# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.036 0.109 0.154 0.022 0.095 0.046 0.012 0.005 0.004 0.098 0.057 0.286 0.012 0.011 0.020 2 W 0.014 0.089 0.117 0.107 0.010 0.099 0.022 0.025 0.006 0.005 0.058 0.096 0.303 0.007 0.016 0.024 3 N 0.013 0.032 0.027 0.062 0.003 0.159 0.005 0.012 0.009 0.009 0.121 0.106 0.407 0.002 0.007 0.026 4 D 0.013 0.034 0.023 0.022 0.002 0.079 0.005 0.002 0.004 0.002 0.190 0.188 0.413 0.004 0.003 0.015 5 L 0.010 0.026 0.027 0.022 0.001 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.121 0.263 0.495 0.001 0.007 0.004 6 A 0.003 0.022 0.041 0.024 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.131 0.726 0.002 0.002 0.013 7 V 0.005 0.010 0.039 0.054 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.841 0.001 0.001 0.010 8 Y 0.002 0.014 0.087 0.077 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.772 0.001 0.001 0.011 9 I 0.002 0.007 0.051 0.172 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.732 0.002 0.001 0.007 10 I 0.003 0.011 0.049 0.225 0.006 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.640 0.012 0.002 0.004 11 R 0.003 0.039 0.042 0.225 0.013 0.035 0.008 0.008 0.003 0.001 0.012 0.014 0.552 0.011 0.012 0.024 12 C 0.009 0.021 0.028 0.129 0.093 0.057 0.093 0.010 0.003 0.005 0.024 0.015 0.227 0.247 0.009 0.029 13 S 0.036 0.133 0.106 0.104 0.014 0.014 0.025 0.101 0.012 0.003 0.025 0.016 0.100 0.006 0.240 0.066 14 G 0.012 0.007 0.039 0.035 0.219 0.110 0.266 0.005 0.025 0.062 0.015 0.018 0.045 0.095 0.004 0.043 15 P 0.137 0.073 0.048 0.035 0.005 0.043 0.008 0.368 0.003 0.002 0.112 0.010 0.029 0.004 0.117 0.008 16 G 0.010 0.185 0.046 0.125 0.002 0.017 0.005 0.004 0.375 0.043 0.018 0.061 0.009 0.002 0.008 0.090 17 T 0.485 0.033 0.201 0.226 0.001 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.013 0.010 0.001 0.002 0.012 18 R 0.011 0.028 0.666 0.254 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 19 V 0.010 0.013 0.120 0.767 0.007 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.082 0.028 0.878 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.001 0.002 0.014 0.763 0.160 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 22 V 0.007 0.054 0.052 0.751 0.015 0.009 0.001 0.090 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 23 G 0.001 0.002 0.002 0.125 0.515 0.220 0.006 0.005 0.009 0.092 0.008 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 24 A 0.052 0.142 0.012 0.258 0.033 0.022 0.004 0.323 0.007 0.003 0.090 0.017 0.019 0.001 0.013 0.002 25 G 0.002 0.018 0.013 0.137 0.016 0.182 0.007 0.013 0.114 0.276 0.051 0.099 0.053 0.001 0.004 0.013 26 R 0.102 0.070 0.032 0.067 0.010 0.075 0.004 0.015 0.006 0.013 0.142 0.208 0.232 0.002 0.003 0.020 27 F 0.008 0.010 0.017 0.021 0.008 0.112 0.008 0.003 0.004 0.007 0.206 0.163 0.424 0.004 0.002 0.004 28 L 0.003 0.015 0.015 0.011 0.001 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.145 0.231 0.555 0.001 0.004 0.002 29 Y 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.267 0.670 0.001 0.001 0.004 30 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.041 0.899 0.001 0.001 0.002 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.976 0.001 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.004 34 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.001 0.001 35 R 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.010 0.007 0.010 36 K 0.005 0.005 0.005 0.005 0.003 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.445 0.355 0.015 0.111 37 H 0.015 0.009 0.064 0.005 0.002 0.011 0.037 0.008 0.002 0.001 0.011 0.011 0.272 0.043 0.461 0.051 38 S 0.024 0.057 0.099 0.014 0.002 0.032 0.037 0.005 0.010 0.007 0.028 0.020 0.229 0.020 0.051 0.364 39 K 0.320 0.091 0.122 0.060 0.002 0.036 0.017 0.008 0.008 0.003 0.044 0.033 0.138 0.012 0.027 0.081 40 V 0.050 0.104 0.447 0.111 0.001 0.061 0.007 0.004 0.006 0.001 0.018 0.045 0.104 0.002 0.012 0.027 41 D 0.028 0.130 0.295 0.358 0.001 0.054 0.003 0.002 0.003 0.001 0.016 0.016 0.067 0.001 0.003 0.023 42 L 0.017 0.025 0.206 0.662 0.002 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.029 0.001 0.001 0.005 43 V 0.005 0.027 0.192 0.624 0.011 0.085 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.035 0.001 0.001 0.003 44 L 0.002 0.062 0.042 0.759 0.011 0.063 0.003 0.007 0.002 0.001 0.009 0.004 0.029 0.001 0.001 0.003 45 T 0.005 0.043 0.027 0.328 0.011 0.461 0.005 0.012 0.006 0.003 0.023 0.012 0.056 0.001 0.003 0.005 46 D 0.013 0.178 0.054 0.197 0.034 0.105 0.021 0.014 0.007 0.004 0.255 0.030 0.057 0.013 0.004 0.015 47 I 0.020 0.236 0.103 0.379 0.009 0.018 0.014 0.029 0.014 0.003 0.024 0.074 0.032 0.004 0.028 0.014 48 K 0.014 0.021 0.229 0.163 0.049 0.187 0.091 0.010 0.014 0.017 0.014 0.017 0.119 0.014 0.008 0.033 49 P 0.046 0.054 0.069 0.070 0.134 0.094 0.037 0.089 0.004 0.004 0.231 0.017 0.081 0.038 0.021 0.012 50 S 0.010 0.087 0.014 0.060 0.130 0.059 0.042 0.100 0.033 0.019 0.152 0.166 0.027 0.064 0.029 0.009 51 H 0.041 0.106 0.093 0.089 0.034 0.021 0.091 0.088 0.057 0.023 0.042 0.047 0.046 0.023 0.130 0.069 52 G 0.115 0.028 0.193 0.102 0.002 0.061 0.011 0.040 0.085 0.054 0.023 0.024 0.083 0.001 0.065 0.114 53 G 0.249 0.082 0.278 0.168 0.001 0.014 0.002 0.002 0.034 0.009 0.015 0.012 0.029 0.001 0.002 0.103 54 I 0.123 0.021 0.291 0.477 0.002 0.034 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.025 0.014 0.001 0.001 0.002 55 V 0.003 0.045 0.223 0.409 0.024 0.249 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.025 0.001 0.001 0.002 56 R 0.003 0.056 0.018 0.665 0.014 0.115 0.002 0.025 0.002 0.001 0.056 0.011 0.028 0.001 0.002 0.001 57 D 0.006 0.094 0.034 0.433 0.011 0.101 0.005 0.015 0.020 0.011 0.053 0.128 0.073 0.002 0.002 0.011 58 D 0.025 0.050 0.040 0.165 0.009 0.270 0.010 0.011 0.010 0.004 0.083 0.063 0.234 0.003 0.006 0.017 59 I 0.011 0.082 0.075 0.074 0.021 0.090 0.026 0.007 0.003 0.003 0.312 0.074 0.170 0.022 0.008 0.020 60 T 0.020 0.190 0.111 0.120 0.004 0.027 0.013 0.028 0.006 0.003 0.037 0.190 0.173 0.004 0.049 0.024 61 S 0.013 0.021 0.137 0.093 0.009 0.116 0.058 0.002 0.013 0.007 0.020 0.036 0.367 0.008 0.005 0.093 62 P 0.055 0.051 0.119 0.078 0.004 0.062 0.010 0.017 0.001 0.002 0.224 0.034 0.312 0.003 0.011 0.018 63 R 0.008 0.098 0.041 0.091 0.004 0.145 0.007 0.005 0.014 0.004 0.047 0.327 0.185 0.007 0.004 0.012 64 M 0.020 0.030 0.059 0.122 0.001 0.017 0.002 0.003 0.002 0.001 0.159 0.077 0.486 0.001 0.008 0.012 65 E 0.007 0.042 0.073 0.100 0.004 0.044 0.007 0.001 0.002 0.001 0.015 0.203 0.471 0.007 0.001 0.021 66 I 0.009 0.013 0.042 0.056 0.004 0.021 0.010 0.002 0.001 0.001 0.040 0.008 0.774 0.001 0.003 0.014 67 Y 0.001 0.007 0.033 0.018 0.175 0.021 0.309 0.002 0.001 0.002 0.009 0.025 0.160 0.229 0.001 0.006 68 R 0.005 0.007 0.009 0.017 0.001 0.024 0.002 0.370 0.002 0.001 0.023 0.012 0.132 0.001 0.391 0.003 69 G 0.001 0.019 0.011 0.014 0.001 0.002 0.003 0.001 0.202 0.039 0.007 0.009 0.031 0.002 0.001 0.658 70 A 0.867 0.002 0.020 0.019 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.053 0.001 0.002 0.001 71 A 0.003 0.285 0.502 0.051 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.004 0.076 0.001 0.001 0.036 72 L 0.030 0.011 0.027 0.804 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.032 0.055 0.001 0.001 0.001 73 I 0.002 0.024 0.409 0.345 0.021 0.034 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 0.116 0.007 0.001 0.002 74 Y 0.001 0.021 0.010 0.842 0.003 0.029 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.003 0.068 0.001 0.002 0.005 75 S 0.009 0.054 0.067 0.525 0.040 0.108 0.019 0.004 0.012 0.005 0.012 0.011 0.069 0.014 0.002 0.050 76 I 0.066 0.049 0.160 0.551 0.007 0.041 0.013 0.023 0.004 0.001 0.018 0.009 0.035 0.001 0.015 0.009 77 R 0.008 0.112 0.252 0.477 0.002 0.062 0.003 0.003 0.010 0.005 0.003 0.006 0.015 0.001 0.001 0.039 78 P 0.041 0.052 0.128 0.395 0.002 0.293 0.001 0.005 0.002 0.004 0.028 0.014 0.026 0.001 0.001 0.007 79 P 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.033 0.010 0.001 0.001 0.001 81 E 0.001 0.012 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.923 0.049 0.001 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.029 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.940 0.001 0.001 0.013 83 H 0.001 0.002 0.015 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.944 0.001 0.001 0.004 84 S 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.940 0.001 0.001 0.002 85 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.049 0.899 0.001 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.024 0.919 0.001 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.967 0.001 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.003 89 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.001 0.006 90 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.001 0.001 91 D 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.926 0.001 0.005 0.048 92 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.001 0.002 93 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.966 0.001 94 G 0.001 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 95 A 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.001 0.394 0.574 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 97 L 0.007 0.002 0.012 0.976 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.001 0.004 0.606 0.381 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.001 0.002 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 K 0.001 0.005 0.009 0.883 0.043 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 P 0.001 0.030 0.004 0.293 0.325 0.285 0.001 0.040 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.062 0.001 0.116 0.601 0.040 0.012 0.057 0.008 0.013 0.074 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 103 T 0.003 0.036 0.002 0.040 0.006 0.140 0.001 0.577 0.020 0.020 0.022 0.067 0.003 0.001 0.064 0.001 104 G 0.009 0.054 0.017 0.018 0.004 0.009 0.004 0.003 0.437 0.104 0.083 0.017 0.013 0.001 0.002 0.225 105 E 0.770 0.011 0.039 0.045 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.097 0.014 0.001 0.002 0.002 106 D 0.012 0.066 0.588 0.063 0.002 0.147 0.006 0.002 0.004 0.002 0.009 0.019 0.061 0.002 0.002 0.016 107 I 0.027 0.060 0.081 0.469 0.012 0.079 0.007 0.005 0.002 0.001 0.117 0.024 0.103 0.002 0.003 0.009 108 V 0.007 0.103 0.093 0.268 0.058 0.145 0.034 0.009 0.004 0.003 0.021 0.137 0.097 0.012 0.002 0.008 109 T 0.010 0.037 0.040 0.173 0.023 0.202 0.032 0.063 0.005 0.003 0.158 0.029 0.178 0.011 0.024 0.010 110 E 0.014 0.189 0.071 0.162 0.008 0.032 0.012 0.029 0.066 0.012 0.095 0.107 0.097 0.010 0.026 0.071 111 R 0.149 0.044 0.134 0.277 0.002 0.021 0.012 0.007 0.027 0.007 0.024 0.098 0.130 0.004 0.018 0.044 112 K 0.046 0.039 0.492 0.173 0.004 0.054 0.009 0.004 0.005 0.002 0.008 0.013 0.114 0.002 0.003 0.033 113 M 0.030 0.028 0.161 0.352 0.041 0.162 0.026 0.007 0.003 0.002 0.054 0.014 0.093 0.018 0.003 0.006 114 K 0.008 0.192 0.078 0.476 0.008 0.042 0.003 0.041 0.005 0.002 0.025 0.043 0.057 0.001 0.013 0.006 115 L 0.009 0.033 0.047 0.462 0.108 0.084 0.056 0.006 0.031 0.015 0.018 0.022 0.056 0.018 0.001 0.035 116 V 0.083 0.036 0.142 0.193 0.081 0.070 0.040 0.109 0.005 0.003 0.095 0.017 0.085 0.005 0.030 0.007 117 N 0.005 0.054 0.037 0.072 0.274 0.114 0.098 0.049 0.023 0.049 0.042 0.049 0.026 0.087 0.006 0.015 118 Y 0.061 0.071 0.031 0.105 0.007 0.028 0.006 0.331 0.040 0.012 0.068 0.026 0.035 0.001 0.163 0.014 119 G 0.034 0.033 0.139 0.118 0.002 0.034 0.005 0.003 0.203 0.107 0.021 0.061 0.054 0.001 0.004 0.179 120 R 0.521 0.021 0.124 0.115 0.002 0.054 0.002 0.003 0.002 0.002 0.037 0.037 0.074 0.001 0.002 0.005 121 T 0.009 0.135 0.291 0.379 0.002 0.047 0.001 0.002 0.003 0.001 0.019 0.046 0.059 0.001 0.001 0.005 122 Y 0.005 0.016 0.046 0.687 0.002 0.090 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.020 0.117 0.001 0.001 0.002 123 F 0.003 0.026 0.076 0.582 0.004 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.034 0.185 0.001 0.001 0.002 124 Y 0.002 0.011 0.016 0.530 0.005 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.057 0.293 0.001 0.001 0.001 125 E 0.001 0.026 0.019 0.303 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.037 0.559 0.001 0.001 0.003 126 Y 0.001 0.008 0.007 0.084 0.002 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.808 0.001 0.001 0.004 127 I 0.001 0.008 0.011 0.029 0.003 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.027 0.021 0.858 0.008 0.002 0.004 128 A 0.002 0.019 0.012 0.037 0.001 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 0.018 0.061 0.804 0.004 0.019 0.008 129 E 0.004 0.016 0.024 0.034 0.001 0.012 0.008 0.001 0.004 0.001 0.006 0.016 0.713 0.013 0.004 0.144 130 V 0.039 0.011 0.139 0.037 0.002 0.015 0.037 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.626 0.018 0.022 0.030 131 R 0.010 0.062 0.201 0.066 0.008 0.048 0.036 0.008 0.002 0.002 0.015 0.023 0.424 0.025 0.026 0.045 132 S 0.019 0.037 0.045 0.088 0.046 0.124 0.064 0.017 0.007 0.005 0.050 0.029 0.287 0.123 0.023 0.035 133 R 0.025 0.072 0.080 0.078 0.025 0.037 0.048 0.056 0.011 0.005 0.150 0.048 0.170 0.044 0.112 0.039