# TARGET T0471 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.005 0.004 0.058 0.139 0.780 2 W 0.054 0.021 0.013 0.218 0.155 0.538 3 N 0.064 0.015 0.014 0.282 0.157 0.468 4 D 0.039 0.005 0.032 0.653 0.112 0.161 5 L 0.039 0.003 0.029 0.733 0.106 0.089 6 A 0.080 0.005 0.028 0.683 0.117 0.087 7 V 0.140 0.007 0.023 0.665 0.097 0.068 8 Y 0.184 0.003 0.016 0.641 0.078 0.078 9 I 0.238 0.003 0.019 0.628 0.061 0.051 10 I 0.227 0.004 0.019 0.642 0.055 0.053 11 R 0.262 0.006 0.016 0.563 0.074 0.080 12 C 0.307 0.010 0.018 0.425 0.115 0.126 13 S 0.286 0.019 0.017 0.196 0.229 0.254 14 G 0.106 0.017 0.015 0.061 0.674 0.126 15 P 0.045 0.008 0.018 0.018 0.809 0.102 16 G 0.057 0.007 0.013 0.003 0.817 0.102 17 T 0.266 0.005 0.005 0.002 0.518 0.205 18 R 0.879 0.005 0.001 0.001 0.024 0.092 19 V 0.982 0.004 0.001 0.001 0.002 0.012 20 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 21 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 22 V 0.894 0.001 0.001 0.001 0.017 0.086 23 G 0.641 0.004 0.002 0.005 0.127 0.220 24 A 0.273 0.016 0.005 0.013 0.270 0.423 25 G 0.116 0.021 0.010 0.037 0.338 0.478 26 R 0.082 0.034 0.018 0.101 0.324 0.441 27 F 0.036 0.015 0.008 0.180 0.190 0.572 28 L 0.004 0.001 0.003 0.897 0.032 0.063 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.982 0.006 0.010 30 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 31 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 35 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 36 K 0.001 0.001 0.005 0.974 0.013 0.007 37 H 0.002 0.001 0.008 0.852 0.050 0.087 38 S 0.003 0.001 0.002 0.008 0.122 0.865 39 K 0.050 0.002 0.002 0.002 0.148 0.795 40 V 0.529 0.006 0.003 0.002 0.119 0.341 41 D 0.917 0.008 0.001 0.002 0.022 0.051 42 L 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 43 V 0.967 0.002 0.001 0.002 0.007 0.022 44 L 0.927 0.002 0.001 0.003 0.019 0.048 45 T 0.769 0.005 0.003 0.007 0.074 0.143 46 D 0.497 0.017 0.009 0.017 0.208 0.252 47 I 0.268 0.037 0.019 0.017 0.358 0.301 48 K 0.105 0.018 0.024 0.020 0.602 0.231 49 P 0.043 0.007 0.057 0.025 0.715 0.153 50 S 0.026 0.006 0.049 0.025 0.731 0.163 51 H 0.053 0.016 0.033 0.015 0.597 0.287 52 G 0.176 0.021 0.012 0.014 0.275 0.502 53 G 0.345 0.015 0.015 0.018 0.145 0.461 54 I 0.721 0.031 0.013 0.029 0.053 0.153 55 V 0.737 0.014 0.012 0.065 0.045 0.126 56 R 0.679 0.012 0.026 0.138 0.058 0.086 57 D 0.407 0.016 0.063 0.211 0.197 0.107 58 D 0.154 0.019 0.086 0.195 0.407 0.138 59 I 0.095 0.037 0.040 0.277 0.417 0.134 60 T 0.059 0.061 0.032 0.221 0.412 0.215 61 S 0.029 0.028 0.007 0.034 0.775 0.127 62 P 0.021 0.010 0.027 0.029 0.768 0.144 63 R 0.023 0.012 0.040 0.028 0.783 0.114 64 M 0.033 0.013 0.147 0.056 0.696 0.055 65 E 0.079 0.051 0.187 0.122 0.399 0.162 66 I 0.087 0.024 0.201 0.363 0.224 0.101 67 Y 0.160 0.018 0.087 0.466 0.200 0.070 68 R 0.120 0.011 0.039 0.543 0.171 0.115 69 G 0.183 0.013 0.030 0.355 0.232 0.188 70 A 0.245 0.007 0.082 0.285 0.190 0.192 71 A 0.497 0.012 0.069 0.189 0.091 0.142 72 L 0.701 0.012 0.044 0.160 0.034 0.049 73 I 0.735 0.015 0.018 0.146 0.034 0.053 74 Y 0.714 0.007 0.017 0.150 0.042 0.070 75 S 0.394 0.003 0.027 0.158 0.118 0.300 76 I 0.088 0.009 0.013 0.103 0.168 0.620 77 R 0.033 0.007 0.009 0.035 0.244 0.671 78 P 0.014 0.011 0.008 0.016 0.260 0.692 79 P 0.005 0.006 0.172 0.151 0.426 0.241 80 A 0.001 0.001 0.406 0.253 0.265 0.073 81 E 0.001 0.001 0.407 0.334 0.199 0.058 82 I 0.002 0.005 0.233 0.460 0.194 0.105 83 H 0.002 0.004 0.041 0.586 0.125 0.242 84 S 0.002 0.002 0.063 0.652 0.124 0.157 85 S 0.001 0.001 0.053 0.860 0.049 0.036 86 L 0.001 0.001 0.020 0.937 0.028 0.012 87 M 0.001 0.001 0.007 0.957 0.024 0.011 88 R 0.001 0.001 0.003 0.972 0.015 0.008 89 V 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.002 90 A 0.001 0.001 0.006 0.982 0.009 0.002 91 D 0.001 0.001 0.015 0.967 0.013 0.004 92 A 0.001 0.001 0.023 0.925 0.034 0.018 93 V 0.001 0.001 0.015 0.684 0.089 0.210 94 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.936 95 A 0.027 0.002 0.001 0.001 0.125 0.844 96 R 0.274 0.002 0.002 0.001 0.109 0.610 97 L 0.962 0.003 0.001 0.001 0.009 0.024 98 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 99 I 0.983 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 100 K 0.901 0.002 0.002 0.005 0.038 0.052 101 P 0.518 0.010 0.008 0.010 0.205 0.249 102 L 0.115 0.013 0.050 0.024 0.551 0.248 103 T 0.056 0.009 0.071 0.022 0.599 0.244 104 G 0.057 0.010 0.082 0.036 0.529 0.285 105 E 0.101 0.032 0.083 0.064 0.412 0.307 106 D 0.176 0.033 0.044 0.062 0.311 0.375 107 I 0.117 0.017 0.048 0.073 0.332 0.412 108 V 0.111 0.016 0.075 0.055 0.494 0.250 109 T 0.108 0.010 0.099 0.058 0.507 0.217 110 E 0.164 0.008 0.088 0.041 0.473 0.226 111 R 0.296 0.018 0.035 0.025 0.356 0.271 112 K 0.381 0.021 0.020 0.022 0.193 0.364 113 M 0.505 0.017 0.020 0.027 0.155 0.276 114 K 0.534 0.015 0.016 0.027 0.164 0.245 115 L 0.538 0.017 0.008 0.020 0.141 0.275 116 V 0.330 0.024 0.006 0.017 0.255 0.369 117 N 0.144 0.007 0.003 0.008 0.251 0.588 118 Y 0.248 0.011 0.010 0.015 0.292 0.424 119 G 0.544 0.013 0.010 0.023 0.151 0.259 120 R 0.815 0.005 0.007 0.021 0.046 0.106 121 T 0.903 0.003 0.004 0.018 0.023 0.049 122 Y 0.953 0.004 0.001 0.010 0.011 0.021 123 F 0.935 0.002 0.001 0.013 0.015 0.034 124 Y 0.915 0.002 0.001 0.016 0.021 0.044 125 E 0.813 0.005 0.002 0.024 0.041 0.115 126 Y 0.764 0.005 0.005 0.036 0.064 0.126 127 I 0.589 0.009 0.028 0.076 0.145 0.153 128 A 0.393 0.018 0.040 0.091 0.222 0.237 129 E 0.424 0.006 0.029 0.081 0.184 0.276 130 V 0.278 0.010 0.023 0.065 0.176 0.448 131 R 0.147 0.023 0.015 0.055 0.165 0.595 132 S 0.038 0.008 0.009 0.044 0.099 0.802 133 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.986