31 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.035 0.126 0.131 0.186 0.218 0.291 32 D 0.010 0.020 0.415 0.318 0.131 0.055 0.031 0.010 0.005 0.002 0.002 33 Y 0.001 0.001 0.002 0.009 0.036 0.144 0.392 0.217 0.109 0.062 0.029 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.129 0.314 0.517 35 R 0.001 0.002 0.013 0.068 0.179 0.241 0.300 0.117 0.057 0.017 0.006 36 K 0.041 0.098 0.496 0.241 0.073 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 37 H 0.005 0.008 0.004 0.024 0.051 0.135 0.363 0.207 0.114 0.066 0.024 38 S 0.424 0.150 0.022 0.068 0.039 0.049 0.073 0.062 0.048 0.035 0.031 39 K 0.116 0.170 0.086 0.173 0.163 0.116 0.084 0.039 0.027 0.016 0.008 40 V 0.055 0.045 0.027 0.075 0.074 0.104 0.159 0.138 0.141 0.109 0.073 41 D 0.037 0.054 0.035 0.114 0.127 0.148 0.188 0.121 0.088 0.055 0.034 42 L 0.016 0.028 0.023 0.076 0.103 0.129 0.191 0.153 0.130 0.093 0.058 43 V 0.008 0.007 0.008 0.017 0.019 0.029 0.078 0.124 0.191 0.242 0.277 44 L 0.009 0.018 0.026 0.090 0.130 0.151 0.206 0.140 0.117 0.069 0.044 45 T 0.028 0.050 0.062 0.119 0.113 0.115 0.167 0.123 0.106 0.073 0.043 46 D 0.195 0.151 0.081 0.185 0.127 0.089 0.086 0.039 0.025 0.014 0.008 47 I 0.029 0.019 0.010 0.030 0.041 0.055 0.134 0.151 0.188 0.190 0.153 48 K 0.226 0.343 0.075 0.158 0.083 0.045 0.035 0.015 0.010 0.006 0.004 49 P 0.297 0.106 0.048 0.130 0.105 0.095 0.086 0.051 0.039 0.026 0.017 50 S 0.460 0.189 0.048 0.106 0.066 0.043 0.039 0.020 0.014 0.010 0.006 51 H 0.163 0.168 0.063 0.189 0.142 0.106 0.082 0.039 0.026 0.014 0.007 52 G 0.125 0.078 0.023 0.074 0.075 0.081 0.117 0.114 0.119 0.106 0.089 53 G 0.127 0.173 0.070 0.207 0.152 0.110 0.086 0.036 0.022 0.012 0.006 54 I 0.030 0.025 0.015 0.059 0.074 0.088 0.160 0.158 0.164 0.129 0.098 55 V 0.040 0.043 0.025 0.114 0.125 0.112 0.166 0.135 0.115 0.077 0.048 56 R 0.020 0.030 0.027 0.113 0.135 0.146 0.188 0.140 0.105 0.061 0.035 57 D 0.008 0.019 0.021 0.077 0.085 0.107 0.144 0.153 0.168 0.134 0.085 58 D 0.022 0.035 0.020 0.078 0.109 0.130 0.204 0.161 0.117 0.078 0.046 59 I 0.022 0.017 0.012 0.036 0.039 0.048 0.114 0.148 0.201 0.204 0.159 60 T 0.019 0.024 0.015 0.063 0.084 0.095 0.167 0.146 0.157 0.130 0.101 61 S 0.086 0.203 0.085 0.237 0.155 0.088 0.071 0.035 0.022 0.011 0.007 62 P 0.029 0.028 0.014 0.059 0.087 0.121 0.189 0.163 0.140 0.109 0.061 63 R 0.190 0.295 0.082 0.226 0.118 0.050 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 64 M 0.019 0.018 0.013 0.054 0.072 0.108 0.207 0.155 0.165 0.113 0.077 65 E 0.483 0.226 0.080 0.139 0.045 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 66 I 0.003 0.012 0.009 0.065 0.087 0.135 0.229 0.189 0.140 0.083 0.047 67 Y 0.003 0.005 0.013 0.023 0.041 0.075 0.152 0.162 0.193 0.147 0.186 68 R 0.034 0.062 0.125 0.316 0.205 0.129 0.084 0.024 0.011 0.005 0.004 69 G 0.223 0.217 0.147 0.209 0.109 0.048 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.046 0.092 0.212 0.268 0.358 71 A 0.103 0.248 0.157 0.256 0.125 0.068 0.034 0.005 0.002 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.021 0.099 0.171 0.251 0.230 0.207 73 I 0.001 0.002 0.002 0.008 0.012 0.031 0.103 0.159 0.199 0.229 0.254 74 Y 0.001 0.002 0.003 0.009 0.017 0.035 0.129 0.190 0.288 0.192 0.136 75 S 0.002 0.002 0.006 0.009 0.008 0.015 0.063 0.114 0.213 0.271 0.298 76 I 0.002 0.002 0.002 0.012 0.018 0.031 0.095 0.162 0.245 0.252 0.177 77 R 0.008 0.024 0.012 0.073 0.119 0.129 0.220 0.183 0.141 0.063 0.029 78 P 0.034 0.067 0.026 0.089 0.107 0.120 0.171 0.142 0.123 0.081 0.041 79 P 0.049 0.065 0.026 0.119 0.161 0.161 0.187 0.115 0.068 0.034 0.015 80 A 0.353 0.216 0.061 0.165 0.099 0.052 0.031 0.011 0.007 0.003 0.001 81 E 0.405 0.144 0.055 0.126 0.084 0.067 0.062 0.028 0.016 0.008 0.005 82 I 0.005 0.014 0.020 0.036 0.033 0.062 0.154 0.173 0.203 0.176 0.124 83 H 0.006 0.010 0.021 0.033 0.059 0.127 0.310 0.199 0.132 0.066 0.036 84 S 0.111 0.095 0.365 0.275 0.098 0.034 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 85 S 0.001 0.012 0.037 0.080 0.142 0.215 0.282 0.121 0.063 0.032 0.014 86 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.031 0.073 0.204 0.294 0.387 87 M 0.001 0.002 0.049 0.076 0.161 0.288 0.300 0.074 0.032 0.014 0.005 88 R 0.002 0.016 0.359 0.313 0.191 0.080 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.014 0.101 0.157 0.245 0.249 0.222 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.065 0.123 0.266 0.289 0.244 91 D 0.022 0.022 0.576 0.258 0.089 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.001 0.007 0.062 0.052 0.124 0.278 0.357 0.078 0.029 0.009 0.003 93 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.055 0.122 0.218 0.291 0.300 94 G 0.585 0.259 0.059 0.065 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.013 0.075 0.148 0.271 0.272 0.205 96 R 0.058 0.221 0.128 0.342 0.157 0.070 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.096 0.160 0.293 0.243 0.188 98 I 0.009 0.016 0.020 0.099 0.162 0.198 0.205 0.113 0.084 0.050 0.046 99 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.018 0.053 0.193 0.297 0.431 100 K 0.009 0.025 0.022 0.212 0.255 0.185 0.160 0.076 0.041 0.012 0.004 101 P 0.009 0.022 0.009 0.042 0.041 0.072 0.189 0.202 0.206 0.140 0.068 102 L 0.008 0.008 0.009 0.038 0.060 0.075 0.151 0.177 0.206 0.148 0.121 103 T 0.074 0.268 0.081 0.232 0.141 0.085 0.065 0.029 0.015 0.007 0.004 104 G 0.286 0.188 0.063 0.191 0.136 0.064 0.039 0.017 0.009 0.004 0.001 105 E 0.118 0.082 0.027 0.096 0.082 0.088 0.137 0.119 0.116 0.076 0.058 106 D 0.256 0.295 0.103 0.174 0.087 0.040 0.027 0.009 0.006 0.003 0.001 107 I 0.078 0.059 0.026 0.079 0.090 0.112 0.172 0.133 0.120 0.079 0.052 108 V 0.097 0.087 0.046 0.098 0.102 0.116 0.139 0.092 0.092 0.073 0.057 109 T 0.147 0.195 0.114 0.200 0.131 0.082 0.066 0.029 0.020 0.010 0.005 110 E 0.400 0.135 0.090 0.160 0.088 0.053 0.038 0.017 0.011 0.006 0.004 111 R 0.137 0.063 0.068 0.101 0.100 0.126 0.162 0.093 0.071 0.049 0.032 112 K 0.087 0.160 0.129 0.243 0.145 0.088 0.078 0.033 0.021 0.011 0.005 113 M 0.024 0.021 0.040 0.055 0.066 0.090 0.153 0.148 0.167 0.137 0.099 114 K 0.090 0.145 0.181 0.235 0.152 0.088 0.064 0.023 0.012 0.006 0.003 115 L 0.065 0.101 0.097 0.179 0.144 0.128 0.133 0.067 0.047 0.025 0.013 116 V 0.011 0.014 0.013 0.042 0.055 0.081 0.151 0.153 0.187 0.161 0.133 117 N 0.254 0.271 0.125 0.166 0.088 0.044 0.030 0.011 0.007 0.003 0.002 118 Y 0.065 0.057 0.034 0.104 0.100 0.113 0.187 0.124 0.109 0.069 0.039 119 G 0.185 0.162 0.054 0.169 0.130 0.100 0.088 0.045 0.033 0.020 0.013 120 R 0.051 0.081 0.044 0.198 0.170 0.160 0.151 0.071 0.042 0.022 0.010 121 T 0.017 0.042 0.046 0.123 0.136 0.156 0.175 0.122 0.097 0.057 0.030 122 Y 0.007 0.012 0.014 0.038 0.045 0.073 0.187 0.211 0.204 0.136 0.073 123 F 0.012 0.033 0.042 0.150 0.170 0.147 0.182 0.119 0.083 0.045 0.019 124 Y 0.014 0.019 0.043 0.064 0.061 0.066 0.135 0.154 0.207 0.147 0.089 125 E 0.068 0.095 0.129 0.293 0.193 0.107 0.070 0.026 0.013 0.005 0.002 126 Y 0.020 0.032 0.033 0.060 0.061 0.094 0.209 0.189 0.163 0.102 0.037 127 I 0.041 0.081 0.084 0.184 0.162 0.138 0.135 0.080 0.054 0.029 0.012 128 A 0.104 0.102 0.140 0.100 0.086 0.083 0.129 0.092 0.084 0.053 0.027 129 E 0.123 0.131 0.113 0.189 0.142 0.094 0.094 0.052 0.033 0.020 0.008 130 V 0.135 0.103 0.089 0.109 0.088 0.089 0.127 0.094 0.082 0.056 0.027 131 R 0.165 0.114 0.118 0.166 0.129 0.102 0.090 0.049 0.035 0.021 0.010 132 S 0.204 0.145 0.123 0.133 0.103 0.081 0.085 0.051 0.040 0.024 0.011 133 R 0.276 0.149 0.067 0.117 0.092 0.074 0.081 0.055 0.043 0.031 0.015