# TARGET T0471 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.102 0.073 0.040 0.132 0.031 0.041 0.219 0.098 0.114 0.055 2 W 0.064 0.137 0.075 0.039 0.104 0.041 0.031 0.282 0.105 0.077 0.046 3 N 0.069 0.128 0.083 0.017 0.112 0.008 0.016 0.364 0.095 0.070 0.040 4 D 0.015 0.028 0.012 0.004 0.021 0.004 0.008 0.654 0.191 0.054 0.009 5 L 0.006 0.013 0.005 0.003 0.011 0.004 0.014 0.791 0.133 0.017 0.003 6 A 0.006 0.016 0.005 0.003 0.013 0.004 0.022 0.832 0.080 0.015 0.003 7 V 0.014 0.007 0.003 0.002 0.015 0.004 0.020 0.789 0.094 0.042 0.009 8 Y 0.028 0.027 0.006 0.004 0.043 0.007 0.016 0.725 0.106 0.027 0.012 9 I 0.020 0.017 0.006 0.003 0.037 0.007 0.021 0.729 0.123 0.028 0.009 10 I 0.029 0.018 0.005 0.004 0.048 0.012 0.042 0.696 0.112 0.026 0.009 11 R 0.040 0.030 0.008 0.008 0.064 0.013 0.053 0.601 0.125 0.042 0.015 12 C 0.053 0.040 0.011 0.007 0.079 0.016 0.083 0.478 0.118 0.089 0.026 13 S 0.052 0.146 0.043 0.033 0.133 0.041 0.088 0.231 0.101 0.109 0.025 14 G 0.065 0.201 0.170 0.080 0.124 0.050 0.041 0.114 0.062 0.066 0.027 15 P 0.055 0.081 0.057 0.040 0.079 0.043 0.077 0.212 0.202 0.116 0.036 16 G 0.099 0.119 0.046 0.043 0.134 0.021 0.043 0.083 0.109 0.214 0.089 17 T 0.109 0.242 0.071 0.029 0.210 0.018 0.025 0.035 0.039 0.145 0.077 18 R 0.090 0.332 0.084 0.012 0.412 0.006 0.013 0.013 0.008 0.016 0.014 19 V 0.412 0.065 0.007 0.001 0.490 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 20 V 0.105 0.195 0.022 0.006 0.634 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.010 21 E 0.389 0.062 0.009 0.001 0.480 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.050 22 V 0.282 0.067 0.023 0.030 0.248 0.038 0.044 0.029 0.028 0.082 0.131 23 G 0.107 0.213 0.098 0.093 0.243 0.055 0.046 0.041 0.024 0.045 0.036 24 A 0.111 0.087 0.045 0.072 0.115 0.054 0.046 0.063 0.079 0.216 0.113 25 G 0.020 0.091 0.175 0.381 0.051 0.088 0.037 0.031 0.028 0.060 0.037 26 R 0.108 0.101 0.075 0.047 0.110 0.035 0.047 0.136 0.119 0.143 0.080 27 F 0.099 0.316 0.150 0.013 0.193 0.007 0.013 0.085 0.054 0.039 0.030 28 L 0.019 0.106 0.030 0.023 0.053 0.038 0.040 0.434 0.185 0.055 0.017 29 Y 0.025 0.052 0.018 0.004 0.035 0.003 0.013 0.702 0.093 0.041 0.013 30 V 0.003 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.832 0.109 0.034 0.004 31 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.895 0.088 0.006 0.001 32 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.933 0.052 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.923 0.059 0.009 0.001 34 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.872 0.096 0.016 0.002 35 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.806 0.148 0.005 0.001 36 K 0.002 0.009 0.005 0.005 0.004 0.013 0.104 0.661 0.147 0.048 0.002 37 H 0.007 0.558 0.332 0.012 0.062 0.002 0.002 0.006 0.004 0.012 0.004 38 S 0.077 0.023 0.016 0.024 0.028 0.010 0.011 0.016 0.020 0.441 0.334 39 K 0.057 0.461 0.075 0.012 0.270 0.013 0.012 0.031 0.021 0.032 0.015 40 V 0.310 0.072 0.010 0.009 0.439 0.008 0.013 0.019 0.012 0.027 0.082 41 D 0.299 0.109 0.013 0.011 0.486 0.013 0.011 0.016 0.007 0.008 0.026 42 L 0.185 0.124 0.011 0.002 0.640 0.002 0.003 0.008 0.002 0.004 0.018 43 V 0.395 0.041 0.009 0.002 0.478 0.002 0.002 0.006 0.002 0.007 0.056 44 L 0.213 0.143 0.034 0.024 0.410 0.025 0.020 0.020 0.012 0.034 0.065 45 T 0.149 0.240 0.074 0.008 0.447 0.002 0.003 0.014 0.010 0.016 0.038 46 D 0.184 0.113 0.035 0.010 0.288 0.012 0.033 0.118 0.080 0.070 0.057 47 I 0.123 0.190 0.077 0.031 0.270 0.026 0.066 0.073 0.041 0.064 0.039 48 K 0.097 0.199 0.135 0.067 0.200 0.036 0.067 0.099 0.044 0.031 0.026 49 P 0.044 0.125 0.170 0.135 0.073 0.098 0.100 0.109 0.062 0.062 0.024 50 S 0.026 0.142 0.091 0.098 0.084 0.100 0.168 0.140 0.079 0.056 0.016 51 H 0.078 0.038 0.043 0.054 0.062 0.032 0.024 0.036 0.057 0.436 0.140 52 G 0.133 0.299 0.092 0.027 0.288 0.010 0.010 0.028 0.027 0.039 0.044 53 G 0.145 0.104 0.059 0.040 0.193 0.032 0.048 0.093 0.076 0.107 0.105 54 I 0.145 0.282 0.095 0.011 0.333 0.004 0.008 0.041 0.030 0.028 0.023 55 V 0.246 0.207 0.041 0.006 0.365 0.008 0.013 0.051 0.013 0.013 0.036 56 R 0.112 0.240 0.102 0.041 0.217 0.045 0.044 0.073 0.032 0.042 0.052 57 D 0.087 0.245 0.117 0.055 0.180 0.022 0.023 0.076 0.070 0.066 0.058 58 D 0.078 0.065 0.027 0.014 0.108 0.012 0.034 0.226 0.253 0.131 0.052 59 I 0.026 0.048 0.020 0.013 0.052 0.028 0.140 0.348 0.230 0.081 0.015 60 T 0.069 0.094 0.031 0.027 0.125 0.032 0.065 0.125 0.118 0.255 0.060 61 S 0.147 0.169 0.119 0.037 0.243 0.012 0.021 0.072 0.049 0.075 0.058 62 P 0.026 0.118 0.055 0.019 0.056 0.033 0.079 0.292 0.230 0.074 0.019 63 R 0.084 0.146 0.051 0.009 0.171 0.006 0.015 0.167 0.204 0.105 0.042 64 M 0.054 0.038 0.009 0.006 0.075 0.005 0.012 0.223 0.420 0.124 0.033 65 E 0.020 0.033 0.014 0.004 0.048 0.004 0.037 0.515 0.287 0.030 0.008 66 I 0.062 0.022 0.004 0.002 0.056 0.004 0.029 0.411 0.282 0.104 0.025 67 Y 0.094 0.061 0.020 0.017 0.155 0.015 0.017 0.185 0.209 0.179 0.048 68 R 0.006 0.035 0.034 0.035 0.020 0.096 0.232 0.347 0.181 0.013 0.001 69 G 0.072 0.013 0.008 0.002 0.024 0.001 0.003 0.011 0.044 0.663 0.159 70 A 0.304 0.078 0.001 0.001 0.515 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.086 71 A 0.030 0.028 0.016 0.071 0.091 0.173 0.349 0.155 0.045 0.033 0.009 72 L 0.348 0.054 0.003 0.001 0.530 0.001 0.002 0.011 0.005 0.022 0.024 73 I 0.395 0.031 0.003 0.020 0.455 0.031 0.009 0.005 0.002 0.004 0.044 74 Y 0.231 0.121 0.034 0.005 0.470 0.005 0.004 0.007 0.005 0.012 0.106 75 S 0.189 0.179 0.036 0.004 0.338 0.003 0.012 0.015 0.023 0.054 0.148 76 I 0.189 0.069 0.029 0.036 0.180 0.071 0.091 0.028 0.049 0.171 0.086 77 R 0.034 0.308 0.323 0.081 0.150 0.018 0.020 0.013 0.015 0.022 0.014 78 P 0.053 0.395 0.281 0.033 0.135 0.007 0.008 0.016 0.019 0.027 0.027 79 P 0.033 0.409 0.175 0.010 0.179 0.004 0.009 0.068 0.080 0.022 0.010 80 A 0.003 0.011 0.006 0.003 0.008 0.010 0.052 0.428 0.459 0.018 0.003 81 E 0.007 0.020 0.005 0.001 0.021 0.002 0.034 0.586 0.259 0.059 0.007 82 I 0.007 0.007 0.003 0.002 0.006 0.005 0.029 0.416 0.252 0.258 0.014 83 H 0.015 0.073 0.033 0.004 0.034 0.002 0.016 0.538 0.222 0.055 0.008 84 S 0.002 0.021 0.012 0.009 0.006 0.011 0.040 0.749 0.140 0.008 0.003 85 S 0.007 0.022 0.008 0.001 0.012 0.001 0.014 0.831 0.086 0.016 0.002 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.820 0.149 0.025 0.001 87 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.889 0.102 0.002 0.001 88 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.924 0.058 0.003 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.766 0.210 0.015 0.001 90 A 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.743 0.219 0.013 0.005 91 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.574 0.363 0.029 0.001 92 A 0.007 0.013 0.002 0.003 0.011 0.005 0.094 0.454 0.216 0.188 0.007 93 V 0.031 0.581 0.101 0.002 0.229 0.003 0.004 0.008 0.018 0.015 0.008 94 G 0.310 0.006 0.003 0.004 0.037 0.003 0.005 0.006 0.026 0.212 0.389 95 A 0.132 0.349 0.050 0.004 0.394 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.035 96 R 0.160 0.039 0.009 0.035 0.364 0.062 0.155 0.054 0.026 0.041 0.055 97 L 0.323 0.084 0.010 0.004 0.535 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.028 98 I 0.120 0.116 0.006 0.001 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 99 I 0.516 0.018 0.003 0.001 0.367 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.087 100 K 0.053 0.379 0.135 0.047 0.311 0.019 0.022 0.014 0.003 0.004 0.014 101 P 0.271 0.149 0.039 0.006 0.410 0.006 0.011 0.030 0.008 0.013 0.058 102 L 0.082 0.057 0.063 0.113 0.093 0.136 0.101 0.126 0.057 0.109 0.064 103 T 0.021 0.157 0.082 0.179 0.062 0.143 0.144 0.110 0.044 0.048 0.010 104 G 0.079 0.053 0.070 0.084 0.071 0.027 0.020 0.073 0.068 0.306 0.151 105 E 0.083 0.230 0.161 0.043 0.174 0.016 0.020 0.095 0.072 0.069 0.037 106 D 0.063 0.266 0.256 0.041 0.156 0.012 0.025 0.075 0.040 0.038 0.028 107 I 0.059 0.378 0.138 0.013 0.169 0.010 0.033 0.110 0.044 0.028 0.017 108 V 0.138 0.157 0.074 0.021 0.149 0.036 0.055 0.147 0.081 0.079 0.062 109 T 0.045 0.199 0.135 0.051 0.132 0.056 0.060 0.164 0.085 0.055 0.017 110 E 0.126 0.090 0.055 0.046 0.132 0.020 0.037 0.106 0.080 0.213 0.094 111 R 0.114 0.265 0.098 0.034 0.215 0.012 0.011 0.038 0.038 0.108 0.067 112 K 0.048 0.463 0.141 0.007 0.267 0.003 0.007 0.025 0.012 0.013 0.013 113 M 0.362 0.146 0.034 0.003 0.352 0.002 0.004 0.023 0.013 0.013 0.050 114 K 0.064 0.297 0.054 0.024 0.260 0.071 0.088 0.086 0.033 0.010 0.013 115 L 0.419 0.042 0.010 0.003 0.247 0.005 0.005 0.016 0.018 0.077 0.158 116 V 0.109 0.224 0.140 0.085 0.241 0.044 0.019 0.030 0.027 0.049 0.032 117 N 0.030 0.049 0.052 0.156 0.039 0.161 0.227 0.103 0.072 0.081 0.031 118 Y 0.097 0.121 0.125 0.101 0.104 0.012 0.008 0.024 0.056 0.242 0.110 119 G 0.041 0.390 0.195 0.044 0.231 0.013 0.019 0.022 0.016 0.019 0.010 120 R 0.337 0.088 0.013 0.002 0.485 0.002 0.005 0.014 0.006 0.010 0.038 121 T 0.286 0.066 0.007 0.015 0.458 0.024 0.024 0.017 0.008 0.019 0.077 122 Y 0.247 0.092 0.012 0.003 0.600 0.003 0.003 0.006 0.002 0.005 0.028 123 F 0.397 0.069 0.009 0.003 0.426 0.005 0.005 0.013 0.006 0.009 0.059 124 Y 0.296 0.117 0.017 0.011 0.440 0.008 0.009 0.017 0.009 0.012 0.064 125 E 0.244 0.130 0.034 0.020 0.329 0.023 0.046 0.061 0.027 0.026 0.059 126 Y 0.194 0.153 0.056 0.023 0.296 0.017 0.028 0.073 0.038 0.055 0.068 127 I 0.213 0.093 0.039 0.042 0.215 0.041 0.047 0.116 0.066 0.055 0.073 128 A 0.109 0.147 0.094 0.057 0.166 0.050 0.056 0.114 0.077 0.081 0.049 129 E 0.120 0.237 0.125 0.021 0.286 0.010 0.016 0.082 0.040 0.028 0.035 130 V 0.156 0.125 0.041 0.014 0.185 0.018 0.032 0.204 0.108 0.063 0.054 131 R 0.064 0.177 0.083 0.049 0.147 0.048 0.068 0.165 0.089 0.074 0.035 132 S 0.095 0.184 0.087 0.034 0.168 0.024 0.045 0.160 0.083 0.076 0.041 133 R 0.060 0.122 0.083 0.028 0.103 0.024 0.044 0.175 0.129 0.183 0.049