# TARGET T0471 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.629 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.615 0.091 0.072 0.154 0.016 0.019 0.013 0.003 0.014 0.002 0.001 2 W 0.676 0.082 0.081 0.093 0.016 0.020 0.015 0.003 0.011 0.004 0.001 3 N 0.632 0.049 0.073 0.109 0.025 0.031 0.050 0.008 0.016 0.007 0.001 4 D 0.701 0.033 0.046 0.128 0.009 0.034 0.028 0.005 0.013 0.001 0.001 5 L 0.772 0.072 0.057 0.073 0.007 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 6 A 0.767 0.086 0.062 0.040 0.016 0.011 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 7 V 0.637 0.229 0.051 0.041 0.028 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 8 Y 0.487 0.324 0.076 0.045 0.042 0.010 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 9 I 0.354 0.449 0.104 0.023 0.029 0.019 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 10 I 0.363 0.443 0.104 0.029 0.024 0.018 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 11 R 0.232 0.443 0.164 0.052 0.050 0.031 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 12 C 0.199 0.405 0.197 0.080 0.053 0.030 0.012 0.002 0.020 0.001 0.001 13 S 0.157 0.234 0.256 0.204 0.081 0.021 0.016 0.005 0.020 0.008 0.001 14 G 0.058 0.108 0.252 0.004 0.229 0.003 0.014 0.016 0.065 0.252 0.001 15 P 0.265 0.004 0.448 0.096 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.168 16 G 0.025 0.012 0.049 0.060 0.059 0.006 0.103 0.622 0.002 0.062 0.001 17 T 0.036 0.454 0.326 0.075 0.079 0.009 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 18 R 0.006 0.546 0.359 0.006 0.023 0.026 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 19 V 0.002 0.521 0.445 0.001 0.007 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 V 0.004 0.872 0.051 0.003 0.018 0.012 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 21 E 0.001 0.482 0.456 0.001 0.007 0.045 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 22 V 0.021 0.714 0.101 0.015 0.009 0.055 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 23 G 0.026 0.150 0.133 0.009 0.467 0.017 0.033 0.025 0.011 0.127 0.001 24 A 0.159 0.367 0.150 0.198 0.075 0.017 0.007 0.001 0.021 0.003 0.001 25 G 0.085 0.021 0.116 0.030 0.194 0.010 0.028 0.111 0.003 0.401 0.001 26 R 0.560 0.053 0.080 0.216 0.022 0.028 0.016 0.007 0.010 0.005 0.002 27 F 0.516 0.123 0.123 0.094 0.025 0.046 0.020 0.004 0.041 0.006 0.001 28 L 0.812 0.027 0.081 0.035 0.005 0.028 0.005 0.001 0.005 0.001 0.002 29 Y 0.882 0.020 0.029 0.025 0.008 0.017 0.007 0.004 0.005 0.002 0.001 30 V 0.953 0.003 0.002 0.036 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.975 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.983 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.925 0.007 0.006 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.306 0.011 0.015 0.647 0.003 0.003 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 38 S 0.104 0.040 0.107 0.100 0.052 0.017 0.346 0.182 0.030 0.020 0.001 39 K 0.252 0.231 0.244 0.136 0.046 0.039 0.030 0.005 0.010 0.006 0.001 40 V 0.122 0.305 0.435 0.039 0.015 0.056 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 41 D 0.084 0.590 0.166 0.025 0.053 0.039 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 42 L 0.048 0.618 0.258 0.007 0.023 0.029 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 43 V 0.033 0.733 0.127 0.010 0.039 0.029 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 44 L 0.069 0.576 0.216 0.021 0.033 0.042 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 45 T 0.104 0.463 0.167 0.048 0.133 0.030 0.012 0.002 0.034 0.006 0.001 46 D 0.191 0.232 0.253 0.110 0.055 0.071 0.046 0.006 0.029 0.004 0.003 47 I 0.100 0.360 0.313 0.095 0.038 0.044 0.010 0.002 0.035 0.001 0.002 48 K 0.028 0.244 0.443 0.002 0.025 0.024 0.021 0.001 0.206 0.005 0.001 49 P 0.172 0.005 0.674 0.009 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 50 S 0.288 0.107 0.262 0.168 0.062 0.025 0.039 0.024 0.011 0.012 0.001 51 H 0.132 0.078 0.120 0.267 0.066 0.026 0.212 0.049 0.030 0.020 0.001 52 G 0.097 0.055 0.293 0.096 0.137 0.004 0.068 0.153 0.005 0.092 0.001 53 G 0.109 0.073 0.244 0.098 0.157 0.015 0.070 0.140 0.007 0.085 0.002 54 I 0.033 0.511 0.328 0.015 0.081 0.018 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 55 V 0.042 0.718 0.145 0.021 0.025 0.024 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 56 R 0.032 0.701 0.173 0.007 0.032 0.030 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 57 D 0.078 0.362 0.170 0.028 0.044 0.112 0.033 0.001 0.171 0.001 0.001 58 D 0.105 0.163 0.382 0.057 0.078 0.139 0.027 0.004 0.039 0.003 0.004 59 I 0.434 0.236 0.103 0.165 0.026 0.022 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 60 T 0.242 0.291 0.155 0.222 0.049 0.021 0.004 0.002 0.010 0.004 0.001 61 S 0.023 0.265 0.222 0.005 0.065 0.016 0.040 0.001 0.360 0.003 0.001 62 P 0.405 0.003 0.505 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 63 R 0.254 0.074 0.231 0.237 0.021 0.078 0.041 0.029 0.031 0.003 0.002 64 M 0.231 0.237 0.392 0.055 0.023 0.026 0.010 0.003 0.020 0.002 0.001 65 E 0.302 0.310 0.281 0.023 0.017 0.030 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 66 I 0.339 0.225 0.343 0.028 0.008 0.045 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 67 Y 0.259 0.387 0.135 0.087 0.043 0.041 0.008 0.002 0.037 0.001 0.001 68 R 0.202 0.245 0.337 0.096 0.083 0.010 0.010 0.001 0.012 0.004 0.001 69 G 0.045 0.010 0.031 0.079 0.041 0.007 0.182 0.561 0.005 0.039 0.001 70 A 0.009 0.324 0.581 0.004 0.051 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 71 A 0.088 0.262 0.527 0.038 0.009 0.059 0.003 0.001 0.011 0.001 0.003 72 L 0.006 0.813 0.113 0.001 0.050 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 73 I 0.009 0.904 0.031 0.004 0.016 0.008 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 74 Y 0.004 0.783 0.136 0.002 0.041 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 75 S 0.015 0.600 0.219 0.014 0.061 0.066 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 76 I 0.010 0.630 0.215 0.017 0.071 0.024 0.004 0.001 0.025 0.002 0.001 77 R 0.003 0.431 0.370 0.001 0.017 0.022 0.007 0.001 0.149 0.001 0.001 78 P 0.005 0.002 0.947 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 79 P 0.122 0.003 0.800 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 80 A 0.977 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 81 E 0.937 0.002 0.005 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.853 0.003 0.011 0.121 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 H 0.893 0.013 0.030 0.021 0.003 0.021 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 84 S 0.969 0.002 0.007 0.013 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 85 S 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.987 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.991 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.937 0.003 0.002 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 V 0.140 0.022 0.020 0.806 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 94 G 0.009 0.001 0.003 0.018 0.003 0.003 0.739 0.212 0.003 0.010 0.001 95 A 0.007 0.380 0.451 0.003 0.126 0.018 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 96 R 0.336 0.041 0.168 0.377 0.003 0.064 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 97 L 0.002 0.791 0.045 0.002 0.154 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 98 I 0.001 0.949 0.021 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 99 I 0.002 0.524 0.396 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 100 K 0.004 0.414 0.228 0.001 0.019 0.051 0.008 0.001 0.274 0.001 0.001 101 P 0.032 0.011 0.879 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 102 L 0.291 0.079 0.275 0.252 0.009 0.063 0.012 0.002 0.012 0.001 0.004 103 T 0.092 0.220 0.410 0.081 0.152 0.006 0.015 0.005 0.006 0.013 0.001 104 G 0.068 0.014 0.052 0.036 0.053 0.003 0.043 0.520 0.004 0.207 0.001 105 E 0.143 0.161 0.572 0.028 0.040 0.021 0.007 0.003 0.016 0.008 0.001 106 D 0.250 0.111 0.460 0.043 0.018 0.075 0.014 0.004 0.016 0.002 0.007 107 I 0.438 0.179 0.232 0.053 0.018 0.055 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 108 V 0.539 0.145 0.124 0.116 0.014 0.041 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 109 T 0.272 0.372 0.110 0.114 0.079 0.016 0.006 0.001 0.027 0.002 0.001 110 E 0.440 0.082 0.193 0.105 0.058 0.024 0.051 0.024 0.011 0.011 0.001 111 R 0.191 0.229 0.205 0.158 0.090 0.021 0.055 0.017 0.028 0.004 0.001 112 K 0.176 0.311 0.337 0.047 0.023 0.052 0.016 0.001 0.035 0.001 0.001 113 M 0.094 0.243 0.544 0.012 0.008 0.072 0.002 0.001 0.020 0.001 0.003 114 K 0.199 0.577 0.099 0.058 0.033 0.014 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 115 L 0.067 0.206 0.540 0.031 0.017 0.092 0.016 0.001 0.028 0.001 0.001 116 V 0.127 0.539 0.160 0.073 0.031 0.025 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 117 N 0.076 0.080 0.178 0.120 0.029 0.166 0.261 0.008 0.070 0.012 0.001 118 Y 0.144 0.088 0.222 0.294 0.084 0.009 0.056 0.073 0.008 0.021 0.001 119 G 0.146 0.081 0.208 0.047 0.150 0.004 0.036 0.161 0.007 0.161 0.001 120 R 0.123 0.174 0.545 0.041 0.040 0.047 0.009 0.003 0.008 0.006 0.005 121 T 0.068 0.650 0.152 0.046 0.053 0.015 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 122 Y 0.031 0.606 0.180 0.018 0.120 0.022 0.003 0.001 0.019 0.002 0.001 123 F 0.044 0.674 0.186 0.008 0.048 0.023 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 124 Y 0.096 0.617 0.108 0.020 0.103 0.027 0.003 0.001 0.023 0.002 0.001 125 E 0.118 0.548 0.221 0.015 0.040 0.035 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 126 Y 0.167 0.499 0.191 0.021 0.042 0.047 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 127 I 0.286 0.449 0.144 0.038 0.034 0.023 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 128 A 0.394 0.210 0.179 0.038 0.132 0.010 0.014 0.009 0.007 0.007 0.001 129 E 0.394 0.261 0.160 0.072 0.064 0.018 0.007 0.002 0.020 0.002 0.001 130 V 0.473 0.175 0.230 0.053 0.015 0.035 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 131 R 0.466 0.195 0.118 0.145 0.024 0.022 0.008 0.001 0.019 0.002 0.001 132 S 0.220 0.180 0.304 0.118 0.089 0.030 0.022 0.011 0.018 0.007 0.001 133 R 0.410 0.138 0.166 0.104 0.070 0.016 0.035 0.022 0.017 0.021 0.001