# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.267 0.125 0.062 0.115 0.098 0.073 0.105 0.069 0.043 0.026 0.015 2 W 0.062 0.053 0.038 0.083 0.090 0.110 0.164 0.119 0.125 0.092 0.065 3 N 0.248 0.169 0.087 0.155 0.116 0.067 0.070 0.041 0.025 0.014 0.008 4 D 0.132 0.107 0.073 0.173 0.137 0.095 0.113 0.075 0.049 0.030 0.015 5 L 0.028 0.033 0.030 0.087 0.102 0.121 0.182 0.147 0.123 0.093 0.053 6 A 0.049 0.079 0.084 0.179 0.153 0.130 0.138 0.084 0.055 0.034 0.014 7 V 0.020 0.027 0.057 0.104 0.111 0.152 0.175 0.122 0.108 0.083 0.042 8 Y 0.009 0.013 0.025 0.045 0.060 0.108 0.185 0.138 0.178 0.157 0.082 9 I 0.009 0.015 0.032 0.066 0.083 0.108 0.168 0.132 0.165 0.141 0.081 10 I 0.009 0.012 0.035 0.047 0.066 0.120 0.173 0.128 0.167 0.153 0.090 11 R 0.022 0.039 0.066 0.133 0.140 0.147 0.176 0.105 0.084 0.060 0.028 12 C 0.017 0.017 0.022 0.039 0.052 0.114 0.194 0.145 0.173 0.144 0.083 13 S 0.088 0.147 0.074 0.162 0.129 0.108 0.124 0.069 0.049 0.031 0.020 14 G 0.204 0.200 0.066 0.121 0.092 0.076 0.088 0.056 0.043 0.032 0.024 15 P 0.499 0.231 0.036 0.096 0.056 0.028 0.024 0.014 0.008 0.005 0.003 16 G 0.415 0.149 0.033 0.113 0.078 0.060 0.061 0.039 0.025 0.017 0.011 17 T 0.060 0.064 0.044 0.113 0.116 0.148 0.164 0.109 0.086 0.061 0.036 18 R 0.013 0.052 0.058 0.155 0.160 0.195 0.197 0.082 0.052 0.024 0.012 19 V 0.002 0.005 0.016 0.021 0.028 0.047 0.097 0.110 0.220 0.209 0.243 20 V 0.001 0.004 0.010 0.017 0.030 0.046 0.110 0.123 0.237 0.229 0.193 21 E 0.001 0.004 0.011 0.024 0.041 0.043 0.087 0.139 0.204 0.240 0.207 22 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.022 0.049 0.128 0.198 0.286 0.290 23 G 0.004 0.007 0.013 0.034 0.069 0.062 0.144 0.224 0.188 0.154 0.101 24 A 0.002 0.002 0.009 0.013 0.025 0.021 0.064 0.157 0.213 0.234 0.260 25 G 0.011 0.014 0.028 0.067 0.096 0.111 0.167 0.137 0.155 0.126 0.087 26 R 0.031 0.074 0.074 0.141 0.139 0.125 0.174 0.101 0.077 0.042 0.022 27 F 0.014 0.023 0.029 0.068 0.102 0.124 0.201 0.154 0.125 0.092 0.066 28 L 0.060 0.032 0.055 0.091 0.096 0.116 0.182 0.121 0.103 0.085 0.059 29 Y 0.071 0.108 0.082 0.205 0.171 0.140 0.126 0.048 0.027 0.014 0.008 30 V 0.001 0.004 0.005 0.006 0.011 0.017 0.043 0.067 0.199 0.262 0.385 31 S 0.002 0.004 0.005 0.025 0.077 0.142 0.233 0.144 0.156 0.119 0.094 32 D 0.193 0.104 0.433 0.178 0.057 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 33 Y 0.006 0.008 0.018 0.058 0.090 0.268 0.325 0.105 0.069 0.037 0.016 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.028 0.161 0.303 0.487 35 R 0.017 0.028 0.081 0.151 0.241 0.175 0.187 0.073 0.028 0.014 0.005 36 K 0.011 0.092 0.659 0.170 0.042 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 37 H 0.017 0.014 0.017 0.040 0.070 0.148 0.267 0.188 0.105 0.079 0.056 38 S 0.448 0.178 0.040 0.086 0.053 0.040 0.055 0.047 0.027 0.018 0.008 39 K 0.098 0.096 0.100 0.172 0.139 0.120 0.116 0.071 0.046 0.029 0.016 40 V 0.052 0.046 0.059 0.099 0.116 0.128 0.176 0.120 0.092 0.072 0.040 41 D 0.046 0.058 0.050 0.109 0.107 0.134 0.192 0.124 0.097 0.055 0.026 42 L 0.016 0.023 0.028 0.069 0.091 0.141 0.180 0.143 0.135 0.101 0.071 43 V 0.004 0.004 0.009 0.018 0.026 0.035 0.073 0.106 0.207 0.252 0.266 44 L 0.007 0.010 0.014 0.041 0.072 0.131 0.190 0.139 0.173 0.148 0.075 45 T 0.047 0.066 0.093 0.158 0.142 0.119 0.135 0.088 0.076 0.048 0.028 46 D 0.105 0.069 0.052 0.150 0.127 0.121 0.155 0.094 0.063 0.042 0.023 47 I 0.041 0.040 0.017 0.045 0.046 0.090 0.156 0.122 0.170 0.160 0.114 48 K 0.201 0.305 0.064 0.180 0.113 0.049 0.041 0.025 0.012 0.007 0.004 49 P 0.379 0.155 0.042 0.109 0.082 0.067 0.061 0.042 0.027 0.022 0.015 50 S 0.433 0.171 0.034 0.092 0.066 0.052 0.057 0.038 0.027 0.018 0.011 51 H 0.216 0.212 0.033 0.161 0.109 0.084 0.080 0.048 0.029 0.017 0.010 52 G 0.047 0.030 0.015 0.037 0.048 0.073 0.102 0.106 0.177 0.176 0.188 53 G 0.172 0.199 0.066 0.216 0.149 0.077 0.062 0.030 0.015 0.008 0.005 54 I 0.014 0.017 0.018 0.054 0.066 0.086 0.128 0.134 0.190 0.163 0.130 55 V 0.014 0.023 0.018 0.066 0.093 0.099 0.153 0.153 0.153 0.123 0.104 56 R 0.013 0.030 0.034 0.117 0.133 0.139 0.174 0.131 0.111 0.080 0.039 57 D 0.009 0.010 0.020 0.039 0.053 0.100 0.143 0.136 0.181 0.189 0.121 58 D 0.008 0.017 0.018 0.064 0.084 0.118 0.199 0.162 0.152 0.121 0.056 59 I 0.005 0.006 0.008 0.017 0.023 0.036 0.070 0.095 0.222 0.267 0.251 60 T 0.019 0.017 0.020 0.048 0.079 0.103 0.179 0.148 0.166 0.126 0.096 61 S 0.053 0.118 0.092 0.198 0.157 0.119 0.110 0.059 0.046 0.030 0.017 62 P 0.025 0.024 0.016 0.040 0.072 0.089 0.168 0.178 0.156 0.128 0.105 63 R 0.227 0.270 0.071 0.171 0.088 0.058 0.050 0.027 0.019 0.013 0.006 64 M 0.056 0.033 0.024 0.087 0.092 0.137 0.203 0.135 0.114 0.075 0.044 65 E 0.272 0.285 0.097 0.188 0.084 0.036 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 66 I 0.008 0.008 0.010 0.022 0.038 0.042 0.091 0.120 0.193 0.187 0.281 67 Y 0.008 0.017 0.020 0.048 0.083 0.121 0.155 0.131 0.135 0.162 0.121 68 R 0.033 0.089 0.141 0.225 0.178 0.136 0.106 0.045 0.029 0.014 0.005 69 G 0.156 0.132 0.098 0.204 0.131 0.087 0.099 0.048 0.023 0.013 0.008 70 A 0.003 0.003 0.005 0.011 0.016 0.035 0.086 0.097 0.232 0.256 0.255 71 A 0.066 0.118 0.075 0.213 0.171 0.106 0.117 0.064 0.041 0.020 0.010 72 L 0.001 0.002 0.010 0.016 0.027 0.057 0.106 0.120 0.210 0.213 0.240 73 I 0.001 0.002 0.005 0.007 0.016 0.027 0.059 0.093 0.191 0.248 0.352 74 Y 0.001 0.002 0.008 0.018 0.034 0.055 0.130 0.152 0.245 0.228 0.126 75 S 0.001 0.002 0.009 0.012 0.022 0.029 0.068 0.128 0.215 0.249 0.265 76 I 0.002 0.004 0.007 0.015 0.024 0.043 0.084 0.110 0.228 0.257 0.227 77 R 0.014 0.021 0.027 0.067 0.107 0.112 0.204 0.183 0.129 0.082 0.054 78 P 0.017 0.032 0.045 0.076 0.111 0.084 0.155 0.205 0.125 0.090 0.061 79 P 0.045 0.049 0.046 0.088 0.081 0.095 0.171 0.131 0.132 0.098 0.063 80 A 0.311 0.120 0.089 0.143 0.095 0.073 0.085 0.036 0.026 0.012 0.009 81 E 0.118 0.112 0.085 0.184 0.165 0.107 0.113 0.059 0.030 0.016 0.012 82 I 0.014 0.029 0.031 0.040 0.055 0.051 0.116 0.143 0.181 0.187 0.154 83 H 0.024 0.029 0.039 0.084 0.121 0.162 0.239 0.123 0.089 0.062 0.027 84 S 0.137 0.123 0.358 0.227 0.076 0.036 0.021 0.010 0.006 0.003 0.002 85 S 0.026 0.048 0.045 0.130 0.178 0.172 0.215 0.110 0.045 0.022 0.010 86 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.011 0.013 0.043 0.099 0.225 0.293 0.303 87 M 0.011 0.010 0.048 0.093 0.162 0.212 0.239 0.113 0.063 0.035 0.015 88 R 0.024 0.063 0.531 0.228 0.091 0.034 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 89 V 0.001 0.002 0.007 0.010 0.023 0.037 0.111 0.133 0.212 0.212 0.252 90 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.028 0.080 0.105 0.219 0.306 0.240 91 D 0.020 0.069 0.458 0.245 0.119 0.046 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 92 A 0.009 0.033 0.166 0.181 0.195 0.188 0.139 0.053 0.018 0.012 0.007 93 V 0.005 0.005 0.006 0.007 0.011 0.034 0.092 0.108 0.230 0.263 0.240 94 G 0.233 0.226 0.055 0.224 0.134 0.047 0.043 0.021 0.010 0.004 0.003 95 A 0.002 0.002 0.007 0.006 0.011 0.021 0.057 0.085 0.198 0.246 0.365 96 R 0.041 0.122 0.126 0.293 0.231 0.105 0.052 0.017 0.008 0.003 0.003 97 L 0.003 0.003 0.012 0.012 0.022 0.037 0.099 0.148 0.216 0.207 0.241 98 I 0.005 0.013 0.024 0.067 0.102 0.106 0.147 0.137 0.162 0.127 0.111 99 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.015 0.046 0.074 0.221 0.311 0.312 100 K 0.018 0.065 0.117 0.242 0.218 0.139 0.081 0.052 0.034 0.020 0.014 101 P 0.022 0.020 0.035 0.059 0.100 0.075 0.179 0.233 0.123 0.088 0.067 102 L 0.015 0.016 0.017 0.038 0.048 0.060 0.112 0.163 0.180 0.192 0.158 103 T 0.180 0.185 0.075 0.156 0.108 0.072 0.090 0.050 0.045 0.024 0.015 104 G 0.358 0.132 0.062 0.140 0.090 0.058 0.067 0.038 0.029 0.016 0.010 105 E 0.145 0.098 0.054 0.131 0.115 0.104 0.149 0.085 0.061 0.036 0.023 106 D 0.271 0.206 0.086 0.156 0.101 0.059 0.057 0.032 0.017 0.010 0.005 107 I 0.060 0.044 0.034 0.077 0.095 0.124 0.178 0.137 0.117 0.082 0.052 108 V 0.109 0.139 0.071 0.138 0.110 0.096 0.126 0.081 0.063 0.048 0.021 109 T 0.131 0.172 0.114 0.198 0.123 0.087 0.086 0.042 0.026 0.014 0.006 110 E 0.404 0.180 0.096 0.162 0.075 0.032 0.024 0.014 0.007 0.004 0.002 111 R 0.113 0.058 0.042 0.086 0.084 0.110 0.166 0.125 0.100 0.078 0.038 112 K 0.063 0.178 0.113 0.257 0.164 0.086 0.068 0.039 0.018 0.010 0.004 113 M 0.035 0.030 0.046 0.062 0.081 0.125 0.165 0.140 0.129 0.121 0.066 114 K 0.118 0.131 0.150 0.205 0.139 0.094 0.079 0.043 0.023 0.012 0.005 115 L 0.076 0.114 0.088 0.175 0.127 0.106 0.133 0.081 0.052 0.032 0.016 116 V 0.022 0.016 0.016 0.031 0.047 0.080 0.141 0.134 0.186 0.174 0.152 117 N 0.263 0.318 0.109 0.173 0.073 0.027 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 118 Y 0.048 0.032 0.030 0.077 0.093 0.110 0.158 0.138 0.133 0.104 0.076 119 G 0.165 0.133 0.055 0.138 0.119 0.095 0.111 0.076 0.053 0.035 0.019 120 R 0.035 0.055 0.048 0.147 0.131 0.158 0.184 0.108 0.073 0.042 0.019 121 T 0.026 0.025 0.040 0.065 0.076 0.116 0.147 0.126 0.143 0.135 0.101 122 Y 0.007 0.012 0.014 0.037 0.055 0.099 0.182 0.154 0.195 0.158 0.086 123 F 0.016 0.031 0.045 0.103 0.117 0.114 0.168 0.135 0.129 0.093 0.050 124 Y 0.011 0.010 0.021 0.036 0.054 0.101 0.190 0.151 0.183 0.151 0.093 125 E 0.061 0.076 0.115 0.209 0.167 0.116 0.119 0.064 0.039 0.021 0.012 126 Y 0.015 0.017 0.027 0.039 0.061 0.092 0.179 0.166 0.169 0.139 0.097 127 I 0.019 0.043 0.048 0.091 0.106 0.110 0.178 0.133 0.126 0.092 0.053 128 A 0.113 0.091 0.128 0.158 0.125 0.111 0.140 0.063 0.040 0.021 0.009 129 E 0.225 0.163 0.225 0.209 0.091 0.038 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 130 V 0.071 0.065 0.071 0.104 0.109 0.111 0.183 0.126 0.081 0.051 0.028 131 R 0.055 0.059 0.060 0.103 0.113 0.114 0.183 0.136 0.088 0.059 0.029 132 S 0.100 0.250 0.311 0.167 0.074 0.041 0.029 0.013 0.007 0.004 0.002 133 R 0.205 0.143 0.178 0.193 0.127 0.058 0.051 0.027 0.010 0.005 0.003