# TARGET T0471 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2224 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.054 0.021 0.054 0.051 0.071 0.116 0.129 0.171 0.162 0.144 2 W 0.018 0.028 0.020 0.074 0.127 0.165 0.230 0.141 0.102 0.059 0.036 3 N 0.322 0.205 0.159 0.162 0.082 0.037 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 4 D 0.038 0.082 0.045 0.216 0.213 0.177 0.136 0.054 0.025 0.010 0.004 5 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.038 0.089 0.213 0.306 0.334 6 A 0.002 0.003 0.008 0.040 0.098 0.207 0.311 0.150 0.099 0.052 0.030 7 V 0.015 0.056 0.306 0.324 0.143 0.078 0.043 0.017 0.010 0.005 0.003 8 Y 0.001 0.001 0.002 0.011 0.030 0.094 0.292 0.235 0.163 0.110 0.063 9 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 0.059 0.179 0.325 0.415 10 I 0.001 0.001 0.015 0.046 0.120 0.207 0.285 0.142 0.102 0.053 0.028 11 R 0.008 0.048 0.288 0.292 0.155 0.105 0.066 0.022 0.011 0.005 0.002 12 C 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.064 0.243 0.229 0.212 0.151 0.073 13 S 0.039 0.052 0.015 0.070 0.055 0.082 0.167 0.165 0.157 0.108 0.089 14 G 0.214 0.150 0.049 0.114 0.101 0.102 0.101 0.059 0.048 0.033 0.027 15 P 0.400 0.237 0.075 0.146 0.059 0.039 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 16 G 0.535 0.179 0.042 0.117 0.069 0.026 0.017 0.007 0.004 0.003 0.002 17 T 0.011 0.035 0.022 0.103 0.149 0.147 0.196 0.159 0.104 0.050 0.024 18 R 0.001 0.005 0.006 0.049 0.141 0.252 0.285 0.141 0.073 0.031 0.016 19 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.133 0.220 0.262 0.330 20 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.089 0.214 0.271 0.239 0.166 21 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.031 0.084 0.201 0.271 0.402 22 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.037 0.088 0.181 0.300 0.377 23 G 0.001 0.003 0.002 0.015 0.030 0.053 0.171 0.246 0.223 0.155 0.101 24 A 0.009 0.015 0.011 0.031 0.035 0.047 0.105 0.142 0.200 0.209 0.196 25 G 0.019 0.016 0.011 0.061 0.101 0.113 0.152 0.156 0.154 0.116 0.100 26 R 0.009 0.062 0.022 0.094 0.125 0.144 0.161 0.142 0.117 0.076 0.047 27 F 0.003 0.010 0.005 0.018 0.037 0.060 0.133 0.160 0.212 0.200 0.163 28 L 0.032 0.025 0.021 0.061 0.095 0.145 0.191 0.120 0.134 0.096 0.079 29 Y 0.027 0.061 0.048 0.181 0.183 0.168 0.166 0.071 0.048 0.027 0.021 30 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.032 0.088 0.221 0.315 0.335 31 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.033 0.114 0.124 0.183 0.222 0.311 32 D 0.010 0.019 0.448 0.293 0.120 0.055 0.032 0.011 0.006 0.003 0.002 33 Y 0.001 0.001 0.002 0.011 0.043 0.171 0.405 0.199 0.095 0.050 0.022 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.128 0.314 0.517 35 R 0.001 0.003 0.013 0.061 0.162 0.230 0.313 0.123 0.067 0.020 0.007 36 K 0.075 0.134 0.405 0.274 0.071 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 37 H 0.007 0.012 0.007 0.035 0.070 0.154 0.319 0.195 0.107 0.064 0.029 38 S 0.420 0.224 0.030 0.126 0.057 0.053 0.044 0.023 0.012 0.006 0.005 39 K 0.539 0.225 0.061 0.103 0.049 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.002 0.003 0.001 0.011 0.018 0.039 0.141 0.214 0.271 0.197 0.104 41 D 0.028 0.167 0.092 0.333 0.224 0.109 0.037 0.006 0.002 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.081 0.224 0.308 0.361 43 V 0.005 0.010 0.008 0.069 0.132 0.211 0.284 0.144 0.076 0.036 0.027 44 L 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.011 0.049 0.113 0.244 0.281 0.288 45 T 0.002 0.002 0.002 0.022 0.039 0.081 0.191 0.187 0.204 0.154 0.116 46 D 0.005 0.018 0.013 0.052 0.059 0.074 0.155 0.185 0.188 0.148 0.103 47 I 0.004 0.007 0.004 0.023 0.036 0.045 0.109 0.157 0.212 0.227 0.176 48 K 0.083 0.152 0.049 0.230 0.186 0.123 0.096 0.042 0.024 0.010 0.005 49 P 0.053 0.035 0.013 0.065 0.089 0.103 0.167 0.157 0.142 0.107 0.069 50 S 0.279 0.239 0.081 0.194 0.099 0.048 0.029 0.013 0.008 0.004 0.004 51 H 0.217 0.183 0.052 0.185 0.134 0.101 0.072 0.029 0.015 0.008 0.005 52 G 0.313 0.141 0.037 0.101 0.080 0.070 0.079 0.060 0.052 0.039 0.027 53 G 0.217 0.190 0.047 0.167 0.119 0.091 0.084 0.036 0.026 0.015 0.009 54 I 0.013 0.014 0.007 0.032 0.041 0.051 0.111 0.134 0.194 0.194 0.210 55 V 0.033 0.049 0.025 0.112 0.131 0.136 0.175 0.129 0.107 0.064 0.042 56 R 0.031 0.039 0.026 0.117 0.131 0.140 0.180 0.133 0.101 0.061 0.040 57 D 0.010 0.018 0.015 0.061 0.070 0.094 0.139 0.158 0.180 0.150 0.104 58 D 0.028 0.041 0.016 0.083 0.113 0.124 0.180 0.156 0.125 0.084 0.050 59 I 0.020 0.015 0.009 0.031 0.035 0.047 0.108 0.142 0.200 0.214 0.180 60 T 0.018 0.022 0.012 0.062 0.085 0.099 0.176 0.153 0.153 0.124 0.097 61 S 0.080 0.182 0.066 0.224 0.160 0.099 0.086 0.047 0.031 0.016 0.010 62 P 0.035 0.029 0.014 0.061 0.086 0.120 0.180 0.155 0.139 0.112 0.068 63 R 0.203 0.268 0.077 0.228 0.123 0.054 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 64 M 0.016 0.016 0.012 0.049 0.064 0.097 0.195 0.157 0.176 0.128 0.090 65 E 0.407 0.231 0.091 0.173 0.061 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 66 I 0.003 0.011 0.009 0.063 0.085 0.129 0.222 0.193 0.145 0.087 0.052 67 Y 0.002 0.005 0.013 0.024 0.043 0.078 0.156 0.165 0.191 0.143 0.180 68 R 0.038 0.069 0.118 0.321 0.204 0.127 0.081 0.023 0.010 0.005 0.003 69 G 0.277 0.230 0.128 0.199 0.095 0.038 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.043 0.091 0.216 0.269 0.359 71 A 0.093 0.270 0.153 0.267 0.123 0.061 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.020 0.097 0.173 0.254 0.231 0.208 73 I 0.001 0.002 0.002 0.009 0.013 0.035 0.114 0.166 0.199 0.220 0.239 74 Y 0.001 0.002 0.002 0.009 0.017 0.035 0.127 0.193 0.292 0.191 0.133 75 S 0.001 0.002 0.005 0.008 0.008 0.015 0.063 0.114 0.211 0.272 0.301 76 I 0.002 0.002 0.002 0.012 0.018 0.030 0.093 0.162 0.247 0.254 0.178 77 R 0.008 0.025 0.012 0.078 0.126 0.133 0.218 0.180 0.134 0.060 0.027 78 P 0.032 0.068 0.025 0.090 0.108 0.120 0.169 0.141 0.123 0.082 0.041 79 P 0.047 0.070 0.028 0.124 0.168 0.165 0.184 0.109 0.062 0.030 0.013 80 A 0.390 0.218 0.060 0.157 0.089 0.044 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 81 E 0.428 0.152 0.056 0.128 0.081 0.060 0.051 0.022 0.012 0.006 0.004 82 I 0.005 0.013 0.017 0.033 0.031 0.061 0.154 0.175 0.207 0.178 0.126 83 H 0.006 0.010 0.022 0.036 0.066 0.142 0.320 0.192 0.120 0.057 0.030 84 S 0.109 0.097 0.395 0.261 0.088 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 85 S 0.001 0.011 0.036 0.081 0.143 0.218 0.282 0.120 0.062 0.032 0.014 86 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.029 0.071 0.202 0.296 0.392 87 M 0.001 0.002 0.050 0.080 0.168 0.294 0.288 0.070 0.030 0.013 0.004 88 R 0.002 0.017 0.383 0.308 0.180 0.075 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.016 0.111 0.165 0.244 0.240 0.211 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.063 0.122 0.265 0.290 0.247 91 D 0.022 0.023 0.565 0.258 0.094 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 92 A 0.001 0.010 0.081 0.063 0.136 0.274 0.323 0.072 0.028 0.009 0.004 93 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.065 0.130 0.219 0.281 0.287 94 G 0.597 0.254 0.059 0.062 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.014 0.077 0.150 0.269 0.270 0.205 96 R 0.060 0.227 0.124 0.339 0.156 0.069 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.087 0.152 0.289 0.249 0.205 98 I 0.009 0.016 0.018 0.096 0.155 0.193 0.210 0.114 0.086 0.053 0.050 99 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.049 0.183 0.295 0.450 100 K 0.008 0.022 0.020 0.197 0.244 0.186 0.169 0.085 0.047 0.014 0.006 101 P 0.008 0.019 0.008 0.041 0.042 0.074 0.195 0.206 0.203 0.139 0.065 102 L 0.006 0.006 0.006 0.030 0.048 0.065 0.138 0.178 0.217 0.169 0.137 103 T 0.060 0.197 0.061 0.227 0.161 0.110 0.092 0.046 0.026 0.013 0.009 104 G 0.217 0.183 0.064 0.202 0.146 0.078 0.054 0.029 0.016 0.008 0.003 105 E 0.091 0.061 0.024 0.083 0.076 0.085 0.144 0.131 0.137 0.095 0.074 106 D 0.258 0.270 0.098 0.183 0.090 0.043 0.031 0.012 0.008 0.004 0.002 107 I 0.051 0.049 0.021 0.079 0.096 0.110 0.179 0.138 0.134 0.086 0.056 108 V 0.052 0.047 0.032 0.065 0.067 0.091 0.144 0.115 0.139 0.128 0.120 109 T 0.088 0.144 0.069 0.181 0.156 0.121 0.112 0.057 0.038 0.022 0.013 110 E 0.330 0.183 0.085 0.156 0.095 0.057 0.043 0.022 0.015 0.009 0.005 111 R 0.220 0.092 0.053 0.123 0.118 0.117 0.124 0.063 0.041 0.029 0.018 112 K 0.362 0.226 0.086 0.173 0.080 0.034 0.022 0.008 0.005 0.003 0.002 113 M 0.010 0.012 0.011 0.037 0.059 0.101 0.194 0.188 0.185 0.128 0.075 114 K 0.073 0.180 0.140 0.271 0.152 0.088 0.058 0.020 0.010 0.005 0.003 115 L 0.004 0.006 0.007 0.018 0.025 0.045 0.129 0.173 0.225 0.208 0.159 116 V 0.011 0.016 0.015 0.067 0.085 0.112 0.184 0.157 0.155 0.112 0.087 117 N 0.065 0.094 0.060 0.148 0.116 0.116 0.141 0.094 0.086 0.047 0.032 118 Y 0.022 0.025 0.019 0.068 0.075 0.108 0.183 0.154 0.152 0.117 0.076 119 G 0.214 0.213 0.072 0.177 0.118 0.074 0.062 0.031 0.022 0.012 0.006 120 R 0.080 0.087 0.039 0.167 0.153 0.133 0.139 0.081 0.061 0.038 0.023 121 T 0.057 0.098 0.068 0.182 0.158 0.137 0.132 0.073 0.052 0.029 0.014 122 Y 0.006 0.027 0.021 0.112 0.152 0.205 0.241 0.123 0.069 0.030 0.012 123 F 0.002 0.005 0.006 0.018 0.023 0.033 0.102 0.174 0.245 0.232 0.162 124 Y 0.005 0.008 0.014 0.046 0.066 0.098 0.209 0.188 0.188 0.118 0.062 125 E 0.033 0.063 0.137 0.232 0.168 0.116 0.117 0.063 0.041 0.021 0.009 126 Y 0.005 0.010 0.015 0.037 0.055 0.098 0.215 0.190 0.186 0.128 0.062 127 I 0.016 0.054 0.059 0.147 0.141 0.143 0.185 0.120 0.080 0.041 0.014 128 A 0.154 0.120 0.194 0.194 0.128 0.075 0.071 0.032 0.020 0.009 0.003 129 E 0.187 0.158 0.242 0.199 0.098 0.053 0.037 0.013 0.007 0.003 0.001 130 V 0.051 0.044 0.067 0.085 0.085 0.122 0.213 0.142 0.103 0.063 0.026 131 R 0.106 0.094 0.131 0.169 0.131 0.123 0.122 0.060 0.038 0.019 0.007 132 S 0.197 0.179 0.365 0.111 0.058 0.035 0.028 0.012 0.008 0.005 0.002 133 R 0.259 0.165 0.108 0.150 0.106 0.071 0.061 0.032 0.024 0.016 0.007