# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.015 0.504 0.004 0.030 0.143 0.001 0.001 0.015 0.119 0.102 0.032 0.031 2 W 0.002 0.008 0.362 0.003 0.045 0.326 0.001 0.001 0.007 0.113 0.102 0.009 0.023 3 N 0.002 0.005 0.113 0.003 0.055 0.611 0.001 0.001 0.003 0.080 0.106 0.011 0.010 4 D 0.002 0.004 0.060 0.002 0.059 0.754 0.001 0.001 0.002 0.033 0.056 0.006 0.020 5 L 0.003 0.002 0.030 0.002 0.037 0.869 0.001 0.001 0.002 0.013 0.021 0.009 0.011 6 A 0.006 0.001 0.023 0.003 0.033 0.873 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 0.010 0.018 7 V 0.018 0.001 0.015 0.003 0.021 0.878 0.001 0.001 0.006 0.005 0.017 0.010 0.025 8 Y 0.084 0.001 0.013 0.009 0.011 0.775 0.005 0.002 0.010 0.005 0.015 0.039 0.031 9 I 0.200 0.001 0.013 0.006 0.012 0.575 0.012 0.004 0.015 0.003 0.012 0.044 0.103 10 I 0.356 0.002 0.018 0.013 0.017 0.333 0.012 0.005 0.010 0.004 0.023 0.090 0.118 11 R 0.307 0.003 0.044 0.026 0.017 0.285 0.009 0.004 0.015 0.010 0.069 0.101 0.112 12 C 0.184 0.007 0.116 0.005 0.022 0.158 0.010 0.004 0.021 0.027 0.142 0.096 0.209 13 S 0.053 0.026 0.231 0.014 0.042 0.075 0.003 0.002 0.012 0.101 0.320 0.039 0.082 14 G 0.003 0.005 0.592 0.002 0.012 0.012 0.001 0.001 0.004 0.184 0.151 0.022 0.014 15 P 0.001 0.001 0.032 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.101 0.833 0.003 0.004 16 G 0.001 0.001 0.029 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.883 0.003 0.002 17 T 0.004 0.008 0.659 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 0.213 0.017 0.019 0.040 18 R 0.034 0.026 0.296 0.023 0.002 0.001 0.022 0.014 0.162 0.089 0.006 0.221 0.106 19 V 0.108 0.005 0.020 0.007 0.002 0.001 0.158 0.209 0.227 0.003 0.001 0.020 0.241 20 V 0.259 0.002 0.003 0.102 0.001 0.001 0.222 0.269 0.042 0.001 0.001 0.085 0.014 21 E 0.297 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.151 0.288 0.105 0.002 0.001 0.050 0.083 22 V 0.223 0.004 0.071 0.019 0.002 0.003 0.138 0.158 0.173 0.011 0.012 0.038 0.147 23 G 0.098 0.008 0.254 0.080 0.005 0.007 0.037 0.039 0.167 0.092 0.052 0.115 0.046 24 A 0.048 0.010 0.228 0.019 0.035 0.037 0.014 0.006 0.052 0.198 0.166 0.040 0.148 25 G 0.020 0.025 0.213 0.020 0.034 0.051 0.007 0.003 0.025 0.228 0.296 0.042 0.036 26 R 0.012 0.025 0.246 0.012 0.042 0.164 0.005 0.004 0.021 0.204 0.197 0.030 0.040 27 F 0.004 0.012 0.259 0.003 0.030 0.453 0.002 0.003 0.017 0.092 0.086 0.014 0.027 28 L 0.002 0.009 0.082 0.002 0.031 0.767 0.001 0.001 0.004 0.047 0.035 0.007 0.012 29 Y 0.001 0.004 0.042 0.001 0.026 0.871 0.001 0.001 0.001 0.021 0.022 0.005 0.005 30 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.019 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 31 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.038 0.900 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.014 0.001 0.041 0.859 0.001 0.001 0.001 0.008 0.077 0.001 0.001 37 H 0.001 0.001 0.054 0.001 0.040 0.545 0.001 0.001 0.001 0.068 0.290 0.001 0.001 38 S 0.001 0.002 0.252 0.001 0.016 0.076 0.001 0.001 0.004 0.152 0.493 0.001 0.001 39 K 0.001 0.003 0.669 0.002 0.014 0.031 0.001 0.003 0.036 0.150 0.087 0.001 0.003 40 V 0.001 0.006 0.398 0.007 0.013 0.025 0.004 0.022 0.267 0.181 0.062 0.006 0.010 41 D 0.004 0.004 0.102 0.012 0.007 0.015 0.022 0.197 0.558 0.041 0.013 0.010 0.014 42 L 0.006 0.001 0.016 0.005 0.001 0.003 0.044 0.373 0.528 0.004 0.002 0.008 0.009 43 V 0.007 0.001 0.007 0.004 0.001 0.002 0.047 0.493 0.420 0.002 0.001 0.006 0.008 44 L 0.022 0.003 0.053 0.018 0.004 0.008 0.047 0.369 0.418 0.008 0.003 0.022 0.024 45 T 0.016 0.005 0.217 0.025 0.022 0.019 0.022 0.073 0.446 0.048 0.020 0.031 0.055 46 D 0.011 0.012 0.345 0.007 0.067 0.035 0.012 0.019 0.167 0.115 0.124 0.036 0.050 47 I 0.006 0.061 0.354 0.009 0.032 0.018 0.003 0.004 0.026 0.265 0.170 0.019 0.031 48 K 0.001 0.010 0.728 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.003 0.198 0.029 0.013 0.007 49 P 0.001 0.009 0.219 0.002 0.092 0.021 0.001 0.001 0.002 0.154 0.490 0.001 0.010 50 S 0.001 0.003 0.090 0.003 0.056 0.011 0.001 0.001 0.001 0.176 0.656 0.002 0.001 51 H 0.001 0.007 0.318 0.002 0.063 0.010 0.001 0.001 0.005 0.403 0.178 0.005 0.007 52 G 0.001 0.014 0.580 0.006 0.018 0.009 0.001 0.001 0.021 0.195 0.129 0.008 0.017 53 G 0.013 0.056 0.438 0.016 0.020 0.016 0.011 0.007 0.070 0.162 0.077 0.061 0.053 54 I 0.042 0.038 0.358 0.019 0.021 0.021 0.039 0.019 0.107 0.062 0.023 0.062 0.189 55 V 0.093 0.026 0.157 0.051 0.022 0.027 0.041 0.039 0.143 0.036 0.016 0.204 0.145 56 R 0.080 0.018 0.156 0.045 0.043 0.047 0.036 0.041 0.147 0.033 0.030 0.087 0.237 57 D 0.071 0.017 0.249 0.042 0.040 0.042 0.024 0.018 0.076 0.067 0.044 0.172 0.137 58 D 0.045 0.016 0.382 0.022 0.050 0.040 0.011 0.005 0.056 0.090 0.070 0.065 0.148 59 I 0.019 0.021 0.367 0.009 0.057 0.065 0.005 0.004 0.024 0.146 0.173 0.054 0.056 60 T 0.011 0.028 0.356 0.012 0.050 0.035 0.004 0.001 0.010 0.204 0.234 0.016 0.038 61 S 0.003 0.010 0.578 0.002 0.023 0.020 0.001 0.001 0.006 0.229 0.093 0.019 0.017 62 P 0.002 0.013 0.308 0.010 0.041 0.044 0.001 0.001 0.005 0.247 0.282 0.010 0.036 63 R 0.003 0.008 0.566 0.012 0.031 0.037 0.001 0.001 0.008 0.121 0.159 0.039 0.015 64 M 0.009 0.015 0.361 0.006 0.154 0.166 0.001 0.001 0.010 0.089 0.060 0.011 0.120 65 E 0.025 0.036 0.124 0.014 0.118 0.248 0.005 0.006 0.022 0.057 0.051 0.244 0.049 66 I 0.034 0.023 0.072 0.004 0.206 0.324 0.009 0.010 0.043 0.009 0.070 0.010 0.186 67 Y 0.049 0.015 0.214 0.032 0.068 0.261 0.011 0.015 0.044 0.046 0.088 0.113 0.043 68 R 0.008 0.003 0.029 0.069 0.030 0.072 0.003 0.003 0.006 0.080 0.660 0.016 0.020 69 G 0.002 0.001 0.067 0.006 0.006 0.011 0.001 0.001 0.008 0.063 0.826 0.004 0.005 70 A 0.006 0.004 0.663 0.009 0.007 0.009 0.001 0.003 0.038 0.183 0.035 0.022 0.019 71 A 0.050 0.017 0.248 0.029 0.006 0.012 0.026 0.027 0.150 0.173 0.038 0.132 0.091 72 L 0.110 0.004 0.024 0.008 0.003 0.005 0.203 0.248 0.231 0.005 0.003 0.017 0.138 73 I 0.118 0.002 0.004 0.075 0.001 0.002 0.172 0.482 0.093 0.001 0.001 0.038 0.011 74 Y 0.097 0.002 0.015 0.017 0.004 0.006 0.136 0.430 0.222 0.002 0.003 0.024 0.041 75 S 0.054 0.003 0.107 0.013 0.009 0.012 0.105 0.211 0.355 0.019 0.027 0.025 0.061 76 I 0.027 0.016 0.339 0.023 0.013 0.012 0.026 0.029 0.203 0.165 0.072 0.041 0.034 77 R 0.002 0.014 0.588 0.002 0.005 0.005 0.002 0.002 0.034 0.279 0.027 0.023 0.017 78 P 0.001 0.017 0.747 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.008 0.180 0.021 0.003 0.009 79 P 0.001 0.011 0.638 0.001 0.091 0.105 0.001 0.001 0.005 0.107 0.037 0.002 0.003 80 A 0.001 0.001 0.022 0.001 0.528 0.376 0.001 0.001 0.001 0.017 0.055 0.001 0.001 81 E 0.001 0.002 0.021 0.001 0.429 0.367 0.001 0.001 0.002 0.017 0.159 0.001 0.001 82 I 0.001 0.007 0.059 0.001 0.130 0.658 0.001 0.002 0.005 0.061 0.075 0.001 0.001 83 H 0.001 0.002 0.131 0.001 0.016 0.741 0.001 0.001 0.003 0.075 0.029 0.001 0.001 84 S 0.001 0.001 0.018 0.001 0.035 0.902 0.001 0.001 0.001 0.019 0.024 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.008 0.001 0.035 0.911 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.021 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 0.891 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.031 0.001 0.041 0.870 0.001 0.001 0.001 0.008 0.045 0.001 0.001 93 V 0.001 0.002 0.090 0.004 0.041 0.347 0.001 0.001 0.005 0.078 0.426 0.003 0.002 94 G 0.001 0.001 0.167 0.004 0.005 0.012 0.001 0.001 0.010 0.122 0.673 0.001 0.002 95 A 0.001 0.002 0.688 0.005 0.005 0.004 0.001 0.006 0.085 0.146 0.050 0.002 0.005 96 R 0.002 0.003 0.186 0.011 0.002 0.002 0.011 0.125 0.524 0.099 0.015 0.009 0.008 97 L 0.005 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.067 0.514 0.392 0.002 0.001 0.003 0.007 98 I 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.733 0.172 0.001 0.001 0.005 0.002 99 I 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 0.787 0.142 0.001 0.001 0.001 0.003 100 K 0.004 0.003 0.166 0.007 0.001 0.001 0.016 0.250 0.513 0.013 0.001 0.018 0.008 101 P 0.001 0.006 0.507 0.004 0.055 0.013 0.005 0.023 0.227 0.070 0.046 0.002 0.041 102 L 0.001 0.006 0.315 0.013 0.104 0.031 0.001 0.001 0.024 0.243 0.249 0.009 0.003 103 T 0.001 0.011 0.180 0.004 0.078 0.020 0.001 0.001 0.008 0.203 0.488 0.002 0.005 104 G 0.001 0.020 0.269 0.004 0.062 0.044 0.001 0.001 0.006 0.295 0.280 0.005 0.014 105 E 0.002 0.035 0.342 0.005 0.075 0.114 0.001 0.002 0.007 0.286 0.076 0.034 0.020 106 D 0.007 0.048 0.313 0.005 0.126 0.168 0.003 0.002 0.013 0.115 0.085 0.022 0.093 107 I 0.013 0.037 0.286 0.012 0.114 0.207 0.003 0.002 0.013 0.088 0.095 0.067 0.063 108 V 0.011 0.019 0.353 0.014 0.131 0.152 0.002 0.001 0.010 0.083 0.099 0.038 0.086 109 T 0.007 0.009 0.221 0.015 0.147 0.199 0.002 0.001 0.009 0.100 0.216 0.035 0.040 110 E 0.008 0.009 0.202 0.011 0.110 0.147 0.001 0.001 0.011 0.120 0.311 0.021 0.049 111 R 0.013 0.014 0.315 0.013 0.054 0.092 0.002 0.001 0.011 0.214 0.138 0.071 0.062 112 K 0.018 0.017 0.403 0.011 0.029 0.043 0.003 0.001 0.017 0.115 0.067 0.152 0.123 113 M 0.044 0.022 0.282 0.010 0.037 0.042 0.006 0.002 0.027 0.041 0.031 0.052 0.404 114 K 0.049 0.021 0.208 0.033 0.025 0.035 0.009 0.003 0.031 0.065 0.031 0.401 0.091 115 L 0.039 0.018 0.247 0.008 0.038 0.038 0.007 0.004 0.044 0.054 0.052 0.050 0.401 116 V 0.015 0.018 0.519 0.014 0.018 0.023 0.005 0.003 0.035 0.095 0.063 0.128 0.064 117 N 0.011 0.012 0.430 0.015 0.023 0.022 0.005 0.001 0.029 0.130 0.196 0.037 0.091 118 Y 0.008 0.009 0.235 0.019 0.026 0.023 0.002 0.001 0.017 0.230 0.341 0.033 0.056 119 G 0.014 0.012 0.363 0.032 0.016 0.016 0.003 0.001 0.021 0.213 0.159 0.091 0.059 120 R 0.069 0.017 0.250 0.017 0.017 0.020 0.012 0.004 0.053 0.088 0.040 0.112 0.302 121 T 0.259 0.018 0.070 0.033 0.009 0.014 0.033 0.012 0.051 0.029 0.013 0.150 0.311 122 Y 0.431 0.005 0.027 0.043 0.003 0.010 0.038 0.015 0.022 0.008 0.004 0.282 0.110 123 F 0.515 0.002 0.016 0.015 0.004 0.021 0.041 0.017 0.020 0.004 0.004 0.072 0.270 124 Y 0.574 0.002 0.018 0.035 0.004 0.044 0.028 0.013 0.015 0.005 0.006 0.126 0.130 125 E 0.547 0.002 0.019 0.027 0.005 0.081 0.012 0.003 0.008 0.008 0.010 0.113 0.165 126 Y 0.375 0.003 0.034 0.014 0.012 0.114 0.012 0.002 0.009 0.013 0.021 0.140 0.251 127 I 0.207 0.005 0.059 0.026 0.025 0.245 0.007 0.002 0.017 0.021 0.050 0.091 0.247 128 A 0.157 0.006 0.051 0.040 0.051 0.281 0.005 0.001 0.009 0.030 0.043 0.166 0.159 129 E 0.086 0.005 0.062 0.009 0.085 0.314 0.004 0.001 0.010 0.030 0.078 0.138 0.178 130 V 0.075 0.009 0.101 0.012 0.054 0.250 0.006 0.001 0.015 0.046 0.127 0.064 0.238 131 R 0.047 0.020 0.233 0.008 0.023 0.131 0.004 0.001 0.013 0.101 0.081 0.263 0.072 132 S 0.009 0.026 0.491 0.002 0.021 0.063 0.002 0.001 0.008 0.134 0.074 0.020 0.149 133 R 0.001 0.008 0.720 0.002 0.015 0.032 0.001 0.001 0.003 0.131 0.051 0.025 0.011