# TARGET T0471 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2224 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.037 0.019 0.010 0.026 0.012 0.028 0.587 0.128 0.110 0.020 2 W 0.022 0.059 0.018 0.009 0.043 0.012 0.019 0.636 0.132 0.037 0.013 3 N 0.004 0.033 0.025 0.014 0.013 0.042 0.047 0.725 0.075 0.017 0.004 4 D 0.011 0.017 0.011 0.002 0.015 0.002 0.011 0.803 0.070 0.050 0.007 5 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.883 0.090 0.017 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.954 0.039 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.974 0.016 0.001 0.001 8 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.957 0.025 0.006 0.001 9 I 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.893 0.073 0.013 0.002 10 I 0.010 0.012 0.001 0.001 0.017 0.005 0.029 0.732 0.167 0.021 0.004 11 R 0.012 0.017 0.008 0.005 0.021 0.016 0.213 0.570 0.094 0.038 0.007 12 C 0.059 0.030 0.020 0.018 0.065 0.044 0.180 0.269 0.107 0.179 0.029 13 S 0.156 0.133 0.062 0.047 0.111 0.033 0.055 0.088 0.063 0.156 0.097 14 G 0.016 0.080 0.303 0.381 0.028 0.079 0.009 0.025 0.028 0.037 0.013 15 P 0.003 0.024 0.039 0.075 0.008 0.166 0.424 0.196 0.055 0.007 0.002 16 G 0.044 0.018 0.015 0.017 0.024 0.012 0.019 0.019 0.057 0.568 0.207 17 T 0.081 0.448 0.024 0.002 0.374 0.002 0.004 0.007 0.009 0.028 0.020 18 R 0.198 0.107 0.009 0.002 0.648 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 0.017 19 V 0.351 0.031 0.001 0.001 0.602 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 20 V 0.110 0.095 0.005 0.003 0.770 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 21 E 0.504 0.020 0.004 0.001 0.380 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.089 22 V 0.096 0.043 0.012 0.041 0.101 0.161 0.244 0.062 0.026 0.101 0.112 23 G 0.193 0.182 0.147 0.054 0.230 0.018 0.008 0.012 0.012 0.048 0.096 24 A 0.083 0.063 0.024 0.104 0.099 0.050 0.033 0.098 0.132 0.205 0.107 25 G 0.009 0.076 0.125 0.296 0.031 0.144 0.048 0.090 0.101 0.070 0.010 26 R 0.042 0.071 0.035 0.023 0.061 0.019 0.079 0.276 0.193 0.158 0.042 27 F 0.037 0.149 0.044 0.008 0.082 0.006 0.018 0.322 0.161 0.145 0.028 28 L 0.010 0.021 0.006 0.003 0.022 0.010 0.023 0.564 0.304 0.022 0.014 29 Y 0.015 0.019 0.011 0.003 0.017 0.005 0.032 0.699 0.152 0.035 0.012 30 V 0.005 0.017 0.008 0.003 0.008 0.002 0.008 0.535 0.213 0.196 0.005 31 S 0.006 0.022 0.004 0.001 0.011 0.001 0.002 0.703 0.230 0.017 0.003 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.774 0.211 0.002 0.001 33 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.792 0.128 0.058 0.001 34 I 0.008 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.007 0.624 0.249 0.083 0.006 35 R 0.002 0.012 0.007 0.003 0.005 0.009 0.027 0.661 0.246 0.026 0.002 36 K 0.011 0.015 0.008 0.003 0.012 0.005 0.093 0.419 0.231 0.184 0.019 37 H 0.087 0.237 0.094 0.013 0.186 0.007 0.015 0.043 0.053 0.175 0.089 38 S 0.009 0.099 0.067 0.058 0.038 0.060 0.213 0.231 0.157 0.054 0.014 39 K 0.102 0.011 0.009 0.005 0.038 0.006 0.011 0.018 0.056 0.495 0.250 40 V 0.090 0.339 0.049 0.001 0.500 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 41 D 0.204 0.054 0.007 0.006 0.562 0.019 0.082 0.022 0.007 0.008 0.029 42 L 0.402 0.055 0.002 0.001 0.516 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 43 V 0.211 0.031 0.002 0.003 0.723 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 44 L 0.337 0.036 0.004 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 45 T 0.196 0.168 0.016 0.005 0.504 0.005 0.008 0.005 0.003 0.016 0.075 46 D 0.303 0.133 0.028 0.005 0.355 0.003 0.005 0.008 0.005 0.037 0.117 47 I 0.095 0.260 0.092 0.031 0.183 0.025 0.025 0.043 0.059 0.114 0.071 48 K 0.052 0.400 0.220 0.021 0.254 0.006 0.008 0.010 0.010 0.008 0.011 49 P 0.060 0.156 0.085 0.015 0.093 0.015 0.041 0.248 0.212 0.049 0.026 50 S 0.039 0.059 0.050 0.022 0.049 0.068 0.291 0.204 0.124 0.072 0.022 51 H 0.060 0.179 0.072 0.091 0.098 0.075 0.120 0.102 0.051 0.114 0.038 52 G 0.033 0.085 0.108 0.251 0.036 0.059 0.042 0.041 0.045 0.204 0.096 53 G 0.012 0.091 0.188 0.343 0.034 0.097 0.016 0.039 0.036 0.127 0.017 54 I 0.283 0.148 0.017 0.003 0.415 0.002 0.007 0.031 0.018 0.029 0.048 55 V 0.246 0.129 0.031 0.018 0.402 0.026 0.033 0.038 0.014 0.015 0.048 56 R 0.211 0.133 0.038 0.021 0.420 0.028 0.038 0.041 0.025 0.016 0.028 57 D 0.185 0.160 0.036 0.023 0.364 0.024 0.029 0.074 0.030 0.023 0.051 58 D 0.312 0.080 0.015 0.003 0.326 0.003 0.006 0.034 0.026 0.078 0.119 59 I 0.113 0.071 0.009 0.004 0.153 0.013 0.036 0.163 0.181 0.216 0.042 60 T 0.057 0.174 0.148 0.085 0.118 0.050 0.065 0.064 0.064 0.134 0.040 61 S 0.287 0.087 0.072 0.014 0.332 0.004 0.011 0.046 0.023 0.028 0.097 62 P 0.027 0.110 0.039 0.004 0.078 0.006 0.026 0.395 0.276 0.029 0.010 63 R 0.084 0.067 0.015 0.004 0.122 0.011 0.069 0.310 0.142 0.138 0.039 64 M 0.123 0.182 0.027 0.003 0.220 0.004 0.012 0.235 0.099 0.059 0.034 65 E 0.101 0.165 0.032 0.004 0.330 0.006 0.025 0.228 0.061 0.028 0.020 66 I 0.265 0.059 0.007 0.007 0.297 0.011 0.034 0.177 0.062 0.030 0.051 67 Y 0.124 0.072 0.033 0.049 0.220 0.050 0.054 0.219 0.094 0.038 0.047 68 R 0.024 0.099 0.092 0.037 0.084 0.078 0.209 0.313 0.045 0.010 0.009 69 G 0.196 0.050 0.011 0.006 0.151 0.006 0.022 0.049 0.035 0.261 0.214 70 A 0.312 0.119 0.009 0.001 0.474 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.058 71 A 0.092 0.028 0.003 0.020 0.180 0.117 0.323 0.158 0.041 0.016 0.022 72 L 0.276 0.054 0.005 0.002 0.644 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 73 I 0.312 0.022 0.001 0.003 0.621 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.021 74 Y 0.175 0.103 0.010 0.005 0.628 0.002 0.003 0.009 0.003 0.013 0.049 75 S 0.151 0.175 0.033 0.016 0.297 0.015 0.014 0.033 0.014 0.143 0.108 76 I 0.129 0.221 0.069 0.024 0.228 0.014 0.036 0.024 0.029 0.151 0.076 77 R 0.028 0.289 0.417 0.039 0.089 0.016 0.038 0.034 0.014 0.014 0.021 78 P 0.004 0.631 0.301 0.005 0.040 0.001 0.002 0.007 0.004 0.002 0.002 79 P 0.023 0.300 0.096 0.007 0.075 0.008 0.017 0.207 0.235 0.023 0.009 80 A 0.003 0.024 0.015 0.003 0.008 0.010 0.023 0.528 0.357 0.026 0.004 81 E 0.008 0.016 0.005 0.001 0.013 0.004 0.030 0.598 0.186 0.126 0.013 82 I 0.011 0.023 0.006 0.002 0.012 0.002 0.010 0.491 0.190 0.244 0.009 83 H 0.003 0.038 0.023 0.004 0.009 0.003 0.005 0.662 0.186 0.064 0.003 84 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.918 0.073 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.044 0.002 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.078 0.009 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.049 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.020 0.002 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.030 0.014 0.001 90 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.909 0.075 0.007 0.001 91 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.812 0.164 0.002 0.001 92 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.824 0.093 0.025 0.001 93 V 0.003 0.650 0.267 0.002 0.073 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 94 G 0.182 0.003 0.003 0.003 0.017 0.004 0.005 0.005 0.005 0.144 0.629 95 A 0.090 0.419 0.064 0.001 0.404 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.013 96 R 0.110 0.024 0.003 0.014 0.239 0.108 0.302 0.088 0.038 0.038 0.037 97 L 0.250 0.084 0.006 0.001 0.644 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 98 I 0.110 0.042 0.001 0.001 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 99 I 0.321 0.040 0.006 0.003 0.538 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.078 100 K 0.108 0.310 0.066 0.007 0.418 0.002 0.007 0.008 0.003 0.019 0.053 101 P 0.098 0.345 0.193 0.030 0.162 0.019 0.021 0.038 0.016 0.032 0.047 102 L 0.100 0.092 0.054 0.063 0.115 0.086 0.069 0.133 0.095 0.102 0.090 103 T 0.012 0.165 0.145 0.180 0.039 0.125 0.171 0.061 0.035 0.053 0.013 104 G 0.038 0.064 0.146 0.098 0.035 0.018 0.005 0.022 0.031 0.444 0.098 105 E 0.077 0.188 0.086 0.015 0.194 0.008 0.022 0.158 0.140 0.079 0.033 106 D 0.095 0.134 0.071 0.014 0.219 0.017 0.028 0.215 0.102 0.054 0.051 107 I 0.108 0.119 0.029 0.008 0.172 0.012 0.041 0.292 0.115 0.070 0.033 108 V 0.086 0.077 0.041 0.024 0.102 0.041 0.056 0.259 0.096 0.171 0.048 109 T 0.039 0.253 0.130 0.041 0.122 0.025 0.035 0.181 0.076 0.081 0.018 110 E 0.033 0.057 0.044 0.019 0.054 0.020 0.040 0.300 0.243 0.165 0.024 111 R 0.028 0.208 0.123 0.026 0.089 0.019 0.056 0.252 0.108 0.072 0.019 112 K 0.135 0.085 0.025 0.015 0.126 0.011 0.045 0.089 0.076 0.294 0.099 113 M 0.161 0.323 0.069 0.003 0.359 0.002 0.004 0.011 0.010 0.022 0.037 114 K 0.052 0.470 0.081 0.001 0.371 0.001 0.003 0.009 0.004 0.003 0.005 115 L 0.540 0.042 0.010 0.001 0.314 0.002 0.006 0.008 0.006 0.009 0.063 116 V 0.068 0.257 0.074 0.055 0.225 0.114 0.082 0.067 0.025 0.014 0.019 117 N 0.333 0.108 0.076 0.013 0.276 0.005 0.008 0.018 0.011 0.051 0.102 118 Y 0.030 0.061 0.043 0.228 0.039 0.189 0.130 0.121 0.076 0.059 0.023 119 G 0.012 0.057 0.091 0.376 0.019 0.086 0.031 0.051 0.066 0.185 0.027 120 R 0.088 0.202 0.086 0.026 0.184 0.013 0.025 0.073 0.072 0.183 0.047 121 T 0.098 0.329 0.050 0.004 0.420 0.006 0.014 0.037 0.013 0.013 0.015 122 Y 0.325 0.112 0.019 0.004 0.463 0.005 0.008 0.016 0.005 0.006 0.037 123 F 0.286 0.108 0.017 0.011 0.446 0.013 0.013 0.044 0.012 0.012 0.038 124 Y 0.166 0.193 0.034 0.008 0.503 0.005 0.006 0.048 0.007 0.007 0.023 125 E 0.266 0.160 0.021 0.003 0.402 0.005 0.014 0.066 0.007 0.011 0.046 126 Y 0.204 0.164 0.051 0.016 0.278 0.014 0.030 0.122 0.023 0.042 0.056 127 I 0.154 0.189 0.068 0.023 0.226 0.017 0.022 0.165 0.054 0.039 0.044 128 A 0.044 0.133 0.040 0.018 0.101 0.029 0.039 0.421 0.134 0.027 0.014 129 E 0.066 0.067 0.026 0.009 0.094 0.012 0.056 0.462 0.105 0.074 0.029 130 V 0.074 0.099 0.031 0.017 0.102 0.025 0.062 0.338 0.116 0.102 0.034 131 R 0.062 0.128 0.056 0.028 0.114 0.028 0.045 0.314 0.119 0.072 0.033 132 S 0.065 0.126 0.059 0.017 0.119 0.020 0.049 0.277 0.127 0.104 0.036 133 R 0.063 0.151 0.077 0.019 0.127 0.021 0.056 0.252 0.106 0.094 0.033