# TARGET T0471 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2224 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.215 0.215 0.186 0.180 0.124 0.068 0.012 2 W 0.039 0.096 0.197 0.295 0.263 0.102 0.009 3 N 0.443 0.336 0.132 0.056 0.022 0.008 0.002 4 D 0.090 0.240 0.290 0.230 0.107 0.037 0.005 5 L 0.009 0.017 0.044 0.142 0.333 0.385 0.069 6 A 0.013 0.061 0.159 0.290 0.279 0.170 0.027 7 V 0.041 0.193 0.279 0.241 0.153 0.078 0.015 8 Y 0.004 0.014 0.051 0.149 0.355 0.373 0.054 9 I 0.008 0.013 0.022 0.071 0.238 0.510 0.138 10 I 0.016 0.064 0.145 0.288 0.302 0.167 0.018 11 R 0.025 0.177 0.273 0.277 0.173 0.067 0.008 12 C 0.007 0.035 0.099 0.264 0.351 0.223 0.021 13 S 0.048 0.156 0.249 0.305 0.191 0.049 0.002 14 G 0.321 0.344 0.191 0.102 0.036 0.005 0.001 15 P 0.508 0.292 0.125 0.056 0.016 0.003 0.001 16 G 0.334 0.397 0.185 0.066 0.015 0.002 0.001 17 T 0.020 0.104 0.222 0.338 0.248 0.065 0.003 18 R 0.002 0.010 0.055 0.215 0.428 0.264 0.027 19 V 0.001 0.001 0.003 0.014 0.082 0.488 0.412 20 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.269 0.696 21 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.137 0.839 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.091 0.901 23 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.275 0.676 24 A 0.001 0.001 0.004 0.015 0.073 0.351 0.555 25 G 0.001 0.006 0.020 0.074 0.219 0.438 0.243 26 R 0.003 0.024 0.081 0.198 0.284 0.324 0.086 27 F 0.001 0.007 0.018 0.060 0.198 0.460 0.255 28 L 0.009 0.054 0.153 0.266 0.266 0.219 0.034 29 Y 0.013 0.125 0.265 0.295 0.214 0.076 0.013 30 V 0.001 0.003 0.012 0.062 0.254 0.533 0.135 31 S 0.002 0.010 0.037 0.152 0.371 0.388 0.040 32 D 0.033 0.385 0.380 0.161 0.035 0.006 0.001 33 Y 0.002 0.033 0.191 0.476 0.256 0.041 0.001 34 I 0.001 0.003 0.016 0.113 0.487 0.367 0.014 35 R 0.026 0.258 0.404 0.252 0.057 0.003 0.001 36 K 0.270 0.548 0.151 0.028 0.003 0.001 0.001 37 H 0.038 0.184 0.408 0.302 0.064 0.004 0.001 38 S 0.303 0.417 0.203 0.066 0.011 0.001 0.001 39 K 0.320 0.474 0.161 0.039 0.005 0.001 0.001 40 V 0.001 0.013 0.083 0.315 0.444 0.141 0.003 41 D 0.007 0.109 0.287 0.363 0.184 0.047 0.004 42 L 0.001 0.001 0.006 0.035 0.199 0.615 0.143 43 V 0.001 0.003 0.015 0.064 0.216 0.514 0.189 44 L 0.001 0.001 0.005 0.024 0.110 0.430 0.429 45 T 0.001 0.008 0.019 0.063 0.171 0.391 0.348 46 D 0.001 0.013 0.057 0.176 0.279 0.354 0.120 47 I 0.002 0.014 0.040 0.135 0.321 0.396 0.092 48 K 0.046 0.217 0.280 0.270 0.142 0.040 0.005 49 P 0.229 0.225 0.196 0.188 0.119 0.040 0.004 50 S 0.361 0.351 0.198 0.071 0.016 0.003 0.001 51 H 0.339 0.346 0.197 0.092 0.023 0.003 0.001 52 G 0.148 0.244 0.259 0.214 0.107 0.026 0.002 53 G 0.087 0.203 0.247 0.246 0.159 0.051 0.006 54 I 0.007 0.019 0.054 0.158 0.300 0.369 0.094 55 V 0.003 0.010 0.029 0.099 0.252 0.448 0.158 56 R 0.004 0.015 0.039 0.090 0.181 0.384 0.286 57 D 0.005 0.011 0.015 0.031 0.098 0.367 0.474 58 D 0.002 0.006 0.013 0.038 0.117 0.369 0.454 59 I 0.002 0.006 0.013 0.034 0.108 0.358 0.480 60 T 0.004 0.014 0.032 0.101 0.240 0.425 0.184 61 S 0.032 0.146 0.238 0.243 0.186 0.115 0.041 62 P 0.008 0.030 0.083 0.222 0.346 0.260 0.051 63 R 0.088 0.230 0.221 0.185 0.151 0.099 0.026 64 M 0.028 0.083 0.204 0.296 0.260 0.118 0.010 65 E 0.125 0.358 0.300 0.150 0.053 0.013 0.002 66 I 0.006 0.014 0.043 0.175 0.403 0.334 0.025 67 Y 0.008 0.034 0.108 0.306 0.387 0.150 0.007 68 R 0.085 0.500 0.289 0.101 0.022 0.003 0.001 69 G 0.021 0.181 0.370 0.317 0.093 0.016 0.001 70 A 0.001 0.003 0.012 0.081 0.366 0.486 0.051 71 A 0.004 0.039 0.162 0.368 0.337 0.083 0.008 72 L 0.001 0.003 0.012 0.061 0.210 0.575 0.138 73 I 0.001 0.005 0.008 0.015 0.060 0.427 0.484 74 Y 0.001 0.003 0.008 0.025 0.081 0.302 0.580 75 S 0.002 0.005 0.011 0.037 0.104 0.299 0.542 76 I 0.002 0.008 0.015 0.057 0.166 0.464 0.288 77 R 0.009 0.034 0.065 0.162 0.261 0.354 0.114 78 P 0.020 0.098 0.189 0.249 0.249 0.162 0.033 79 P 0.071 0.177 0.204 0.230 0.188 0.108 0.022 80 A 0.310 0.308 0.188 0.114 0.054 0.022 0.003 81 E 0.124 0.271 0.287 0.186 0.092 0.035 0.004 82 I 0.019 0.022 0.047 0.184 0.381 0.313 0.034 83 H 0.029 0.120 0.208 0.287 0.225 0.116 0.014 84 S 0.101 0.382 0.297 0.149 0.054 0.015 0.002 85 S 0.015 0.052 0.188 0.359 0.287 0.092 0.007 86 L 0.006 0.007 0.012 0.046 0.236 0.579 0.115 87 M 0.035 0.154 0.293 0.321 0.147 0.047 0.002 88 R 0.039 0.346 0.370 0.192 0.046 0.006 0.001 89 V 0.005 0.009 0.037 0.237 0.478 0.222 0.012 90 A 0.011 0.052 0.128 0.332 0.372 0.100 0.005 91 D 0.191 0.607 0.159 0.035 0.007 0.001 0.001 92 A 0.079 0.376 0.339 0.174 0.029 0.003 0.001 93 V 0.010 0.069 0.203 0.353 0.282 0.078 0.004 94 G 0.027 0.385 0.398 0.157 0.028 0.004 0.001 95 A 0.001 0.002 0.012 0.095 0.400 0.445 0.046 96 R 0.002 0.035 0.183 0.392 0.310 0.071 0.007 97 L 0.001 0.003 0.012 0.064 0.224 0.580 0.116 98 I 0.001 0.014 0.043 0.094 0.197 0.413 0.239 99 I 0.001 0.002 0.006 0.028 0.114 0.403 0.447 100 K 0.003 0.020 0.072 0.193 0.274 0.279 0.160 101 P 0.004 0.019 0.041 0.104 0.232 0.444 0.155 102 L 0.012 0.032 0.063 0.152 0.277 0.364 0.099 103 T 0.054 0.152 0.230 0.262 0.189 0.096 0.017 104 G 0.112 0.181 0.214 0.227 0.167 0.082 0.016 105 E 0.146 0.187 0.214 0.222 0.160 0.064 0.007 106 D 0.244 0.306 0.209 0.130 0.075 0.032 0.005 107 I 0.094 0.147 0.199 0.262 0.197 0.094 0.009 108 V 0.091 0.161 0.221 0.261 0.203 0.059 0.003 109 T 0.324 0.356 0.208 0.088 0.021 0.003 0.001 110 E 0.652 0.233 0.075 0.030 0.008 0.001 0.001 111 R 0.549 0.256 0.129 0.050 0.014 0.002 0.001 112 K 0.493 0.321 0.127 0.047 0.010 0.002 0.001 113 M 0.054 0.102 0.221 0.341 0.224 0.055 0.002 114 K 0.135 0.320 0.286 0.164 0.070 0.023 0.002 115 L 0.034 0.068 0.122 0.243 0.302 0.206 0.025 116 V 0.039 0.083 0.143 0.250 0.285 0.177 0.023 117 N 0.111 0.236 0.244 0.207 0.125 0.065 0.012 118 Y 0.089 0.128 0.196 0.275 0.210 0.091 0.011 119 G 0.349 0.311 0.182 0.097 0.043 0.016 0.003 120 R 0.232 0.229 0.222 0.182 0.093 0.035 0.006 121 T 0.174 0.239 0.220 0.183 0.117 0.059 0.008 122 Y 0.050 0.079 0.157 0.256 0.275 0.162 0.021 123 F 0.031 0.052 0.089 0.167 0.264 0.342 0.055 124 Y 0.051 0.064 0.105 0.203 0.305 0.243 0.029 125 E 0.084 0.206 0.266 0.252 0.137 0.050 0.005 126 Y 0.069 0.113 0.184 0.283 0.245 0.098 0.008 127 I 0.215 0.249 0.223 0.177 0.099 0.034 0.003 128 A 0.380 0.277 0.173 0.113 0.045 0.010 0.001 129 E 0.514 0.273 0.130 0.059 0.018 0.004 0.001 130 V 0.441 0.246 0.165 0.102 0.038 0.007 0.001 131 R 0.627 0.230 0.093 0.037 0.010 0.002 0.001 132 S 0.844 0.115 0.029 0.010 0.002 0.001 0.001 133 R 0.813 0.125 0.042 0.015 0.004 0.001 0.001