# TARGET T0471 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.007 0.024 0.008 0.009 0.948 2 W 0.034 0.024 0.030 0.273 0.029 0.073 0.537 3 N 0.031 0.013 0.022 0.341 0.151 0.071 0.370 4 D 0.011 0.003 0.025 0.791 0.040 0.047 0.084 5 L 0.015 0.002 0.018 0.849 0.021 0.038 0.056 6 A 0.026 0.002 0.016 0.863 0.015 0.023 0.056 7 V 0.069 0.003 0.009 0.863 0.014 0.015 0.027 8 Y 0.131 0.002 0.006 0.808 0.011 0.015 0.027 9 I 0.138 0.003 0.010 0.796 0.009 0.022 0.022 10 I 0.133 0.002 0.014 0.795 0.011 0.023 0.021 11 R 0.129 0.002 0.023 0.785 0.009 0.032 0.019 12 C 0.118 0.002 0.019 0.743 0.023 0.068 0.026 13 S 0.100 0.005 0.026 0.529 0.084 0.176 0.080 14 G 0.051 0.003 0.026 0.111 0.309 0.233 0.266 15 P 0.034 0.005 0.031 0.017 0.271 0.434 0.208 16 G 0.061 0.003 0.026 0.006 0.198 0.585 0.120 17 T 0.389 0.009 0.010 0.002 0.169 0.077 0.344 18 R 0.740 0.007 0.002 0.001 0.043 0.004 0.203 19 V 0.957 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 20 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 21 E 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 22 V 0.926 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.062 23 G 0.818 0.008 0.004 0.002 0.038 0.020 0.110 24 A 0.485 0.014 0.011 0.007 0.126 0.066 0.290 25 G 0.167 0.019 0.025 0.012 0.290 0.164 0.321 26 R 0.092 0.027 0.033 0.030 0.313 0.221 0.284 27 F 0.077 0.030 0.037 0.136 0.209 0.108 0.402 28 L 0.006 0.002 0.045 0.847 0.033 0.038 0.029 29 Y 0.004 0.003 0.033 0.904 0.010 0.035 0.012 30 V 0.001 0.001 0.014 0.973 0.001 0.008 0.002 31 S 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.005 0.002 32 D 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.012 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.015 0.002 34 I 0.001 0.001 0.006 0.978 0.003 0.009 0.002 35 R 0.001 0.001 0.015 0.952 0.003 0.026 0.004 36 K 0.001 0.001 0.021 0.843 0.009 0.119 0.006 37 H 0.001 0.002 0.020 0.312 0.040 0.611 0.014 38 S 0.006 0.003 0.003 0.009 0.073 0.757 0.149 39 K 0.038 0.003 0.001 0.001 0.094 0.010 0.854 40 V 0.544 0.006 0.002 0.001 0.132 0.004 0.311 41 D 0.922 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.067 42 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 43 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 44 L 0.935 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.054 45 T 0.788 0.004 0.001 0.001 0.021 0.002 0.183 46 D 0.513 0.006 0.006 0.004 0.073 0.021 0.378 47 I 0.417 0.040 0.009 0.009 0.122 0.027 0.376 48 K 0.180 0.024 0.014 0.010 0.162 0.051 0.560 49 P 0.072 0.010 0.025 0.007 0.173 0.163 0.550 50 S 0.033 0.008 0.040 0.007 0.241 0.515 0.157 51 H 0.057 0.009 0.033 0.006 0.326 0.344 0.225 52 G 0.214 0.012 0.012 0.005 0.137 0.028 0.592 53 G 0.450 0.016 0.007 0.004 0.172 0.019 0.331 54 I 0.765 0.023 0.010 0.005 0.041 0.013 0.144 55 V 0.863 0.011 0.009 0.006 0.022 0.020 0.070 56 R 0.836 0.015 0.009 0.010 0.028 0.018 0.085 57 D 0.604 0.015 0.012 0.012 0.061 0.023 0.273 58 D 0.248 0.013 0.032 0.021 0.137 0.167 0.382 59 I 0.155 0.023 0.036 0.024 0.172 0.401 0.189 60 T 0.092 0.036 0.036 0.039 0.284 0.300 0.213 61 S 0.032 0.015 0.009 0.013 0.345 0.063 0.523 62 P 0.030 0.029 0.041 0.069 0.245 0.264 0.322 63 R 0.060 0.045 0.044 0.088 0.189 0.183 0.391 64 M 0.012 0.004 0.254 0.582 0.028 0.067 0.053 65 E 0.016 0.003 0.177 0.698 0.013 0.063 0.029 66 I 0.012 0.004 0.251 0.630 0.011 0.075 0.018 67 Y 0.034 0.011 0.280 0.482 0.023 0.087 0.083 68 R 0.008 0.003 0.102 0.310 0.037 0.525 0.016 69 G 0.010 0.003 0.043 0.059 0.023 0.837 0.026 70 A 0.048 0.001 0.001 0.007 0.080 0.008 0.855 71 A 0.244 0.001 0.001 0.003 0.612 0.008 0.132 72 L 0.975 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 73 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 74 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 75 S 0.925 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.061 76 I 0.403 0.007 0.005 0.002 0.208 0.009 0.366 77 R 0.113 0.005 0.003 0.001 0.396 0.007 0.475 78 P 0.026 0.025 0.004 0.002 0.146 0.007 0.791 79 P 0.017 0.015 0.058 0.048 0.158 0.040 0.664 80 A 0.001 0.001 0.405 0.354 0.053 0.153 0.033 81 E 0.001 0.002 0.485 0.331 0.025 0.127 0.029 82 I 0.002 0.003 0.242 0.564 0.043 0.065 0.082 83 H 0.003 0.005 0.034 0.789 0.030 0.031 0.109 84 S 0.001 0.001 0.017 0.930 0.012 0.027 0.012 85 S 0.001 0.001 0.013 0.952 0.005 0.023 0.006 86 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.006 0.002 87 M 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 88 R 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.013 0.001 89 V 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.015 0.002 90 A 0.001 0.001 0.011 0.951 0.003 0.029 0.005 91 D 0.001 0.001 0.043 0.787 0.004 0.163 0.003 92 A 0.001 0.001 0.051 0.665 0.019 0.252 0.012 93 V 0.001 0.033 0.036 0.381 0.201 0.258 0.091 94 G 0.002 0.011 0.005 0.009 0.085 0.643 0.245 95 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.149 0.010 0.834 96 R 0.052 0.001 0.001 0.001 0.758 0.006 0.183 97 L 0.940 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.042 98 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 99 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 100 K 0.908 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.082 101 P 0.461 0.010 0.002 0.002 0.062 0.008 0.454 102 L 0.083 0.004 0.013 0.006 0.234 0.103 0.556 103 T 0.026 0.010 0.032 0.011 0.386 0.305 0.228 104 G 0.025 0.006 0.030 0.008 0.452 0.232 0.246 105 E 0.072 0.024 0.024 0.016 0.333 0.056 0.476 106 D 0.195 0.053 0.025 0.025 0.134 0.037 0.530 107 I 0.240 0.037 0.052 0.032 0.103 0.068 0.468 108 V 0.234 0.032 0.104 0.040 0.124 0.086 0.381 109 T 0.206 0.016 0.129 0.040 0.163 0.131 0.315 110 E 0.261 0.009 0.077 0.026 0.140 0.168 0.319 111 R 0.379 0.012 0.027 0.017 0.104 0.042 0.419 112 K 0.619 0.028 0.010 0.012 0.059 0.011 0.261 113 M 0.692 0.018 0.008 0.012 0.032 0.011 0.226 114 K 0.717 0.024 0.009 0.014 0.037 0.018 0.181 115 L 0.561 0.027 0.009 0.012 0.053 0.035 0.303 116 V 0.369 0.015 0.012 0.008 0.135 0.118 0.343 117 N 0.110 0.008 0.010 0.005 0.353 0.309 0.206 118 Y 0.098 0.005 0.015 0.005 0.467 0.213 0.197 119 G 0.254 0.014 0.022 0.011 0.200 0.075 0.425 120 R 0.672 0.027 0.015 0.006 0.066 0.023 0.191 121 T 0.874 0.009 0.006 0.004 0.024 0.005 0.078 122 Y 0.939 0.006 0.003 0.004 0.006 0.002 0.040 123 F 0.956 0.001 0.003 0.004 0.005 0.003 0.027 124 Y 0.951 0.002 0.003 0.005 0.007 0.004 0.027 125 E 0.919 0.004 0.003 0.008 0.010 0.003 0.052 126 Y 0.832 0.005 0.007 0.012 0.019 0.009 0.116 127 I 0.722 0.006 0.016 0.023 0.052 0.025 0.156 128 A 0.575 0.018 0.020 0.040 0.092 0.039 0.215 129 E 0.339 0.016 0.016 0.045 0.155 0.041 0.388 130 V 0.182 0.010 0.020 0.050 0.159 0.083 0.497 131 R 0.118 0.020 0.025 0.064 0.191 0.126 0.456 132 S 0.050 0.013 0.015 0.050 0.015 0.119 0.738 133 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999