# TARGET T0471 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2224 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.694 0.027 0.031 0.190 0.007 0.018 0.015 0.004 0.011 0.003 0.001 2 W 0.859 0.025 0.032 0.056 0.004 0.010 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 3 N 0.881 0.009 0.023 0.044 0.006 0.009 0.018 0.006 0.002 0.003 0.001 4 D 0.863 0.007 0.014 0.061 0.003 0.027 0.012 0.002 0.010 0.001 0.001 5 L 0.980 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.989 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.982 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.962 0.010 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.803 0.022 0.023 0.130 0.007 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 12 C 0.409 0.100 0.119 0.287 0.018 0.024 0.019 0.004 0.017 0.001 0.001 13 S 0.237 0.156 0.235 0.260 0.041 0.023 0.019 0.004 0.020 0.005 0.001 14 G 0.077 0.076 0.245 0.003 0.172 0.003 0.013 0.017 0.050 0.343 0.001 15 P 0.251 0.002 0.454 0.095 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.174 16 G 0.025 0.010 0.030 0.053 0.047 0.004 0.099 0.696 0.002 0.034 0.001 17 T 0.035 0.486 0.333 0.064 0.051 0.013 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 18 R 0.011 0.518 0.385 0.010 0.029 0.024 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 19 V 0.002 0.784 0.175 0.001 0.023 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 V 0.003 0.859 0.069 0.002 0.016 0.014 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 21 E 0.002 0.511 0.411 0.001 0.007 0.057 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 22 V 0.024 0.691 0.121 0.015 0.010 0.057 0.002 0.001 0.079 0.001 0.001 23 G 0.028 0.133 0.143 0.010 0.456 0.017 0.036 0.033 0.010 0.133 0.001 24 A 0.178 0.360 0.143 0.203 0.067 0.016 0.007 0.001 0.020 0.003 0.001 25 G 0.089 0.019 0.105 0.028 0.184 0.009 0.028 0.114 0.003 0.421 0.001 26 R 0.570 0.052 0.078 0.214 0.020 0.028 0.014 0.006 0.011 0.005 0.002 27 F 0.517 0.123 0.130 0.089 0.023 0.048 0.019 0.004 0.041 0.006 0.001 28 L 0.828 0.024 0.070 0.034 0.004 0.026 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 29 Y 0.892 0.018 0.025 0.026 0.008 0.015 0.007 0.003 0.004 0.002 0.001 30 V 0.945 0.004 0.003 0.041 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 S 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.940 0.003 0.004 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.970 0.003 0.008 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.832 0.011 0.013 0.133 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 37 H 0.535 0.065 0.090 0.226 0.008 0.015 0.022 0.002 0.035 0.001 0.001 38 S 0.369 0.053 0.205 0.288 0.030 0.008 0.025 0.011 0.004 0.007 0.001 39 K 0.037 0.011 0.020 0.220 0.015 0.015 0.504 0.160 0.009 0.011 0.001 40 V 0.003 0.388 0.535 0.002 0.022 0.024 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 41 D 0.066 0.100 0.572 0.031 0.001 0.207 0.002 0.001 0.016 0.001 0.004 42 L 0.002 0.877 0.071 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 43 V 0.009 0.857 0.084 0.002 0.005 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 44 L 0.003 0.702 0.184 0.002 0.045 0.032 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 45 T 0.040 0.752 0.062 0.022 0.079 0.017 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 46 D 0.027 0.197 0.296 0.044 0.068 0.246 0.042 0.002 0.071 0.003 0.003 47 I 0.101 0.418 0.289 0.087 0.027 0.036 0.004 0.001 0.033 0.001 0.003 48 K 0.025 0.153 0.573 0.002 0.014 0.037 0.015 0.001 0.175 0.003 0.002 49 P 0.206 0.005 0.683 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 50 S 0.438 0.110 0.197 0.146 0.036 0.029 0.016 0.010 0.011 0.007 0.001 51 H 0.133 0.133 0.173 0.331 0.078 0.019 0.079 0.015 0.029 0.009 0.001 52 G 0.051 0.024 0.144 0.074 0.104 0.002 0.096 0.399 0.004 0.102 0.001 53 G 0.063 0.037 0.199 0.037 0.152 0.009 0.065 0.186 0.006 0.244 0.002 54 I 0.043 0.356 0.447 0.026 0.062 0.041 0.005 0.001 0.013 0.001 0.005 55 V 0.070 0.538 0.231 0.042 0.038 0.043 0.005 0.002 0.029 0.002 0.001 56 R 0.078 0.594 0.179 0.019 0.064 0.031 0.005 0.001 0.025 0.003 0.001 57 D 0.128 0.291 0.183 0.052 0.040 0.117 0.034 0.001 0.151 0.001 0.002 58 D 0.131 0.138 0.353 0.080 0.077 0.141 0.029 0.006 0.038 0.003 0.003 59 I 0.468 0.201 0.099 0.173 0.023 0.023 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 60 T 0.265 0.282 0.149 0.213 0.047 0.021 0.004 0.002 0.012 0.004 0.001 61 S 0.026 0.232 0.238 0.005 0.049 0.018 0.040 0.001 0.388 0.002 0.001 62 P 0.399 0.002 0.506 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 63 R 0.277 0.055 0.191 0.292 0.016 0.070 0.041 0.032 0.021 0.002 0.002 64 M 0.159 0.318 0.365 0.060 0.031 0.025 0.012 0.003 0.025 0.002 0.001 65 E 0.191 0.388 0.311 0.020 0.020 0.032 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 66 I 0.230 0.303 0.367 0.025 0.011 0.049 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 67 Y 0.183 0.452 0.148 0.070 0.052 0.045 0.007 0.002 0.040 0.001 0.001 68 R 0.189 0.264 0.348 0.073 0.088 0.011 0.009 0.001 0.011 0.004 0.001 69 G 0.060 0.017 0.044 0.111 0.053 0.010 0.175 0.485 0.007 0.038 0.001 70 A 0.009 0.339 0.563 0.004 0.053 0.015 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 71 A 0.104 0.270 0.494 0.046 0.010 0.057 0.003 0.001 0.011 0.001 0.003 72 L 0.005 0.824 0.101 0.001 0.054 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 73 I 0.008 0.906 0.030 0.004 0.015 0.008 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 74 Y 0.004 0.780 0.138 0.002 0.040 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 75 S 0.015 0.592 0.223 0.014 0.060 0.069 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 76 I 0.010 0.628 0.214 0.017 0.073 0.024 0.005 0.001 0.026 0.003 0.001 77 R 0.002 0.436 0.375 0.001 0.017 0.022 0.007 0.001 0.140 0.001 0.001 78 P 0.005 0.002 0.950 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 79 P 0.118 0.003 0.805 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 80 A 0.982 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 81 E 0.945 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.871 0.002 0.008 0.109 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 H 0.923 0.009 0.021 0.017 0.002 0.014 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 84 S 0.975 0.002 0.006 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.989 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.933 0.004 0.003 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 V 0.145 0.027 0.021 0.794 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 94 G 0.011 0.001 0.004 0.020 0.003 0.004 0.749 0.194 0.004 0.010 0.001 95 A 0.009 0.403 0.416 0.004 0.136 0.018 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 96 R 0.350 0.044 0.167 0.360 0.003 0.064 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 97 L 0.002 0.789 0.046 0.002 0.153 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 98 I 0.001 0.946 0.023 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 99 I 0.002 0.558 0.363 0.001 0.005 0.045 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 100 K 0.005 0.429 0.220 0.001 0.024 0.046 0.009 0.001 0.267 0.001 0.001 101 P 0.038 0.011 0.869 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 102 L 0.293 0.088 0.272 0.241 0.010 0.064 0.013 0.002 0.013 0.001 0.004 103 T 0.096 0.220 0.414 0.089 0.133 0.008 0.016 0.005 0.007 0.012 0.001 104 G 0.066 0.015 0.058 0.034 0.063 0.003 0.042 0.494 0.004 0.222 0.001 105 E 0.138 0.157 0.574 0.031 0.045 0.020 0.007 0.003 0.015 0.009 0.001 106 D 0.229 0.123 0.470 0.048 0.024 0.062 0.015 0.004 0.015 0.002 0.007 107 I 0.393 0.221 0.236 0.060 0.028 0.041 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 108 V 0.359 0.300 0.120 0.122 0.027 0.042 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 109 T 0.181 0.400 0.185 0.085 0.068 0.028 0.007 0.001 0.040 0.003 0.001 110 E 0.322 0.084 0.277 0.122 0.054 0.038 0.049 0.019 0.021 0.011 0.002 111 R 0.204 0.163 0.177 0.157 0.078 0.031 0.124 0.024 0.032 0.008 0.001 112 K 0.302 0.166 0.186 0.219 0.027 0.036 0.039 0.006 0.015 0.003 0.001 113 M 0.065 0.381 0.329 0.054 0.067 0.039 0.023 0.005 0.033 0.003 0.001 114 K 0.031 0.594 0.242 0.008 0.017 0.033 0.005 0.001 0.070 0.001 0.001 115 L 0.048 0.094 0.747 0.005 0.001 0.091 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 116 V 0.223 0.474 0.142 0.075 0.027 0.036 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 117 N 0.060 0.241 0.282 0.084 0.060 0.148 0.049 0.003 0.069 0.003 0.001 118 Y 0.215 0.163 0.248 0.282 0.036 0.012 0.018 0.005 0.018 0.003 0.001 119 G 0.045 0.008 0.039 0.031 0.039 0.002 0.092 0.498 0.002 0.244 0.001 120 R 0.099 0.141 0.484 0.111 0.040 0.055 0.035 0.013 0.013 0.006 0.003 121 T 0.053 0.617 0.221 0.025 0.044 0.014 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 122 Y 0.058 0.436 0.425 0.008 0.021 0.035 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 123 F 0.089 0.681 0.146 0.015 0.035 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 124 Y 0.125 0.553 0.154 0.012 0.101 0.028 0.003 0.001 0.019 0.002 0.001 125 E 0.190 0.510 0.207 0.010 0.023 0.034 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 126 Y 0.377 0.297 0.209 0.021 0.012 0.053 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 127 I 0.576 0.196 0.151 0.015 0.014 0.024 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 128 A 0.851 0.034 0.064 0.017 0.013 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 129 E 0.789 0.051 0.043 0.080 0.019 0.006 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 130 V 0.670 0.088 0.067 0.133 0.012 0.012 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 131 R 0.520 0.143 0.145 0.096 0.024 0.024 0.016 0.002 0.026 0.003 0.001 132 S 0.343 0.078 0.289 0.174 0.027 0.040 0.019 0.008 0.016 0.004 0.002 133 R 0.398 0.107 0.206 0.128 0.051 0.021 0.037 0.020 0.017 0.015 0.001