# TARGET T0471 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2224 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.003 0.114 0.004 0.007 0.869 2 W 0.005 0.005 0.010 0.570 0.003 0.013 0.394 3 N 0.003 0.001 0.013 0.907 0.020 0.018 0.038 4 D 0.002 0.001 0.010 0.947 0.007 0.012 0.020 5 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.004 0.004 6 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.003 7 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 9 I 0.003 0.001 0.002 0.982 0.001 0.011 0.001 10 I 0.007 0.001 0.007 0.961 0.002 0.019 0.002 11 R 0.011 0.001 0.005 0.926 0.003 0.050 0.004 12 C 0.035 0.007 0.008 0.776 0.021 0.072 0.083 13 S 0.044 0.033 0.007 0.268 0.212 0.095 0.340 14 G 0.037 0.009 0.008 0.011 0.188 0.061 0.686 15 P 0.004 0.001 0.037 0.007 0.096 0.822 0.032 16 G 0.027 0.002 0.036 0.001 0.116 0.758 0.060 17 T 0.230 0.011 0.014 0.001 0.149 0.053 0.543 18 R 0.736 0.003 0.001 0.001 0.112 0.010 0.136 19 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 20 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 21 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 22 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 23 G 0.731 0.002 0.002 0.001 0.049 0.014 0.201 24 A 0.331 0.011 0.015 0.009 0.176 0.091 0.367 25 G 0.193 0.028 0.021 0.011 0.412 0.130 0.205 26 R 0.087 0.015 0.086 0.068 0.292 0.194 0.258 27 F 0.024 0.007 0.111 0.543 0.094 0.071 0.151 28 L 0.004 0.002 0.069 0.851 0.018 0.028 0.028 29 Y 0.003 0.004 0.061 0.876 0.009 0.029 0.019 30 V 0.001 0.001 0.018 0.971 0.001 0.008 0.003 31 S 0.001 0.001 0.009 0.987 0.001 0.003 0.001 32 D 0.001 0.001 0.009 0.984 0.001 0.006 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.016 0.969 0.001 0.011 0.001 34 I 0.003 0.003 0.024 0.928 0.004 0.034 0.003 35 R 0.008 0.002 0.059 0.756 0.009 0.155 0.011 36 K 0.004 0.001 0.036 0.590 0.011 0.344 0.014 37 H 0.013 0.002 0.075 0.227 0.106 0.263 0.313 38 S 0.007 0.002 0.047 0.045 0.240 0.548 0.111 39 K 0.058 0.003 0.031 0.004 0.114 0.611 0.180 40 V 0.346 0.007 0.002 0.001 0.024 0.003 0.617 41 D 0.835 0.001 0.001 0.001 0.051 0.003 0.110 42 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 43 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 44 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 45 T 0.934 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.062 46 D 0.646 0.002 0.001 0.001 0.035 0.003 0.314 47 I 0.279 0.008 0.001 0.001 0.157 0.010 0.544 48 K 0.239 0.032 0.004 0.001 0.094 0.010 0.620 49 P 0.166 0.018 0.056 0.007 0.103 0.072 0.579 50 S 0.091 0.027 0.106 0.013 0.168 0.251 0.343 51 H 0.072 0.014 0.058 0.004 0.402 0.194 0.257 52 G 0.041 0.004 0.025 0.004 0.376 0.301 0.250 53 G 0.161 0.008 0.022 0.005 0.280 0.181 0.344 54 I 0.605 0.033 0.008 0.005 0.036 0.012 0.302 55 V 0.845 0.025 0.003 0.005 0.013 0.003 0.105 56 R 0.813 0.014 0.009 0.014 0.018 0.010 0.124 57 D 0.608 0.020 0.020 0.017 0.049 0.029 0.256 58 D 0.334 0.015 0.037 0.018 0.119 0.081 0.396 59 I 0.192 0.022 0.035 0.012 0.188 0.213 0.338 60 T 0.115 0.045 0.020 0.025 0.288 0.127 0.380 61 S 0.059 0.023 0.007 0.016 0.177 0.038 0.680 62 P 0.028 0.009 0.037 0.096 0.142 0.411 0.278 63 R 0.034 0.013 0.046 0.129 0.183 0.397 0.199 64 M 0.082 0.014 0.057 0.296 0.172 0.074 0.304 65 E 0.197 0.012 0.049 0.322 0.128 0.062 0.229 66 I 0.292 0.031 0.037 0.421 0.052 0.042 0.124 67 Y 0.419 0.022 0.029 0.229 0.035 0.051 0.215 68 R 0.178 0.006 0.027 0.228 0.073 0.442 0.046 69 G 0.094 0.002 0.010 0.011 0.038 0.784 0.060 70 A 0.277 0.004 0.002 0.001 0.018 0.009 0.690 71 A 0.599 0.002 0.002 0.001 0.222 0.008 0.166 72 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 73 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 74 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 75 S 0.923 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.071 76 I 0.636 0.001 0.002 0.001 0.088 0.015 0.257 77 R 0.138 0.010 0.001 0.001 0.555 0.002 0.293 78 P 0.033 0.016 0.001 0.001 0.104 0.001 0.845 79 P 0.015 0.012 0.136 0.056 0.068 0.057 0.657 80 A 0.001 0.001 0.609 0.255 0.015 0.109 0.011 81 E 0.001 0.001 0.710 0.210 0.005 0.064 0.011 82 I 0.001 0.003 0.391 0.470 0.011 0.086 0.038 83 H 0.002 0.002 0.066 0.792 0.025 0.048 0.065 84 S 0.001 0.001 0.035 0.931 0.007 0.021 0.005 85 S 0.001 0.001 0.015 0.962 0.003 0.016 0.003 86 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.006 0.001 87 M 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 88 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 89 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 90 A 0.001 0.001 0.007 0.965 0.003 0.020 0.003 91 D 0.005 0.001 0.017 0.848 0.006 0.117 0.006 92 A 0.011 0.001 0.034 0.740 0.028 0.161 0.026 93 V 0.037 0.012 0.030 0.334 0.095 0.325 0.167 94 G 0.040 0.006 0.012 0.014 0.057 0.510 0.360 95 A 0.264 0.006 0.005 0.002 0.047 0.016 0.659 96 R 0.712 0.004 0.002 0.001 0.044 0.006 0.232 97 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 98 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 99 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 100 K 0.919 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.073 101 P 0.503 0.009 0.001 0.001 0.015 0.002 0.471 102 L 0.078 0.005 0.004 0.001 0.201 0.059 0.652 103 T 0.020 0.012 0.016 0.002 0.273 0.520 0.157 104 G 0.021 0.005 0.023 0.004 0.449 0.276 0.221 105 E 0.028 0.017 0.022 0.011 0.280 0.031 0.611 106 D 0.131 0.047 0.045 0.020 0.098 0.071 0.588 107 I 0.231 0.041 0.054 0.023 0.099 0.045 0.507 108 V 0.354 0.063 0.053 0.049 0.061 0.083 0.337 109 T 0.276 0.030 0.057 0.059 0.082 0.113 0.383 110 E 0.142 0.007 0.076 0.027 0.132 0.259 0.357 111 R 0.121 0.008 0.072 0.011 0.194 0.413 0.182 112 K 0.239 0.010 0.034 0.005 0.212 0.221 0.278 113 M 0.508 0.018 0.007 0.002 0.043 0.013 0.409 114 K 0.838 0.018 0.003 0.003 0.015 0.003 0.121 115 L 0.935 0.009 0.002 0.002 0.006 0.002 0.044 116 V 0.885 0.006 0.004 0.003 0.012 0.007 0.083 117 N 0.766 0.012 0.008 0.005 0.025 0.020 0.164 118 Y 0.397 0.017 0.020 0.008 0.094 0.296 0.167 119 G 0.101 0.003 0.012 0.003 0.225 0.497 0.159 120 R 0.212 0.007 0.013 0.007 0.333 0.134 0.294 121 T 0.566 0.027 0.007 0.009 0.060 0.027 0.304 122 Y 0.856 0.009 0.003 0.005 0.020 0.005 0.103 123 F 0.924 0.003 0.002 0.007 0.005 0.003 0.056 124 Y 0.940 0.002 0.002 0.018 0.007 0.003 0.027 125 E 0.895 0.003 0.003 0.055 0.010 0.004 0.031 126 Y 0.886 0.003 0.002 0.059 0.006 0.007 0.035 127 I 0.687 0.005 0.011 0.159 0.021 0.021 0.094 128 A 0.409 0.003 0.033 0.242 0.078 0.048 0.187 129 E 0.277 0.005 0.047 0.334 0.069 0.082 0.186 130 V 0.194 0.017 0.062 0.292 0.097 0.114 0.224 131 R 0.146 0.015 0.038 0.197 0.150 0.272 0.181 132 S 0.092 0.008 0.012 0.134 0.063 0.154 0.536 133 R 0.009 0.001 0.001 0.013 0.013 0.009 0.953