# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.553 0.005 0.008 0.008 0.012 0.039 0.017 0.002 0.049 0.227 2 W 0.068 0.584 0.013 0.006 0.007 0.010 0.036 0.015 0.004 0.053 0.204 3 N 0.035 0.790 0.004 0.002 0.004 0.006 0.015 0.004 0.001 0.021 0.118 4 D 0.037 0.874 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.010 0.059 5 L 0.030 0.869 0.004 0.002 0.003 0.006 0.013 0.005 0.001 0.019 0.050 6 A 0.028 0.775 0.006 0.003 0.006 0.024 0.016 0.005 0.001 0.040 0.094 7 V 0.059 0.624 0.005 0.012 0.016 0.038 0.024 0.005 0.002 0.090 0.125 8 Y 0.057 0.405 0.012 0.029 0.079 0.100 0.038 0.008 0.003 0.099 0.171 9 I 0.051 0.072 0.017 0.023 0.137 0.271 0.039 0.007 0.006 0.195 0.181 10 I 0.083 0.023 0.011 0.052 0.154 0.201 0.054 0.005 0.004 0.102 0.310 11 R 0.086 0.006 0.005 0.017 0.164 0.153 0.060 0.002 0.001 0.072 0.434 12 C 0.023 0.002 0.004 0.014 0.104 0.130 0.099 0.001 0.001 0.059 0.563 13 S 0.035 0.001 0.002 0.004 0.014 0.018 0.092 0.001 0.001 0.039 0.794 14 G 0.328 0.001 0.002 0.004 0.015 0.009 0.068 0.002 0.001 0.067 0.506 15 P 0.029 0.002 0.001 0.009 0.011 0.012 0.144 0.001 0.001 0.037 0.754 16 G 0.003 0.001 0.001 0.016 0.013 0.034 0.105 0.001 0.001 0.031 0.796 17 T 0.002 0.001 0.001 0.057 0.120 0.122 0.090 0.001 0.001 0.079 0.528 18 R 0.001 0.003 0.001 0.327 0.201 0.284 0.023 0.001 0.001 0.076 0.084 19 V 0.001 0.003 0.001 0.189 0.167 0.287 0.028 0.001 0.001 0.089 0.234 20 V 0.003 0.002 0.001 0.379 0.261 0.236 0.022 0.001 0.001 0.023 0.073 21 E 0.003 0.004 0.001 0.448 0.127 0.265 0.016 0.001 0.001 0.051 0.084 22 V 0.014 0.015 0.002 0.376 0.110 0.117 0.070 0.002 0.001 0.070 0.226 23 G 0.060 0.049 0.005 0.318 0.114 0.143 0.072 0.007 0.001 0.076 0.155 24 A 0.041 0.058 0.003 0.139 0.046 0.077 0.112 0.006 0.001 0.078 0.438 25 G 0.039 0.123 0.005 0.164 0.050 0.081 0.093 0.008 0.001 0.121 0.316 26 R 0.033 0.472 0.001 0.022 0.012 0.026 0.059 0.009 0.001 0.048 0.317 27 F 0.026 0.561 0.002 0.008 0.009 0.014 0.039 0.007 0.001 0.183 0.152 28 L 0.007 0.536 0.005 0.007 0.008 0.010 0.030 0.003 0.001 0.285 0.109 29 Y 0.009 0.909 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.048 0.015 30 V 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.005 31 S 0.025 0.906 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.040 0.014 32 D 0.018 0.896 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.031 0.043 33 Y 0.036 0.619 0.027 0.001 0.001 0.002 0.029 0.013 0.008 0.174 0.090 34 I 0.101 0.074 0.247 0.002 0.002 0.003 0.050 0.036 0.098 0.282 0.104 35 R 0.422 0.031 0.022 0.002 0.002 0.003 0.062 0.006 0.014 0.073 0.363 36 K 0.035 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.058 0.002 0.001 0.016 0.870 37 H 0.028 0.014 0.004 0.005 0.002 0.004 0.148 0.002 0.001 0.025 0.767 38 S 0.031 0.019 0.002 0.014 0.003 0.008 0.132 0.002 0.001 0.028 0.760 39 K 0.012 0.014 0.001 0.075 0.013 0.028 0.134 0.001 0.001 0.036 0.687 40 V 0.009 0.016 0.001 0.249 0.035 0.078 0.093 0.001 0.001 0.062 0.457 41 D 0.003 0.006 0.001 0.524 0.061 0.091 0.040 0.001 0.001 0.123 0.151 42 L 0.002 0.005 0.001 0.772 0.037 0.057 0.015 0.001 0.001 0.041 0.069 43 V 0.011 0.011 0.002 0.445 0.150 0.135 0.035 0.002 0.001 0.046 0.163 44 L 0.030 0.009 0.003 0.208 0.179 0.228 0.046 0.005 0.001 0.062 0.230 45 T 0.073 0.007 0.002 0.062 0.114 0.209 0.083 0.002 0.001 0.072 0.376 46 D 0.015 0.002 0.002 0.030 0.052 0.096 0.137 0.001 0.001 0.043 0.620 47 I 0.016 0.002 0.003 0.023 0.049 0.072 0.149 0.001 0.001 0.043 0.643 48 K 0.237 0.003 0.004 0.015 0.023 0.023 0.090 0.004 0.001 0.050 0.549 49 P 0.114 0.002 0.001 0.007 0.011 0.012 0.115 0.002 0.001 0.035 0.700 50 S 0.025 0.003 0.001 0.015 0.012 0.023 0.110 0.001 0.001 0.021 0.790 51 H 0.012 0.004 0.001 0.024 0.014 0.032 0.123 0.001 0.001 0.026 0.764 52 G 0.006 0.004 0.001 0.051 0.066 0.097 0.147 0.001 0.001 0.053 0.575 53 G 0.009 0.011 0.001 0.163 0.114 0.183 0.080 0.001 0.001 0.085 0.352 54 I 0.010 0.012 0.002 0.162 0.106 0.152 0.079 0.002 0.001 0.110 0.364 55 V 0.047 0.022 0.002 0.191 0.126 0.154 0.073 0.004 0.001 0.092 0.289 56 R 0.056 0.019 0.003 0.165 0.088 0.148 0.073 0.003 0.001 0.143 0.301 57 D 0.021 0.015 0.002 0.099 0.058 0.115 0.131 0.004 0.001 0.068 0.487 58 D 0.100 0.013 0.004 0.082 0.076 0.118 0.127 0.005 0.001 0.120 0.354 59 I 0.011 0.004 0.003 0.038 0.067 0.095 0.151 0.001 0.001 0.066 0.564 60 T 0.019 0.015 0.002 0.053 0.037 0.065 0.131 0.002 0.001 0.048 0.627 61 S 0.225 0.032 0.004 0.017 0.017 0.025 0.096 0.010 0.001 0.067 0.507 62 P 0.044 0.045 0.001 0.015 0.022 0.030 0.185 0.003 0.001 0.049 0.604 63 R 0.022 0.126 0.001 0.010 0.010 0.034 0.076 0.003 0.001 0.030 0.688 64 M 0.064 0.141 0.002 0.022 0.028 0.036 0.114 0.003 0.001 0.096 0.493 65 E 0.032 0.109 0.020 0.060 0.044 0.079 0.092 0.008 0.005 0.256 0.295 66 I 0.104 0.073 0.018 0.029 0.053 0.096 0.077 0.007 0.004 0.164 0.376 67 Y 0.410 0.038 0.004 0.028 0.020 0.033 0.060 0.006 0.001 0.104 0.296 68 R 0.025 0.056 0.002 0.023 0.034 0.079 0.113 0.002 0.001 0.063 0.603 69 G 0.008 0.082 0.002 0.024 0.017 0.074 0.114 0.002 0.001 0.053 0.624 70 A 0.011 0.042 0.003 0.050 0.181 0.162 0.110 0.001 0.001 0.168 0.270 71 A 0.005 0.031 0.002 0.163 0.142 0.238 0.045 0.002 0.001 0.252 0.119 72 L 0.011 0.019 0.006 0.191 0.137 0.249 0.040 0.003 0.001 0.204 0.139 73 I 0.024 0.011 0.004 0.390 0.123 0.161 0.039 0.004 0.001 0.093 0.152 74 Y 0.020 0.006 0.002 0.313 0.111 0.168 0.047 0.002 0.001 0.063 0.268 75 S 0.009 0.003 0.001 0.211 0.078 0.158 0.091 0.001 0.001 0.066 0.382 76 I 0.007 0.003 0.001 0.187 0.062 0.060 0.159 0.001 0.001 0.056 0.465 77 R 0.004 0.007 0.001 0.102 0.066 0.054 0.165 0.001 0.001 0.038 0.561 78 P 0.107 0.245 0.002 0.030 0.005 0.005 0.065 0.014 0.001 0.049 0.477 79 P 0.326 0.502 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.026 0.001 0.019 0.102 80 A 0.103 0.304 0.002 0.004 0.001 0.003 0.065 0.009 0.001 0.220 0.288 81 E 0.015 0.271 0.006 0.017 0.002 0.006 0.072 0.004 0.001 0.336 0.270 82 I 0.014 0.639 0.005 0.004 0.002 0.002 0.028 0.007 0.001 0.177 0.121 83 H 0.024 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.025 0.015 84 S 0.010 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.025 0.031 85 S 0.010 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.014 0.025 86 L 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.007 87 M 0.010 0.770 0.007 0.001 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.158 0.040 88 R 0.013 0.924 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.015 0.034 89 V 0.109 0.800 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.004 0.024 0.031 90 A 0.084 0.081 0.248 0.003 0.001 0.002 0.018 0.101 0.317 0.066 0.081 91 D 0.630 0.035 0.014 0.002 0.004 0.007 0.034 0.004 0.006 0.027 0.237 92 A 0.040 0.012 0.003 0.003 0.002 0.003 0.037 0.002 0.001 0.013 0.885 93 V 0.011 0.018 0.007 0.013 0.009 0.015 0.196 0.001 0.001 0.035 0.694 94 G 0.039 0.027 0.005 0.031 0.007 0.028 0.133 0.005 0.002 0.042 0.681 95 A 0.022 0.005 0.001 0.108 0.028 0.046 0.161 0.002 0.001 0.053 0.574 96 R 0.004 0.004 0.001 0.516 0.056 0.114 0.051 0.001 0.001 0.046 0.208 97 L 0.004 0.002 0.001 0.652 0.051 0.098 0.030 0.001 0.001 0.039 0.124 98 I 0.001 0.001 0.001 0.815 0.039 0.049 0.016 0.001 0.001 0.011 0.068 99 I 0.003 0.001 0.001 0.672 0.095 0.056 0.020 0.001 0.001 0.040 0.112 100 K 0.013 0.003 0.001 0.373 0.228 0.162 0.040 0.002 0.001 0.048 0.129 101 P 0.072 0.010 0.002 0.084 0.039 0.056 0.132 0.004 0.001 0.053 0.547 102 L 0.045 0.006 0.002 0.044 0.042 0.074 0.165 0.003 0.001 0.049 0.569 103 T 0.051 0.037 0.001 0.037 0.010 0.030 0.126 0.004 0.001 0.040 0.664 104 G 0.092 0.057 0.002 0.013 0.009 0.017 0.103 0.009 0.001 0.037 0.660 105 E 0.039 0.031 0.003 0.014 0.037 0.039 0.151 0.003 0.001 0.142 0.541 106 D 0.027 0.078 0.005 0.030 0.037 0.069 0.094 0.004 0.001 0.096 0.558 107 I 0.106 0.139 0.004 0.022 0.035 0.049 0.090 0.011 0.001 0.077 0.466 108 V 0.171 0.115 0.008 0.015 0.025 0.042 0.078 0.018 0.005 0.064 0.458 109 T 0.101 0.123 0.006 0.011 0.042 0.076 0.069 0.006 0.001 0.045 0.520 110 E 0.046 0.107 0.003 0.016 0.029 0.069 0.079 0.004 0.001 0.043 0.603 111 R 0.047 0.071 0.004 0.017 0.076 0.102 0.117 0.003 0.001 0.052 0.511 112 K 0.044 0.063 0.003 0.037 0.086 0.193 0.096 0.005 0.001 0.055 0.417 113 M 0.068 0.018 0.004 0.035 0.045 0.091 0.094 0.004 0.002 0.103 0.535 114 K 0.028 0.011 0.003 0.076 0.189 0.176 0.095 0.002 0.001 0.048 0.371 115 L 0.053 0.015 0.005 0.036 0.062 0.120 0.067 0.003 0.001 0.052 0.586 116 V 0.176 0.009 0.002 0.025 0.066 0.068 0.111 0.003 0.001 0.047 0.493 117 N 0.055 0.011 0.003 0.043 0.046 0.072 0.110 0.002 0.001 0.085 0.572 118 Y 0.006 0.008 0.001 0.038 0.044 0.077 0.125 0.001 0.001 0.035 0.664 119 G 0.027 0.049 0.002 0.061 0.151 0.144 0.088 0.002 0.001 0.045 0.432 120 R 0.013 0.103 0.001 0.060 0.167 0.232 0.058 0.003 0.001 0.048 0.314 121 T 0.007 0.155 0.001 0.092 0.126 0.265 0.041 0.001 0.001 0.077 0.233 122 Y 0.006 0.186 0.002 0.108 0.225 0.325 0.021 0.001 0.001 0.035 0.092 123 F 0.015 0.315 0.001 0.051 0.158 0.308 0.018 0.002 0.001 0.030 0.101 124 Y 0.036 0.423 0.002 0.037 0.161 0.190 0.019 0.003 0.001 0.034 0.094 125 E 0.018 0.284 0.007 0.037 0.142 0.304 0.026 0.004 0.001 0.062 0.115 126 Y 0.065 0.273 0.008 0.026 0.112 0.252 0.034 0.008 0.002 0.066 0.153 127 I 0.246 0.265 0.007 0.019 0.102 0.097 0.031 0.013 0.003 0.044 0.174 128 A 0.069 0.065 0.013 0.013 0.154 0.190 0.053 0.007 0.003 0.085 0.348 129 E 0.064 0.025 0.013 0.020 0.092 0.182 0.069 0.006 0.004 0.089 0.435 130 V 0.140 0.012 0.009 0.015 0.095 0.073 0.079 0.005 0.002 0.054 0.516 131 R 0.043 0.006 0.002 0.013 0.086 0.080 0.091 0.002 0.001 0.027 0.648 132 S 0.043 0.006 0.001 0.008 0.019 0.032 0.083 0.001 0.001 0.022 0.785 133 R 0.018 0.004 0.001 0.014 0.028 0.032 0.118 0.001 0.001 0.017 0.767