# TARGET T0471 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2224 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.023 0.358 0.002 0.045 0.374 0.001 0.001 0.004 0.066 0.096 0.010 0.018 2 W 0.001 0.005 0.236 0.001 0.030 0.632 0.001 0.001 0.002 0.038 0.043 0.003 0.008 3 N 0.001 0.001 0.028 0.001 0.022 0.885 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.002 0.001 4 D 0.001 0.001 0.020 0.001 0.014 0.928 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.001 0.002 5 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.002 6 A 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 7 V 0.006 0.001 0.007 0.002 0.007 0.951 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.006 0.006 8 Y 0.006 0.001 0.004 0.001 0.004 0.964 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.005 9 I 0.007 0.001 0.006 0.001 0.003 0.953 0.002 0.002 0.002 0.002 0.010 0.003 0.009 10 I 0.013 0.002 0.011 0.003 0.008 0.906 0.002 0.001 0.002 0.004 0.031 0.009 0.009 11 R 0.013 0.002 0.025 0.003 0.018 0.784 0.001 0.002 0.003 0.022 0.100 0.015 0.012 12 C 0.013 0.008 0.090 0.001 0.037 0.565 0.002 0.003 0.006 0.074 0.159 0.009 0.032 13 S 0.005 0.056 0.332 0.008 0.018 0.169 0.002 0.001 0.008 0.255 0.098 0.014 0.035 14 G 0.001 0.008 0.629 0.007 0.009 0.013 0.001 0.001 0.002 0.239 0.075 0.013 0.005 15 P 0.001 0.002 0.053 0.006 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.118 0.800 0.001 0.001 16 G 0.001 0.003 0.117 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.125 0.728 0.004 0.003 17 T 0.007 0.006 0.699 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.051 0.143 0.007 0.013 0.059 18 R 0.045 0.008 0.212 0.012 0.001 0.001 0.064 0.019 0.317 0.052 0.001 0.215 0.056 19 V 0.098 0.004 0.025 0.004 0.001 0.001 0.216 0.227 0.230 0.002 0.001 0.022 0.172 20 V 0.173 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 0.244 0.358 0.105 0.001 0.001 0.077 0.011 21 E 0.132 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.245 0.418 0.145 0.001 0.001 0.010 0.039 22 V 0.142 0.001 0.055 0.013 0.001 0.001 0.170 0.355 0.164 0.004 0.003 0.055 0.036 23 G 0.072 0.006 0.263 0.017 0.005 0.004 0.054 0.086 0.240 0.066 0.049 0.037 0.099 24 A 0.015 0.009 0.352 0.017 0.014 0.018 0.010 0.028 0.129 0.176 0.146 0.034 0.052 25 G 0.010 0.014 0.202 0.006 0.030 0.047 0.003 0.005 0.033 0.363 0.249 0.018 0.021 26 R 0.007 0.015 0.273 0.002 0.036 0.119 0.002 0.002 0.017 0.347 0.125 0.021 0.034 27 F 0.006 0.011 0.144 0.002 0.039 0.636 0.002 0.003 0.009 0.055 0.055 0.010 0.029 28 L 0.004 0.004 0.048 0.001 0.034 0.838 0.001 0.001 0.002 0.017 0.036 0.007 0.007 29 Y 0.003 0.008 0.046 0.001 0.023 0.864 0.001 0.001 0.002 0.013 0.028 0.004 0.008 30 V 0.001 0.002 0.014 0.001 0.015 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.003 31 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.015 0.001 0.014 0.946 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 35 R 0.001 0.002 0.008 0.001 0.035 0.862 0.001 0.001 0.001 0.006 0.085 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.042 0.650 0.001 0.001 0.001 0.007 0.290 0.001 0.001 37 H 0.001 0.004 0.161 0.001 0.069 0.427 0.001 0.001 0.001 0.099 0.237 0.001 0.001 38 S 0.001 0.004 0.103 0.001 0.047 0.069 0.001 0.002 0.003 0.093 0.676 0.001 0.001 39 K 0.001 0.006 0.142 0.005 0.025 0.007 0.001 0.001 0.010 0.122 0.679 0.002 0.002 40 V 0.001 0.005 0.741 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.089 0.130 0.004 0.006 0.007 41 D 0.003 0.007 0.223 0.207 0.001 0.001 0.016 0.090 0.248 0.173 0.008 0.013 0.010 42 L 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.033 0.686 0.254 0.001 0.001 0.004 0.005 43 V 0.006 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.069 0.793 0.122 0.001 0.001 0.002 0.001 44 L 0.019 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.114 0.712 0.137 0.001 0.001 0.005 0.004 45 T 0.017 0.001 0.058 0.006 0.001 0.001 0.058 0.551 0.281 0.004 0.001 0.009 0.015 46 D 0.012 0.005 0.298 0.023 0.002 0.001 0.022 0.076 0.412 0.078 0.008 0.028 0.035 47 I 0.004 0.016 0.514 0.022 0.005 0.001 0.005 0.010 0.110 0.229 0.022 0.021 0.042 48 K 0.001 0.019 0.685 0.002 0.010 0.002 0.001 0.003 0.046 0.166 0.029 0.018 0.019 49 P 0.001 0.016 0.544 0.007 0.078 0.008 0.001 0.001 0.008 0.144 0.171 0.002 0.019 50 S 0.001 0.014 0.307 0.006 0.128 0.010 0.001 0.001 0.006 0.201 0.312 0.006 0.008 51 H 0.001 0.022 0.218 0.003 0.186 0.023 0.001 0.001 0.006 0.235 0.278 0.010 0.015 52 G 0.002 0.018 0.286 0.013 0.051 0.020 0.001 0.001 0.006 0.365 0.202 0.012 0.024 53 G 0.007 0.026 0.408 0.027 0.024 0.012 0.002 0.002 0.012 0.250 0.123 0.072 0.036 54 I 0.050 0.057 0.301 0.012 0.010 0.009 0.022 0.010 0.046 0.074 0.026 0.053 0.330 55 V 0.117 0.033 0.203 0.018 0.008 0.011 0.045 0.023 0.104 0.034 0.017 0.275 0.112 56 R 0.148 0.033 0.175 0.014 0.011 0.013 0.057 0.022 0.076 0.054 0.024 0.093 0.279 57 D 0.075 0.028 0.242 0.065 0.026 0.020 0.022 0.011 0.055 0.156 0.043 0.130 0.126 58 D 0.020 0.015 0.414 0.032 0.062 0.020 0.006 0.001 0.021 0.120 0.142 0.045 0.101 59 I 0.023 0.025 0.276 0.008 0.082 0.027 0.007 0.002 0.011 0.106 0.347 0.014 0.073 60 T 0.044 0.049 0.212 0.009 0.050 0.030 0.011 0.004 0.011 0.242 0.212 0.091 0.034 61 S 0.002 0.008 0.530 0.002 0.017 0.016 0.001 0.001 0.004 0.330 0.059 0.013 0.018 62 P 0.001 0.008 0.310 0.003 0.041 0.076 0.001 0.001 0.001 0.183 0.359 0.004 0.014 63 R 0.009 0.033 0.289 0.005 0.065 0.131 0.001 0.001 0.003 0.146 0.254 0.018 0.044 64 M 0.011 0.021 0.199 0.017 0.115 0.373 0.001 0.001 0.006 0.136 0.057 0.016 0.047 65 E 0.012 0.012 0.123 0.010 0.092 0.602 0.003 0.003 0.009 0.026 0.039 0.043 0.027 66 I 0.010 0.023 0.055 0.001 0.094 0.693 0.004 0.006 0.014 0.013 0.026 0.009 0.053 67 Y 0.012 0.007 0.076 0.005 0.041 0.769 0.003 0.003 0.006 0.014 0.032 0.015 0.017 68 R 0.005 0.004 0.019 0.007 0.020 0.619 0.002 0.003 0.003 0.047 0.255 0.011 0.006 69 G 0.004 0.002 0.084 0.019 0.018 0.143 0.001 0.001 0.003 0.027 0.680 0.004 0.012 70 A 0.013 0.005 0.720 0.004 0.005 0.035 0.009 0.004 0.049 0.044 0.006 0.038 0.070 71 A 0.009 0.003 0.262 0.067 0.004 0.010 0.015 0.007 0.032 0.546 0.008 0.026 0.011 72 L 0.026 0.005 0.019 0.004 0.004 0.008 0.081 0.356 0.409 0.006 0.006 0.017 0.059 73 I 0.064 0.003 0.035 0.027 0.005 0.019 0.203 0.481 0.123 0.004 0.014 0.013 0.011 74 Y 0.060 0.001 0.027 0.008 0.002 0.013 0.109 0.556 0.184 0.015 0.007 0.009 0.010 75 S 0.072 0.001 0.068 0.002 0.004 0.009 0.102 0.240 0.417 0.011 0.012 0.017 0.045 76 I 0.020 0.014 0.237 0.003 0.003 0.006 0.044 0.042 0.479 0.051 0.010 0.019 0.072 77 R 0.005 0.016 0.524 0.007 0.001 0.001 0.005 0.002 0.130 0.182 0.004 0.102 0.021 78 P 0.001 0.010 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.081 0.002 0.002 0.028 79 P 0.001 0.005 0.164 0.001 0.128 0.523 0.001 0.001 0.001 0.050 0.125 0.001 0.003 80 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.176 0.740 0.001 0.001 0.001 0.004 0.078 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.278 0.640 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.001 0.001 82 I 0.001 0.003 0.026 0.001 0.089 0.810 0.001 0.001 0.001 0.005 0.066 0.001 0.001 83 H 0.001 0.002 0.061 0.001 0.019 0.898 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.001 84 S 0.001 0.001 0.011 0.001 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 93 V 0.001 0.003 0.028 0.001 0.009 0.380 0.001 0.019 0.006 0.053 0.499 0.001 0.001 94 G 0.001 0.004 0.088 0.010 0.003 0.004 0.001 0.002 0.004 0.067 0.815 0.001 0.001 95 A 0.001 0.002 0.887 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.040 0.043 0.001 0.004 0.006 96 R 0.008 0.005 0.255 0.185 0.003 0.001 0.017 0.072 0.174 0.249 0.003 0.017 0.012 97 L 0.012 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.098 0.587 0.261 0.003 0.001 0.009 0.010 98 I 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.100 0.727 0.147 0.001 0.001 0.003 0.004 99 I 0.012 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.081 0.563 0.302 0.001 0.001 0.003 0.008 100 K 0.004 0.001 0.089 0.005 0.001 0.001 0.009 0.112 0.722 0.015 0.001 0.033 0.008 101 P 0.003 0.013 0.482 0.011 0.005 0.002 0.004 0.009 0.259 0.108 0.023 0.005 0.077 102 L 0.002 0.031 0.531 0.019 0.026 0.006 0.002 0.001 0.050 0.210 0.079 0.028 0.015 103 T 0.001 0.016 0.155 0.007 0.045 0.010 0.001 0.001 0.013 0.283 0.458 0.004 0.008 104 G 0.001 0.007 0.239 0.004 0.047 0.011 0.001 0.001 0.003 0.217 0.461 0.004 0.008 105 E 0.004 0.015 0.472 0.005 0.061 0.031 0.002 0.001 0.006 0.251 0.106 0.019 0.028 106 D 0.015 0.041 0.465 0.003 0.054 0.048 0.004 0.001 0.018 0.120 0.056 0.083 0.092 107 I 0.025 0.051 0.424 0.011 0.055 0.077 0.009 0.002 0.018 0.041 0.045 0.035 0.206 108 V 0.040 0.047 0.386 0.029 0.049 0.076 0.013 0.003 0.014 0.066 0.074 0.110 0.093 109 T 0.020 0.019 0.395 0.011 0.048 0.060 0.005 0.002 0.010 0.137 0.089 0.084 0.122 110 E 0.009 0.007 0.369 0.015 0.060 0.060 0.002 0.001 0.004 0.127 0.242 0.041 0.063 111 R 0.009 0.010 0.262 0.024 0.047 0.029 0.001 0.001 0.002 0.218 0.301 0.050 0.046 112 K 0.013 0.008 0.360 0.038 0.035 0.020 0.001 0.001 0.005 0.201 0.181 0.050 0.088 113 M 0.047 0.012 0.376 0.011 0.013 0.013 0.005 0.001 0.019 0.101 0.019 0.143 0.241 114 K 0.080 0.021 0.187 0.008 0.004 0.008 0.013 0.002 0.053 0.042 0.006 0.391 0.187 115 L 0.099 0.041 0.082 0.007 0.002 0.010 0.030 0.007 0.069 0.006 0.003 0.054 0.590 116 V 0.119 0.029 0.115 0.086 0.010 0.018 0.034 0.011 0.066 0.018 0.036 0.325 0.132 117 N 0.068 0.009 0.171 0.016 0.018 0.015 0.017 0.005 0.038 0.072 0.195 0.071 0.304 118 Y 0.016 0.007 0.099 0.013 0.023 0.012 0.004 0.001 0.008 0.132 0.535 0.108 0.042 119 G 0.004 0.004 0.112 0.009 0.017 0.006 0.001 0.001 0.003 0.219 0.576 0.022 0.027 120 R 0.019 0.007 0.272 0.034 0.020 0.006 0.002 0.001 0.004 0.314 0.190 0.048 0.083 121 T 0.104 0.013 0.306 0.018 0.010 0.012 0.018 0.002 0.010 0.087 0.023 0.155 0.243 122 Y 0.315 0.015 0.085 0.021 0.005 0.016 0.065 0.007 0.013 0.024 0.005 0.111 0.317 123 F 0.564 0.004 0.023 0.017 0.002 0.020 0.117 0.017 0.011 0.003 0.002 0.109 0.111 124 Y 0.618 0.001 0.012 0.005 0.001 0.040 0.099 0.016 0.013 0.002 0.002 0.109 0.081 125 E 0.619 0.001 0.016 0.005 0.002 0.045 0.062 0.005 0.011 0.004 0.003 0.101 0.127 126 Y 0.491 0.002 0.037 0.014 0.002 0.031 0.037 0.003 0.014 0.007 0.005 0.126 0.232 127 I 0.268 0.006 0.098 0.050 0.016 0.106 0.012 0.001 0.010 0.025 0.017 0.140 0.251 128 A 0.109 0.004 0.091 0.035 0.085 0.263 0.007 0.001 0.004 0.060 0.062 0.105 0.176 129 E 0.042 0.007 0.099 0.013 0.127 0.420 0.004 0.001 0.003 0.053 0.093 0.067 0.072 130 V 0.033 0.017 0.148 0.009 0.092 0.415 0.004 0.001 0.002 0.055 0.094 0.033 0.096 131 R 0.010 0.012 0.272 0.006 0.039 0.279 0.002 0.001 0.002 0.083 0.208 0.050 0.036 132 S 0.004 0.009 0.504 0.004 0.022 0.118 0.001 0.001 0.001 0.106 0.179 0.010 0.043 133 R 0.001 0.006 0.835 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 0.001 0.083 0.021 0.011 0.009